但是，清廷出台的《章程》毕竟是有其特殊的针对性的。美国传教士斐来尔也承认：“官方通报中直接提出或暗指的某些重要指控并非完全没有事实依据”，但同时又担心如果按照清廷的规定来传教，则“传教士和中国信徒必然遭受很多磨难，甚至可能无法逃脱残酷的□□”。
总税务司赫德的告诫应该是最中肯的。赫德认为，“福音”若想在中国迅速传播，就要避免干预中国司法，他说：“信仰基督教的教徒并没有改变他是一个中国的属民，而应像其他一切中国的属民一样，必须继续遵守他的国家的法律并且服从他的国家法庭的裁判。传教士只是一个传教士而已，而且必须把他自己限定在传教工作上，尽力避免有干预诉讼和妨碍中国官吏的任何行动的意味。只有坚持这个原则而信守不渝，那么地方绅民、各省官吏和中央政府的仇视才能消除。”
乡民“非理性”是拒绝《传教章程》的理由？
《传教章程》的无疾而终是一件极为遗憾的事情。
整个晚清史中，“教案”对政局走向所产生的影响，无论是广度还是深度，都远远超出其他类型事件——晚清教案始于1842年北京教案，结束于1911年陕西长武教案，连绵七十年，与整个晚清相始终，其持续时间之久，是同期其他事件所望尘莫及的，其产生的外交纠纷数量，也是同期其他事件所无法比拟的。
在拒绝《传教章程》的理由中，有一点尤为值得关注，即西方各国对中国民众“非理性”的担忧，各国公使均提及：《章程》中所谈到的“挖眼剖心”等不实谣言在中国民众当中有极大的市场，如果接受《章程》，则无法保障传教士们的人身安全。
这一理由是否充分?
后世学人与舆论论及教案，也必然谈及民众对谣言的盲从，譬如天津教案、义和团运动中均曾广泛流传的“挖眼剖心制药”之说。但是，谣言绝非晚清教案爆发的真正导火索，一个有力的反证就是：作为中西交冲最前线的开埠城市，上海市井中所流传关于洋教和传教士的流言远远多于乡村社会，但是，上海却并没有因为谣言而发生过教案。
真正的关键不在于谣言，而在于中国近代以来的教案，绝大部分都发生在乡村地区。
和佛教、道教有所不同，近代基督教对中国乡村社会缺乏尊重。其实，这种缺乏尊重早在明朝利玛窦时代就已存在，利玛窦曾赞叹南京城和北京城的宏伟壮丽，但却哀叹所有中国人的精神堕落于罪恶的邪教。近代的传教士同样怀有这样一种“精神傲慢”。只不过，在利玛窦的时代，明王朝的物质文明远非欧洲那些脏水横流的逼仄“帝都”所能媲美，所以，利玛窦也就不得不先把自己伪装成一个归化了儒教的“儒士”，以此获取在明帝国的立足之地；而到了晚清时代，东西方国力形势的逆转，使得新时代的传教士们已完全不必再像前辈利玛窦一样以“谄媚儒教”的方式去寻求东方帝国的“归化”，那种源自文化傲慢的“拯救欲”可以毫不掩饰地在清帝国的乡村社会中畅意表达。
