元代通过文永、弘安两次入侵日本，打击了幕府的军事实力。同时元军的失败也让很多人认为是“天佑”的结果，后宇多天皇亲临祈祷，掌握朝廷大权的龟山上皇向寺庙奉献钱币，在延历寺祈愿“异国降伏”等，甚至不间断祈愿七昼夜，并发动全国人民祈愿，由龟山上皇手书“敌国降伏”的条子30张，放于佛像神座及社、殿的石础下，表示以神力压服元军之意。
到了明代，由于倭寇的关系，明政府希望通过朝贡贸易的“羁縻”手段来消除“衅隙”，日本则将朝贡贸易作为盈利机会，各方都大加利用。
明太祖朱元璋曾诏谕南朝的怀良亲王“日本国王”，并赐其《大统历》及文绮、纱罗等，当时并不了解日本南北朝分治的情况，怀良亲王也借助明朝的权威来巩固自己在九州的南朝势力。后来明政府得知怀良亲王并非日本国王，而博多、太宰府也并非日本之京城，对非日本朝廷派来之朝贡使者一概拒绝接受，并开始积极防御倭寇。1381年、1386年怀良亲王的使者都被却贡。
足立义满年轻时就对明王朝的文化大为憧憬，1394年曾欲以明太祖洪武帝朱元璋的“洪”字为日本的元号，此字因与“洪水”相关，在日本被认为不吉而遭到公家的反对。足立义满完成日本南北朝统一后，1401年以“日本国准三后源道义”的名义派使节入明。1403年，又派遣天龙寺僧人坚中圭密入明朝贡。1402年，当携带明惠帝国书的两名僧人到达兵库（神户）时，足立义满专程赶到兵库，清扫街道将使者迎接岛京都。在义满跪接的明国书中写道：
奉天承运皇帝诏曰：尔日本国王源道义，心存王室，怀爱君之诚，逾越波涛大海，遣使来朝……“源”是义满的祖姓，“道义”是义满出家后使用的名字。此后，义满在给明朝的国书中自称“日本国王臣源”，将明朝的国书视为无上的恩遇和荣耀。掌握了对中国的外交主动权后，天皇自然不被足立幕府重视。
明成祖朱棣时，则派赵居任等出使日本，赐足立义满龟钮金印及堪合（朝贡贸易凭证）百道，恢复了两国朝贡贸易关系。同时，足立义满入贡时献所俘获的扰边倭寇，大受明成祖嘉奖。1406年，义满捕捉对马、壹岐等岛倭寇，并献所获之倭寇魁首，尽歼其类。明成祖派使者赍玺书褒谕，并赐白金千两及海舟两艘，封其国之山为“寿安镇国之山”。明朝与室町幕府之间的朝贡贸易也成为其收入的重要来源。日本学者臼井信义就认为：“义满鼎盛期的北山时代最重要的财政收入来源，实际就是和明王朝的贸易。”
随着室町幕府势力衰微，日本国内各势力对朝贡贸易的争夺也日趋激烈，最终发展成了宁波的互相拼杀的“争贡之役”。事情源于1513年入明贡使所带回的正德新堪合，新堪合并没有送到京都足立幕府手中，而是半途被九州的大内氏夺走。正德十一年（1516年），大内氏派遣朝贡船三艘携带一、二、三号堪合到达宁波。此事引起紧邻京都、盘踞坍港的细川氏的不满，细川氏要求分享朝贡贸易，由于细川氏实力强大，幕府不敢拒绝，于是给以过期的弘治堪合。细川氏遂派朝贡船一艘于1523年到达宁波，比大内氏的朝贡船迟到10天左右。按照朝贡惯例，“凡番贡至者，阅货宴集，并以先后为序”，但宁波市舶太监接受细川氏朝贡船的贿赂，以其为先，此举引起细川氏一方宗设谦道的不满，两方仇杀，焚嘉宾堂、劫东库，大掠宁波，夺船扬长而去。事后，明政府停宁波市舶，中止了日本的朝贡贸易关系。而朝贡贸易的停止，又延伸出中国东南沿海全面遭受倭寇骚扰的“嘉靖倭患”。
清代，中日两国民间往来频繁，但正式的国际关系确立却直到清末的1871年《中日修好条规》签订之后。此时的日本，已经全面以西方为楷模，吞琉球、觊觎朝鲜和中国沿海领土。1874年，借口台湾岛民杀害琉球漂流民出兵台湾，挑起“台湾事件”；1894年8月1日，明治天皇向清国宣战。“甲午战争”胜利后的日本不仅获取了巨额的赔款和领土，也使得军事统帅者天皇的地位大大提高。到了1898年清政府推行“戊戌变法”的时候，已经将明治政府作为改革和学习的楷模，中日之间的文化地位全面逆转，遂有清末和民国大举留学日本的热潮。
四、“阴阳师”与皇室“幽灵”
《日本书纪》（720年修撰）记载天地初造时道：“上古，天地未剖、阴阳不分，馄饨如鸡子，溟涬含牙。其清阳者薄靡而为天，重浊者凝滞而为地。精妙之合专易，重浊之凝竭难，天先成而地后定，然后神圣从中生焉。”早在推古朝时期，阴阳术就已经传到日本。根据《日本书纪》记载，推古天皇十年（602年）“百济僧侣观勒来此”、“历本、天文地理书、遁甲方术书也一并带来”。据说圣德太子就对阴阳道的知识非常精通，在制定“冠位十二阶”的服饰颜色时，就考虑到阴阳五行因素的配合，在日本社会造成了很大的影响。
在日本的早期传说中可以一窥阴阳五行的力量。传说第11代天皇垂仁天皇的皇子“霍牟茨华凯”是个哑巴皇子。因为出云在日本被作为西方大神看待，其五行相陪的是白色，象征物是金气、酉（鸟）以及“言”。哑巴皇子的生母莎霍媛为了救其兄长，舍生忘死，自投叛军，在战争的硝烟中好不容易才把皇子还给天皇。也就是说，皇子一生下来就受到火的伤害，由于“火克金”的原理，他成了哑巴。哑巴皇子后来看到了白色的鹄鸟，第一次开口说话。由于祭拜了西方的出云大神，所以他完全恢复了曾经丧失的语言机能。
“四神相应”是中国风水的一个重要概念。在堪舆风水时，将“四神相应”的地形视为最佳的地形。在过去，不管是营建城市、国都，乃至一个国度都要遵循四神相应的原则。四神相应指的是“东方青龙，南方朱雀，西方白虎，北方玄武”。具体来说就是东有河川，南临洼地或湖海，西为大路，北靠山地。在日本，仿照唐朝长安而建的平安京和平城京、日光东照宫以及江户城都符合这一原则。日本平安京（京都）北靠丹波高地，南临巨椋池，东有大文字山，西有岚山。
日本在推古天皇十二年（604年）开始正式使用中国历法。朝廷设置阴阳寮，置天文博士推行历法。一直到1885年使用日本自己推算制定的贞享历。阴阳五行之说最早就是随同历法传入日本的。孝德天皇时，阴阳五行的思想已经在日本统治阶层中占据重要地位，地方献白雉被当作祥瑞，开启了日本祥瑞改元的先例。后来，到了天武天皇（673—686年）时期，皇室对阴阳道的热情到了几近狂热的地步。天武天皇非常了解阴阳道的天文遁甲之术，成立了“阴阳寮”（类似古代的国子监、今日的社科院的机构）。“阴阳寮”设长官“阴阳头”一人，阴阳博士、天文博士、历法博士各一人，漏刻博士两人及阴阳师六人。其主要职责是负责天文、历法的制订，并判断祥瑞灾异，勘定地相、风水，举行祭仪等，可支配人员计有89名。阴阳道成了天皇的御用之学，成为其官僚制度的一个组成部分。同时严禁一般百姓拥有《河图》、《洛书》、《太乙》等阴阳道的专门典籍，目的就是想要让阴阳道成为国家的独占工具。阴阳师开始以国家专属的占卜师身份出现，在整个平安时代，他们达到了发展的巅峰，贺茂保宪、安倍晴明作为精通此道的大家而闻名于世。中世以后，安倍晴明的后裔——土御门家族世代世袭阴阳寮长官职，几乎独占了阴阳头、阴阳博士之位。德川时代，他们的权力进一步强化，统括了各地的阴阳师职位。精通阴阳五行并创造天元术的天海僧正就受到德川家康的重用，历仕德川秀忠、家光三代将军。
东京在德川时代称为“江户”。江户城在日本的东部，五行上属于木气。东京皇城的绿瓦、白墙与茶褐色的铜柱，与北京的灰色建筑一样成为城市的代表色。德川幕府时期，每逢阴历八月初一（朔日），皇宫内院的女佣人以及吉原的妓女都身穿白色的麻布衣庆祝德川家康进入江户城。宫田登在《江户岁时记》中写道：江户城和皇宫内院，人人着白色衣裳。内院中的女子们的服色尤让人过目不忘。而在庶民居住区，吉原地区女子的风情亦是纯白色的。
使用白色的原因，是德川家康的咒术。家康在天正十八年（1590年）八月一日进入江户城，天正十八年是庚寅年。“庚”是“金之兄”，表示强烈的金气；而“寅”则属于木气，该年的干支气象为“金克木”；八月属于金气的正位，干支的“辛”；初一则是事情之始。德川家康选择在庚辛的年月，是为了抑制强大的东部地方——江户，进而可以控制日本全国的咒术。德川御三家中的水户藩位于江户的东北方“鬼门”的方位，一般认为从鬼门攻入江户就会造成阴阳风水被破坏，幕府有灭亡的危险。所以水户藩虽然地位较高，有“副将军”的权利，但不能从水户藩过继养子。巧合的是，德川幕府的最后一位将军恰恰出身于水户藩，他就是9岁时候过继到一桥家的德川庆喜。
早良亲王（750—785年）是奈良时代末期的皇族，光仁天皇的皇子。他的生母是高野新笠，他是桓武天皇、能登内亲王的同母弟弟。因为母亲一方是下级贵族，无望立太子，天平宝字五年（761年），早良亲王出家，居住在东大寺羂索院、大安寺东院，被称作亲王禅师。781年，在哥哥桓武天皇即位的同时，他在父亲光仁天皇建议下还俗，立为太子。
但是延历四年（785年），他受到造长冈宫使藤原种继被暗杀事件的连坐，被桓武天皇废掉太子，幽闭在乙训寺。早良亲王为了证明自己的无辜而绝食，配流淡路国的途中，在河内国高濑桥附近（现在的大阪府守口市高濑神社附近）死去。
早良亲王死后，相继发生桓武天皇第一皇子安殿亲王（后来的平城天皇）发病；桓武天皇妃藤原旅子、藤原乙牟漏、坂上又子病死，桓武天皇的生母（也是早良亲王的生母）高野新笠病死，加上瘟疫流行、洪水泛滥接连不断，上述异常的现象都被认为是早良亲王的怨灵作祟，因而几度举行镇魂仪式。延历十九年（800年），早良亲王被追赠崇道天皇，移葬大和国，即现在的奈良市八町的崇道天皇陵。
祭祀早良亲王的神社有天皇陵付近的八神社、奈良町的崇道天皇社、御灵神社，以及京都的崇道神社等。其中贞观年间（785—877年）创建的崇道神社是唯一一座专门祭祀早良亲王的神社，地点在京都左京区上高野西明寺山町34号，例祭是每年的5月5日。崇道神社所在的左京区上高野，是传闻中的京都的鬼门。
2001年，根据梦枕獏的小说《阴阳师》改编的电影传奇剧《阴阳师》（泷田洋二郎导演，野村万斋主演）上映。在电影中安倍晴明不得不与被唤醒的早良亲王的怨灵展开激烈的斗法，故事背后就是历史上早良亲王饱含怨愤而死后的一系列传说。化身为大天狗的崇德天皇与白面金毛九尾狐、酒吞童子一起被称为“日本三大妖怪”。
另一个因为皇室斗争产生的怨灵就是菅原道真了，不过菅原道真以才名享誉，后来转变成了日本的学问之神，在民间备受尊敬。
