克罗地亚和斯洛文尼亚的独立对波黑产生了重大影响。1991年10月15日，波黑会议通过了《关于波黑主权的备忘录》。《备忘录》宣布波黑是现有边界范围内的主权国家，波黑只能留在塞尔维亚和克罗地亚共存的南斯拉夫中。由于克罗地亚已经宣布脱离南斯拉夫独立，波黑留在南斯拉夫的前提条件已经不复存在。因此，舆论普遍认为，《备忘录》等于是一份波黑独立宣言。对此，波黑塞族议员集体退场表示反对。塞族表示，如果波黑执意独立，它也将退出波黑，与它的母族——南联盟塞尔维亚共和国合并。1992年1月9日，波黑塞族成立波黑塞尔维亚共和国，并退出波黑三族联合政府而独立。此举无疑是给已经十分复杂的南斯拉夫局势火上加油。
1992年3月，波黑举行全民公决，塞族人抵制。占优势的穆斯林族和克族同意独立，塞族反对。局势日益紧张。3月18日，在欧共体的调解下，波黑三方代表就波黑的前途达成协议，决定未来的波黑由三个不同的民族语区组成主权国家。4月6日，欧共体承认波黑独立，翌日，美国也承认波黑独立。5月22日，联合国接纳波黑为其成员国。但是，波黑三方就国体问题并未达成协议。穆斯林要求保留波黑作为一个统一的中央集权制国家的地位，因此，尽管欧共体主席库蒂列罗提出极有利的调解方案，让其占有波黑46%的领土，但只因该方案将波黑分成了3个民族自治区，由自治区和中央政府分割权力，穆斯林还是拒绝了该方案，可见穆斯林维持中央统一政权的决心。克族同意独立，但打的又是另一套算盘。虽然它表示赞同联邦制，但真实想法却是在适当时候与克罗地亚共同组成一个大克罗地亚。7月4日，波黑克族宣布成立“赫尔采格——波斯尼亚克罗地亚共和国”，使用克罗地亚货币第纳尔为官方货币。克族此举遭到波黑共和国（实际上是波黑穆斯林）的反对，克族独立的第二天就被宣布为非法。塞族则表示不反对在克族聚居区成立克族国家，其用意很明显，既然大家不能同在一个大家庭，不如散伙了事。
1992年4月7日，波黑内战爆发，塞族武装在全境范围展开抢夺重要城镇的行动。形势急转直下。
最初，冲突在穆克联军与塞军之间展开。由于穆斯林和克罗地亚都赞同脱离南斯拉夫独立，双方在这两点上有共同立场，而波黑塞族反对独立，因而，穆克联手对付塞族。双方在战斗中相互配合，遏制塞族的武装活动。但是，就军事实力来讲，塞族在重武器数量方面占有优势，它的军事人员有许多直接来自前南斯拉夫的人民军，素质很高。穆斯林武装人数虽多，也从各个方面得到国际社会尤其是伊斯兰世界的支持，但相对而言，它的军队素质最差，组建的时间最短，缺少训练和战争实践；而且，相对于塞族军队而言，它的重武器数量最少，因此，尽管它不断向塞族地盘发动进攻，但在战场上胜少负多，攻势常常遭到塞族武装的遏制和报复。
相对于塞族和穆族武装而言，克族的部队人数最少，但它的武器装备水平却比穆族高得多，仅次于塞族。交战双方背后各有强邻撑腰，南联盟塞尔维亚共和国公开表示支持波黑塞族，并向塞族武装提供经济和军事上的支援。穆克联盟背后有克罗地亚支持，因为克罗地亚想建立一个大克罗地亚。1994年初，《华盛顿协议》规定穆克联邦可以和克罗地亚结成邦联，这使得穆克联邦可以在一定程度上借助克罗地亚政府军的支持。1994年3月，克罗地亚和穆克联邦正式结成了军事联盟。这样，波黑穆克的力量就得到了很大的加强。而塞族也不甘示弱，它与克罗地亚境内的塞族也结成了军事联盟。这样，当克罗地亚在波黑前线与塞族交战的时候，它的后院却起了火，因此一段时间内克罗地亚的处境十分狼狈。交战双方的总体实力对比还是有利于塞族，尤其在重武器方面。尽管穆克武装多次发动进攻，但却毫无效果。交战4个月后，双方的边界大体固定了下来，波黑塞族越战越勇，占有了波黑全境70%的地盘，而在战争爆发前，它仅占有全境的60%。穆族虽然经过苦战，地盘却没有变大，反而由原先的20%多下降为10%。
