二、草案第二条中规定，游艇的适用税额由国务院另行规定。有些常委委员、专家提出，根据税收法定原则，车船税法应当对游艇的税额幅度作出规定，具体适用税额可由国务院在法定的税额幅度内确定。法律委员会经同财政经济委员会、预算工作委员会、国务院法制办公室、财政部、国家税务总局研究，对游艇的计税依据可以考虑按长度、价值、发动机功率或者吨位等因素。鉴于游艇的长度与价值基本呈正相关关系，一些国家也以长度作为计税依据，从我国现阶段经济社会发展情况、游艇登记管理实际和征管可操作性考虑，建议在车船税法所附税目税额表中规定：以游艇长度作为计税依据，税额幅度为每米400元至2000元。同时，授权国务院在法定税额幅度内确定具体适用税额。（草案二次审议稿第二条第三款、草案二次审议稿所附车船税税目税额表）
三、草案第四条中规定，对节约能源、使用新能源的车船可以减征或者免征车船税，对高能耗、高污染的车船可以加收车船税，并授权国务院规定具体办法。一些常委委员、专家、地方提出，由国务院规定车船税的减免是可以的，但不宜由国务院规定加收车船税，且对“高能耗、高污染”车船难以界定。法律委员会经同财政经济委员会、预算工作委员会、国务院法制办公室、财政部、国家税务总局研究，建议删去这一条中对“高能耗、高污染”车船加收车船税的规定，并在车船税减免的具体办法由国务院规定的基础上，增加规定：“并报全国人民代表大会常务委员会备案。”（草案二次审议稿第四条）
四、草案第十条第二款规定，公安机关交通管理部门在办理车辆相关登记和定期检验手续时，对未提交依法纳税或者免税证明的，不予登记，不发给检验合格标志。有的常委委员提出，定期检验是对车辆性能的检验，是否纳税与检验是否合格没有直接关系，建议对草案的规定再作研究。有些社会公众对此也提出了意见。
法律委员会经同财政经济委员会、预算工作委员会、国务院法制办公室、财政部、国家税务总局研究认为，公安机关交通管理部门在车辆管理方面有监管措施，数据较全，规定由其在办理车辆相关登记检验手续时，为税务机关依法征收车船税做些协助工作，是可以的。据此，建议将这一款修改为：“车辆所有人或者管理人在申请办理车辆相关登记、定期检验手续时，应当向公安机关交通管理部门提交依法纳税或者免税证明。公安机关交通管理部门核查后办理相关手续。”（草案二次审议稿第十条第二款）
