接下来的日子神农便在陈都定居下来，每日随在伏羲左右，助伏羲打理人族事物，有章有法，有理有节，且待人和善，胸有容人之能，是以人皆称道，老幼爱戴！
伏羲见神农已然在人族中积累了威望，遂召开人族大会，问众臣道："吾自做了共主以来，战战兢兢，不敢有丝毫差池，如今证道在即，吾当传位于人，众卿看谁可接位？"
下方大臣你看我我看你，有东方巡查大臣道："神农有大贤德，且受族人爱戴，可当共主之位！"一干大臣纷纷附和。
伏羲满意地点点头，对神农说道："贤弟既然众望所归，那便由贤弟接位吧！贤弟莫要推辞。"
神农起身向伏羲施了一礼，又向众人施礼道："神农定当为我人族尽心竭力，绝不敢懈怠！"
伏羲闻言满意道："如此甚好！三十日之后便是吾证道之日，届时便是贤弟接位之时！"
伏羲将于三十日之后证道，传位于神农的消息不日便传遍了整个人族，远近人族皆纷纷朝陈都涌来，想要见证这流传千古的盛事！
三十日后，这日陈都大街小巷挤满了人，人山人海，万人空巷，人们的目光纷纷投注在陈都中心的高台之上。只见此时高台之上早已摆好了一干祭祀用的祭礼，燃香也点燃了。一声钟响，伏羲手拉神农在一干大臣的簇拥下来到了高台之下，全城皆安静了下来，针落可闻！
这时只闻一声清扬响亮的歌声从东方天际传来：鸿蒙初判我先生，三千法则育魔神。纵横混沌亿万载，唯有三千道魔神。纵观盘古开天地，无穷大道胸中藏。顶上三花有神妙，胸中五气变化多。他人要问吾是谁？逍遥洪荒数青辰。
众人闻言一望，只见来者面貌约为二十四五，银发披肩，面貌俊美而又妖异，银色的双瞳荧光闪闪，身穿雪白长袍，脚踏九宫踏云靴，腰围玉带其上别着一根青光流转的玉笛。坐在一只肋生双翅，似虎非虎的异兽身上，身后站着有巢氏以及燧人氏。下方的神农一眼便看出，此乃上次驼他一次的穷奇。
众人一看来者是那不知多少年未曾现身的圣父后，孺慕之情以及崇敬激动的心情在一瞬间充斥整个胸腔。无数人族叩首而拜，道："圣父圣寿无疆！圣父圣寿无疆！圣父圣寿无疆！"
伏羲与那神农连忙上前而拜道："伏羲（神农）拜见老师！"
青辰微微一笑道："都起来吧！"
"谢老师""谢圣父"
青辰正待说话，只见这时天际异乡遍地，莲花朵朵，仙音清唱，一辆凤帐宝车自三十三天落下。众人一看，却是女娲娘娘降临凡尘，众人又是一阵山呼拜倒不已。
却见那女娲娘娘莹莹走下包车，向着青辰一拜道："女娲见过青辰圣人！"
青辰也还了一礼道："不必多礼！"
女娲娘娘点点头，对伏羲说道："兄长今日证道，当真是可喜可贺！"
伏羲闻言叹了口气，随即笑道："亿万年苦修，今日终于证道，的确不易啊！"
这时只见天际有一辆九龙御辇朝陈都飞来，九龙御辇之侧正站立着玄都师。待到九龙御辇在陈都半空中停住，玄都师从御辇上驾云下到地面，先向鸿玄和女娲娘娘施礼道："弟子玄都拜见青辰圣人，女娲师叔。"
青辰和女娲娘娘闻言点点头。
玄都师又朝施礼伏羲，道："贫道见过圣皇，贫道奉老师法旨而来，圣皇且先接过法旨吧。"
伏羲闻言忙领着身后的一干人族跪拜于地，高声道："伏羲恭请教主法旨！"
玄都师从袖中取出太清符诏，高声念道："人教教主太清太上道德天尊敕令：人族共主伏羲圣德贤明，造福人族，今日功德圆满，传位于神农后居于火云宫，钦此！"
伏羲拜了三拜，高声道："伏羲领教主法旨！"旋即站起身来从玄都师手中接过太清符诏，转身对神农说道："贤弟，今日为兄证道，人族从此便交给你了！"
神农肃然道："皇兄放心，神农定将人族治理好！"
伏羲点点头，随即牵着神农的手在众人的目光下走上了高台，从怀里取出人皇印玺崆峒印对神农道："皇弟，接印吧！"
神农神情严肃地双手接过崆峒印，高举过顶，道："今日神农登位，从此誓以毕生之力造福人族，天地鉴之！"话音刚落，从崆峒印上腾飞出五条九爪神龙，围绕神农盘旋吟啸，皇者之气澎湃绵长，诸邪辟易！于此同时天降一团斗大的五彩功德分成两份，一份有一成大小落在了有巢氏和燧人氏身上，一份有九成大小落在了伏羲身上，伏羲得了人皇功德顿时气息飘渺，王者之气收敛，已然证了天皇道果，从此万劫不磨，厉无量量劫不灭！
众人见伏羲证道，纷纷上前恭喜，伏羲一一还了礼，随后登上九龙御辇，朝众人一拱手，道："伏羲去矣！"随后九龙御辇腾空而起，载着伏羲往三十三天之上，混沌之中的火云宫去了。
女娲娘娘见伏羲既已证道，便向青辰施礼告辞，回转娲皇宫去了。
青辰来到神农面前说道："神农，你如今已是人皇，日后若有困难可着人来太初仙岛！"
神农闻言恭敬地说道："圣父但请放心，神农定不会辜负所望！"
青辰闻言点头道："如此便好！"随后便跨坐穷奇回太初仙岛。
自此，人族进入了神农统治的时代！
神农自登位成为共主之后，凡事亲力亲为，以身作责，教导人民制造弓箭以猎兽，将耕种五谷的方法传播到各个角落，从此人们不再缺少食物，并且还有剩余，有时剩余多了吃不完又不能长期保存，无奈只得扔掉，浪费不已。神农针对这个问题特意召开大会征求众大臣的意见，最后终于想出了一个办法。
神农命人在陈都城内建立了一条大街，并以之为市致天下之民，聚天下之货，交易而退，各得其所。如此人们有多余的物品便拿到这里互相交换自己认为值得和有用的东西，不仅大大减少了浪费，更将之用在了有用的地方。
那时候的人族还是用兽皮裹身，后来神农治麻为布，并将之推广，从此人们用麻布来做成衣裳，不用再穿兽皮，逐渐走出愚昧！
虽然有伏羲发明了瑟，但人民除了生产还是没有什么更加丰富的生活，神农于是乃取东海之桐，削之为琴，结丝为弦，长三尺六寸六分，上有五弦，曰：宫、商、角、徵、羽。其声可道天地之德，能表神农之和，能使人们娱乐，人皆谓之为神农琴也！
时人族每烤制食物皆用手，如若不小心常会被灼伤，更是缺少盛物的器皿，神农乃以土制成各种可是盛装的器皿，谓之为陶器，自此人们可以用陶器来盛食物，方便了许多。
虽然知道了春夏秋冬，但却不知该在什么时候种植谷种，什么时候是收获的季节，神农于是乃历数年观察四时变化，冷暖交替，在伏羲历法上加以改进，立历日，立星辰，分昼夜，定日月，月为三十日，十一月为冬至。从此人们懂得了什么时候该是种植谷种，什么时候该是收获，如此生产大大增加了许多。
一系列的治理措施下来，人族的生活明显有了较大的提高，人口也增加迅速，在巫妖大战中损伤的元气也正在慢慢地恢复。神农对百姓无有相害之心，刑政不用而治，甲兵不起而王，是以诸侯大臣尽皆拥护，百姓人人爱戴！
神农见人们的生活在他的治理下日渐好了起来，心里高兴不已，走在陈都的大街小巷上，看着熙熙嚷嚷的往来族人，心中充满了自豪感。忽然一阵悲痛的哭声从前方不远处传来，神农大奇，忙走上前去，推开拥挤的人群一看，只见地上正坐着一个满脸泪水的少妇，她正抱着一个婴儿，只是明眼人一瞧便知那婴儿早已气绝了。
神农上前轻声问道："你这孩子怎会如此？"
那女子闻声抬首一看，见是共主，心中一惊，正欲起身参拜，却被神农摁住，神农和声说道："无须如此多礼！你且告诉我这孩子怎会夭折了？"
女子闻言又是一阵哭泣，悲伤地说道："只因是病死了！"
神农闻言心下恍然，原来如今人族不识医药，是以每有生病便不知治疗，故而常有死亡，这个问题也困扰神农许久，只是以前有太多的族中事物要持，并没有花太多的精力在这方面。今日他看到一个幼小的生命就这样的消逝，心底里好似有块重若千斤的巨石压着，心潮起伏，久久不能平静下来！
神农安排人帮那女子收殓了孩子的尸体，随后一个人回到家中，苦思数日，终于下定决心。他带着一众随从一路往西北而去，神农一行人逢山过山，逢水渡水，如此走了七七四十九日，来到一座山势陡峭的山峰前，众人抬头一望，只见峰顶高耸入云，山体长满了青苔，湿滑难行，浓浓的雾气照笼之下难辨道路，飞鸟难渡，野兽绝迹，似是到了绝路！
一众随从纷纷劝神农回去，神农坚定地说道："如今族人正在遭受病痛的折磨，我身为人族共主若不寻到可以治愈病痛的神药又如何回去面对族人，又如何面对圣父？"一席话说得随从尽皆无言。
神农皱着眉头思虑着该如何翻过这座山，忽然被一阵声音惊醒，他顺着声源一看，只见山脚的丛林里正密密麻麻地垂挂着的藤条，有数十只金丝猴正在藤条上来回荡漾，玩耍得不亦说乎。
神农双眼一亮，大喜道："果然天无绝人之路！"旋即命一众随从上前砍伐了许多藤条，将之搭成架子，每日一层，如此春去秋来，风吹雨打，整整一岁而过，从未间断，有三百六十层，终于将之搭到了山顶！
神农带领着众人沿着架子爬上了山顶，一望，只见山上奇花异草遍地开放着，颜色各异，姿态不同，万千种花草香气混杂在一起不但没有难闻，更有一股清心宁神之效！神农精神一震，旋即大喜，忙令人在周围搭上冷杉，以免不注意被野兽攻击。随即便居住在山上，白天亲自尝试各种花草，察其寒、温、平、热之性，辨其君、臣、佐、使之义，夜晚就在火光下记载下来。他发现了一种绿色叶子的木叶，食之可解百毒，谓之查，又作茶也。神农尝中毒七十余次，均靠着茶叶解毒。
神农站了起来，正欲继续试尝那些还未尝过的异草，却见东方天际远远飘来两朵七彩祥云，神农定睛一看，只见有巢氏和燧人氏联袂而来。
待到两人降下祥云，神农忙领着众人上前拜见，疑惑地问道："不知先祖何来？"
有巢氏看着神农苍老了许多的容颜，心底忍不住地叹了口气，对他道："神农，圣父知你尝百草，屡种剧毒，是以赐下先天灵宝赭鞭于你！"言罢从袖中取出一条色呈褐色，长有三尺六寸的神鞭给他。
神农接过赭鞭，拿在手里掂量了一下，只觉其轻盈灵动，不用祭炼便可用之，他问道："不知此宝有何功效？"
有巢氏笑道："此宝遇毒则色变，可辨万毒，更有诸多妙用，正是适合你用。"
神农闻言大喜不已，朝东海太初道场拜道："神农谢过圣父赐宝！"
两人见宝物已经送到了神农手上，对他说道："我等也该回去复旨了，神农，却是苦了你了！"言罢两人皆同时叹息。
神农微笑说道："先祖说的是哪里话？神农身为人族共主，若不能为我人族谋福又有何用？"
燧人氏朗声大笑道："好好好！你说得不错！想我人族自诞生之日起虽有诸多磨难，但却一步步地走到了今日，靠的不就是我们这种刻苦耐劳，无所畏惧，永往无前的精神么！"
有巢氏闻言点头称然！
神农也一脸严肃地说道："神农定当谨记先祖的教导，神农此生只为我人族而存！"
两人闻言点点头，随即告辞了神农一行人，驾云而去。
