鲜血之后仍然是鲜血，仗是不打了，但血腥的杀戮也开始了。
现年三十八岁的李建成共生育了六个男孩儿。长子太原王李承宗少年夭折，算是兄弟当中比较幸运的了。剩下的安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义全部被李世民的部下杀死。
一同被杀的还有李元吉的五个儿子，梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕和义阳王李承度。这一年，李元吉只有二十四岁。如此算来，他最大的孩子也不过十岁，最小的李承度可能还没有断奶呢。但覆巢之下是没有完卵的。
李渊还被迫下敕“绝建成、元吉属籍”。所谓“绝籍”，就是将李建成和李元吉这两个李姓分支从皇家谱系上彻底除名，即剥夺了他们作为李唐皇室子孙的资格。在以宗法制度为核心架构的古代中国，这可谓是最严厉的惩罚了。
二李家人当中，唯一活下来的是齐王妃杨氏。这个可怜的女人能活下来，不是因为李世民仁慈，而是因为她本人实在是太漂亮了。杨氏体态风流，性情柔媚，“面如出水芙蓉，腰似迎风杨柳”，是李唐皇室女眷中姿色最为出众的一个。虽然她丈夫和秦王李世民水火不容，但是她却和李世民的老婆长孙氏走得很近。
李世民也是男人，第一次看到杨氏的时候，他就被这个女人的美貌俘虏了。现在，李元吉已经死了，李世民索性一不做二不休，将这个朝思暮想的美人夺了过来。后来，这杨氏还为李世民生了一个儿子，正是第十四子曹王李明。需要指出的是，李世民始终未给杨氏一个名分。这个可以理解，杀其夫而夺其身，这委实不是什么光彩的事情。
依着李世民的想法，还想将李建成和李元吉的亲信全部杀掉。面对这样的残忍和冷酷，尉迟敬德都有点儿看不过去了，他劝李世民不要滥杀无辜：“过错全在李建成和李元吉二人。他们已经死了，再追究他们的余党，恐怕不是安定之道啊！”
李世民采纳了他的意见，屠杀行动这才宣告中止。李渊下敕，大赦天下：“谋反之罪，仅限于李建成和李元吉。余党一概不予追究。所有国家大事，由秦王李世民全权处理。”
魏征被五花大绑地推倒了李世民的面前。李世民厉声质问：“汝离间我兄弟，何也？”他以为魏征会吓得尿裤子。岂料，魏征根本不为所动，反而淡淡地回了一句：“如果太子早点听从我的建议，断然不会有今日之祸。”
李世民听了一怔，随后哈哈大笑：“魏征就是魏征！”他一向都很欣赏魏征的才华，此时便改变态度，对魏征以礼相待，提拔他为詹事主薄。随后，李世民又派人将李建成的亲信王珪和韦挺召回，并任命他们为谏议大夫。
六月五日，走投无路的冯立、谢叔方、薛万彻等人只得前来自首。至此，长安的太子党势力被扫荡一空。
李世民恼冯立杀了敬君弘，便奚落他说：“你当年在东宫的时候，就想方设法离间我们骨肉兄弟，这是第一桩大罪；昨天你还带兵顽抗，杀伤我的将士，这是第二桩大罪。你还想活命吗？”
冯立回答说：“我受事主（现在也不称呼太子了）信任，理应为他效命，职责所在，便无所顾忌了。”说罢，“伏地歔欷，悲不自胜”。
此时的李世民就喜欢听人说真话，见冯立如此坦承，器重他是条好汉，便不再追究了。冯立回家后对自己的亲人们说：“秦王对我有不杀之恩，我必当以死相报。”后来，他果然践行了自己的诺言。
六月七日，李渊颁敕，册封李世民为皇太子，并下敕重申：“自今军国庶事，无大小悉委太子处决，然后闻奏。”
