水稻种植，最忌灾害。在防灾祛害方面，明时已有一套禳解风俗。水稻之灾，常见的有稻瘟、鬼火和雀害等。稻瘟，明代稻农以为是“暑气”所致，《天工开物·乃粒·稻灾》云：“凡早稻种，秋初收藏，当午晒时烈日火气在内，入仓廪中关闭太急，则其谷粘带暑气。明年田有粪肥，土脉发烧，东南风助暖，则尽发炎，大坏苗穗。”防瘟之法为：“种谷晚凉入廪，或冬至数九天收贮雪水、冰水一瓮，清明湿种时，每石以数碗激洒，立解暑气。”“鬼火”，即是磷火，明人认为也是稻瘟之由，《天工开物》谓：“凡苗吐穑之后，暮夜鬼火游烧，凡禾穑叶遇之，立刻焦炎”，造成稻瘟。因此，祛瘟先得“逐火”。逐火之俗为：入夜，逐者手持桃杖，“见他处树根放光，以为鬼也，奋挺击之。”对雀害，其驱解之法是：“立标飘物鹰佣”。
4．麦作之俗南北有异
麦的种植，早在隋唐时期，在北方已超过粟类，成为北方农业的当家品种，并在南方也有种植。明时麦类作物的种类，《天工开物》载曰：“麦有数种，小麦曰来、麦之长也；大麦曰牟，曰；杂麦曰雀、曰荞。皆以播种同时，花形相似，粉食同功，而得麦名也。”而以小麦为主。
北方小麦，历四时之气，自秋播种，翌年初夏方收，有“耕即兼种”之俗，《天工开物·乃粒》“麦工”条曰：“凡北方厥土坟垆易解释者，种麦之法耕具差异，耕即兼种。”具体做法为：“其服牛起土者，耒不用耜，并列两铁于横木之上，其具方语曰耩。耩中间盛一小斗，贮麦种于内，其斗底空梅花眼。牛行摇动，种子即从眼中撒下。欲密而多，则鞭牛疾走，子撒必多；欲稀而少，则缓其牛，撒种则少。既播种后，用驴驾两小石团，压土埋麦。”
南方种麦，俗与北异。《天工开物》载：“南方地不同北者，多耕多耙之后，然后以灰拌种，手指拈而种之。种过之后，随以脚跟压土便紧，以代北方驴石也。”
陕西，河南一带，地多蝼蛄，故种麦时，有砒霜拌子之俗。《天工开物》曰：“陕洛之间忧种蚀者，或以砒霜拌种子。”而南方各地，则“所用惟炊烬也”，以作粮肥。
南方种麦，俗尚一稻一麦两熟，或二稻一麦三熟，为争农时，有小麦移载之习。成书于崇祯末年之《沈氏农书》载曰：“若八月初，先下种麦，候冬，垦田移种，每棵五六根，照式浇两次，又撒牛壅沟盖，则杆壮麦粗，倍莸厚收。”
麦性食水甚少，“荆扬以南唯患霉雨”。故扬州有民谣曰：“寸麦不怕尺水，尺麦只怕寸水。”宋应星：《天工开物·乃粒》。麦田多做成畦，入春则开深沟，以利排水。
5．棉麻重选种、整枝和稀科
山东、江苏及浙江一带，是明代的重要产棉区，对其种棉习俗，明人徐光启《农政全书》有载：“齐鲁人种棉者，既壅田下种，率三尺留一科。苗长后，笼干粪，视苗之瘠者，辄壅之，亩收二三百斤以为常。”同书又载：“余姚海盐之人，种棉极勤，亦二三尺一科，长枝布叶，科百余子。收极早，亦亩得二三百斤。其为畦，广丈许，中高旁下，畦间有沟，深广各二三尺，秋叶落积沟中烂壤，冬则沟中起生泥壅田。岁种蚕田，至春，翻罨作壅，即地虚行根极易，又极深，则能久雨，能久旱，能大风。此皆稀种，故能肥，能肥故多收。”
棉花的种植，明代已很受重视。明王朝立国之初曾下令：“凡民田五亩至十亩者，栽桑、麻、木棉各半亩，十亩以上倍之”《明史·食货二》。明代在棉花栽培方面已积累起“精拣核”，早下种，深根，短干，稀科，粪壅等习俗。
“精拣核”就是精选种子。不仅要“岁岁选种”，而且要求做到年前选种和播种前进选种。年前选种是指棉花成熟之际，到田间去实地选择，其方法除从《王祯农书》中所提出的选留“中坟花”外，又强调要“取其高大繁实者，特留作种”，“旋熟旋摘”。播种前的选种，主要用水选，利用好坏棉子的不同比重，如“其秕者、远年者、火焙者、油者、郁者皆浮；其坚实不损者必沉，沉者可种也”。种子经水选后，进行粒选，以提高播种质量。更重要的是明代确定了以“棉重”作为衡量品种好坏的标准。据《农政全书》中说，当时江南农家已90％选用了优良棉种。
早下种，明代特别强调棉花要早播种。这时期的农书大多认为清明、谷雨两个节气是棉花播种的适期。此时已无霜，早种可以早发。《农政全书》曰：“凡种植以早为良，吾吴滨海，多忠风潮，若比常时先种十许日，到八月潮信，有旁根成实数颗，即小收矣”。为使棉花适当早种，因此江南棉田最好冬季休闲，如果冬季必须种麦，则种麦用点播，在麦间套种棉花，麦收后和追肥促使套种的棉苗生长发育。
深根，明代人们认为棉花极系入土不深是遭冻害的原因，因此，有择秧、稀植、厚壅、穴种等习俗。“择秧”，即选用良种并精选种子，棉种好，根系生长力就强。“稀植”，“密则无处行根，根不远，不远亦不深”。“厚壅”，即多施肥料；如施肥少，再加上棉种不良，“两者皆无力可生根。“穴种”覆土，不能撒播，“漫种浮露，根不入土”。
短干，对棉株进行整枝摘心就能使干短。此项技术元代已开始运用，明代认识更为普遍，《农政全书》曰：“苗高二尺，打去冲天心者，令旁生枝，则子繁也；旁枝尺半，亦打去心者，勿令交枝相揉，伤花实也。摘时视苗迟早，早者大暑前后摘；迟者立秋摘；秋后势定勿摘矣。”
明代重视稀科，故有间苗习俗。《农政全书》曰：“棉之干长数尺，枝间数尺，子百颗，亩收二三石，其本性也”，如果过于密植，则“苗长不作蓓蕾，花开不作子，一也；开花结子，雨后郁蒸，一时堕落，二也；行根浅近，不能风与旱，三也；结子暗蛀，四也。”
肥壅，“凡种棉，于清明前先下壅，或粪，或灰，或豆饼，或生泥，多寡量田肥瘠。”
明代麻的种植已较普遍，即使像福建寿宁这样的山区县，也有种麻之俗。冯梦龙《寿宁待志·风俗》记曰：“寿民力本务农，山无旷土。近得种苎之利，走龙泉、庆元、云和之境如鹜，苎山亦曰麻山，一年三熟谓之三季。富者买山，贫者为佣，中人则自力其地。力薄则指苎称贷，熟而偿之。怀妻子者，鬻苎则一归，归日必联袂同行，备不良也。冬削草毕，逼岁还家。凡完粮、结讼，必俟苎熟，荒则否。”
6．扦插育苗之俗流行
明末番薯引进我国后，几种育苗扦插法大半已具有。当时番薯的育苗法有“养苗地”法，“养苗地宜松，耕过后须起町高四五寸。春分后，取薯种斜置町内，
发土薄盖，纵横相去尺许，半月即发芽。日渐延蔓，蔓长一丈或五六尺，割七八寸为一茎，勿割尽，留半寸许，当割处复发，生生不息。”《金薯传习录》，引《海外新传七则》。老蔓育苗法：“若养蔓作苗，须用稍长尺许（老蔓），密密竖栽，如养葱韭法。畏霜畏寒，冬月以土盖之。亦有取近根老蔓，阴干收温暖处，次年亦萌发。”切块直播育苗法：春分后切块在大田内直接将薯种下种，“每株相去数尺，俟蔓生盛长，剪其另插他处，即生，与原种不异”。种时“每株居亩中，横相去二三尺，纵相去六七尺，以便延蔓壅节”。等各节生根后，就从“连缀处剪断之，令各成根，苗不致分力，此最要法。”徐光名：《农政全书·树艺》。
番薯的插苗方法，有斜插法，《海外新传七则》等五则曰：“町宽二尺许，高五六寸，将茎插町心，约以七分在町内，三分在町外。町内者结实，町外者滋蔓，每茎相去一尺余”；直插法，《群芳谱》载曰：“俟蔓生既盛，苗长一丈，留二尺作老根，余剪三叶为一段插入土中，每栽苗相去一尺，大约二分入土，一分在外，即又生薯”。波状插法，《农政全书》曰：将苗茎去掉嫩头数寸，“两端埋入各三四寸，中以土拨压之，数日延蔓矣。”
苎麻育苗则有掘根分栽法，《农政全书》曰：今安庆、建宁诸处亦多掘根分栽。徐光名：《农政全书·蚕桑广类》。压条法：“无种子者亦如压条栽桑，趣（促）易成速效而已”，“今年压条，来年成苎。”徐光名：《农政全书·蚕桑广类》。
甘蔗常用侧芽繁殖法，《天工开物·甘嗜》曰：“凡种荻蔗，冬初霜将至，将蔗砍伐去炒与根，埋藏土内，雨水前五六日，天色晴明，即开出，去外壳，砍断约五六寸长，以两个节为率，密布地上，微以土掩之，头尾相枕，若鱼鳞然。而芽平放，不得一上一下，致芽向土难发。”
7．农事重节候
在明代汉族各地区的农事耕作活动中，传统的二十四节气具有主要的指导作用。人们通过节候、气象、雨雪、霜期、地温、湿度等各种生态、物象的变化来掌握农时，指导生产，如当时流传于江南的“二十四节气谣”曰：“立春阳气转，雨水落无断；惊蛰雷打声，春分雨水干；清明吐麦穗，谷雨浸种忙；立夏鹅毛住，小满打麦子；芒种万物播，夏至黄梅做；小暑忙耘田，大暑三伏天；立秋收早秋，处暑雨似金；白露白茫茫，秋分秋秀齐；寒露育青秋，霜降一齐倒；立冬下麦子，小雪农家闲；大雪罱河泥，冬至河封严；大寒办年货，小寒过大年。”明代广大农村，百姓将节候知识应用于农事耕作，特别是在作物的田间管理方面，形成了一套较有规律的农事生产习俗。对此，《沈氏农书》有详尽的记载，如：“处暑根头白，农夫吃一下”之类。
另有占候之俗，根据物候之变卜水旱灾祥。万历《慈利县志》记载了明代湖南慈利县一带农民的占候之谚如：“雨打上元灯，早禾一束稿”，“立夏不下，高田莫耙”等。
不仅是在稻麦粮食作物，而且在蔬菜作物的耕作种植和管理方面，明代汉族地区民间也已形成了一整套对各类蔬菜播种、收获的农时、土肥管理、耕作技术、施肥技巧、病虫害防治等方面的习俗，明人邝璠的《便民图纂》一书对此有真实的记录，如：“芥菜八月撒种，九月治畦分栽，粪水烦灌”之类。
8．农具改进
到明代，农会是在宋、元发展的基础上有所改进，明中叶以后，锄、锹、镰等小农具一般采用“生铁淋口”方法制作，俗称“擦生”。其法，据《天工开物》卷十“锤锻”中说：“凡治地生物，用锄、镈之属。熟铁锻成，熔化生铁淋口，入水淬犍，即成刚劲。每锹、锄重一片者，淋生铁三钱为率，少则不坚，多则过刚而折”。经过擦生的农具，耐磨性好、锋刃快、经久耐用。
代耕架大约创始于唐代，到明代才有较大发展。成化二十一年（1485年）李衍总督陕西，正好遇到连年旱灾，耕牛严重缺乏，农业生产无法进行，于是他“取牛耕之耒耜，反观索玩，量为增损，易其机发”，制成5种“木牛”。分别称之为“坐犁”、“推犁”、“抬犁”“抗犁”、“肩犁”。这些犁，使用人力二至三人，每天可耕地三、四亩，且适应山丘、水田和平地等不同的耕作条件。使用者反映：“此具，其工省，其机巧，用力且均，易于举止，且不拘男妇，可更相代耕。”谈迁：《枣林杂俎》。嘉靖二十三年(1544），欧阳必进在郧阳府（今湖北郧县一带）也组织能工巧匠“仿唐王方翼遗制，造人耕之法，施关键，使人推之，省力而功倍，百姓赖焉”。同治《郧阳府志》。据王徵《新制诸器图说》所载，“代耕架”就是在田地的两头各设立一个人字形的木架，每个木架各装一个辘轳，在辘轳中段缠以绳索，索中间结一小铁环，环与犁上曳钩，能连脱自如。辘轳两头安上十字交叉的橛木，手板橛木，犁自行动。操作时三个人合作，田地两头耕架各一人，交递相换；一个扶犁，使之一来一往。其功效“一人一手之力，足抵两牛”。
新发明的收获工具有稻谷脱粒的“稻床”。元代以前，稻谷脱粒大多采用掼稻簟，到明代才改用稻床。《便民图纂》已提到“用稻床脱粒”。
9．排灌用风车、牛车
在明代，人们更加深刻地认识到水利对家业发展的决定性作用。如《沈氏农书》提到，种植水稻必须适时灌水排水，从芒种至立秋田中必须保持一定的水层，近立秋的几日必须排水烤田，立秋后，又灌水，直到收割，田中不可断水；在秋冬麦的苗期应适当灌水，这样可以调节地温，利于小麦安全过冬；春天小麦拔节与孕穗时期，应保中水分充足；抽穗以后，若雨水过多，须及时排出。因此明代上自朝廷、下至民间，都重视水利设施的修建，据洪武二十八年（1395年）统计，全国共开塘堰40987年，滩河4162处，修建陂渠堤岸5048余处。明代后期，北方地区打井成风，大者直径四、五尺，每眼井可溉田20亩左右，小者直径三尺左右，可灌田四、五亩，汲井水灌田成一时之俗。在重视水利工程发展的同时，明代灌排用具也所改进。明代以前，以人力运行的翻车和以水力运行的筒车，在南方已有使用，在明时则得以进一步的推广。同时，又在原人力和水力的基础上，发明了利用畜力的牛车和利用风力的风车。此外，桔槔、辘轳、龙骨水车等工具进一步推广，被应用于井灌。
明代江南地区，
每遇旱涝，辄以水车吸水。当时水车，有筒车、牛车、踏车、拔车、风车等。筒车，又名水车，宋元时期已有使用，明时更为广泛。王临亨《粤剑编》载：“每辐用水筒一枚，前仰后偃，转轮而上，恰注水槽中。以田之高下为轮之大小，即三四丈以上田亦能灌之，了不用人力，与浙之水碓、水磨相似。”《天工开物》曰：“凡河滨有制筒车。堰陂障流，绕于车下，激轮使转，挽水入筒，一一倾于枧内，流入亩中。昼夜不息，互亩无忧。”
拔车和踏车，皆龙骨水车。“拔车”又称“手摇水车”，《天工开物·乃粒》介绍说：“其浅池小浍，不载长车者，则数尺之车，一人两手疾转，竟日之功，可灌二亩而已”。这种改进的小型手摇水车，结构简单，轻便灵活，不仅一人可以戽水，而且可一人掮走，近水低田最适用。我国南方水网地区，直至实行电灌之前还广泛使用着。踏车凭人工踩踏。《天工开物》曰：“其湖池不流水，或以牛力转盘，或聚数人踏转，车身长者二丈，短者半之。其内用龙骨栓串板，关逆流而上。大抵一人竟日之力、灌田五亩，而牛则倍之。”
牛车和风力水车为明代新创和发展的灌溉工具。牛车，即以牛力运转的翻车。明代前期，单道“悯农夫踏车灌田之劳”，发明了“牛车”，“力省工倍，天下便之”《萧山县志·人物》。风车，则利用风力提水，元代已有记载，但风车在一些地区逐步得到推广则是明以后。明初浙江金华人童冀在《水车行》中曾描述过湖南零陵使用风车的情况，说：“零陵水车风作轮，缘江夜
外响盘空云”。《物理小识》曰：“用风帆六幅车水灌田者，淮、扬、海皆为之”。风车“以风帆数扇，候风转车，风息则止”宋应星：《天工开物·乃粒》。全靠风力转动，一台风车可溉10家之田。效率相当高。风力水车以自然风力为动力，是继利用畜力、水力以后，在农用动力上的又一重大进步。
然而，踏车、拔车、牛车、筒车、风车等都属大农具，一般农民尚无力使用。故就广大农民而言，使用最多的还是传统的汲水工具戽斗、桔槔、辘轳等，嘉靖《洪雅县志》记四川洪雅地区民间农作习俗曰：“其灌田，则田多者以桔槔、以筒车，田少者，以戽斗。”徐光启《农政全书》曰：戽斗，“凡水岸稍下，不容置车，当旱之际，乃用戽斗。控以双绠，两人挈之，抒水上岸，以激田稼。”徐光启：《农政全书·水利》。
岭南横州汉族，多在田边挖塘畜水，排灌多采自流。王修《君子堂日询手镜》载曰：“其地皆山乡，有田一丘，则有塘潴水。塘高于田，旱则决塘窦以灌；又有近溪涧者，则决溪涧。”
10．农作崇神重巫
明时农作，既尚科技、重经验，又崇神明，信巫卜，讲究禁忌。江南崇信龙王，遇旱则有“迎龙祈雨”之俗。胡奎《迎龙曲》诗，描述浙江海宁“迎龙祈雨”之俗、有“迎龙”、“取龙”、“送龙”和“谢龙”等程序，诗曰：
朝迎龙、暮迎龙，旱火烧天龙在宫。
县官投牒石潭中，山南山北鼓蓬蓬。
蜿蜒跃入杨柳水，山云一缕随龙起。
龙来离山雨到城，城中三日不得晴。
明朝打鼓送龙去，愿龙十日行一雨。
种田有水割麦干，年年谢龙神亦欢。
