此次交涉影响范围不大，但也引发了朝廷之外的一些言论。这些言论又恰恰是日本所需要的。譬如1873年4月5日上海《申报》刊载了署名为“岭南莲塘生”的一篇稿件，基本上可以代表当时大多数中下层士大夫们的普遍看法。
“岭南莲塘生”说：“盖台湾一带，虽系中华之地，而台湾府属界，居海岛边境。至于生番，则又深居内地；虽统称台湾，实非台湾府属可管也。且生番蛮类，未晓人性，不入王化，非我朝百姓；与中土何碍焉！”
其中的“不入王化”、“非我朝百姓”等言辞，正合日人之心。但在“岭南莲塘生”的本意，却并不涉及国家疆域问题，所指均属文化层面。
两套彼此交叉、互相矛盾的“世界认知体系”及其衍生出来的不同的外交游戏规则，被日本政府轻易地操纵于股掌之间，而清廷举国朝野竟毫无察觉。
有此铺垫，1874年2月6日，日本政府通过了《台湾蕃地处分要略》；4月11日组织了侵台军，名曰“台湾生番探险队”。
《要略》重点提及1873年副岛种臣使团所取得的“外交成果”：“台湾土番部落,为清国政府政权所不及之地。其证据具见清国自来所刊行的书籍之中,而当前任参议副岛种臣使清之际清廷官吏所作答语,尤其显然,故视之为无主之地,具备充分理由。是以报复杀害我藩属琉球人民之罪,为日本帝国之义务,而征番之公理,亦可于此中获得主要根据。”
外人点醒：清廷恍然领悟日本真正用意
日本出兵台湾在即，台湾道在给闽浙总督的文件里却将此事的权重放置在“剿办彰化廖匪”一事之后，并称：“牡丹社系属番界，彼如自往剿办，在我势难禁止。”虽然担心日本人胜利后会盘踞番社不走，但给出的处置建议仍是消极的“一切唯以镇静处之”。
自然，这正是日本人所希望的清廷的反应，台湾地方官丝毫没有意识到此事关乎中国在台湾东部番地的领土主权。
直到5月，清廷才洞悉日本的真正意图。日军讨“番”统领西乡从道将出兵台湾的照会送直闽浙总督李鹤年处，出乎意料地遭到了李的强硬反击。李于5月11日后连续照会西乡从道，称：“本部堂查台湾全地，久隶我国版图。虽其土著有生熟番之别，然同为食毛践土已二百余年……查万国公法云：凡疆内植物、动物、居民，无论生斯土者、自外来者，按理皆当归地方律法管辖……据此各条，则台湾为中国疆土，生番定归中国隶属，当以中国律法管辖，不得任听别国越俎代谋。兹日本国中将照会，以台湾生番戕杀遭风难民，奉命率兵深入番地，殛其凶首，以示惩戒。在生番迭逞悍暴，杀害无辜，即按以中国之法律，亦所必诛，唯是台湾全地素属中国，日本国政府并未与总理衙门商允作何办理，径行命将统兵前赴，既与万国公法违背，又与同治十年所换和约内第一、第二两条不合。”
