顺帝即位七年后，于1340年追究了其父明宗被文宗谋害的事，将文宗庙主撤出了太庙，安置文宗后于东安州，将文宗子（即先前的太子）流放到了高丽，到这个时候，“帝位之争”才算告一段落。在同一年，顺帝在脱脱的帮助下击败了权臣伯颜，将统治权力真正掌握到了手中。而在这一时期，元朝积弊已深，顺帝要想力挽狂澜，每一步都要小心，都不能出错。
从1344年顺帝亲政，至1349年间重新起用脱脱，这时期顺帝面对连年的天灾和愈演愈烈的社会动乱采取了一系列的措施。但是成效并不明显，问题反而越来越多。1344年5月，黄河暴涨，先是白茅堤溃决，6个月后，金堤又被冲垮。黄河中下游，即今天的河南省东北部，安徽、江苏两省的北部，山东省南部和河北的部分地区，都被洪水淹没，成为万里泽国。黄河泛滥不仅严重妨碍了漕运，更威胁到了盐场的安全，直接扣住了元朝的财政命脉，使本来就处于紧张状态下的元政府财政更加入不敷出。而水灾过后，就是严重的饥荒与瘟疫，这对元政府来说就更是雪上加霜。不过二十多岁的元顺帝必须积极主动地解决一切问题。于是他在1349年7月，召回了称病在家的脱脱，重新任命他为右丞相。
脱脱的这次改革并不能说是成功的。为了缓解元朝政府的财政问题，他在1350年底，印行了没有准备金的“至正交钞”，铸造新铜钱进行流通。因为没有准备金，新的货币如同废纸一样。形成了以滥发新钞搜刮民间至元宝钞的态势，造成了更大的经济危机。导致老百姓避虚就实，先是舍钞用钱，最后连钱都不用，回到了以物易物的原始状态。给百姓带来更多苦难的是脱脱对黄河的治理。1351年5月，脱脱动用民工15万，监工的军队2万，开始了他庞大的修河工程。脱脱将黄河水由哈只口引入黄河故道，再东引到徐州，入淮河最后流进大海。尽管脱脱治理住了洪水，但却在这次治理黄河的过程中引发了比洪水更可怕的、大规模的农民起义。造成起义的原因很多。首先民众是被强征为河工的，而不是出于自愿。而工程中元朝政府发放的工资货币——“至正交钞”更是毫无用处的废纸，即使这样还多被监工贪污克扣。在修河道的过程中，众多民工因饥饿和繁重的体力劳动致死，民怨沸腾。在这关键时刻，他们的怨恨与愤怒被白莲教利用、点燃，最终成为了一场无法遏制的大起义。
脱脱对起义始料未及，他被迫率领百万元军，南征北讨，经过几年的应对，到1354年，才基本控制住了局势。1354年冬，脱脱率军围攻高邮张士诚。高邮战役是元朝走向灭亡的真正开始。1354年11月，脱脱率元军抵高邮，大败张士诚。张士诚寡不敌众，只好退入高邮城中进行坚守。于是脱脱命元军分兵，破六合、盐城、兴化等地，使高邮成为孤城。当时张士诚守在城中，和将领们每天所谈论的都是投降的事，可又怕投降后不能被脱脱赦免，最后只能硬着头皮坚持。12月，脱脱突然被元顺帝削去了兵权。失去主帅，百万元军不战自溃，高邮形势发生了戏剧性的变化。张士诚不仅因此得救，还收编了大量元军，将地盘不断扩大，成为了一方霸主。
高邮兵败完全是元廷自己制造的动乱，是元朝政治腐败、元顺帝丧失治国志向，生活走向堕落的必然结果。在脱脱复相之前，康里人哈麻、雪雪兄弟向顺帝多次为脱脱美言。因此脱脱复相后为表示感激，升哈麻做了中书右丞。可不久，脱脱与哈麻就发生矛盾，哈麻被脱脱降为了宣政院使。这以后哈麻怀恨在心，他知道要报复脱脱就得让元顺帝听自己的话。哈麻偷偷地找来西天僧人，教元顺帝学习运气术。西天僧人教给元顺帝的运气术名为“演揲儿”，汉语称“大喜乐”。大喜乐既是一种宗教舞蹈，也是一种气功。哈麻利用这种气功的一些特点诱导元顺帝进行淫乐。从此以后元顺帝与推行至正新政时判若两人，全然不顾皇帝尊严，整天寻欢作乐。脱脱对哈麻的举动深恶痛绝，打算除去哈麻。哈麻知道后，就在皇后、皇太子面前挑唆。脱脱出征高邮时，哈麻趁机让监察御史弹劾脱脱，结果就出现了上面的那场闹剧。脱脱被弹劾解职后，被调回了大都，随后又被流放到了云南，最后哈麻假传圣旨，在云南贬所中毒死了脱脱。
高邮兵败，使元朝丧失了镇压农民起义军的最有利时机。以后元政府再也没有能力集结大规模的军队对付起义军了。不久起义势力复振。到1355年以后，元朝陷入了起义者和镇压起义的军阀各自为政、割据一方的局面，中央政府在全国范围的统治实际已经瓦解。
