1906年夏天，鲁迅和周作人一起来到东京。鲁迅把学籍放在东京德语协会的德语学校，不再进入正式学校学习，但仍以中国留学生的身份领取清朝的官费。他决心一边学外语，一边从事文艺活动。
这时，中国的革命运动“一日千里”，发展极为迅速。东京成了资产阶级民主派在海外的一个革命中心。孙中山领导成立了中国同盟会，制定了“驱除鞑虏、恢复中华、创立民国、平均地权”的16字革命纲领，创办了机关报纸《民报》，大力推行三民主义。刚从上海出狱的章太炎来到东京，被推为《民报》主笔，以他博识精思的文章与“保皇派”康有为、梁启超的《新民丛报》展开了激烈论战。章太炎主编的《民报》对鼓动东京留学生积极投身革命起到了决定性的作用。青年鲁迅也从早年对严复、梁启超的推崇发展到今天受章太炎的鼓舞，这反映了鲁迅先后寄希望于洋务运动、维新变法和民主革命的思想发展历程。
回到东京的鲁迅马上置身于朋友们中间。他和弟弟周作人、好友许寿裳等5个人合住在一所宽敞、幽雅的日本绅士房宅里，起名“伍舍”。作为光复会会员，鲁迅结识了许多革命派人士，如徐锡麟、秋瑾、陶成章，他尊重这些慷慨激昂的革命志士，常与他们开怀畅饮、畅谈，关系非常密切。他们被害的消息传来，鲁迅主张绝不罢休地革命下去。
鲁迅那时极推崇革命家和思想家章太炎，他一直是《民报》的热心读者。章太炎的反对保皇、力倡民主革命和主张精神道德推动社会前进的深刻思想深深地影响着鲁迅。1908年夏，《民报》被禁以后，鲁迅等8人请章太炎在原来的《民报》社另外开设了一个“章氏国学讲习班”。在后来的几个月里，每逢星期日，鲁迅等人都来听讲。这位革命派国学大师滔滔不绝地讲述起古代文字和文学知识，他以流畅而幽默的语言、深邃的思想、博大的学识征服了几位青年的心，他们为之倾倒、深受鼓舞。自幼打下了扎实的旧学功底的鲁迅，经过这一番难得的指点，学识又提高到了一个新的境界。鲁迅在全神贯注地听讲的同时，仍没有忘记独立思考。他觉得这位国学大师把“文学”的概念诠释得过于宽泛了，他认为文章与文学是有着很大区别的。一次，在回答章太炎先生的提问时，他大胆地说：“文学和学说不同，学说所以启人思，文学所以增人感。”广泛涉猎外国文学的鲁迅，对文学本质的认识已经超过了章太炎老师的传统认识。总之，章太炎无论是作为革命家，还是作为学问家，都给了鲁迅一生以深刻的影响。
1907年春，鲁迅与友人许寿裳、袁文薮、苏曼殊等人筹集创办文学期刊《新生》，鲁迅亲自为杂志取了名字，朋友们还约了稿，选译了一些外国作品，为杂志设计了一个富有象征意义的封面。然而，由于出资捐助杂志的人去欧洲留学，《新生》失去经济上的依靠；周围的人全心投身于革命活动中，对文学很冷漠，《新生》就这样还没有出刊就夭折了。
开拓一番事业竟是如此艰难！失败不可能击倒倔强的鲁迅。他更加勤奋地翻译和写作，他多次把稿子寄给商务印书馆，被一而再、再而三地退了回来，而且告诉他，今后不要再寄这样的稿子了。鲁迅很失望，但没有气馁，继续把稿件向别的杂志投寄。
功夫不负有心人。1907到1908年，鲁迅终于在《河南》杂志先后发表了几篇阐述他的科学观、政治观、文学观、社会观的论文，就此鲁迅初步涉足文坛。
1907年12月，《河南》杂志刊登了鲁迅的论文《人之历史》。鲁迅运用从前对《天演论》进化论的深入了解，在这篇文章中用唯物主义观点介绍了生物进化思想，他根据海克尔的种系发生学理论，论述了原始单细胞动物到人类整个系统的发展演变历程，批判了上帝创造万物的学说和“天不变，道亦不变”的形而上观点。鲁迅发挥进化论学说的观点，利用其中的科学成分抨击当时抱残守缺的封建顽固派。
1908年二三月间，他发表了《摩罗诗力说》一文。这是后来出版的《鲁迅全集》中最长的论文，阐述了他当时在哲学、政治和文学上的一系列基本观点。他强调斗争发展，反对妥协保守；认为文学的作用是巨大的，尤其推崇西欧的拜伦、雪莱、普希金、莱蒙托夫等“摩罗”诗人，认为他们对本国的思想文化的发展起到了巨大的推动作用。中国就缺少这样的勇于反抗、“力足捉人、语有深趣”的精神战士。他们站在弱者的立场反抗强者，体现出强大的精神力量。
这篇文章不可避免地染上了当时“文学政治功利化”的痕迹，思想还不成熟。但作为鲁迅弃医从文以后发表的第一篇文学论文，它标志着鲁迅从此踏上了文学道路，而且从一开始就呈现出战斗者、反抗者的精神姿态。
同年6月的论文《科学史教篇》简要介绍了欧洲自然科学从古希腊、罗马时代到19世纪初的发展情况，说明科学的发展对于社会的进步确实具有不可忽视的作用。但他认为，在目前的中国，科学并非救国的“根本之途”；文学艺术才是推动科学技术发展的动力，因此也是整个社会发展的根本推动力。
在同年8月的论文《文化偏至论》里，鲁迅批判了洋务运动和改良主义，明确地提出两个口号“任个人而排众教，重灵明而非物质”。文章引述了尼采和叔本华的一些话，强调个性的崛起和精神因素的加强是国家和民族振兴的根本。这一观点是他多年探索救国救民道路并深受革命派思想影响的结晶。
这4篇文章反映了青年时代鲁迅的社会思想和文艺思想。作为一名笃信进化论的革命民主主义者，鲁迅站在祖国被压迫人民一边，开始用手中的笔唤起群众的精神觉醒，表现出强劲的战斗锋芒。他还翻译了俄国和东欧一些被压迫民族的作品，结集为《域外小说集》，鼓励中国人民不懈地斗争下去。
从1902年入弘文学院到1909年，鲁迅在日本度过了长达8年的留学生活。在异国的土地上，他广泛地接触了西方自然科学和社会科学知识，也涉猎了大量的外国文学，广采博取的鲁迅在学问和文化上日益丰富起来。日本那活跃、高昂的革命气氛也深深地影响着年轻的鲁迅，他逐渐形成了革命民主主义思想。
鲁迅那几篇论文发表以后，并没有产生强烈的反响。因为，当时人们的关注力已经转到国内的民主革命的发展。鲁迅在日本无心办文艺，国内的形势吸引着他。1909年8月，母亲来信说“家人生活困难”，催他回国。鲁迅只好结束了在日本的8年留学生活，返回了久别的祖国。
