余杭知县刘锡彤带领仵作沈祥、门丁沈彩泉赶去验尸时，葛品连的尸体已经开始肿胀变异：口鼻内有血水流出，躯体软而不僵；指甲和趾甲呈暗灰色。仵作沈祥缺乏专业素养，将口鼻内有血水流出写成“七窍流血”，将指甲和趾甲的暗灰色写成“青黑色”；门丁沈彩泉居然也有资格参与验尸，并根据“个人经验”，做出了葛品连中砒霜之毒而死的结论。
按照清律规定，知县刘锡彤有责任亲自按照标准验尸教材《洗冤集录》一一核对仵作的验尸报告。《洗冤集录》里说：“服砒身死者牙根青黑，七窍迸血，嘴唇翻裂，遍身发小泡。”且不论《洗冤集录》是否精准，但很显然，葛品连的尸体并不符合这些特征。而且，在此之前，葛品连的亲属和邻居等许多人都见过未变异的尸体，只要略加询问，即可澄清葛品连是否中毒而死。但刘锡彤显然认为这些进一步的求证都没有必要，他在内心深处，已然将杨乃武与葛毕氏的“奸情”和葛品连的死很自然地联系到了一起。
【发现案情存在疑点，反不求真相而忙于凑齐“证据链条”办成铁案】
葛品连的“死因”被确定之后，刘锡彤接下来要做的工作就是寻找支持这一“死因”的证据，并形成一个完整的证据链条。首先需要的就是葛毕氏的供词，在刘锡彤的案情规划里，葛毕氏已经被确定为因奸情谋杀丈夫的凶手，所以，他的讯问直奔“毒从何来”。
葛毕氏没有下毒，自然无从回答毒从何来。刘锡彤现场讯问无果，遂将其带回县衙严刑拷打。据当年《申报》披露，葛毕氏所受之刑乃是“烧红铁丝刺乳，锡龙灌水浇背”，这种流传至今的“国粹”，其残忍程度可见一斑。
酷刑之下，什么样的供词都不难得到。站在葛毕氏的角度——刘锡彤既已“确认”葛品连死于毒杀，自己又被“确认”为凶手，而市井间沸沸扬扬的自己与杨乃武的流言，葛毕氏必然也是知道的，于是乎，诬攀杨乃武就成了葛毕氏在酷刑之下“理所当然”的选择。
举人杨乃武随后被带至县衙。按照葛毕氏的口供，杨系十月初五给了她砒霜，但杨乃武有充分的证据证明自己十月初五因事外出，并不在余杭城内。案情开始出现重大疑点，严重偏离刘锡彤“经验丰富”的“主观判断”。倘若刘锡彤能够抛弃先入为主的成见，及时重新审视案情，这一冤案或许可以就此打住。
但事实是：杨乃武的举人身份让刘锡彤颇为恼火，因为按照清律，他无权对一个举人动用酷刑。刘采取的手段是将案子上报杭州知府衙门，要求革去杨乃武的举人身份。为掩饰己过，刘锡彤压下了杨乃武所提供的一连串证人的证词，未将其收入卷宗上呈知府衙门。
于是乎，杨乃武丧失了举人身份。酷刑之下，要什么就能有什么。只不过这一次动用酷刑的换作了杭州知府陈鲁。杨乃武承认下毒之后，证据链条完整性的下一环就是砒霜的来源。杨只得攀诬了一家名为爱仁堂的药铺，并指认卖给自己砒霜的药铺老板名为“钱宝生”。
