1930年的新年到来了，却并未给蒋介石带来福音。接连战胜军事对手的蒋介石，很是趾高气扬，但仍不能使各种危机稍加缓和。
首先是政治危机。国民党政权的迅速腐化，加重了中国人民的灾难，激起人民群众更广泛的反抗斗争。中国共产党开辟的红色革命根据地蓬勃发展；农民参加土地革命的热情越来越高涨；红军也在斗争中发展、壮大；中心城市的工人、学生、青年、妇女等革命运动，也在中国共产党的领导下开展起来。1927年大革命失败后的那种沉闷、压仰的状况，已经有了根本的改变。人民革命力量的发展壮大，沉重地打击着国民党的统治，这是南京政府产生政治危机的根本原因。
其次是外交危机。蒋介石为了讨好帝国主义，表明他反苏反共的坚决立场，指使张学良以武力占领中苏共管的中东铁路，挑起中苏武装冲突，不仅给边境居民的生命财产造成严重损失，而且与苏联的外交谈判旷日持久地进行，一直没有达成和解的协议。
最后还有财政危机。连年内战与长期中苏边界冲突，耗资巨万，榨干了人民的血汗。宋子文推行卖国主义的金融政策，把中国深深地拖进了世界资本主义的经济危机之中，致使中国“民生凋敝，国库空虚”，民怨沸腾，社会秩序混乱。
国民党内部的矛盾远未解决，反蒋的实力犹存。阎锡山和冯玉祥手中的军队加起来还握有近五十万大兵。蒋介石为此寝食不安。改组派继续串联反蒋，频繁活动，利用南京政府的堕落到处作反蒋宣传，给蒋介石的中央集权造成很大的威胁。蒋介石要保住和巩固自己的统治地位，这时首当其冲的还是必须消灭地方实力派的武力威胁。地方实力派们置国家安危与人民死活于不顾，为维护本集团的私利又要展开一场新的争斗。
1930年的国民党军事集团的战争，是从蒋、阎的争吵开始的。桂系、冯系、唐系都先后受到蒋介石的致命打击。唯独善于投机经营的阎锡山，一直象游蛇一样，回旋于各势力派之间，使晋系得到了保护和发展。阎锡山虽多次充当蒋的帮凶，绞杀其他派系，但蒋也不会容忍晋系保存实力，占据北中国威胁他的政权和分享权力。蒋介石下一个打击的目标就要轮到阎锡山了。蒋介石派宋子文到平、津，以划分“国税”与“地方税”为名，把平、津税收归国有，也就是成了“蒋有”。使盘踞平津的晋系抱着个水中的月亮。阎锡山帮蒋打败了唐生智，蒋介石自食其言，没有把河南省交给晋系，反而给了向他悔过的石友三。蒋还将嫡系部队纷纷北调，集中徐州、蚌埠，无疑是防备晋军和西北军。阎锡山的如意算盘落空了，从而促使他在反蒋、拥蒋这两条道路上尽快抉择。
1925年吴佩孚乘奉直战争之机，东山再起，自称“讨贼联军总司令”，通电讨奉。1926年1月，张作霖致电吴佩孚，解释误会。于是形成了奉直联合，一致对付冯玉祥的局面。吴佩孚乃与阎锡山联络，请其出兵京汉路。直奉携手，阎锡山感到形势严重，如不答应吴的要求，会祸及自身，于是他又采取依仗强势，欺凌弱者的做法，一口应允吴的要求。但出师无名，阎锡山便诡称国民第二军郑思成部与豫北樊钟秀有合作攻打山西的企图，于1926年春，派第一师师长商震为前敌总指挥，率该师李培基旅、第二十八团李华堂部出兵石家庄，向南进攻。商领兵击退郑部前哨部队后，迅速迫近顺德城下，展开了激烈的攻城战。郑部招架不住，当天即弃城而逃。
阎锡山的出兵，立即使冯玉祥的国民军处于奉、直、晋三面包围之中。为了摆脱困境，争取军事上的有利地位，冯的国民军决定先击破晋军，以宋哲元部从杀虎口、得胜口数路分进，合围大同。面对国民军的这一行动，阎锡山立即作出反应，企图一举歼灭宋部。他派商震任前敌总指挥，命谢濂指挥第四师第六旅杨爱源部和第七旅高冠南部及周玳炮兵部向大同正面发动进攻；命第三旅第六团荣胪部、骑兵第二团孙祥鳞部和冯鹏翥迫击炮兵向大同左翼发动进攻；派王嗣昌率第三师第五旅丰玉玺部和温玉如炮兵部向大同左翼进攻。战斗在大同以北的古店、孤山一带展开。仅三四天阎锡山部就溃败不堪，损失严重，第七旅旅长丰玉玺被俘，团长杨呈祥被击毙。面对严重的形势，阎锡山为了保存力量，让直军与宋哲元正面冲突，自己撤兵雁门关，把主力部队配备在从平型关到阳方口一线上，凭险防守。为了牵制国民军，阎锡山用钉钉子的办法，令部死守天镇、大同和右玉。雁北这几个重要城镇，不但地势险要，工事坚固，且粮秣充足。阎锡山的这一着，使国民军不但得不到城池，使部队难以休整补充，而且因攻城消耗兵力较多，部队战斗力减弱。最后又经过3个月的战斗，冯玉祥的国民军在奉、直、晋联合攻击下，败退西北。
正当阎锡山陷入北方军阀混乱之时，1926年11月底，广东革命政府派代表到太原与阎锡山联系，希望阎派人到武汉研商参加北伐事宜，并由北伐军军委名义，授阎锡山为北方国民革命军总司令职。阎锡山虽早年参加过同盟会，但他不满革命政府和共产党合作，因此对于南方政府的提议和授命，没有立即答应。1927年4月12日，蒋介石在上海发动反革命政变，在南京成立了国民政府。蒋介石手握军权，是国民党中最大的实力派人物，南京政府事实上替代了武汉的国民政府。阎锡山见南京政权统治全国的大局已定，便于6月6日宣布就任北方国民革命军总司令职，并在山西悬挂青天白日旗，成立了国民党山西党部。这些行动表明，阎锡山暂时归顺了南京国民党政权。
阎锡山的归顺，立即招致不久前还与他携手合作的奉系军阀张作霖的不满。张立即派其参谋处长到山西，一方面暗中窥探阎的举动，一方面劝阎归附“军政府”，并以“军政府”副元帅职诱阎。阎锡山知道军政府是短命的，但不好明说，便婉言谢绝了。并表示：“改易青天白日旗，不一定要与张作霖决裂”；“坚决反共”这一条不变。张作霖虽劝说阎锡山不成，但阎的表态倒也使他放心。于是他分兵两路南下，一路攻打武汉政府指挥下的张发奎部队，一路沿淳浦线援救孙传芳部。与此同时，张作霖又派于珍以检阅察西部队为名前往丰镇平地泉一带部署军事。
阎锡山得知张的这一部署后，颇为吃惊，他明白一旦孙传芳部被救，北方军事势力骤强，对已经归顺蒋介石的他来说，后果难以设想。事关重大，不宜迟缓，阎锡山立即行动，在于珍尚未到目的地时，便令张荫梧在大同将于扣押送往太原，并通电声讨张作霖。9月中旬，阎锡山命分左右两路军向北京进攻。右路军攻取石家庄、新乐后，迅速沿京汉路两侧前进，另以傅作义部由蔚县出发，向北京东北两侧袭击。
晋军在京汉、京绥线上的失利，使阎锡山感到害怕，唯恐打下去损失过重，于己不利，于是命令各线撤退，为了免遭撤退后的打击，阎锡山以第二军、第三军为主力，附关福安师及炮兵，组成右翼地区军，由徐永昌、杨爱源为正副总指挥，孙楚为前敌指挥，在由固关、娘子关延伸至六岭关到里三关之线，构筑工事，占领阵地，并以井陉为前进阵地；以第一、七两军为主力，附丰玉玺、傅存怀等部及炮兵3个团，组成左翼地区军；以商震、张荫梧为正副指挥，在由龙泉关、长城岭、铁角岭至雁门关之线，构筑工事，占领阵地；所有由京绥线撤退下来的骑兵，负责阳方口及其以西地区防务；由门头沟退到繁峙附近的李服膺部，归左冀地区指挥，在繁峙西留属，担任阎锡山的“口袋阵地”。所谓“口袋阵地”，是以五台山和勾注山为口袋阵地两侧，切繁峙平地为口袋底，诱奉军深入并加以聚歼。
张作霖对阎锡山出兵诸路，企图一举消灭奉军的做法，恨之入骨。因此阎锡山一撤退，张氏立即调集号称30万大军，以张学良、韩麟春等，沿京汉路南下，以石家庄为根据地，向娘子关南北地区进攻；以张作相、万福麟、汤玉麟等沿京绥路进攻大同，向雁门关附近地区进攻。奉军兵力雄厚，来势汹汹，阎锡山部在奉军的进攻下，伤亡惨重。但由于阎锡山的晋军凭险防守，工事坚固，加之傅作义坚守涿州，关键时刻给奉军以极大的牵制，因此阎军的防守不但始终未被击破，而且还得以转守为攻，打退了奉军的进攻。
阎锡山因归附蒋介石、悬挂青天白日旗而招引的这场战事，使自己损兵折将，但他没有后悔，相反对蒋更加拥护。因为跟蒋走，是他当时唯一的选择，否则他将受到南、北两面攻击，山西处于朝不保夕的危殆境地；而且依靠蒋介石，消灭奉、直势力，不但可永远消除威胁，还可使自己在北方的地位大大提高，从而使自己在南京政府中有举足轻重的作用。
蒋介石夺得国民党领导权后，在党和政府内排除异己，遭到各方压力，于1927年10月宣告下野，东渡日本。于是阎锡山邀冯玉祥联名致电蒋介石，要求他回国主持“北伐”战事。阎还单独致电蒋介石：“公去国危，个人之去留事小，党国之存亡事大，愿用春秋责贤之义，再挽浪中已去之舟。”其实蒋介石宣告下野，是他的权宜之计，只是暂时摆脱一下矛盾的困境，并不是什么自责的表现。因此一个多月后，于11月10日从日本回到上海，不久回南京，以党内同志的要求为借口，再任国民革命军总司令。
蒋介石复出后，没有忘记阎锡山两份电报中所表示的一片心意。1928年2月，蒋在徐州召开军事会议，任命阎锡山为第三集团军总司令，统领北方国民革命军。从此阎锡山成了全国屈指可数的军界大员，与冯玉祥、李宗仁齐名。
