一、龙凤政权的建立
在河南行省战场上，当蒙古军被刘福通打得落花流水溃不成军的时候，两支地主武装却在这时崛起了，这就是察罕帖木儿和李思齐的所谓“义兵”。察罕帖木儿，畏吾儿人，其曾祖于元初迁居中原，为颍州沈丘（今安徽临泉）人，察罕帖木儿原为沈丘探马赤军。李思齐，信阳罗山（今属河南）人，为罗山县典史。罗山被红巾军攻占后，他们纠集地主子弟，组成“义军”，袭占罗山县城。元顺帝对其进行嘉奖，封察罕帖木儿为汝宁府（今河南汝南）达鲁花赤，李思齐知汝宁府。这两支地主武装专门与红巾军为敌，附近州县的地主恶少和散兵游勇，也纷纷投到他们部下，“所在义士俱将兵来会”，其人数很快扩大。他们不断袭击农民军，许多城镇也被他们占领，对刘福通红巾军造成很大威胁。至正十五年（1355年）正月，元顺帝又调兵遣将，“命河南行省参知政事洪丑驴守御河南、陕西行省参知政事述律朵儿只守御潼关，宗卫扎牙失里守御兴元（今陕西汉中），陕西行省参知政事阿鲁温沙守御商州（今陕西商县），通政院使朵来守御山东……闰（正）月……命河南行省参知政事塔失帖木儿领元管陕西兵马，守御河南”，从各方面加强河南的兵力，以答失八都鲁、察罕帖木儿、李思齐等为机动部队，妄图对刘福诵进行大包围，消灭河南地区的红巾军。但是，刘福通并没有被元兵的气势凶凶所吓倒，他巧妙地运用兵力，声东击西，以少胜多，打破了敌人的“围歼”计划。
为了团结各地起义军和进一步粉碎元兵的围攻，同年2月，刘福通将韩山童之子韩林儿由砀山（今属安徽）夹河迎至亳州（今安徽毫县），拥立为皇帝，又称“小明王”，建立了政权，国号宋，改元龙凤。“小明王”即白莲教宣传的“弥勒佛下生”，“明王出世”，意思是黑暗即将过去，光明已经到来，人们将会过上幸福的日子。龙凤政权在中央建立了中书省、枢察院、御史台和六部等政权机构，以韩林儿的母亲杨氏为皇太后，杜遵道、盛文郁为丞相，罗文素、刘福通为平章，刘六知枢密院事，拆鹿邑县（今属河南）太清宫材料修建宫阙。在地方上，随着农民军占领地区的扩大，还陆续建立了行中书省和府、县地方行政机构；军事方面逐步设立了行枢密院，下统各地的统军元帅府、管军总管府、管军万户府等，上统于中央沤密院，军职则有百户、千户、万户、总管、统军元帅等等。
龙凤政权的建立，大大鼓舞了北方的农民起义军，各支队伍团结到“小明王”周围，向元朝统治发起了猛烈攻击。
二、北方红巾军的三路北伐
龙凤政权建立后，元朝统治者十分惊慌，立即从各方面调集军队加紧镇压。至正十五年（1355）6月，元顺帝又任命答失八都鲁为河南行省平章，“统率太不花一应诸王藩将兵马，许以便宜行事”。9月，答失八都鲁进犯许州长葛（今河南长葛县东北），与刘福通展开野战，结果元兵大败。答失八都鲁收拾残兵，退往中牟，立脚未稳，刘福通率轻骑劫营，又败，辎重尽为红巾军所夺，其子孛罗帖木儿，也为红巾军生俘。但不久，农民军遭到元将刘哈剌不花的伏击，损失很大，辎重尽失，孛罗帖木儿也乘机逃跑了。刘福通乃以攻为守，派红巾军将领赵明远率兵攻下嵩州（今河南嵩县）、汝州（今河南临汝）、洛阳，并由孟津渡过黄河，11月，北破怀庆（今河南沁阳），黄河之北震动。元顺帝急调察罕帖木儿防守河北，阻击红巾军，赵明远战败。12月，答失八都鲁向龙凤政权都城亳州，（今安徽毫县）进犯，刘福通在太康（今属河南）战败，元兵进围亳州，韩林儿迁都安丰（今安徽寿县）。至正十六年（1356年）3月，刘福通与答失八都鲁在亳州城下展开激战，“自己至酉，大战数合，答失八都鲁坠马，孛罗帖木儿扶令上马先还，自持弓矢连发以毙追者”，始得以逃命，红巾军大牲，元兵逃往陈留（今属河南），亳州转危为安。
亳州解围后，红巾军得以短暂的休整。刘福通看到河南元兵较多，为争取主动和分散元朝的兵力，至正十六年（1356年）9月，刘福通作出战略上的重大决策：打到外线去，分兵三路北伐。首先派李武、崔德率领一支红巾军西攻陕西；11月，又派毛贵带兵攻入山东。经过一段试探性进攻，山东一路进展顺利，攻占大片地区，陕西一路也取得了不少战绩。于是，至正十七年（1357年）6月，刘福通又派白不信、大刀傲、李喜喜等增援李武、崔德，西攻陕西；再派关先生、破头潘、冯长舅等率领中路军北攻河北、山西一带。三路红巾军以排山倒海之势，向元政权发起了强大攻势，把农民战争推向了新高潮。
（一）西路军的战况
至正十六年9月，李武，崔德率兵西进，首先攻克陕州（今河南三门峡市），9月三日，大败元兵，杀参知政事述律杰，破潼关。5日，元豫王阿剌忒纳失里、同知枢密院事定住集中兵力来争潼关，经过一场激战，潼关又为元兵夺去。潼关是西进陕西的通道，在所必争，十9日，李武、崔德败元守将河南行省平章政事伯家奴，又夺回潼关。阿剌忒纳失里复引元兵来攻，红巾军哉败，潼关又失。潼关的反复争夺，战斗激烈，双方损失都很大，红巾军为保存力量，暂时撤退，再占陕州、虢州（今河南灵宝）。潼关争夺战，使元朝统治者大为不安，他们深怕红巾军进入陕西，元知枢密院事、节制河南诸军答失八都鲁，企图消灭这支红巾军于河南，乃急令察罕帖木儿，李思齐西援陕州。在察罕帖木儿、李思齐的反扑下，陕州、虢州相继失守，红巾军乃北渡黄河，攻取平陆（今山西乎陆东南）、安邑（今山西运城东北），但不久又遭到尾追而来的察罕帖木儿的袭击，损失惨重。
至正十七年（1357年）2月，李武、崔德领导农民军进行休—整后，避开元兵主力，从武关攻入陕西，破商州（今陕西商县），夺取天险七盘山（今陕西蓝田南），进据蓝田（今属陕西），前锋直至霸上，已经到达奉元（今陕西西安市）近郊。又“分道掠同（今陕西大荔）、华（今陕西华县）诸州，三辅震恐”。元朝统治者没有料到红巾军的行动会这样迅速，陕西的官员慌了手脚，“汹惧无言”，不知所措，守臣王思诚乃致书察罕帖木儿求援。
察罕帖木儿与李思齐率兵自陕州入潼关，红巾军战败，攻取奉元的计划未能实现。李武、崔德率领红巾军走南山，退往兴元（今陕西汉中市）。
至正十七年（1357年）10月，白不信、大刀傲、李喜喜等率兵进入陕西，攻占兴元、凤翔。察罕帖木儿、李思齐来攻，红巾军失利，南下退入四川。不久，红巾军又出四川，进入陕西，攻占秦州（今甘肃天水）、陇州（今甘肃陇县），占领巩昌路（今甘肃陇西），包围凤翔，但不幸中察罕帖木儿的内外夹击之计，红巾军“大溃，自相践蹂、斩首数万级，伏尸百余里”，遭受严重损失。随后，李喜喜等率农民军残部南撤武昌，投奔陈友谅。李武，崔德等转战于陕，甘地区，至正二十年（1360年）曾一度攻占宁夏路（今宁夏银川）、灵州（今宁夏灵武南）等地，但在元兵的不断围攻下，这支红巾军也日益衰弱，兵员得不到补充，粮食也很缺乏，处境十分困难。至正二十一年（1361年）5月，李武、崔德竟向李思齐投降了。
（二）东路军的战况
东路军是红巾军北伐的主力，其统帅为毛贵。毛贵原为徐州起义军赵君用的部下，至正十二年（1352年）9月，髓赵君用到濠州。至正十三年（1353年）6月，毛贵随赵君用离濠州，东攻盱眙（今属江苏）、泗州（今江苏盱眙北）一带，至正十六年（1356年）10月，赵君用攻破淮安路（今江苏淮安），杀镇南王孛罗普化，取得重大胜利。随后，龙凤政权设淮安等处行中书省，以赵君用为行省平章，从此，毛贵成为龙风政权的将领。是年冬，毛贵奉命率军北伐。
至正十七年（1357年）2月，毛贵率起义军由海州（今江苏东海）入海，乘海船至山东半岛，27日攻下胶州（今山东胶州市）杀元佥抠密院事脱欢，3月12日，攻下莱州（今属山东），杀元山东宣尉副使释嘉纳。26日攻占军事重镇益都路（今山东青州市）、般阳路（今山东淄川），益王买努逃走。元朝统治者见山东形势紧急，乃调江淮行枢密院副使董抟霄为山东宣慰使，与元知枢密院事布兰奚一起率兵至山东，围攻红巾军，但均为毛贵击退。4月底，毛贵又攻下莒州（今山东莒县）、滨州（今属山东），短短两个月的时间，山东半岛大部分州县为红巾军占领。
髓后，毛贵又乘胜西进，“自南山来攻济南，望之两山皆赤”。
在红巾军的打击下，统治阶级内部发生分裂，山东的一些地主武装纷纷向红巾军投降，如元朝防守黄河的义兵万户田丰，这年7月即向毛贵投诚，并挥兵攻占济宁路（今山东巨野）、东平路（今山东东平）、大名路（今河北大名）、东昌路（今山东聊城）等地，切断了元南北漕运通道——大运河。义兵千户余宝杀知枢密院事宝童，宣布起义，攻占棣州（今山东惠民）。至正十八年（1358年）2月29日，毛贵攻占济南，杀元守将爱的。至此，山东大部为红巾军占领，毛贵在山东的胜利，有力地支持了刘福通在河南的斗争。
为了进一步控制山东地区，龙凤政权设益都等处行中书省，以毛贵为平章。为了把山东地区建设成农民军北伐的根据地，毛贵采取了一系列措施，进行政权建设和发展生产。其主要措施有：第一、政治上，派遣官员建立地方政权组织。同时，为了收揽人才，设“宾兴院”，大量录用愿意为龙凤政权服务的人员，“以姬宗周等分守诸路”；第二、经济上，大兴屯田，发展生产。当时粮食奇缺，为了减轻农民负担和保证军粮供应，毛贵“于莱州立三百六十屯田，每屯相去三十里，造大车百辆，以挽运粮储。官民田十止收二分，冬则陆运，夏则水运。”第三、军事上，置元帅府、管军总管府，管军万户府，加强设防，并在各地修建城池。据记载，平度州城、博兴县城、临朐县城、日照县城等，原皆残破不堪，毛贵组织人力进行重修，各城均高三丈，池宽一丈五六尺。通过上述措施，红巾军牢固地控制了山东地区。
至正十八年（1358年）2月底，毛贵由济南率兵继续北进。
进入河北地区后，首攻南皮，守将董抟霄因镇压农民起义有功，时已被提升为河南行省右丞，他还未来得及上任，便被毛贵北伐军包围于南皮县的魏家庄。困兽犹斗，这个双手沾满红巾军鲜血的家伙，虽已陷于绝境，但依然“拔剑督兵以战”，结果被红巾军乱枪刺死。随后，红巾军攻下清州（今河北青县）、沧州（今河北沧州东南）、河间，据长芦镇。3月，毛贵“水陆并进，首尾相衔”，攻克蓟州（今天津市蓟县），前锋直抵漷州（今北京市通县境内）的枣林，柳林，杀枢密副使达国珍，离大都（今北京）只有一百二十里了。面对长驱北进的红巾军，各州县官员“惊惶四散，毫无斗志”，有的狼狈逃跑，有的龟缩在城里，不敢出战。
元朝中央也一片混乱，有主迁都蒙古草原者，有主“迁都关陕者”，有主顽抗者……元顺帝急诏各地勤王，调兵入卫大都。
北伐形势大好，红巾军本可以乘胜前进，直取大都，但就在这一关键时刻，毛贵却在战略上犯了保守主义的错误，没有直取大都，而采取了“固蒂自全”的方针，结果贻误战机，给敌人提供了调兵遣将的时间。当元朝精兵由河南赶来时，形势便发生了逆转，红巾军在柳林作战失败，中路军又迟迟未到，在力量对比上，农民军处于劣势，毛贵感到力量不支，退回了山东。事后，元朝官僚李士赡心有余悸地说：若红巾军“举全齐之众，乘破们之势，谕拙速之机，捣我无备，鼓噪长驱，则胜败存亡未可知也。”战略上的保守，失去了战机，导致整个战局恶化。
毛贵退回山东，河北州县尽失。不幸事件又接踵而来，至正十九年（1359年）4月，赵君用在淮安为元兵所败后奔依毛贵，毛贵以礼相待，但赵君用为了夺取最高权力，竟用阴谋手段杀害了毛贵。毛贵被杀，使山东红巾军失去了强有力的领导，并导致了红巾军内部的分裂。正在远征辽阳的毛贵部将续继祖听到毛贵—被害的消息后，怒火万丈，7月，从海道回师山东，杀赵君用于益都。从此，赵君用部与毛贵部之间互相仇杀，益都、济南一带……陷于红巾军内部互相攻杀的混乱之中。
山东红巾军的分裂和内部的混战，不仅削弱了自身的力量，而且给元朝统治者提供了进窥山东的机会。至正二十一年（1361年）6月，元顺帝派察罕帖木儿率兵东犯，进攻山东红巾军，很快侵占冠州（今山东冠县）、东昌（今山东聊城）。8月，察罕帖木儿遣其子扩廓帖木儿及部将阎思孝、关保、虎林赤等率精锐五万自东阿（今属山东）南黄河上架浮桥，渡河攻东平，田丰部虹巾军二万人夺桥未成，元军得渡，长清失守，东平被围。察罕帖木儿“以田丰据山东久，军民服之，乃遣书谕以逆顺之理”，劝其投降，田丰见大势已去，竟投降了元朝。田丰降元后，升任山东行省平章，并大受奖赏。此后，田丰为先锋，又招降了驻守棣州的余宝、守东平的王士诚、守东昌的杨诚，“已而沿海登、莱、沂、密等皆降”，随即南陷太安，北陷济阳、章邱，进而包围济南。红巾军坚守济南三个月之久，后因叛徒刘硅降元，济南陷落。至此，山东大部地区为元兵占领，只剩下益都、莒州两座孤城，由毛贵部将陈猱头等坚守着。
至正二十二年（1362年）6月，田丰、王士诚等又杀察罕帖木儿，重新投归红巾军，加强了益都的守卫力量。但是，山东地区的元兵已大量集结，在力量对比上大大超过了红巾军，再加以山东发生蝗灾，粮食供应也十分紧张，这都为守卫益都带来了困难。为了摆脱困境，他们也曾向刘福通求援，但刘福通派出的两支授军在9月和11月都遭到元兵阻击，未能成功。这样，益都红巾军在极困难的条件下坚守两个月后，元兵掘地而入，益都城失守了。田丰、王士诚被剖心处死，陈猱头等二十多位红巾军将领被押送大都杀害。关保也很快攻占莒州。至此，北伐东路军完全失败，山东又落入元兵之手。
（三）中路军的战况
北伐中路军由关先生、破头潘（即潘减）、冯长舅、沙刘二等率领。这支军队原归龙凤政权丞相盛文郁领导，主要在曹（今山东曹县）、濮（今山东鄄城一带）活动。至正十七年（1357年）9月，中路军北伐正式开始，他们越过太行山，进入山西，22日攻占陵川（今属山西），杀县尹张辅，26日攻下高平（今属山西）。闰9月，又占领潞州（今山西长治），指向冀宁路（今山西太原市）。元顺帝令察罕帖木儿率兵东调防守冀宁。红巾军进攻冀宁受阻，乃暂时退兵进入太行山休整。至正十八年（1358年）春，当时毛贵率东路军攻入河北，王士诚、续继祖等自益都出发，攻怀庆路（今河南沁阳），杀总管王德贞；3月，王士诚破晋宁路（今山西临汾市），杀总管杜赛因不花，这些战役牵制了元兵，支援了中路军。中路军这时也再度出击，分兵攻取绛州（今山西新绛）、沁州（今山西沁县）、冀宁、大同（今属山西）等地，进展很快，形势大好。但是，由于毛贵的东路军未能直攻大都而退回山东。这样，云集大都周围的元兵便把矛头集中指向了中路红巾军。5月1日，察罕帖木儿派董克昌侵占冀宁，5月八日，关保败红巾军于高平。6月13日关先生、破头潘等攻陷辽州（今山西左权），虎林赤率兵李夺，关先生向西转移，再次攻克冀宁路。9月，关先生攻保定路，不克，乃西破完州（今河北完县）。中路军由于受到元兵阻击，不能与东路军会师，乃北攻大同、兴和（今河北张北）等地。10月，关先生、破头潘攻下大同后，进兵塞外，12月9日，攻破元上都开平（今内蒙古正蓝旗境内），烧毁其宫殿。上都是元朝皇帝夏天避暑的地方，每年要在这里住半年之久，是元朝北方的政治中心，建有华丽的宫殿。红巾军攻占上都，对蒙古统治者是一个很大的打击。中路红巾军的胜利，鼓舞了草原上处在蒙古贵族统冶下的各族人民，汪古部人民曾发动武装起义，响应红巾军，蒙古贵族赵王马扎罕吓得“微服遁去”。
至正十九年（1359年）正月，红巾军在上都停留7日后继续东进，攻破全宁路（今内蒙古昭乌达盟翁牛特旗），焚元鲁王宫府。13日，关先生、破头潘等又东破元辽阳行省省会所在地辽阳路（今属辽宁），杀懿州路（今辽宁阜新北）总管吕震。辽阳是元朝东北地区的政治中心，红巾军攻占辽阳，震动了东北地区。元左丞相贺太平奏请元顺帝，愿以其子也先忽都为总兵大将军，领兵取辽阳，他以为“关先生、破头潘自晋、冀、西京历上都，军常无留行，其破辽阳必不能守，可以取辽阳，则其子功成。至则关、潘军日治战马，一无退意。也先忽都畏之，缩迹不前，竞溃而归。”腐败的元兵不战自溃。
同年2月22日，关先生、破头潘、沙刘二等红巾军将领致书高丽王，向他指出，红巾军：
“慨念生民久陷于胡，倡义举兵，恢复中原，东逾齐鲁，西出函秦，南过闽广，北抵幽燕，悉皆款附，如饥者之得膏梁，病者之遇药石，今令诸将严戒士卒，母得扰民，民之归化者附之，执迷旅拒者罪之。”
明确表示要进军高丽，解救处于蒙元统治下的人民。当时，高丽的统治者恭愍王与蒙古皇室通婚，关系密切，是元朝皇帝的忠实代理人，他们对元末农民起义军极端仇视，并曾派遣军队助元朝镇压张士诚。因此，红巾军进军高丽，也是为了进一步打击元朝统治。红巾军以辽阳为基地，积极进行出兵高丽前的准备工作，同时还派出偏师，攻占广宁（今辽宁北镇），4月1日又攻下金州（今辽宁金县）等地。
11月29日，红巾军前锋三千余人渡过鸭绿江，大败高丽兵。12月八日，平章毛居敬率主力四万多人，“冰渡鸭绿江”，攻占义州（今朝鲜新义州），杀其剐使朱永世等。9日，攻下静州，杀都指挥使金元凤，又破麟州、铁州。28日，红巾军攻占西京（今朝鲜平壤市）。红巾军的胜利进军，使高丽统治者“中外汹惧，京城皆为走计。”但是，这支红巾军是孤军深入，远离了后方，既缺少后备支援，又不熟悉高丽的情况，故难以持久作战，因此，当高丽王调集大兵进行反扑时，这支红巾军便逐渐由优势转为劣势。至正二十年（1360年）正月，红巾军在西京争夺战中失败，撤出西京，退屯龙罔、咸从一带。2月2日，高丽兵攻咸从，为红巾军击退。15日，高丽兵又来争咸从，红巾军杀开城知府辛富及将军李坚。红巾军损失亦重，大将沈剌、黄志善被俘，二万多人牺牲，红巾军退保甑山县，再败于古宣州，数百人战死，红巾军余部三百多人退回鸭绿江以西。3月，红巾军以战船七十多艘曾由海上进攻高丽西北沿海的丰州、凤州、黄州、安州一带，但均未得手。
至正二十一年（1361年）10月20日，红巾军破头潘、沙刘二、关先生等十余万众再渡鸭绿江，攻朔州，11月，攻克抚州、安州，大败高丽兵，杀其上将军李荫、赵天柱，并发布檄文：“将兵百十万而东，其速迎降”，要高丽王尽快投降。高丽王度不能敌，南逃利川，24日红巾军攻占王京（今朝鲜开城）
至正二十二年（1362年）正月，高丽将安佑、李芳实、黄裳、韩方信、李余庆、金得培、安遇庆、李寿龟、崔莹等率兵二十万反攻，17日进抵王京，18日攻城，红巾军力战，沙刘二、关先生战死，城破，破头潘率锁余众北道，渡过鸭绿江，返回辽阳。
高丽兵尾追，4月，红巾军在辽阳战败，破头潘被俘。至正二十三年（1363年）春，中路军余部尚有万人，在左李的率领下，西攻上都，又为孛罗帖木儿所败，损失严重，无力再战，降元。中路军至此失败。
红巾军的三路北伐，前后坚持了六七年之久，最后都失败了。
其所以失败，首先是由于缺乏统一指挥，三支军队各自为战，不能互相配合，这就分散了力量，终于被敌各个击破。其次，三支军队远离后方，千里往返，信息难通，他们长期在外流动作战少除东路军外，都没有建立起根据地，没有后方的支持，这样的战争是难以持久的，要取得胜利也是很困难的。再者，红巾军内部某些将领的自相残杀和叛变投降活动，也大大削弱了红巾军自身的力量，从而促使了失败。例如，赵君用之杀毛贵，续继祖杀赵君用，以及李武、崔德的投降和田丰、王士诚等人的叛服无常，都给农民军带来极大的危害，加速了北伐的失败。
三路北伐虽然失败了，但给蒙元统治者的打击还是沉重的。
红巾军的三路北伐，渡过黄河，东到朝鲜，西到陕、甘、北出长城，在纵横数千里的范围内向元朝统治者展开了殊死搏斗，上都宫殿为红巾军焚毁，大都也受到严重威胁，许多统治据点处在红巾军的包围之中，使元朝统治者惊恐万状，有人竟发出了“国破将如之何？”的哀鸣。可见三路北伐对元朝统治者的打击是何等沉重。
三、刘福通、韩林儿的最后失败
至正十六年（1356年），刘福通派出三路红巾军北伐后，元朝统治者不得不抽调一部分兵力阻击进入山东、陕西等地的红巾军，元主力察罕帖木儿、李思齐等部因而都离开了河南。这样，刘福通为首的中央红巾军所受压力减少，从而便开始主动出击，攻占了河南一些州县。至正十七年（1357年）6月，刘福逋以“复宋”相号召，进攻汴梁（今河南开封市），汴梁城高池深，未能攻下。同年8月，刘福通攻克大名路（今河北大名）、卫辉路（今河南汲县），败元河南行省平章答失八都鲁，占领今河北南部、河南北部地区，形成了北取大都的态势，元顺帝急调知枢密院事答理麻失里率兵往援，刘福通在濮州（今山东鄄城北）大败元兵，杀答理麻失里。答失八都鲁一败再败，“力不能支，退驻石村”，元廷疑其“玩寇失机”，一再催其进击，答失八都鲁心不自安，红巾军乃“诈为答失八都鲁通和书，遗诸道捣，使者果得之以进。答失八都鲁觉之，一夕忧愤死。”答失八都鲁死后，军队由其子孛罗帖木儿率领，由此军心动摇，一时尚未对红巾军构成威胁。刘福通抓住时机，经过一番准备，于至正十八年（1358年）5月，再攻汴梁，元守将失烈门度不能守，一夕逃遁，红巾军进入汴梁。汴梁是原宋朝的京城，红巾军政权亦称宋，刘福通为了扩大政治影响，乃以其为都城，将小明王由亳州迁到汴染，“造宫阙，易正朔，号召群盗。巴楚、荆楚、江淮、齐鲁、辽海，西至甘肃，所在兵起，势相联结”，造成了一派大好形势。
红巾军的节节胜利，促使了统治阶级内部的分化，这年7月2日，原河南行省平章怀庆路守将周全起义，加入红巾军，察罕帖木儿派兵镇压，周全大败元兵，杀其将伯帖木儿，率领部下南渡黄河，进入汴梁。刘福通派周全攻洛阳，元“守将登墟，以大义责全，全愧谢退兵”，刘福通大怒，将其处死。
后来，由于红巾军三路北伐的相继失利和远征塞外，元朝统治者得以腾出手来，调集察罕帖木儿、孛罗帖木儿等主力部队到河南，摆出反扑汴梁的架势，河南形势发生逆转。至正十八年（1358年）10月，曹州：（今山东菏泽市）为孛罗帖木儿侵占，红巾军武宰相、仇知院牺牲。至正十九年5月，察罕帖木儿进占虎牢关，又攻陷归（今河南商丘县）、毫（今安徽毫县）、陈（今河南淮阳）、蔡（今河南汝南）等州，逐渐包围汴梁。陕西、山西一部分元兵也奉命来到汴梁城下，战船则浮于黄河，对汴梁发起围攻。由于大批红巾军远征在外，汴梁孤立无援，元兵在数量上占了绝对优势，红巾军虽然进行了顽强抵抗，但终因寡不敌众，同年8月城破，刘福通护韩林儿冲出重围，转移安丰（今安徽寿县），数万红巾军士兵及龙凤政权官员家属被俘。河南地区又落入元兵之手。
韩林儿转移安丰后，龙凤中央政权力量已经很弱，但名义上依然是北方红巾军的最高领导机构。因此，朱元璋等一些重要农民军将领的官位升迁，都仍是以小明王的名义发表的，而安丰的防守兵力虽然极为薄弱，但当战斗在山东的田丰红巾军遭到扩廓帖木儿的进攻而求援时，刘福通也依然派出了援兵。
继河南陷落之后，至正二十二年（1362年）11月，随着莒州的失守，山东地区的红巾军也失败了。至正二十三年（1363年）2月，已降元并占据濠州（今安徽凤阳）的张士诚乘人之危，派部将昌珍进攻安丰，当时安丰城内粮食奇缺，竟至“人相食，有尸埋于地而腐者，亦掘而食之。或以井底泥为丸，用人油炸而食之者”，形势极为严重。面对这一险恶局面，刘福通不得不派人向驻守集庆（今江苏南京市）的朱元璋求援。朱元璋不失为龙凤政权的将领，他力排众议，于3月1日亲率大军渡江北援安丰。朱元璋援军到达时，安丰已经失守，刘福通战死。朱元璋打败吕珍，找到了韩林儿，接回滁州，建宫殿以居，奉之甚厚。至正二十六年（1366年）12月，朱元璋派廖永忠到滁州，迎请小明王到应天（元集庆改名），途经瓜步渡江时，将韩林儿沉入水中溺死，龙凤政权灭亡。
