王懿荣关于清理孔子田产的奏疏，讲的是经济问题，但又不是一般的经济问题，它涉及到朝廷加强思想统治的问题，比几千顷土地更为重要。自汉朝以来，历代统治者不断圣化孔子，对他的后人也恩礼有加，不断赏赐土地，到宋真宗大中祥符年间，开始有专门的祀田，而且其数量，沿及金、元、明、清朝，一代比一代多。他们的目的都是为了抬高孔子及其后人的地位，以作为统治人民思想的工具。这些土地分布在山东、江苏、安徽诸地，在正常的情况下，承佃的劳动人民已经遭到极大的剥削，如果管理混乱，隐占私卖，升科加税，一方面有人从中渔利，一方面劳动人民受害更深。这当然不利于维护圣人后裔的尊严，更不利于加强朝廷对人民的思想统治。
王懿荣在第二次奏上清理孔府田产的奏疏时，已经署理国子监祭酒。上书的八月份曾亲自陪光绪帝在国子监行祭孔的大典，这自然更加深了他的责任感。所以他再次上疏，请求彻底清查孔府地产。并夹片奏请修复民山、洙泗两书院：“臣前曾奏请修复曲阜民山、洙泗两院，当蒙恩旨饬下山东巡抚办理。业经前任抚臣张曜修葺既成。后任巡抚福润，又为筹银一万两，交兖沂曹济道，发商生息，侍积有成数，以为修脯膏火，专课四氏学子弟之资。风闻承修关重候两书院，偷工减料，房舍尺寸俱行缩小，当被罚银四千两，归入藩司，未知是否属实？此项后来亦未悉作何开销。请旨饬下山东巡抚，确切查明。如果实有此项，可否恳恩赏给并入前项银一万两内，一同交商生息。及早添置几案，充实堂字，使四氏学诸生课读其中。”
另外，衍圣公府不戒于火。近几年来，旧藏的书籍图录，焚烧一空。故而王懿荣上疏恳请朝廷下旨各省督抚，无论新旧刻本图书，各送一份解交山东巡抚，然后转行曲阜“作为恩赐衍圣公孔令贻，敬谨储藏，以为通法之资。遇再有新刻的图书，陆续咨解。”如果各省有官绅自己加刻的图书，愿意送衍圣公府，亦任其就近交与该省省长，咨送山东巡抚，汇交孔令贻收存。
当日，光绪皇帝的上谕是：翰林院侍读王懿荣奏请饬整理衍圣公府地产一折，据称衍圣公府各项地产载在《会典事例》及《阙里文献考》，顷亩其详。前次巡抚张曜查出江苏铜山、沛县一带涸田，未及具奏，请饬查明拨补等语。衍圣公府田产既有官私载籍可凭，自无难确切履勘。著户部行知两江总督，江苏、山东各巡抚按照原奏各节，调齐卷册，分晰清查，如数拨补，据实具奏。另片奏请将修葺曲阜书院罚款银两，发交生息，以兖四氏学膏火一节，著山东巡抚查明办理。又片奏请饬各省将书局所刻经籍解送衍圣公府储藏等语，即著山东巡抚咨行各省督抚遵照办理。钦此。
透过王懿荣奏疏，我们可以看到清末年吏治腐败种种。神圣的衍圣公府田产，照样可以侵吞；修葺圣人读书的书院款项，地方官照样可以贪污。完全是读书、作官、贪污、作大官的恶性循环。而像王懿荣这样忠于朝廷、恪尽职守的清官，可谓凤毛麟角，鹤立鸡群。
光绪二十年（1894）十一月初四日（11月30日），王懿荣又上奏了《详度夷情审量时局疏》，陈述了自己主战而勿轻许议和的主张。王懿荣认为，自第二次鸦片战争起，中国一败再败，最后首都且为人所据，终以屈辱求和。这些教训，有识之士深受刺激，遂于创痛犹新之际，应取人之长，以固海防求自强。
王懿荣在奏折里谈了两方面的意见，一是敌人国库空虚，所缺者是钱。如果与之议和必须又要赔款，他们则挟我之资，便以攻我，是益寇粮而资之盗；一是不与敌战，则人心涣散，坐耗粮饷，这样亿万百姓的脂膏，一半用之给敌人赔款，一半用之于海防，国家也将有内溃之患。
王懿荣的见识，特别是抗战决心是可嘉的。他主张不议和，而开展持久抗战来战胜敌人也是可行的。但以李鸿章为首的主和派和主持大政的慈禧太后意见是一致的。所以王懿荣的主张在他们看来是书生意气，是不会被采纳的。
光绪二十年（1894）中日甲午战争日益吃紧，而慈禧太后仍大操大办“万寿庆典”，王懿荣深不以为然，毫无顾忌地于九月一日（9月29日）奏上皇太后万寿《吁请暂停点景但行朝贺疏》。
此疏既上，京朝为之变色，很多人都为王懿荣捏了一把汗。在同一天里，王懿荣还奏上《时事孔极请召用亲贤疏》，疏中详讲了当时的紧张形势，指出了清军种种弊端，为了挽救局势，请召用恭亲王出山，来扶佑皇帝，力挽狂澜，对日坚决作战的决心。
光绪二十四年（1898），在王懿荣三任国子监祭酒期间，四月二十一日（月2日）王懿荣向光绪皇帝请圣安并蒙召见，光绪帝对他说了一些劝勉的话，并仍任命他为南书房行走。五月二十九日（7月9日），王懿荣又补授国子监祭酒。王懿荣奏上了《请将已故祭酒宣付馆立传疏》。
盛昱，满族镶白旗人。字伯熙，清宗室，为肃亲王豪格七世孙。光绪进士，授编修，累迁右庶子，任日讲起居注官，与翁同龢等南清流接近。光绪十年（1884）中法战争时，上疏攻击军机大臣，大呼主战，这份上疏被慈禧太后利用，借机罢免奕等全班军机大臣，造成“甲申政潮”。事发后，他不顾慈禧太后淫威，转而上折为奕等人辩解，又遭慈禧谴责。历任国子监祭酒、山东主考等职。
王懿荣奏请将已故祭酒盛昱付馆立传。这份奏折主要讲述前祭酒盛昱的事迹，与他自己三任祭酒时所为，大体相似。他个人承袭遵循盛昱关于国子监的规则、办学宗旨及具体的做法，从他对盛昱的赞扬中，可以清晰看出，他俩在国子监一职立场是一致的。奏折还反映出王懿荣在国家形势多变中，他个人的立场，对时势的认识。王懿荣在第三次任祭酒时，正是戊戌变法失败不久。他在奏折里提到戊戌变法的首领康有为，认为康有为所提倡变法的学说是异说，尤以“本学肄业生皆笃守师传，无一人为其煽诱”自豪。这段文字与康有为在王懿荣逝后十几年后，康有为所写悼念诗提到王懿荣曾为康有为“公车上书”改动几个字、关键词句是相左的。我们只能理解，王懿荣有碍于翁同龢的面子，为了保护国子监诸生的前途，不得已而为之。
从这篇奏折看，作为国子监祭酒，王懿荣是恪尽职守的。他朝夕入值，风雨无阻。归来之后，夜间还要秉烛批改监生作业课卷。诸生们得到他的教诲，相互勉励，努力学习，学业大有长进。清朝末年，国子监因为有治麟（满州正白旗人，姓颜札氏，字舜臣。光绪三年（1877）进士，官至国子监祭酒，以孝友著称）、盛昱为祭酒，众人皆称赞其为太学师，至王懿荣为祭酒，时人将他们三人并列，“谓得懿荣而焉”。
清末，在清廷内部划分出帝后两党外，在政治上还有一支非派非党的势力，那就是清流。清流中，多出于士子优秀者，多获高第，他们居京师，厕身于翰詹清职，颇以声气相求，从事讲学论政，而震憾内外。早期清流人物如张之洞、宝廷、陈宝琛、张佩纶等。其尤著者皆少敢言，勇于疵议时政，纠弹大臣，且往往相互声援，合力进言，不达目的不止。此事领衔人物是军机大臣李鸿藻、徐桐，历称“北清流”。王懿荣当时还没有步入正途，只是户部一个额外员外郎衔主事，人称“青牛肚”，只是个清流中摇扇出主意的人物。
光绪初年，翁、潘为清流又一派（所谓“南派”）之领袖，他们出于江南浙西人文荟萃之地，翁、潘二人又屡任考官，门生故吏众多，于是翁、潘之名，颇为士林所盛称，况他们又久值宫禁，颇具影响。
南清流于学术则皆重金石、书画、碑板、小学之属，不同于李鸿藻、徐桐一味之重性理经济。尤显士大夫之风习，多数士子归之。王懿荣为翁、潘门生，金石学问被二人所看重，归为此流理所当然，而且他与文廷式、盛昱、吴大澂、张骞等为后起清流派的主要骨干。
然而，自甲申政变以后，李鸿藻一系，首遭打击。李氏本人，由协办大学士，降为内阁学士。宝廷被骇罢。张佩纶、陈宝琛则于光绪十一年（1885）获革职戍边。邓承修告退。鹿传霖、边宝泉、李秉衡于光绪十一、十二、十三年（1885、1886、1887）告归。张之洞在两江总督任，亦不自安，屡屡请辞。
此时，清流虽不得志，然其潜势力则未可忽视，因为慈禧太后为了挽救其统治，将科举考试仍按大事来进行，所以派出学使、考官仍多清流人物，又逐年拔擢新进，后起之秀，正复日增。王懿荣、文廷式、张骞等皆于此时崭露头角。
纵观王懿荣奏疏内容、特点、政治倾向多为泼辣尖锐，当然他也更懂得策略，其政治主张就是：重礼法、崇俭德、嫉贪佞、恶鄙俗。尤其对慈禧太后包容奢侈贿赂、宴游逸乐的作风痛心疾首。
当然，王懿荣更清楚，清末，慈禧太后为最高领袖，后党势力言不可极。像他这样的翰林出身的儒官，根本不能把他们怎么样。无论从朝廷内部，还是与外国入侵势力，都是难以撼动的。对内则慈禧太后之兴趣在于权力及享受，而乏长治久安之远图，故其为政，因应敷衍，无所兴革，所亲信亦多浅识小人，顺臣、庸臣。对外则一味投降议和，不惜割地赔款，一发难收。
王懿荣还认为，凡是不顺从慈禧太后者，“多扶此仰彼，以去异己”。慈禧太后所以敢随心所欲，为“自幼无由得充分之教养所致也”。所以在光绪二十六年（1900），八国联军入侵京师，慈禧太后命他为京师团练大臣，卫戍京城，是给了他一个送死的官。他只好抵抗最后一刻，然后以死来表明自己的心迹。
王懿荣在展示自己政治抱负的同时，他因深受光绪帝的信任、慈禧太后的赏识（也许是拉拢），所撰写恭代御文甚多。
王懿荣的恭代御笔，亦称《经进稿》，是光绪十八年（1892）至光绪二十一年（1895）三年间，撰写部分公文式文章。这些公文文章是代表朝廷、代表光绪帝为几个已故大臣撰写的圣旨等，其内容涉及到光绪的生父醇亲王、大学士宝鋆、军机大臣阎敬铭、长江水师提督李成谋、端郡王等，是朝廷褒奖他们的祭文、碑文等。后半部分是祭《先师孔子告祭文》、《长白山祭文》、《光绪十九年恭进〈起居注〉后跋》、《进皇太后六旬万寿恭赋》等文告诏书。
当时王懿荣频繁地出任会试的磨勘官；出任已丑（光绪十五年（1889））、庚寅（光绪十六年（1890））、甲午（光绪二十年（1894））三科的庶吉士教习官；还出任癸已光绪十九年（1893）科河南乡试主考官，擢升南书房行走的内廷供奉官时。
这些按惯例写成的官样文章，虽说它代表不了王懿荣总体的写作水平，但从这些短小精华的文告当中，还是看出了王懿荣扎实的儒学功力和深厚的汉语造诣。可以说，如果没有上述的功底，是不可能选到皇帝的身边，担当起草诏书和恭代御笔的。
王懿荣所撰写的这些人物，亦都是清末中枢重臣，也可以说是影响晚清局势的重要人物。
咸丰九年（1859）醇亲王受命在内廷行走。咸丰十一年（1861），参与北京政变。地位仅次于恭亲王奕，虽才力不及奕，而对内外大政亦颇有主张。为人则较驯谨柔谙。其妻又为慈禧太后之妹，故与太后关系较密，同治以后，慈禧太后垂帘执政，中枢集全力以对应外患，于是醇亲王与恭亲王渐起矛盾。恭亲王主张以和主外交，较审彼己，故对外常持和局。醇亲王则处处慷慨言战守，亦因此常为朝中清流所注目，光绪帝亲政以来，醇亲王以本生父，地位益尊，又与慈禧太后关系更加密切，所以与恭亲王分成两派，在时局常以战和意见不一，矛盾遂日益加深。
恭亲王经同治四年（1865）遭受打击以来，虽已颇自逊仰，遇事处处不甚迎合慈禧之意，经常据祖制来阻止慈禧之专制势焰，文廷式在《闻尘偶记》曾记载：
同治朝，大婚之后，慈禧太后面谕军机大臣云：“吾姊妹辛苦久，今距归政不远，欲择日遍召大学士，御前大臣，六部，九卿，谕以宏济艰难之道，惟养心殿太迫窄……”言至此，恭亲王奕对曰：“着，慈宁宫是太后地方。”太后遂止不语，后亦不遍谕大臣，盖后意欲御乾清宫，恭王窥其意，而先为几谏也。其机警如此。
恭亲王等罢职后，继任者，军机则礼亲王世铎为首，总署贝勒奕劻为首，而事实上，则醇亲王总揽一切。于是慈禧太后专制日增。中法战争结束后，光绪十一年（1885），慈禧太后开始大兴土木，修造起颐和园来。
当时兴修颐和园最大困难是国家财力不足。醇亲王从心眼里不赞成，但他不敢违抗太后之命。款不足，他四处找一些封疆大吏和海关来“报效”，还各处调拨，东拼西凑，以致西北军饷皆受影响。至光绪十四年（1888），颐和园工程之浩大，把筹建海军的经费也拿来修园子了。醇亲王虽知这事若传出去，会遭到国人唾骂，但他不敢违抗太后旨意。连李鸿章也睁一只眼闭一只眼说：“盖颐和园成，而日后战争中国之败势定矣！”然而，就在此时，日本皇后却垂范拿出自己的私房钱来支持国家去购买世界上最先进的炮舰。
