《淮南子》扩大了道范畴所包括的内涵，深化了哲学认识。宇宙生成论从现代学科的划分来说，是属于自然科学的领域，但在古代，尤其在中国，它往往成为哲学所探讨的一个重要内容，是科学与哲学共同关注的问题。比如气，除作为自然之气体外，作为哲学的一个重要范畴主要是在用于说明宇宙如何生成变化时才提出的，而气往往与宇宙本原之道紧密相连，道是生成的本原，气往往是生成的具体质料，二者共同构成生成论，并一直贯穿于中国古代哲学史的始终。《老子》的生成论与本体论是混合在一起的，二者都是探讨世界的统一性。《淮南子》仍继承和发展着道家的生成论，并提出了道的两种生成方式：“道曰规，始于一”和“道始于虚廓”。在道生万物中，未及五行在其中的作用。
（一）“道”与“一。”
《淮南子》在论述道与一的关系时提出“道者，一立而万物生”，道在生化中是借助于“一”的，因此“道始于一”。“一”是就生成论而言可谓道，是生成的起始，具有形象性。如“道有经纪条贯，得一之道，连千枝万叶”，而“无”是就道的本体特征而言的，“有形生于无形”。“故曰规生矩杀，衡长权藏，绳居中央，为四时根。道曰规，道始于一，一而不生，故分而为阴阳，阴阳合和而万物生。故曰‘一生二，二生三，三生万物。’”《淮南子》中有多处出现“规”和“矩”。在这里，规具有生的功能，道生育万物如同规一样。从这点来看，“道曰规”在此也可说得通。规是圆，代表太阳，是阳性，而太阳有生长万物的功能，“日至而万物生”。矩是方，代表地，是阴性。阳主生而阴主杀，因为下面紧跟着论述的就是道的生成万物的图式，即单一性质的事物是不可能生成他物的，只能分解为两种不同的甚至对立性质的两体才可生成新事物。“一”是道的某种特性，因此“一”不是由道而生的，也因此才有后面的“一而不生”。若是“道生一”，则“道即一”说不通。
所谓无形者，一之谓也。所谓一者，无匹合于天下者也。卓然独立，块然独处，上通九天，下贯九野。员不中规，方不中矩。大浑而为一叶，累而无根……音之数不过五，而五音之变不可胜听也；味之和不过五，而五味之化不可胜尝也。色之数不过五，而五色之变不可胜观也。故音者，宫立而五音形矣；味者，甘立而五味亭矣；色者，白立而五色成矣；道者，一立而万物生矣。是故一之理，施四海；一之解，际天地。其全也，纯兮若朴；其散也，混兮若浊。浊而徐清，冲而徐盈，澹兮其若深渊，泛兮其若浮云，若无而有，若亡而存。万物之总，皆阅一孔；百事之根，皆出一门。
《淮南子》以“一”释道，“一”表示道是唯一的，独一无二的，无物能匹配，因此“一”属于道的一种特性。《淮南子》常称“得一之道”，有时“一”就指代道，特别在说明人类社会时，道就表现为“一”。此外，“一”并且是万物之中较为重要的一种，但非一般尺度所能衡量和把握的，它可以不中规矩，可以累而无根。“一”存在于万物之中，是具体的物，但又是特殊和关键的一物，正如《易传》中的“大衍之数五十，其用四十九，一不用也”的“一”的作用有某种相似。就篇中所举的音、宫和五音的关系，味、甘与无味的关系，色、白与五色的关系，道、一与万物的关系来看，宫是五音中具体的一音，但宫是又关键的一音，有此则五音才全，而甘与白的地位同样如此。因此，“一”是物，但“一”又有超越一般具体物的局限，是无形的，但在道与万物关系中起着重要的作用，有“一”则万物生。在前面道本体论的分析中，产生万物的道是超越天地之限，且包裹天地。而“上通九天，下贯九野”、“一之解，际天地”的无形之物是运行于天地之间的，“一”可全可散，全则纯朴，散则混浊，都是气的不同性质的表现，而连接道与万物的中介就是气。因此“一”在生成论中，有时作为气的总称指气。由此可见，《淮南子》对“一”的解释有混乱的现象。
（二）道生成论与气生成论
《淮南子》中有大量的对气的论述，据有关学者统计共有204处之多。对气的分类更加精细，这是由先秦的重道观念向汉代尚气思想过渡的阶段，是先秦道家本体思维逐步转向气化生成思维的过渡。
道始于虚廓，虚廓生宇宙，宇宙生气。气有涯垠，清阳者薄靡而为天，重浊者凝滞而为地。清妙之合专易，重浊之凝竭难，故天先成而地后定。天地之袭精为阴阳，阴阳之专精为四时，四时之散精为万物。积阳之热气生火，火气之精者为日；积阴之寒气为水，水气之精者为月。日月之淫为精者为星辰，天受日月星辰，地受水潦尘埃……天道曰圆，地道曰方。方者主幽，圆者主明。明者，吐气者也，是故火曰外景；幽者，含气者也，是故水曰内景。吐气者施，含气者化，是故阳施阴化。天之偏气，怒者为风；地之含气，和者为雨。阴阳相薄，感而为雷，激而为霆，乱而为雾。阳气胜则散而为雨露，阴气盛则凝而为霜雪。
阴阳是由天地之精气和合而成的，阴阳二气之中，阳为主，阴为辅，二者相互间的不同作用产生了各种自然现象，阴阳间的各自之气又可产生具体的物质。气有边界、具有质量上的差异。美好的正面的属性都归于天，而次的反面的都属于地。气本身的不断分化和多样是万物多样性的基础。物的属性一般与气的属性相一致，如天具有清阳、圆、明、吐气、施等属性和功能，地具有重浊、幽、方、含气、化等特征，因此，气是万物产生的直接的物质材料。气产生天地，天地之中而天先生地后成，强调了天在起源上的优先性，其权力和功能也由此较大。通过推测阴阳二气和万物产生的过程和状态，进行多层次的描述宇宙生成论的发展，并赋予了气不同的性质和属性以解释万物的多样性。
《淮南子》中有精、精气、太和之精气、中和之气等不同之气，气具体化为天气、地气等等，认为不同的物是由相应的气构成的。烦气、浊气之分表明将人物从构成质料的不同区别开来，以气的质料性质的不同解释万物特性的差异，并赋予气以情感及道德与否的属性，因此自然与社会之道是贯通一致的。这时，“元气”说尚未明确提出。《淮南子》中并未出现“元气”概念，只是《太平御览》引《淮南子》中仅出现了一次。可以说，它至少不是作为一个基本概念而使用，因此不能作为立论的根本依据。《春秋繁露》中有几处出现有“元气”一词。“春秋何贵乎元而言之？元者，始也，言本正也。道，王道也。王者，人之始也。王正则元气和顺、风雨时、景星见、黄龙下。王不正则上变天，贼气并见”，“布恩施惠，若元气之流皮毛腠理也”，从天人关系的角度说明王者之治与上天的感应关系，但没有如王充等其后的思想家把元气作为产生万物的原始之气看待。董仲舒的道只是帝王治国之道，与《淮南子》的宇宙最高范畴的大道不同，王道只是大道的一个方面的内容。
那么，“道即气”之说能否成立？首先，从宇宙生成图式看，二者处于不同的阶段，道是宇宙的最终本原，气是道在时空中化生的产物，而气又是生成万物的具体质料，气既是被产生者又是产生者；其次，从气的性质上分析，“气有涯垠”。气是物质性的，其本身有一个产生的过程，与无限的道相比，气有时间上的有始性和空间上的有限性。气之清阳和重浊的两种成分分化分别形成了天与地。所以有气的存在才有了万物产生的具体条件，万物的产生过程是气的作用的结果。因此，道与气二者有生成上的连续性，即产生和被产生的关系。同时，气将道的功能具体化，是道在宇宙中作用的显现，二者是体与用的关系。有学者认为：“气正是道在时空中的化身，它是道体运动的原动力，它使道体由静而动，凸显性征，产生功能。”气既然产生万物，那么气就贯穿于万物的运动变化之中，而道又遍在万物之中，则易造成道气不分，但气只是道的功能的一种显现，而不能说道就是气。可见，《淮南子》的宇宙生成论显示了此种思维的立体性以及表现出自然界有机有序的整体性。
《淮南子》中的“道”被视为造化者、生生者、化生者、化物者、不化者等等，显示了道具有超乎万物的生化功能，说明了道与万物是产生与被产生的关系。从道之体的特征和道之用的功能方面可以看出，道是一非实有、非分化、非有限的整体、全然或浑然的存在，它集原始性、本根性和终极性于一身。因此，道是终极的实在，是万物产生变化的最终根源。
（三）“天地之气，莫大于和。”
阴阳最初代表宇宙中两种对立性质的力量，阳为正、阴为邪的两种相反的势力是互为消长的。随着气进入生成论后，阴阳就代表了对立的阴阳二气。《淮南子》用阴阳间的变动解释自然界现象的变化，如四时的更替和日夜交替。“阴阳相薄为雷，激扬为电”，“天地之袭精为阴阳，阴阳之专精为四时，四时之散精为万物”，天地之精气合和产生了阴阳二气。但出现了天地与阴阳谁为先的矛盾：
古未有天地之时，惟像无形，窈窈冥冥，芒？漠闵，？蒙鸿洞，莫知其门。有二神混生，经天营地，孔乎莫知其所终极，滔乎莫知其所止息，于是乃别为阴阳，离为八极，刚柔相成，万物乃形，烦气为虫，精气为人。是故精神，天之有也；而骨骸者，地之有也。精神入其门，而骨骸反其根，我尚何存？
阴阳生天地和天地生阴阳的不同形成了二元生成的宇宙论，表现了对天地的重视。人之构造如同自然之主体是由天和地构成相似，人是由精神和形体两部分组成。且人由天地之精气各自作用和相互结合而产生的，即天地生人，当生命消亡时，各自返回当初产生的地方，万物的产生与消亡都是有序的。气是一种连续性的物质，用阴阳变动解释自然现象的发生，用阴阳解释形体与精神的产生，认为天地产生人之精神和形体。这种二元生成论同样表现在人身上，人一方面是天地的产物，同时又是由阴阳二气的作用而产生的。“是故圣人呼吸阴阳之气，而群生莫不？？然，仰其德以和顺”，此处圣人被道家化了。“《天文》者，所以和阴阳之气，理日月之光，节开塞之时，列星辰之行”，“民性善而天地阴阳从而包之，则财足而人澹矣，贪鄙忿争不得生焉”，将人之性善与天地阴阳之气联系起来。如王充也有此看法：“夫人所以生者，阴阳气也。阴气主为骨肉，阳气主为精神”。
此外，《淮南子》将阴阳五行运用于自然与人事之中，“天地之合和，阴阳之陶化万物，皆乘人气者也。是故上下离心，气乃上蒸，君臣不和，五谷不为”，“故天之且风，草木未动而鸟已翔矣，其且雨也，阴？未集而鱼已？矣，以阴阳之气相动也。”将自然现象的变化归因于阴阳二气间的相互作用造成的。并且除人之外的生物也具有感知天地自然的变动迹象，而这两者间的联系是阴阳二气相互运动的结果。万物的产生是由天地阴阳之气和合而成的，当上下之气不和时，气则蒸发离去，以致引起社会上君臣不和和影响自然之物的正常生长。因此气的和谐决定着宇宙间和人世间正常秩序的运行，这就从自然之气变动的角度解释了自然与社会运行状况的客观原因。“阳气起于东北，尽于西南；阴气起于西南，尽于东北。阴阳之始，皆调适相似，日长其类，以侵相远，或热焦沙，或寒凝水，故圣人谨慎其所积”，阴阳二气的生灭运行在方位上各不相同，且成对立之势。“东北为报德之维也，西南为背阳之维，东南为常羊之维，西北为蹄通之维……阴气胜则为水，阳气胜则为旱。阴阳刑德有七舍……德在室则刑在野，德在堂则刑在术，德在庭则刑在巷，阴阳相德则刑德合门”，阴阳决定刑德的产生。阴阳相德即阴阳气均和谐而相得，则刑德同在。
阴阳二气的对立与斗争构成平衡互动并存的有机体系，是宇宙万物生成演变的重要因素。《淮南子》对史伯的“和实生物，同则不继”的思想进一步抽象为阴阳二气和则生物的观念。“天地之气，莫大于和。和者，阴阳调，日夜分，而生物。春分而生，秋分而成，生之与成，必得和之精”，“和”是气存在的最完满的状态，“和”表现在自然界就是对立面的平分与和谐，万物的产生就是和谐之气作用的结果。事物的产生与完成都依赖于构成事物之气的和谐状态。“天致其高，地致其厚，月照其夜，日照其昼，阴阳化，列星朗，非其道而物自然。故阴阳四时，非生万物也，雨露时降，非养草木也；神明接，阴阳和，而万物生矣”，天高地厚是由其自性决定的。阴阳四时非因为要生养万物而存在的，不具目的性，但它们的和谐却是万物产生的必要条件。“今夫徙树者，失其阴阳之性，则莫不枯槁”，每一物都含有阴阳二气的因素，是作为事物内在的属性存在的，这种属性具有具体性，是有条件的，若离开一定的环境，就会扰乱事物内部阴阳二气原已稳定的性能，导致其生命的丧失。因此阴阳二气和谐则生万物，否则是害万物。
阴阳二气如何才能和谐？《淮南子》从自然无为的角度得出结论。“阴阳无为，故能和；道以优游，故能化”，和是自然的，无为不仅在社会之中只是对人而言的，同时产生和决定万物运行状态的阴阳之气同样是无为的，“夫道者……横四维而含阴阳，宇宙而章三光……其德优天地而和阴阳，节四时而调五行……与刚柔卷舒兮，与阴阳俯仰兮。”阴阳是道生成万物的基本力量，自然现象的运行秩序是由阴阳二气的变动决定的，但阴阳之和谐最终是由道所主宰的。道又存在于阴阳或其他对立性质或万物之中。“人大怒破阴，大喜坠阳”，人只有拥有平和的心情才不会损害体内阴阳二气的和谐，由此《淮南子》提出“法阴阳”的思想。“帝者体太一，王者法阴阳，霸者则四时，君者用六律……阴阳者，承天地之和，形万殊之体，含气化物，以成埒类，赢缩卷舒，沦于不测，终始虚满，转于无原……法阴阳者，德与天地参，明与日月并，精与鬼神总，戴圆履方，抱表怀绳，内能治身，外能得人，发号施令，天下莫不从风”。和谐不仅是自然界必须的，也是人类社会存在发展的条件。世间的君王应当以阴阳运行规律作为治理社会的准则，阴阳规律实际是万物自然运行的规律，是道在自然社会中的体现，只有依此，才能使各个方面有效和谐。由此，从自然界运行秩序的和谐寻求到了人类所应遵循的有序和谐的原则。
（四）五行之气
古代哲学中的水火木金土气等是从日常概念向哲学概念逐步转化而来的。当科学概念具有普遍意义的思辨内涵时，就会超出一般的科学理论的含义和实证知识的界限，上升为哲学概念。日常概念的思辨长于对客观事物的具体认识，多用于解决事实问题但拙于解决抽象的价值问题，宜运用于客体对象性事实认识而不宜于人类的自我认识和对世界的总体认知，而哲学概念则能弥补日常概念的这一不足。两汉时，五行已由早期的五种实物转变为对具体事物的基本性质和功能的概括，五行间相生的联系性构成了万物统一的基础，相克性又成为事物间循环发展的动力机能，这种发展是封闭的且单线条式的。因此，以此解释自然与社会的变迁具有牵强附会的特点。在最早记载五行的《洪范》篇中，五行顺序为：水→火→木→金→土，水为五行之首。《淮南子》中涉及到了“水”这一具体的物质在构成万物中具有不可忽视的作用，“积阳之热气生火，火气之精者为日，积阴之寒气为水，水气之精者为月。日月之淫为精者为星辰”。水火日月星辰都是气的不同形式的存在，而精细之气则会形成最精致的最能反映事物本质的新事物。水火之精则生成日月，在《淮南子》看来，水火早于并重于日月星辰。“甲乙寅卯，木也。丙丁巳午，火也。戊己四季，土也。庚辛申酉，金也。壬癸亥子，水也。水生木，木生火，火生土，土生金，金生水”，将五行与天干地支相联系，认为五行间的生成关系具有轮回性，是单线条有规律的生成方式，且视水为五行生成之首。由此看出汉初水在五行中的重要地位，但《淮南子》在论述宇宙生成时多不及五行。
在描述道的功能方面时认为道可以“节四时而调五行”，与阴阳二气一样，五行间的协调是由最高本体的道调节运行的，因此，五行的性质与运行都是由道决定的。五行是构成万物的基本质料，“是故以水和土，以土和火，以火化金，以金治木，木复反土。五行相治，所以成器用”。《地形训》有大段的关于五行间相生相克关系的论述，认为五行的这种关系构成万物存在的基础，且五行是循环相生的。其他篇中也有这一方面的论述，“夫火热而水灭之，金刚而火销之，木强而斧伐之，水流而土遏之，唯造化者，物莫能胜也”，五行间是可以相胜。造化者非物，它超出一般事物对立的局限，因此无物与之相匹。《淮南子》同时又指出，五行间的相胜相克不是在任何情况下都是绝对的，也不是抽象的。“金胜木者，非以一刃残林；土胜水者，非以一？塞江也”，注意到事物变化中的质与量的关系问题。五行间的相胜是一个总体性原则的看法，在实际运用中是有条件的，一刃与林、一？与江在量上处于非对等的悬殊状态，因此无法进行质的分析和得出实质性的结论。另外，《淮南子》还将五行运用于天人类比的关系上来，是以数量上的相同展开的主观附会。“天有四时、五行、九解、三百六十六日，人亦有四支、五藏、九窍、三百六十六节。天有风雨寒暑，人亦有取与喜怒”，将天之五行与人之五藏相对应、相类比。人之情绪的变动是应天之现象取而有之的。“夫天地之生财也，本不过五。圣人节五行，则治不荒”，超人性的圣人或神性化的圣人，能够将自然五行与社会治道结合起来。这在后面治国之道一章中再进行说明。
五行学说侧重对世界结构的解释，而阴阳学说则进一步解释了宇宙的起源及其变化的内在规律，且阴阳思想起源于对自然对立事物现象的体验和类比。《淮南子》用阴阳五行来比附社会现象，用阴阳之间的关系类比家庭人伦关系和社会变动。《淮南子》对《周易》非常重视，多处引用《易》，而《易》重在变易，《易传》提出的“一阴一阳之谓道”抬高了阴阳的地位，从而将道纳入阴阳变动之中。战国末期阴阳和五行两个系统逐步得到了沟通，将五行与气联系起来在《淮南子》和《春秋繁露》，甚至在《汉书》中都有所表现。《五行相生》中有“天地之气，合而为一，分为阴阳，判为四时，列为五行”，《淮南子》有“五行异气而皆适调，六艺异科而皆同道”，《汉书》载有“五行者，五常之形气也”。五行是属于气的范围之中，五行之间本质上是相通不悖、有机和谐的，它们是气的不同表现形式，因此五行就具有了气的属性。宋代五行说与阴阳观合为一体，发展了阴阳气化说，使气论得到了进一步的完善。认为气分阴阳，五行则是此二气的展开。“阳变阴合，而生水火木金土。五气顺布，四时行焉。五行，一阴阳也；阴阳一太极也，太极本无极也……二五之精，妙合而凝，乾道成男，坤道成女。二气交感，化生万物”，“二气五行，化生万物。五殊二实，二本则一。是万为一，一实万分，万一各正，大小有定。”将五行统一于气之下，并直接说成是五气，并且是阴阳二气变化的产物，而二气又是源于宇宙的本原太极或无极，从而进一步说明了世界是多样性的统一，从本原上将二者统一了起来。
中国早期对自然的探索往往采取的是直观猜测的方式，而且多是采用隐喻和类比表达出来，以弥补理性思维的不足。它包括对宇宙的本原和终极的猜测，尽管它多是以感性的形式表达的，但这种认识需要有高度的概括力。早期思想家往往以身观外，即把对自身的了解作为解释世界的模式，是在依靠有限信息基础上进行的主观猜测。五行是看待世界的一种方式，它为人们提供了一种认识自然的框架，但它的合理性需要科学的论证，由于中国古代缺乏对分类学科的具体研究，从而造成了这种形式的整体性和内容空泛性的一面。对五种物质性能的认识是基于一定的客观性得出的，五行间的关系是客观的，但由于自然与社会的性质不同，因此二者并不具有可比性的基础，如果把它们生搬硬套地运用于社会，进行任意比附则会成为伪科学。
《淮南子》中的气借助与五行的结合形成了气化万千的多样世界，以解释万物的多样性，以五行的相生相克揭示万物的不同属性及物物间多样性的联系。《淮南子》认为阴阳五行的运动变化方式是无为，而阴阳的运动变化是由道决定和调节的，由此使二气和谐，并以此解释自然与社会的变动。《淮南子》虽然继承了阴阳五行的思维框架解释自然界，但没有运用“五德终始”的社会循环的历史观解释人类社会的变迁。
（五）万物感应论
《淮南子》的感应论与汉代尚气的思潮有关，由此形成汉代独特的气化论。《淮南子》承认“万物有以相连”，但联系的中介是什么？《淮南子》在吸收前人感应说的基础上，更详细地展开了说明，试图通过感应说揭示万物间的微妙难知的各种联系。
《淮南子》总的认为，感应的重要前提是同类事物。“物类相动，本标相应，故阳燧见日则燃而为火，方诸见月则津而为水”，“夫物类之相应，玄妙深微，知不能论，辩不能解……故圣人在位，怀道而不言，泽及万民。君臣乖心，则背谲见于天。神气相应，征矣。故山云草莽，水云鱼鳞，旱云烟火，涔云波水，各象其形类，所以感之”，类是感应的基础，物物之间的或感或动是就同类事物之间而言的。“玄妙深微，知不能论”，是以不可知论否认了进行具体探知事物间客观关系的可能性和必要性。但又指出，非同类或非类似的甚至相对立事物间同样存在着直接的联系。“山云蒸，柱础润；伏苓掘，兔丝死。一家失？，百家皆烧；谗夫阴谋，百姓暴骸。粟得水湿而热，甑得火而液，水中有火，火中有水。疾雷破石，阴阳相薄”，非同类事物间的感应是源于事物间的相互依存性，这种依存既有利又有害。一事物的生存状态，对与之紧密相连的事物或周围其他的事物都必然产生或多或少的影响。事物不是孤立存在着，而是相济为用的，一事物有时正是借助于其他事物的作用才能使自身的功能得以显现或得到最大限度的体现，且事物间很大一部分是因果联系而使事物相连。休谟对观念联结的性质有过分析，“……自然似乎向每个人指出最适于结合成一个复合观念的那些简单观念。产生这种联结，并使心灵以这种方式在各个观念之间推移的性质共有三种：类似，时空接近，因果关系”。《淮南子》的感应说实际就是一种观念说，是从主观上将万物联系起来，没有给予科学的客观说明，《淮南子》的物物感应说基本上与这三种因素有关。物体间的相互作用不一定需要双方的物质性的直接接触，如人之间的感应。“行者思于道，而居者梦于床，慈母吟于巷，适子怀于荆。赤肉县则乌鹊集，鹰隼鸷则众鸟散，物之散聚，交感以然”，事物间的聚与散源于对对方的需要与否，这种相互间的自然联系构成事物间复杂而多重的关系。感应双方既可以是利害关系、也可能有血缘亲情关系，而作者用“交感”说明联系的互动性。但人们之间的心之感应是有条件的，“宁戚击牛角而歌，桓公举以大政；雍门子以哭见孟尝君，涕流沾缨：歌哭，众人之所能为也，一发声，入人耳，感人心，情之至者也。故唐、虞之法可效也，其谕人心不可及也。”人与人之间的感应是通过内心情感间的共鸣而产生的，情之真切则感人心。法律的效法是外在的，而人心间无形的交流沟通是内在的，而且是最有力量的。
《淮南子》多从自然万物间的感应着眼，反对天的意志性、主宰性，主张为政以道；而董仲舒的天人感应说，认为灾变最终是人为的因素造成的，以天的奖惩性引导、警告统治者要为政以德。由物之间、人之间的感应推而广之，将社会之伦理与自然之变异主观比附地联系起来，认为前者的异常会引起后者的出现，而这种显现是万物主宰者意志的表现。“人主之情，上通于天，故诛暴则多飘飞，枉法令……四时者，天之吏也；日月者，天之使也；星辰者，天之期也”，董仲舒的《王道通三》篇认为，“取天地与人之中以为贯而参通之，非王者孰能当是？”赋予了王参通天地人三者的唯一权力。“王者与臣无礼，貌不肃敬，则木不曲直，而夏多暴风。风者，木之气也，其音角也，故应之以暴风”，社会伦理混乱尤其是王者的行为不合乎礼，则会导致五行性质的改变和自然灾害的发生。从而将天人感应论神学化，实际是主张天君感应论，以此论证了君权的神圣性、至上性与独断性。董仲舒还将自然界的同类感应观扩展到道德方面，“美事召美类，恶事召恶类，类之相应而起也……美恶皆有从来，以为命，莫知其处所……非独阴阳之气可以进退也，虽不祥祸福所从生，亦由是也”。
《淮南子》试图揭示天象与自然社会灾异的联系。“日月失其行，薄蚀无光；风雨非其时，毁折生灾；五星失其行，州国受殃”，反映当时日月风雨五星等运行的自然现象，赋予了目的性的特征。似乎是说五星失其行是地面州国受殃的原因，即自然现象的失序决定人类社会的祸福。“故圣人者怀天心，声然能动化天下者也。故精诚感于内，形气动于天，则景星见，黄龙下，祥凤至，醴泉出，嘉谷生，河不满溢，海不溶波……天之与人，有以相通也”，违背自然规律残损万物，则引起天体的变动，紧接着会引起地面自然现象的失时和混乱。“麒麟斗而日月食，鲸鱼死而彗星出”，“故国危亡而天文变，世惑乱而虹霓现，万物有以相连，精？有以相荡也。故神明之事，不可以智巧为也，不可以筋力致也”，将天文变化与想象中的或罕见动物的活动互不相干地联系起来，而这些现象都是常人不易接触的，难以找到有力反驳的证据，因此，这种神话式的主观解释在科学尚未得到充分发展的古代是一时难于证伪的。
《淮南子》认为构成天地万物的质地是“气”，万物间感应的基础是以气作为能够运动变化的中介，因此气是万物相连的物质性基础。但同时在感应说中，气是不可捉摸、变化无常的，又具有神秘主义的特点。万物感应联系的中介是“气”，所以才有“同类相感”、“同气相动”，同类最终归于同气。因此万物间都有感应的可能，如对立性质之气的相互作用，“阴阳之气相动”的感应观展开了对同类感应、非同类感应，人物间感应，人之间感应（血缘间的亲情感应或非血缘间的意志感应）的各种分析，并进而推及天人感应，由此形成了宇宙万物间庞大而复杂的感应系统。“感应”说是基于对自然界万物间内外关系的观察而得出的朴素直观的认识，试图形成万物间普遍联系的观念。这是对世界认识的一种独特的方式，与当时的宇宙气化生成论有直接的联系。
王充之前的汉代一些思想家多将自然灾祸式的谴告归结于外因，即天意的显现，而没有注重从事物自身寻求，这样往往把解决问题的方式简单地归于神秘的外力，从而不利于对事物本质的科学探索和主体能动性的发挥。
汉代天人合一的理论基础是天人相类。因此当时的天人合一可以说是一种同类关联性的思维模式，而天人是否同类成为击溃天人感应说的关键。王充以“天”与现实的生物体进行比照，认为天不是一生命体，从而否定了天人同类的根基。“夫人不能以行感天，天亦不随行而应人”，并且从阴阳二气的关系解释自然的变化，“阴阳不和，灾变发起”，王充对同类感应的同类事物作了分析和对非同类的主观类比的揭示，依据当时的科技知识说明自然界灾异现象产生的客观原因，或以类比推理的方式进行驳斥，或者指出言论本身逻辑或事实的矛盾之处。“在天之变，日月薄蚀，四十二月日一食，五十六月月亦一食。食得常数，不在政治，百变千灾，皆同一状，未必人君政教所致”，明确了自然现象的变异与社会政治无关，而是自然界的偶然或必然的现象，从而将天人感应论进行了在当时较为彻底的批判。在《谴告》中认为“夫天道，自然也，无为；如谴告，是有为，非自然也。黄老之家，论说天道，得其实矣”，是从道家自然无为的理论批驳天人感应论，这实际说明了《淮南子》在天人关系中没有将天道自然无为的观念贯彻到底。
随后的思想家多主张自造，即从事物自身入手，反对外在的造物主，从某种程度上否定了天的存在，是人类认识的进步。郭象认为，“是以涉有物之域，虽复罔两，未有不独化于玄冥者也。故造物者无主，而物各自造；物各自造，而无所待焉。此天地之正也。故彼我相因，形景俱生，虽复玄合，而非待也。明斯理也，将使万物各反所宗于体中而不待乎外，外无所谢而内无所矜，是以诱然皆生而不知所以生，同焉皆得而不知所以得也”，“然则生生者谁哉？块然而自生耳……夫天且不能自有，况能有物哉……物各自生而无所出焉，此天道也”。既然万物是自造而成的，就无待于他物，因此就没有存在于万物之上、产生万物的本原，自生是最高的生成原则。
王充从自然主义的角度分析灾变产生的客观物质原因，郭象从自然独化的理论上由有待走向无待，由造物主走向自造，将事物的变化完全归于自身独自的生成与变动，割裂了外物的影响。此纠偏之论虽然在理论上有重大的革新和突破，但又走向了极端，只有将内外因素结合起来分析，才能得出较为公允的客观结论。
