至正十三年（1353年）7月，朱元璋率部占领了滁州。没有多久，郭子兴因为与孙德崖他们彻底决裂而率其部万余人从泗州来到滁州，他看到朱元璋率领的三万兵马，号令严明，军容整齐，非常高兴。但郭子兴没有远大理想，只想统领滁州，朱元璋对郭子兴说：“滁州乃一山城，舟楫不通，商贾不集，非英雄所居之地。”郭子兴这才打消了原来的念头。不久，朱元璋率军夺下和州（今安徽和县），由于他发现士兵染上了抢掠奸淫的恶习，便决心整顿军纪。他召集诸将，申明纪律，释放了军中被抢来的全部妇女，深得百姓拥护。
其实，从取下定远，到占据和州，年仅27岁的朱元璋充分显示了他的军事才能，这是有目共睹的，连李善长这样长他十九岁的文人贤士都不得不佩服他的果敢、严谨和威猛，也正是他的个人魅力赢得了很多人的拥护，拥护他的这些人多是青壮年，而军队中跟随郭子兴的那些老将对他的发迹不屑一顾。朱元璋决心一定要显示一下自己的威严，让郭子兴的属下知道自己不会完全听命于郭大帅，独立门户是早晚的事。
朱元璋到和州的时候，手里拿着郭子兴封他做总领和州军事的檄文。朱元璋知道张天祐第一个不服气他，攻克和州张天祐有功，且他又是郭子兴的小舅子，而同驻和州的一些老将也都站在张天祐那边，是郭子兴的部下。如强行管理军事与和州城，这些人断然不会服气，难免会有内部纠纷。
从濠州出来的朱元璋，最恨的就是内部争斗，这简直是自取灭亡。若不是内斗，孙德崖、郭子兴、赵均用他们个个都算的是骁勇善战的人才，哪能到现在才只攻下区区几个城呢？
所以，朱元璋到了和州，并未立即发布郭子兴的檄文，而是嘱咐汤和、徐达他们保守秘密，决定给那些老将来个下马威，同时再用计策镇服他们。
这天早晨，到了召开军事会议的时候，诸位将领早早到会，只有朱元璋来迟。朱元璋进来的时候，看到诸将都坐在右席，只有大厅上主将的位置和左边的几个席位空着。当时的风俗是遵照蒙古人的习惯，以右为尊。朱元璋也不说话，径自坐在左边的最后一张椅子上，颇有意味地望了一眼主将的空席。原来昨日朱元璋差人把大厅中主将的席位撤掉，换成一条木凳，乍一望去似乎没有主位，而置一木凳想必张天祐他们断然不会有坐上去的想法。
坐在左边的末座，朱元璋静听各位将领的发言，沉默不语。只见张天祐一副有功的得意模样，高谈阔论，其他各将又是说冲锋，又是讲围守，都未谈及如何判断敌情，如何谋划军队部署。等到了商谈下一步军事计划的时候，诸将都不言语了，面面相觑，不敢下判断，也不敢有所建议。朱元璋这时方才说话，侃侃论及当前的军事情形，严密分析各方义军的发展态势，合理地推测元军动向，提出图谋江南、渡江发展方能有广阔的天地。这些论断和逻辑严谨的分析，让在座的各位老将不得不叹服，都开始对朱元璋刮目相看，就连张天祐都收敛起他孤傲不屑的神态。
此时，朱元璋依然没有拿出受命为总兵的檄文，他要等更好的时机。他知道带兵打仗是一回事，而治理城池又是另一回事，他就是要让军中各将对他信服，只有信服自己才能在以后的发展中为自己效力。郭子兴如今困在滁州，且体弱多病，心有大志的朱元璋当然不会放弃郭子兴的军力。
到了下一次议事的时候，朱元璋果然备受尊重，甚至有些老将领主动邀请他坐到右边的座位。对此朱元璋依然是以沉静谦卑相待，坐到左侧。上次谈军事气氛活跃，这次似乎大家都不知说什么好，没个主将，也无人主持会议的主题，会场略显冷清。朱元璋见众人都无话可说，就提议修筑城墙，各位将领也都赞成。因为当初攻打和州的时候，城墙经历了一次激战，现在已是残破不全。朱元璋见众人都同意了，于是建议说自己负责一半的工程，各位将领一起负责一半的工程，工期是三天。各位将领听了，心中大喜，以为占了便宜，纷纷答应下来。
朱元璋把自己负责的城墙分成几段，派汤和、徐达、周德兴等人分管各段的修整，日夜不歇。到了第四天一早，只有朱元璋一人完成了任务，修筑了和州一半的城墙。而其他几个将领仗着人多势众，没把修城的期限放在心上，且他们几个人中又无人能够服众，缺少沟通协调，工程被拖延下来。
第四天，各位将领相聚议事，并未把修城未完之事放在心上，脸上一副无所谓的神情。
朱元璋沉下脸来，走到主将的位置，神态严肃地拿出郭子兴的命令，站着说：“我奉郭大帅之命，总领和州军政，责任重大，而修城墙这样的小事，各位将领居然未能按时完成。城墙的重要性诸位比元璋都明白，万一有敌情，如何守城？军务如此紧急，诸位将领却不放在心上，还谈什么军纪！郭元帅既然命我做总兵，我就得严格执行军法，此后如有抗命者，严加处置。”各位将领看到确实是郭子兴的令牌，无人敢言语，而且的确是自己延误了工程，自知理亏，只好低头认错，请求朱元璋宽恕。
朱元璋环视四周，心中明白，虽然这些人表面上认了错，心中其实还是有些不服。朱元璋决定先惩罚自己的结拜兄弟，申明大义，严肃纪律。
朱元璋首先下令处置汤和，原因是汤和虽然完成任务，但是完成得不够好，质量不高。各位将领见此，知道朱元璋绝不是一个软弱的人，也不是一个说话儿戏的人，又能秉公处事，不再要求宽恕，纷纷接受处罚。
李善长和那些老将的年龄差距不大，又博古通今，口才很好。朱元璋就让李善长平日多和那些老将沟通交往，调解他们之间的关系，树立朱元璋的威信。同时，朱元璋又传令将士们，把军中所获的钱财、民物全部归还物主，开仓济民，受到当地百姓的赞扬和爱戴。
然而，随着军队的发展壮大，各色人等都混杂进来，尤其是在收归降服民兵的时候，地主的武装力量很复杂。朱元璋对此早有戒心，但一直没找到合适的时间和机会来整理肃清。到了和州不久的一天，朱元璋正要出门，见军营外有一个八九岁的孩子，衣衫褴褛，低低啜泣。朱元璋看到这个孩子，想起自己当年穷困落魄的少年时代，就上前询问。原来，这个孩子的父亲在军营中养马，而他的母亲也在营中。他的父母亲不敢相认，而他更不敢去认自己的父母亲，只好在门外等候，可是又饿又怕，就哭了起来。
朱元璋立即回营，召集营中所有的闲杂人等，并让孩子来认母亲、父亲。调查之后才知道，原来是有很多小官兵，在攻城以后乱抢东西，霸占民女，强拉仆役，致使许多夫妻无法相认，也不敢相认。朱元璋心中大怒：这样下去如何得了！即刻召集所有将领军官，严整军纪：“和州城内的将士，多是单身，未带妻小，但我们决不能危害百姓，掠人妻女。军队有军队的纪律，以后若取城池，所得妇女，只有无夫未嫁者可适当嫁娶，万不可抢占有夫之妇，违纪者严惩。”
第二天，朱元璋召集城中男子、妇女在衙门前集合，让男人在街上分站成两列，让军营中所有俘获的女子都前去与丈夫相认。果然有很多对夫妻相认，民众对朱元璋的感激敬佩之情又多了几分。如此一来，原本寂寥的和州城经过管理和修整，逐渐繁荣有序起来。而朱元璋在军中的位置也逐渐巩固下来。
至正十五年（1355年）3月，郭子兴病亡，这时刘福通已经派人把韩林儿接到亳州（今安徽亳县），立为皇帝，称小明王，国号宋，年号龙凤。郭子兴死后，郭天叙被任命为都元帅，朱元璋为左副元帅，军中文告均用“龙凤”年号。
郭子兴的死，对元朝和其他起义军来说似乎没有什么影响，而对一个人来说却影响极大，这个人就是朱元璋。郭子兴死后，濠州城的内乱，加上元朝的袭击，可以说先前那几个元帅和领导者都势力渐弱，其旗下人心惶惶。这其间，朱元璋的个人魅力和办事能力迅速征服了这一带的红巾军。再加上他是郭子兴的女婿，郭子兴的势力甚至濠州城的大部分红巾军都有倾向朱元璋的趋势，因为郭子兴的儿子郭天叙实在不能和朱元璋的能力相比。所以说，郭子兴的死，为朱元璋的发展提供了良好的机会。
在征战中逐渐得心应手的朱元璋知道，即使一个人再有才，也敌不过众人之力。所以，他在攻打元军的同时，也在不断地招揽天下的能人异士。在他打着“为百姓着想”的口号下，徐达、汤和、邓愈、常遇春等武将忠心相随；更有李善长、刘伯温、宋濂等文人谋士相伴。招贤纳士之后，开始了朱元璋的并吞八方之大计。
