李焕也清楚，这是一个改写历史的时刻，让马英九这样的年轻人参与这样的盛事，对他未来的政治履历，有着举足轻重的作用。李焕手下，副秘书长有几个，秘书更是一大堆，但他指定负责此事的，却是马英九，这既体现了他对马英九的喜爱，也说明他是在刻意培养马英九。
现在他们需要研究的有六大议题（原本是五大议题，后来两岸关系问题随着戒严问题的解决，显得异常突出，因此成为六大议题），这六大议题从某种意义上来说，都关系到“党国”的生死存亡，不能不慎重从事，所以，12个人便分成了6大小组，每两人负责一个小组，每个小组领取一个议题。
马英九作为副秘书长，便成了这6大小组之间的联络人，起草报告，研究议题以及向小组负责人汇报等，均由他负责。
为了顺利进行这次“改革”，在人事上，蒋经国也做了一些准备工作，6月18日，他发布命令，免去宋长志“国防部长”职务，改聘为“总统府国策顾问”，原“国家安全会议秘书长”汪道渊接任“国防部长”，原“联训部主任”蒋纬国改任“国家安全会议秘书长”。
汪道渊是文人出身，因为长期在军法部门工作，才半道出家穿上了军装，严格来说还是一个文职干部。由一个文人来担任“国防部长”，说明蒋经国正在考虑“军队国家化”，不希望在他进行改革的时候或者是他身后，出现军人干政甚至是出现军政府这样的恶劣情形。从这种意义上说，蒋经国确实是达到了目的。至于让蒋纬国担任“国家安全会议秘书长”一职，也是深谋远虑，这个职务，既让蒋纬国担负起了“掌军监国”的重大职责，又排除了他在自己身后接班的可能，从而杜绝了“蒋家总统”的再一次出现。由此可见，蒋家王朝，是蒋经国自己终结的。
“革新小组”的工作，一直都处于严格的保密状态之下。他们所讨论的6大议题，无一不是当时最为敏感的大问题，这一类问题一旦泄露，很可能引起社会的急剧动荡。所以，“革新小组”还不能将这些议题公开化，只好采取极为隐蔽的做法，给每一个小组取一个看上去很平和的名字。比如解除戒严研究小组，公开的名字，叫“国家安全法令研究小组”，这样一个名字，表面上看，与解除戒严半点关系都沾不上。
而国会改选问题，则以中央民意代表新陈代谢问题来代替。省市长民选议题，称为地方自治法治化问题，最为敏感的开放组党问题，则称为人民团体组织问题。尽管当局一再要求保密，但事实上，这个密显然没有保住。
当“革新小组”还在研究这类问题时，民进党便顺利闯关，秘密组党成功。表面上看，民进党组党，似乎与蒋经国下令研究这一问题关系不大，但时间上的巧合，却不能不令人生疑，极大的可能是，某些内部人士将消息透露出去了，党外人士才敢冒着杀头的危险，秘密闯关。
在这所有议题中，首先予以考虑的是解除戒严。这也因为，戒严问题，在所有问题中，差不多不再成为问题，与此相关的禁区，几乎全都被突破，现在解除，只剩下一个理念上的突破而已。
正因为理念是最难突破的，所以在“革新小组”内部，有关解除戒严议题，仍然遇到许多阻力，有部分人认为，戒严可以宣布解除，但民众的某些权利，还是应该用另外的方式加以限制，不能任由他们的意愿行事，比如申请出入境问题，如果完全没有规矩，那么，此前逃往海外的那些台独分子怎么办？他们是不是可以任意出入并且在台湾大肆宣扬台独而政府却对此不闻不问？再比如，公民能够任意组织游行集会吗？真的那样，岂不是全乱套了？台湾岂不是成了那些“台独分子”的舞台？
这些问题确实是困扰“革新小组”的最大难题，为此，马英九专程向蒋经国进行了一次汇报。蒋经国就此提出了两大原则，归结起来，这两大原则为“五不变和一从宽”，所谓五不变，即国民党的执政党地位不能变，“国民政府”的“法统”不能变，反共的基本国策不能变，“临时条款”和“宪法”不能变，“复国建国”的目标不能变。至于一从宽，则是在这五不变的原则下，解除戒严后民众的自由和权利可以从宽，不能更严。他特别强调说：“解严后当然应该更宽，不能更严，否则就是换汤不换药。”
由蒋经国的这番定调可以看出，他想的是组织一个监督国民党的反对党，但这个反对党是不能执政的。他的这一设想，为后来留下了诸多变数。
1986年10月7日下午，蒋经国接见美国媒体《华盛顿邮报》董事长、发行人葛兰姆女士，马英九虽然担任国民党中央党部副秘书长，却仍然是蒋经国的英文秘书，所以，这次会见，仍然由马英九担任翻译。蒋经国对葛兰姆女士说：“我国将解除戒严，开放组党。”
这件事，马英九早已经知道，并且为此工作了好几个月，但是，一直都是在严格保密的状态下进行的，现在，蒋经国对外人提起此事，尤其对方是传媒人，这便说明，此事第一次公开向外宣布了。当时，马英九意识到，这对于台湾地区来说，是一个历史性的时刻，标志着台湾的民主改革，向前跨出了历史性的一步。这件事极为重要，作为翻译，他不能有任何差错，所以他审词度句，对葛兰姆女士逐字逐句地翻译说，“我们即将在制定国家安全法后终止戒严”，“开放政党合法登记”。
这句话，对于台湾岛内来说，却是石破天惊。岛内民众都欢呼雀跃，奔走相告。
10月15日，国民党中央常务委员会一致通过了12人革新小组提出的两项革新方案，即解除在台澎金马地区的戒严令，制订“动员勘乱时期国家安全法”；会议还决定取消党禁，修正《非常时期人民团体组织法》和《选举罢免法》，以规范政治团体和各类民众团体的活动，并使得合法地位的政治团体候选人，在不同的政治立场上，以平等地位从事公平的政治竞赛。
这只是在“中常委”的全体会议上通过，还不代表正式实施，所以，完成这一“改革”，还需要一个历史的过程。可党外人士，已经从蒋经国对葛兰姆女士的谈话中弄清了国民党高层的意图，所以迅速组党成功，并于11月10日召开民进党第一次“全国代表大会”。这次会议可以说是在半公开的情况下召开的，还没有正式开放党禁的国民党当局，虽然知道此事，却也没有采取任何阻挠行动。
不仅如此，1987年1月18日，国民党同意给民进党“立法院党团”在“立法院”内设置办公室。如此一来，党禁虽然还没有正式宣布开放，实质上，国民党已经承认了民进党的存在，并且第一次在名义上的最高权力机构“立法院”出现了两党并存的格局。
2月5日，“行政院长”俞国华宣布开放实行39年的报禁，重新研究报纸的登记和增张问题。在此前后，当局对校园的控制也大为放宽，大学的国民党党部将撤销，以前严禁学生跳迪斯科以及女生蓄长发等禁令，也将取消。
这段时期，马英九可以说是最为忙碌的，虽然有“12人革新小组”，但实际上，所有的文案工作，都是由他主持。因为解除戒严被当成第一要务，所以，最为重要的是加紧制订“国家安全法”，作为法学博士的马英九，自然不可能置身事外，这部法律的整个文案工作，就是他在起草。
1987年6月16日，《戡乱时期国家安全法》在“立法院”获得通过。1987年7月1日，《戡乱时期国家安全法》正式公布施行。
次日，“行政院长”俞国华主持“院务会议”，讨论“实施细则”。俞国华是在原“行政院长”孙运璇突然中风病倒后接任这一职务的，他属于蒋家的忠实把门人，跟随蒋氏父子几十年，可以说忠心不二。但是，他本人能力有限，长期当幕僚性格相对懦弱，加上主政后运气不佳，一连遇到几场大的自然灾害，所以政声不佳，很难控制“行政院”内的那些人。由于这种种原因，此次院会开了个不了了之。
蒋经国得知后，极为恼火，当即将俞国华找到官邸，责问他为何跟不上政治改革的步伐。最后下令解除戒严不能拖延到下星期的例会。俞国华没办法，只好打破每星期一次例会的惯例，当天下午召集了第二次会议，同意了废除戒严令，通过了实施细则。7月14日，蒋经国正式签署发表，宣布7月15日零时起在台湾地区解严，从此，长达38年的戒严结束了。
两岸解冻改善关系
马英九在担任副秘书长期间，参与的另一件盛事，可能是至今为止，他这一生中所参与的最有意义的一件事，对于整个中华民族，意义深远，那就是两岸关系的改善。
台湾方面一直宣传说，两岸关系发展到今天这样的局面，是因为蒋经国的英明决断。这种说法，显然是在美化蒋经国，实际上，蒋经国在处理这一问题时，一是两难，一是被动。真正起到决定性作用的，还是邓小平。
1983年7月25日，《人民日报》报道了邓小平同美国新泽西州西东大学教授杨力宇谈话的一些主要内容，在这次谈话中，邓小平首次提出了“一国两制”解决台湾问题的构想，第一次强调可以对等谈判。
邓小平说：解决台湾问题的办法由两岸执政的国共两党实行对等谈判，你不吃掉我，我不吃掉你；同时充分尊重包括台湾人民在内的全国各族人民的意愿，真诚地希望同海内外一切主张祖国统一的党派、团体和社会人士交换意见。实现台湾与大陆和平统一的根本方针是尊重历史现实，实行“一个国家、两种制度”，即在中华人民共和国内，大陆实行社会主义制度，台湾实行资本主义制度，双方都不把自己所实行的政治社会制度强加给另一方。
这个谈话中，一国两制，是一个划时代的创造，是前所未有的设想。而“两岸执政的国共两党”这种提法，也第一次承认了国民党在台湾执政这一事实。更将两岸提到了对等的地位。所有这一切，都是具有划时代意义的。
针对邓小平的“一国两制”，蒋经国的应对是“三不政策”，即不接触，不谈判，不妥协。
直到1986年，蒋经国将几个大是大非的议题交给“12人革新小组”研究，这次提交的问题中，并没有改善两岸关系的问题。但在民间，这一问题越来越显得重要，两岸阻隔已经37年，当年随着国民党政府退到台湾的那些老兵，目前都是60岁上下的人了。他们之中，相当一部分因为逃到台湾时身无分文，满身伤残，到了台湾之后，因为物价飞涨，从政府拿到的一点抚恤，维持生活都成困难，又因为当地人对外省籍的国民党政府的仇恨和不信任，当地姑娘不愿嫁给他们，而外省籍的年轻姑娘，大多又都是有钱有势的主，这些老兵根本无法找到适合的女人结婚，所以，很多人一辈子独身。步入暮年，孤苦伶仃，思乡心切，可想而知。因此，这些老兵返乡探亲甚至是回乡居住安度晚年的诉求，异常强烈。
就周边形势来看，中国和英国就香港回归的谈判已经结束，和葡萄牙就澳门回归的谈判同样取得成功，“一国两制”制度，即将在世界上首次实施。台湾方面虽然对这些消息竭力封锁，但是，一些热情支持祖国统一的爱国人士如陈香梅、李政道、杨振宁、丁肇中、王赣俊、李远哲等国际名流，奔走于两岸之间，充当了民间交流的信使。而另一些人，其中很多与台湾关系密切的人士，绕道其它国家，秘密进入中国大陆。他们带往台湾的消息，对于台湾社会造成了不小的冲击。
此时发生了一起意外事件，打破了台海两岸37年不相往来的历史。
1986年5月3日，台湾“中华航空公司”飞机驾驶员王锡爵驾驶波音747货机，由曼谷飞往香港的途中，直接降落在广州白云机场。据王锡爵说，他因为思乡心切，想与40年不见的父亲团聚。他干出这件事，当然知道如果回台湾会受到什么样的处理，所以，自愿留下来也是自然而然的事。可是，和他同机的副驾驶董光兴、机械师邱明志却持不同的看法，他们希望返回台湾。
为了让这架货机以及另外两名机组人员返台，中国民航立即向华航发去电报，邀请他们尽快派人来京商洽。
这是一起大事件，华航自然不敢作主，直接报给了蒋经国。蒋经国下令成立由“总统府秘书长”沉昌焕、“国防部长”汪道渊、“行政院秘书长”王章清组成专案小组处理此事，他们坚持的仍然是“三不原则”，并且定出“不隐瞒，不渲染”的宣传要点。中国民航得不到答复，于5月11日再次致电，明确表示这只是一次商业会谈，不涉及政治，如果华航觉得北京不方便，可以另择地点。
这原本是一起普通事件，但台湾方面高度重视，竟然交给了“12人革新小组”处理。他们讨论后觉得可以在香港进行谈判，蒋经国听取报告后，批准了这一建议，决定由华航香港分公司代表总公司在香港谈判05月20日的谈判进行得非常顺利，双方都是中国人，历史性的第一次接触，令所有与会人员心情都非常好，最终会谈在热烈的掌声中结束。香港媒体称此为历史性重大突破。
这虽然是一起商业性的谈判，但打破了蒋经国的“三不政策”，且让台湾民众看到了大陆的诚意。因此，在接下来有关取消戒严的一些社会活动中，台湾的民主人士又加进了一项重要内容：“开放探亲，取消三不”。两岸交流的呼声，在台湾岛内正式公开化。
1986年，蒋经国关于台湾将解除戒严以及开放组党的消息公开后，人们已经意识到，开放报禁，可能比开放党禁来得更早，台湾的媒体，因此开始适当放开，有关两岸交流的呼声，开始变相出现在媒体上。
1987年4月5日，一家台湾民办大报首先试探这一禁区，刊发文章称，台湾北部几县的渔民80%到过大陆与大陆进行贸易活动，当局有关单位明知此类“通共”行动，但并未“严格禁止。”
8月11日，一家大报竟然违反禁令，刊登了邓小平的生活照片。9月下旬，一家报纸刊登了在新加坡访问的大陆著名影星和台湾著名影星林青霞越洋长途电话的对话录。还有报纸介绍陈香梅等人来往于大陆以及台湾的情况，更有报纸发出评论，质问当局对此默认，“三不”何在？
9月15日，台湾一家大报的两名记者违反禁令，绕道日本进入大陆采访。10月下旬国民党中党部的报纸所属的一位记者，到达北京采访中共十三大。11月2、3日，该报又刊发了中共政治局5位常委及时任总书记的照片。
在报界进行这一类宣传的同时，台湾岛内，老兵以及某些“立委”，正在为此而努力。1987年春节期间，有商人看到老兵思乡是一次商机，便印了一些广告衫，上面印一些思乡的字句，比如“举头望明月，低头思故乡”、“思乡”、“妈妈，我想回家”、“浓浓的乡情”等，这些文化衫一推出就广受老兵们欢迎，随后，老兵们穿着这类文化衫走在台湾街头，有些老兵甚至约在一起，招摇过市，形成一种无声的抗议。到了后来，甚至发展到组织起来集体请愿。
老兵的这些诉求，很快在“立法院”得到了反应。“立委们”需要民众的选票，所以，特别注意民众的呼声，国民党籍“立委”赵少康、洪昭男在“立法院”提出质询，建议政府开放老兵赴大陆探亲。马英九列席了这次会议，因此知道这个情况。
接下来，蒋经国接见外宾，马英九担任翻译。这项工作结束之后，蒋经国像从前一样，问道：“英九，有什么事吗？”马英九觉得这是一次机会，便将赵少康、洪昭男提案以及此前已经有不少老兵穿文化衫请愿的事，对蒋经国说了。蒋经国当时问马英九：“你对这件事怎么看？”
马英九本人没有故乡情节，毕竟他觉得自己的故乡就在台湾，即使对出生地香港也没有丝毫印象，他所有的记忆，全都在台北。但是，他知道自己的父母故乡情结很重，就是自己的姐姐们，也都有着浓浓的故乡情结。尤其是马鹤凌，他的妹妹马元英就在大陆，这么多年过去了，年龄大了以后，常常会想起。
早在1983年，马元英的儿子刘肇礼，就曾接到过一封来自美国的寻亲信，这封信是在台湾的舅舅马鹤凌委托在美国的大女儿马以南从美国寄来的。从此以后，甥舅之间鱼雁往返，从未间断，达二十余载。这说明，身为国民党高级干部的马鹤凌，早在之前便已经“通共”。“通共”当然是按照当时台湾国民党的法律而言，马鹤凌老人之举，完全是思乡所致，他牵挂着家乡的祖坟，更牵挂着家乡的亲人。接到外甥回信后，马老先生异常激动，当即提笔写了一首诗赠予与自己血脉相连的妹妹马元英：“割别家乡四十年，乍看绿影七情煎。独儿卓立谁呵护，节妇余生谁爱怜。庐墨已为衰草蚀，江乡抒共生槐眠。临安未许款归去，老泪纵横感万千。”
这所有一切，马英九自然是知道的，父亲的这份乡情亲情，他是感同身受。只不过最高决策层对此始终未曾松口，他也不便说什么。此次在“立法院”听到“立委”就此提案后立即向蒋经国“汇报”，恐怕也是缘于这份浓浓的乡情。
当时，马英九对蒋经国说，他听说这些事后，觉得心里很不舒服。这些老兵在台湾生活了这么多年，听说他们中许多人一辈子没有结婚，身边又没什么积蓄，非常可怜，所以心里很难受。他觉得台湾能有今天这样好的生活，也有那些老人一份功劳。他马英九今天在享受那些人给自己提供的富裕，却对他们晚年的状况无能为力，他感到自己对他们有愧。
他这话说过之后，蒋经国好一会儿没说话。片刻之后，蒋经国要他去和“总统府副秘书长”张祖诒商量一下，看能不能搞出一个可行的方案出来。
马英九想不到这么容易就得到了蒋经国许可，自然是兴高采烈。告辞之后，马英九立即和“总统府副秘书长”张祖诒取得联系，两人很快便见面了。马英九将此行的目的对他说出，才知道，蒋经国刚刚和他提起过此事。蒋经国的意思是基于人道精神，政府似可考虑开放民众赴大陆探亲。但此事需要慎重考量，提出详细方案后报批。当时，马英九和张祖诒商量了一个总体原则，然后向蒋经国汇报。蒋经国同意了这个原则，再指定马英九制订一个详细方案。
接到这项任务后，马英九立即组织了几个人开始研究这一方案。因为这是一次极其重要的事件，对外一定要保密，为了做到不轻易泄露，马英九便想给这个方案取一个隐讳的名字。他想到了《左传》第一篇《郑伯克段于鄢》中的历史典故：郑庄公为颖考叔的至孝感动，采纳其巧思与失和的母亲姜氏在隧道中重逢团聚，因此取代号为“颖考专案”。
经过几个月的积极工作，1987年6月4日，这个专案由马英九亲自送给了“副总统”李登辉。再由李登辉拿到“12人革新小组”讨论。据马英九说，他所起草的那个方案，在“12人革新小组”专题讨论了5次之多，最后才定稿送蒋经国最后审定。
此前提到的台湾媒体一些相关大陆的报道也在此前后，大陆方面的一些报道称，这是因为台湾媒体推动了两岸交流的实现，这或许是因为不了解情况的某种误解，其实还有一种可能，那就是国民党已经有意做这件事，所以先在媒体上适当放一放风，试探一下有关方面的反应。
1987年9月16日，合众国际社的一则电讯颇富意味。据这则电讯称，一位国民党中常会委员说，决策的国民党中央常务委员会16日一致通过，取消实行了38年的台湾人访问中国的禁令。这位要求不透露姓名的委员对记者说，这项决议已提交“内政部”，建议采纳这个新政策，并早日公布。
他还说在会上没有一名委员反对，而且没有人提出政治上反攻一类的事。
此消息发布后，引起各方的关注，因为报道未透露姓名，因此各方猜测颇多。最典型的一种说法，指这不是一起泄密事件，而是国民党有意而为之。
10月15日，“行政院内政部长”吴伯雄在记者招待会上正式宣布民众可以探视“三等亲”为由前往大陆。11月2日，第一批返大陆探亲的人士正式成行。
据马英九公布说，台湾方面统计，1988年台湾总计有近44万人次前往大陆，到了1992年，已经突破100万人次，到了21世纪，平均每年超过300万人次。在贸易方面，台湾对大陆贸易于1992年开始出超，此后年年超过对美国的出超。台湾的经济增长率中，对大陆贸易出超部分，便占了22%。
他非常肯定地说，如果没有这笔贸易，那么，自上世纪90年代以来，台湾经济，将出现严重的外贸赤字。
可以说，这些年的台湾经济，正是由对大陆贸易在支撑着。而这一具有历史意义事件中，马英九所做的贡献，是不可忽视的。
马英九传
蒋经国的最后岁月
1987年12月25日，是国民党“行宪”40周年纪念日，每年的这一天，都要同时举行“行宪”纪念大会，“宪研会”和“国大代表”年会联合开会典礼。
“总统府”事前已经获得情报，民进党将于会场内外发动示威，特别是会场内，“国代”们在蒋经国讲话时，会有抗争举措。中央党部秘书长李焕和“国家安全局长”宋心濂主持“安全会议”商讨对策，大家的意思是蒋经国的身体状况不佳，最好不要出席这次会议。但蒋经国否定了这一提案，表示一定要参加，而且坚持要发表讲话。
当天上午9时，蒋经国准时到达中山堂，随后由蒋孝勇等推着轮椅出现在主席台上，蒋经国向与会者挥手致意。
马英九出席了这次会议。据他回忆说，蒋经国上台后，向代表们作了简短的致意，然后由“国大”何宜武秘书长代读“总统”讲词，重申民主改革的决心。在此期间，台下民进党“国代”开始抗议，举起白布标语大声喊叫。马英九说，当时，他非常认真地注意过蒋经国的表情，他说：“当时经国先生的表情和现场情景，给英九留下永难忘怀的印象。”
蒋孝勇有关此事的回忆更为详细一些。他说，蒋经国原是准备照着稿子读完讲词的，前一天，他还吃力地背过几遍。但是，他刚刚开始宣读前面的致辞时，第14排中间的11名民进党“国代”突然站起来，一齐举手连续高喊：“全面改选！”经其它“国代”劝说后，他们暂时平息了。蒋经国此时可能由于太激动，已经无法将讲词读完，才改由何宜武代读。当读到有关充实“中央民意机构”的原则时，民进党再一次行动，举起“国会全面改选”的白布，大声抗议。
蒋孝勇说，这是蒋经国主政9年以来，首次在他面前出现抗争动作。蒋经国当时似乎并没有特别的回应，面带微笑向大家拱手致意之后才离开会场。事后有人说，蒋经国的眼睛不好，大概根本没看见，没听到。蒋孝勇说，父亲的眼睛不好是事实，但他的听力很好。
从这天以后，蒋经国的情绪显然大受打击，变得异常沉默。几天之后的元旦，台湾正式解除实施了38年的报禁。1月12日下午，由李登辉召集“12人革新小组”会议，正式讨论由马英九起草的“充实中央民意机构专案”。
这是一个极其重要的改革方案，有关未来大局，均在这个草案之中。蒋经国之所以匆忙想弄出这个改革方案来，大概也是意识到自己生命快到尽头了，有了这个专案，未来一段时间之内，台湾政局，不至于会发生大的问题，至少国民党执政的局面，不太可能在短时间内改变。可是，人算不如天算，这个议案才第一次提交讨论，尚没有任何结果，蒋经国的健康便急转直下。
1月13日清晨，王家骅到达后，先在自己的办公室坐了一会儿，估计蒋经国要起床了，便到医护房间等蒋经国。约7点钟，蒋经国醒来，然后按铃叫副官，王家骅和副官一起到卧室，副官拉开窗帘，略作整理。蒋经国问：
“王主任在吗？”蒋经国视而不见，可见此时，他差不多已经瞎了。王家骅走到他面前，向他报告今天的工作安排。用过早餐，王家骅照例为他读报，读完报，才八点多钟。王家骅说：“现在离常会开会时间还早，您先休息一下吧。”
因为蒋经国的情况不是太好，王家骅劝他不要去开会了，他也表示同意，随后躺下来。但没多久又醒过来，打铃叫副官，说自己睡不着，有点恶心，又吃不下饭。随后呕了一阵子，但什么都没有吐出来。副官叫来医生，蒋经国说他很不舒服，表情显得异常痛苦。副官于是联系“荣总”的两位专家立即赶来。
在此期间，蒋经国睡着了。约11时，蒋孝勇来到官邸，看望了一下父亲，觉得他睡得很好，还打呼噜，就退出了。可是，他离开没多久，蒋经国醒了，打铃叫副官。副官进去后，蒋经国说，中餐他就不吃了，吃不下，又问：孝文呢？副官说，孝文在用餐。蒋又问：孝武呢？副官说，孝武先生现在还在新加坡，蒋“哦”了一声，又躺回床上。
约12点40分，蒋又打铃，副官进去，蒋说恶心想吐。副官拿过不锈钢弯盆，摆在他的面前，另一只手帮他轻轻拍背。没多久，蒋经国开始吐了，吐出来的是大口大口的血。副官吓坏了，连忙叫医生。医护人员立即紧急抢救。蒋经国吐完，躺下来休息，大家以为状况稳定了。没料到室内还没整理好，蒋经国又想吐，吐完之后，就卧倒回床，再没有醒来，下午3时50分，心脏停止了跳动，终年78岁。
4个小时后，8时零8分，“副总统”李登辉宣誓就任“第七届总统”。
蒋经国病逝，不久就在台湾岛内流传着一个可怕的猜测，说蒋经国是被人谋害而死，甚至有人怀疑蒋经国是被“台独”分子谋害死的。因为蒋经国去世当天，他的医疗小组居然远在台湾南部，没有得到任何预警。按照常规，以总统身份的蒋经国，这种事情几乎是不可能也不应当发生的。病逝前一天，他尚在总统府办公，召见国民党中央党部秘书长李焕，询问国民党十三大的筹备情况，丝毫没有病人膏肓的迹象，他本人一再表示“身体还可以撑下去”。
蒋经国生前患有糖尿病，但医疗专家断言，糖尿病患者不会七孔流血而亡。蒋经国死时却从口角、鼻孔、耳孔四处流血，无法擦尽。七窍出血，应验了中国民间传说的中毒暴亡之征。
现在还没有确切证据来证明蒋经国的死与“台独”阴谋有何直接联系。
但蒋经国的思想在死前却与“台独”势力格格不入，到了水火不容的地步。
上世纪八十年代蒋经国继承蒋介石遗志，在表面上高呼“反共”、坚持“三不”政策，并声称要“以三民主义统一中国”，但他与蒋介石不同，他不仅坚持国家的统一，还坚决反对“台独”。他曾说：“不愿做中华民国的罪人，也不愿做中华民族的罪人。”晚年，他大刀阔斧地进行“政治革新”，首先在台、澎地区解除戒严令，开放党禁、报禁，改善了国民党的形象，并在逝世前3个月，开放了台湾同胞赴大陆探亲的禁令，有助于缓和两岸关系。同时，在经济上台湾七十年代的起飞，使它列入亚洲“四小龙”之位，这些都与他采取的一些开放政策有关。
秘密特使穿梭两岸高层
中共党的十一届三中全会之后，在以邓小平为核心的第二代中央领导集体的主持下，一系列开明的对台政策相继出台，给台湾国民党当局以巨大冲击。对此，国民党主席蒋经国也感受到了，并在其生命历程的最后10年里一直关注着两岸统一大业，使两岸关系有了重大突破。
新中国成立后，海峡两岸长期处于紧张的军事对峙。中共十一届三中全会后，敏感的人们发现，已喊了30年的“解放台湾”的口号正悄悄地从新闻媒体中消失。1978年10月，国务院副总理邓小平在会见日本文艺评论家江藤淳时指出：“如果实现祖国统一，我们对台湾的政策将根据台湾的现实来处理。”同年11月，邓小平在会见缅甸总统吴奈温时再次表示：“在解决台湾问题时，我们会尊重台湾的现实。比如，台湾的某些制度可以不动，美日在台湾的投资可以不动，那边的生活可以不动。但是要统一。”
1978年12月16日，中国政府就中美建交举行中外记者招待会，阐述了中国共产党和中国政府新的对台政策：“台湾是我国的神圣领土。台湾人民是我们的骨肉同胞。台湾回到祖国的怀抱，实现祖国统一大业是包括台湾同胞在内的全国人民的共同愿望。我们的一贯政策是爱国一家，爱国不分先后；我们希望台湾同胞和全国人民包括港澳同咆、海外侨胞，一起为祖国统一大业继续做出贡献。”这段答记者问的重要性，就在于中国政府第一次在正式公开场合没有使用传统的“解放台湾”的提法，反映了大陆对台政策即将作出重大调整。
十一届三中全会召开之后，中共纠正“左”的政策，以实事求是的态度和科学的眼光来面对历史，客观评价与国民党有关的历史人物和事件，本着求同存异的精神，推动国共第三次合作。全国人大于1979年新年发表了《告台湾同胞书》，第一次具体地提出了和平统一祖国的设想：停止炮击金门等岛屿，以结束两岸持续30年的军事对抗；两岸通航、通邮和发展两岸贸易的“三通”思想；对台湾当局的唯一要求是去掉“中华民国”的旗子等。
1月13日，全国政协主席邓颖超在会见日本参议院井廉议长时，详细地解释了发表《告台湾同胞书》的目的，并再三表示：“为了完成台湾同祖国大陆实现统一的大业，我们愿意同台湾有关方面，包括蒋经国先生在内进行商谈，愿意同台湾展开各方面的来往，结束目前这种隔绝状态。”
1981年9月30日，中国共产党为了推动祖国和平统一进程，由叶剑英委员长发表了关于台湾的重要讲话，即著名的“叶九条”。他真挚地表示：
“我们希望国民党当局坚持一个中国、反对‘两个中国’的立场，以民族大义为重，捐弃前嫌，同我们携起手来，共同完成统一祖国大业，实现振兴中华的宏图，为列祖列宗争光，为子孙后代造福，在中华民族历史上谱写新的光辉篇章！”
《告台湾同胞书》和“叶九条”发表后，广大台湾同胞、海外侨胞对中国共产党和中国政府采取和平手段解决台湾问题的做法表示欢迎，要求台湾当局顺应历史潮流，对中共的和平举动予以积极响应，结束两岸军事严重对抗状态，走向统一。许多台湾同胞认为中共的政策是宽厚的、具体的，照顾到台湾各方面的利益，体现了中国共产党和平解决台湾问题的诚意。台湾媒体和民众表示，国民党对谈判不必“深闭固拒”，国共和谈不失为国家统一之手段，“不妨一试”。
面对中国共产党和中国政府提出的和平统一方针，国民党当局也悄悄更改了对大陆的方针。1981年3月29日至4月5日，国民党召开了第十二次党员代表大会，蒋经国主持大会通过了“三民主义统一中国案”，强调“建设台湾与统一中国是不可分的，惟有建设台湾，才能实现以三民主义统一中国；也惟有以三民主义统一中国，才能使台湾永远保持安定与进步”；并要求国民党以“三分军事，七分政治；三分敌前，七分敌后”和“以政治为前导，以军事为后盾”等为最高指导原则。
这次大会显示国民党已经放弃了武力“反攻大陆，复兴建国”的大陆政策，并针对中国共产党和平统一祖国的方针，将其大陆政策调整为以“实现三民主义”的和平方式“统一中国”。蒋经国并多次宣称“中华民国统一大陆的主要凭藉是三民主义而非武力”，“光复大陆并非要靠军事手段才能实现，这完全是一个政治问题”，统一“将不是由武力完成，而是由政治、社会和经济方法来达成”。
随着中国共产党人和平统一台湾思想的逐渐成熟，武力解放台湾的口号被代之而起的开展“第三次国共合作”和平统一台湾的务实政策所代替。
与此同时，国民党在中共和平统一方针政策和岛内外形势的影响下，也开始调整其大陆政策，放弃了武力“反攻大陆”的方针，从而使两岸关系结束了30年军事对抗的局面，进入了和平对峙时期。
为纪念辛亥革命70周年，中国共产党决定在1981年10月9日召开规模宏大的纪念大会。会议召开之前，时任中共中央总书记的胡耀邦发函邀请蒋经国、宋美龄、蒋纬国、何应钦、陈立夫、张学良以及其它台湾各界人士参加纪念大会，请他们回大陆和家乡看一看，并明确表示：蒋经国等先生来大陆和故乡游览时，“愿意谈谈心当然好，暂时不想谈也一样欢迎”。
为呼吁国共两党进行和平谈判，1982年7月24日，全国人大常委会副委员长廖承志致信蒋经国、蒋方良、蒋纬国等，呼吁台湾当局依时顺势，毅然和谈，达成国家的统一。廖承志的这封信虽为私人通信，但言真意切，晓之以理，动之以情，表达了祖国大陆10亿人民盼望和平统一的愿望。
在蒋经国去世前，对于台湾的未来发展，他有四点计划。第一点是民主化，包括全面选举。第二点是本土化，外省人垄断“政权”的时代必将结束。
第三点是继续提倡民生主义，大幅提升“国民”所得和生活水准。第四点是震撼性地要与大陆“发展工作关系”。而且他背后还派人与大陆中共方面秘密交往、试探和谈，希望能在有生之年解决祖国统一的问题。
1981年蒋经国暗许其亲信沈诚赴大陆一行，暗中与中共领导人接触，由此他对中共最高领导层的和平真意有了比较明确的了解。随着自己身体状况每况愈下，蒋经国想急于在他还活着的时候就解决祖国统一问题，寻找与中共和解的渠道，这种愿望在80年代后期，愈发强烈。
1986年至1987年，沈诚受中共领导人和蒋经国的委托，不断穿梭于大陆台湾之间。如果他不是负有特别重大的秘密使命，他不可能会受到两岸最高层领导人如此重视。台湾许汉（许承宗）出版的《总统的秘密特使》一书，更向公众披露了有关情况。许汉（许承宗）出生于官宦世家，曾任香港时报总编辑，为国民党非主流派的文胆。其在台北党政高层关系甚广，故握有不少政坛内幕。
此该书透露，蒋经国生前已经把两岸谈判列进了头等大事。1987年3月，中共中央以全国政协名义邀请沈诚到北京晤谈。赴京前，沈诚去台北密见蒋经国并“力主突破三不政策”。蒋经国表示“目前阶段暂时还只能采取‘官民有别’政策，对纯粹民间之接触、交流，政府新的‘三不政策’是‘不鼓励’、‘不支持’、不压制”，蒋经国这一决定实际上改变了原来的“三不政策”，对两岸关系发展有积极和重要意义。
3月14日，中华人民共和国主席杨尚昆接见了沈诚，并提出中共中央关于两岸谈判的基本原则是：“第一，双方谈判主体：中国共产党对中国国民党。因为今天以两个政府来谈，诸多不便，可能产生不对等的现象，你们可能有困难。而党对党谈起来就灵活多了。所以我们还特别说明，党对党中还加以强调：（一）中央层次；（二）对等地位。这两点，以示对你党的尊重。”“第二，谈判主题：先谈合作，后谈统一。”沈诚当晚通过香港将他与杨尚昆谈话的主要内容报告给蒋经国。
两天后台北传来消息：蒋经国同意“两党对等谈判、中央层次”模式，“但在技术上还希望正式有个具体表达”。3月25日，中共中央领导人经研究决定，以杨尚昆名义致函蒋经国并由沈诚秘密转至台湾，邀请国民党派代表到北京举行和平谈判。
1987年4月4日，蒋经国约见沈诚说：“我对于他们的来函，已仔细看过，大致上他们还是有诚意的”；“在党对党谈判原则下，一定要保密，在双方没有取得一定的协议前，尽量不要赴会”；“为了配合两岸关系，我们一定会在政府部门成立一个协调党政工作的机构来运作”。中共中央致蒋经国的密函在促进两岸关系互动方面产生了催化作用，蒋经国于7月14日宣布废除在台湾实施长达38年的“戒严体制”，接着又开放两岸民间人员往来，陆续对大陆做了很大程度的“开放”。
9月，沈诚赴台北探视蒋经国。蒋经国对沈诚说：“我正研究他们（中共）来的那封信的处理问题。信已给老夫人（指宋美龄）看过了，她表示好好研究一下再做出决策”，“他们（中共）的诚意，我有同感，不过像这样大事，多少要设想得周延一些才行”。沈诚建议“礼尚往来”，给中共方面捎个回信，然后再做具体规划。蒋经国说：“今天的一切，主动在他们，我看回不回信在其次，重要的是下一步的具体工作应如何开展。”蒋经国表示要考虑下一步赴大陆与中共谈判的人选问题。
当时在岛内，以李登辉为首的“台独”势力已有所表现。自蒋介石所带领的国民党政权来台后，台湾在“动员戡乱体制”下，开始了“威权政体”的政治机制。此一体制除了限制台湾地区人民的人身、言论、讲学、出版、通讯和集会结社等自由外，在宪政方面采行了宪法与临时条款并行的双轨制，这样的设计无疑是为了赋予总统更大的权限。
当时一般人民的政治参与渠道并不畅通，因为政府当局赋予在大陆选出、迁来台湾定居的第一届中央民意代表长久行使职权的权力，阻碍了台湾民众参政的机会，故引发政权合法性的争议。大体而言，动员戡乱体制是在一个“大陆沦陷、政府迁台，中央政府在坚持法统”与“反共复国”的使命感的特殊环境下的产物，虽然其与民主政治原则有许多背格之处，但也确实维持了台湾长久的政治、社会安定，并缔造了台湾高度的经济成长，为日后的政治改革奠定了根基。
在这阶段的早期，台湾政治反对运动多半以“孤星式的抗争”为主，期间最被重视者应属“中国民主党”的组党。该党的创立和《自由中国》杂志密切相关。该杂志创刊于民国38年11月。内容主要是由一批自大陆来台、具有自由主义色彩的知识分子为骨干，出于对自由、民主、法治等理想的坚持，撰写文章批评时弊。而后来在雷震等人的主导下，该杂志的成员与台湾本土的精英分子相结合，成立了“中国地方自治研究会”（后来改名为“选举改进座谈会”），积极进行筹组政党的事宜。
然而在组党浪潮已朝最高点迈进的时刻，警备总部乃以涉嫌“匪谍”、“叛乱”的名义，逮捕了雷震等人。同时，《自由中国》也以言论违法予以查禁。该杂志自创刊到1960年9月停刊为止，在长达十年九个月的漫长岁月中，国民党从其党报的拒登广告、其特务机关的干扰印刷厂承印，到其党、政、军各单位的通令禁阅、禁售，打击和迫害越来越严厉和猛烈，他们的精神在台湾一般人的心目中，足以作为追求民主宪政知识分子的典型。
1977年11月19日，台湾地区举行县市长选举，在桃园县是由国民党提名的欧宪瑜与遭到国民党开除党籍的许信良对决，选举竞争异常激烈。
结果在开票当天，因为受到选举作弊谣言的影响，中坜市民众包围投票所并焚烧中坜市警局，爆发了“中坜事件”。
该事件爆发后，反对力量开始成长。戒严令虽然仍然有效，言论自由的尺度却大为开放，当时的政论杂志如雨后春笋般出现，内容百无禁忌，多以批评政府和执政党为主，这些杂志成为反对势力攻击国民党和在选举中从事文宣的主要利器；集会、游行虽然在当时仍为法令所禁止，但是只要事先报备、申请，大都能得到允许与容忍；新的政党虽然不能成立，但是“党外”（指政治上与国民党持不同意见的人士）的政治团体已实质上存在了。
此阶段的政治和选举竞争，其实并非存在于国民党和青年党及民社党间，而是存在于国民党和由台湾本土政治人物组成的“党外”势力间（由于不能成立新政党，所以这些本土政治人物乃以“党外”名称来区别自己是属于国民党以外的政治势力）。党外人士在1979年6月1日成立“台湾党外民意代表联合办事处”，6月2日又成立“中央民意代表选举候选人联谊会”，8月24日，党外人士又创办了一个共同代言人——“美丽岛杂志”，这本杂志被推崇为“台湾民主运动的杂志”。
“美丽岛杂志”的六十位成立委员当中，纳入了当时所有反对势力各派系及立场的人士，并且开始在台湾各县市成立“美丽岛杂志社服务分处”。之后，党外人士又更进一步于1986年9月28日在圆山饭店正式宣布成立“民主进步党”，此举被视为是台湾民主开始成长的阶段。所谓“争逞”乃是指此一时期，台湾在民主的表征有极大的进展，如反对势力的存在及政治竞争的激烈，言论自由和民众政治参与权利、管道的扩大等。
当时，国民党在蒋经国的领导下，统治精英维持着国民党内部的团结，行使有效的统治，但也明显地采取宽容的态度与作法，适应情势发展，准备接受政党竞争，逐步推行民主。除了定期举行选举，选举层次逐步升高外，执政的国民党在1986年5月已开始研议，诸如：解除戒严、开放党禁、中央民意代表改选、地方自治法制化等重大改革事项。这也是为何反对势力于同年9月28日宣布成立民进党时，政府并未取缔的原因之一，因为，解除党禁早已在国民党的改革议程表中了。
在此一阶段中，反对势力对执政党展开激烈的挑战，并透过竞争的方式进入政治架构。例如：在民国74年11月举行的地方公职选举中，反对势力的“党外”当选县长一名，省议员十一名，台北市议员提名的十一名全部当选，高雄市议员当选三名；使“党外”推荐提名候选人的当选率高达六成。
在选举中，“党外”的作业如同一个政党一般。一般而言，在此阶段中，历次公职选举中非国民党籍候选人的得票率，在地方公职选举部分约为三成多，在中央民意代表选举则近三成，但是，并非所有非国民党的得票率都是支持“党外”的。据估计，在民进党成立前，“党外”的固定得票率约两成，而支持者多半是工人阶级、都市小资产阶级（即自营作业者）和部分知识分子。从得票率来看，似乎“党外”仍远非执政党对手，但以当时在戒严时期对政党竞争仍有诸多限制的情况下，“党外”能固定得到约两成的选票，而且在岛上多数选区内都能推出候选人与执政党从事激烈竞争，可见当时的选举确已具有两党竞争的雏形。
1987年11月25日，蒋经国在国民党中央常委会上反复强调：“始终坚持两大政策，一项是坚决不和共党接触，一项是坚决反对台独的分裂意识。今天我们要再一次强调这两大政策，并期勉全体同志，贯彻到底。”然而，蒋经国于12月7日约见沈诚时又告知“下一拨正式去北京的人选，大概在下个月初的党中常会中做决定”，只要假以时日，国共两党举行谈判并和平解决台湾问题是极有可能实现的。令人遗憾的是，赴北京正式进行国共和谈的代表尚未派出，蒋经国就突然咯血而逝，他的死，使极有希望的实际上已着手进行的两岸和谈忽告中止，不由得令人扼腕长叹。
在他去世的第二天，中共中央向国民党发出唁电：“惊悉中国国民党主席蒋经国不幸逝世，深表哀悼，并向蒋经国先生的亲属表示慰问”。
同日，中共十三届一中全会新产生的中共中央总书记赵紫阳发表谈话，对蒋经国的逝世表示悼念，重申和平统一祖国的方针不变。他说：“中国国民党主席蒋经国先生不幸逝世，我们深表哀悼。蒋经国先生坚持一个中国，反对台湾独立，主张国家统一，表示要向历史做出交待，并为两岸关系的缓和做了一定的努力。”“当此国民党领导人更替之际，我们重申，我党和平统一祖国的方针和政策是不会改变的……”“我们由衷地期望台湾局势稳定、社会安宁、经济继续发展，人民安居乐业。”
当时中国新华社驻香港分社负责人还以中国共产党中央顾问委员会的名义，在香港派员向国民党在港机构珠海书院内的蒋经国灵堂送了花圈。外电对中国共产党方面对蒋经国去世的悼念做了积极的评价。
1997年2月19日，中国改革开放的总设计师、“一国两制”的倡导者邓小平在北京逝世，海峡两岸统一的伟业未能在他有生之年实现，把深深的遗憾留在了这个世纪。
关键时刻蒋经国死亡，是病死还是谋杀？现在谁也无法查清。但蒋经国的死却让李登挥如愿以偿地按“宪法”规定登上（继承）了台湾的“总统”和国民党主席的宝座。
从此，台湾开始了所谓的“李登辉时代”。
十五年后，2003年1月15日，蒋经国去世十五周年纪念日，曾经为其担任过6年英文秘书的马英九前去谒陵磕头。面对镜头，他眼眶泛红，强忍泪水，约有十五秒钟说不出一句话，真情流露得令人动容，让几乎所有政治人物望尘莫及。这一幕，透过电视直播传到每一个家庭，再次强化了马英九温良恭俭让、有情有义的完美形象。
