2.重回德意志和十字军东征
当英诺森三世决定将德意志王位授予弗里德里希二世时，他还只有18岁。为了保证对年轻国王的控制，教皇逼弗里德里希二世作出了两项承诺：一是永远不把西西里的王冠和德意志的王冠合二为一；二是组织进行第四次十字军东征。
尽管皇后康斯坦丝和西西里的权贵们都劝阻他，但血气方刚的弗里德里希二世还是决定立即动身前往德意志，消灭他的主要对手韦尔夫家族。在他看来，这顶王冠是他童年时就早已许诺给他的，绝不可丢。
1212年，弗里德里希二世只带着少数几个侍从和钱财，离开西西里。他那血统高贵的姓氏、年轻有为的形象，再加上法国国王的慷慨资助，使得众多德意志诸侯纷纷抛弃奥托四世，投入到弗里德里希二世一方。与弗里德里希二世依靠法国的支援相同，奥托四世也找来英国支持自己。1214年7月，英法军队在一个名叫布汶的地方发生了激战。结果英国大败而归，被迫退出了在法国北部的大部分领地。失去了英国支持的奥托四世更加势单力孤，下莱茵诸侯、勃兰登堡和安尔哈特的贵族相继弃他而去。
1218年，奥托四世去世，韦尔夫家族由此步入低谷。
英诺森三世的继任者霍诺留斯三世是一个优柔寡断之人，这使得弗里德里希二世能够放手把西西里作为自己的政治基地。英诺森三世死后，弗里德里希二世叫人把自己年仅5岁的儿子带到德意志。他不仅让儿子先后继承了士瓦本和勃艮第公国，还授意帝国会议在1220年选举他儿子为德意志国王。这一举动使得弗里德里希二世对英诺森三世的许诺变成了一个泡影，因为他的儿子将会同时戴上德意志和西西里两顶王冠。
1220年11月20日，弗里德里希二世在罗马圣彼得大教堂被加冕为神圣罗马帝国皇帝。历史上曾有过一次，一位具有3顶王冠的统治者出现在永恒之城，那就是查理大帝。查理大帝当时年近花甲，但这次却是一位年轻人。
1227年，性格倔强的格里高利九世当选为教皇，他的后半生都在与弗里德里希二世争斗。弗里德里希二世曾多次向教皇许诺要参加十字军东征。格里高利九世当选后，他命令弗里德里希二世立即开拔东征，但是弗里德里希二世的东征进程因他的十字军中出现流行病而耽搁。
教皇格里高利九世因他未能及时出征，对他处以绝罚。教皇要求西西里王国的教士们不要举行响应十字军远征的布道和募捐，教会号召西西里的臣民拒绝服从那个被革出教门的国王，还向德国、意大利和西西里所有的教徒颁布了圣令，解除他们对皇帝的效忠宣誓。格里高利九世清醒地看出，皇帝发动十字军东征的真实目的是想重建并巩固自己在亚平宁半岛的统治。尽管被教皇革出教门，但弗里德里希二世仍然坚持他的十字军远征，并在一份宣言中对教皇的所有指责给予了驳斥。
1228年6月，弗里德里希二世从布林迪西扬帆起航，率军前往耶路撒冷。这次东征没有任何战场上的交锋，只用谈判手段就换回了耶路撒冷，这一行动令东方和西方都大吃一惊。弗里德里希二世进入耶路撒冷，宣布重建耶路撒冷王国并自行加冕为国王，同时与原国王的女儿结婚。
弗里德里希二世与异教徒妥协的行为成了格里高利九世反对他的借口。83岁的格里高利九世谴责弗里德里希二世公然与异教徒签约，他组建了一支教皇军，计划趁皇帝远在中东之机进攻西西里。然而，教皇大大低估了对手的力量。弗里德里希二世迅即班师回到意大利，击溃了教皇军队。1230年，双方休战，格里高利九世解除了对弗里德里希二世的绝罚。
在巩固了自身地位之后，弗里德里希二世再次违背与英诺森三世的约定，收回教会管辖权。一再违背承诺，使得历任教皇在宗教和政治上都极不信任弗里德里希二世。1239年，格里高利九世再次将弗里德里希二世革出教门，并指控他曾把摩西和耶稣与穆罕默德并列为世界历史上最大的3个骗子。1245年，格里高利九世的继任者英诺森四世避开皇帝的直接军事威胁，在法国里昂召集会议，宣布废除弗里德里希二世的皇位，并支持德意志国内的反对派。于是，德意志诸侯开始与意大利城市联合反对弗里德里希二世。不过，由于弗里德里希二世本人拥有强大的军事力量，教皇和支持教皇的诸侯并不能通过武力来废黜他，只能另寻他法。于是，在皇帝身边，便屡次发生刺杀和投毒的阴谋，但弗里德里希二世均能化险为夷。
3.多才多艺的开明皇帝
弗里德里希二世被人称作是一位近代皇帝，他敢于冲破中世纪时期的种种束缚，谋求建立中央集权的法治国家，汲取东西方文明中的有益成分，资助文化和教育事业。在他的身上，已经能够看到后世文艺复兴的端倪。
弗里德里希二世非常重视教育。在新建立的那不勒斯大学中，由国际知名的大牌学者为王国培养大量优秀的官吏候选人。为了保证未来每个官员都依附于国家，弗里德里希二世在录取这些人时对他们进行了严格的考试和审查。这种大学—官员的培养模式在某些方面甚至比中国的科举制度还要先进。
弗里德里希二世既是一个君主，一个外交家、军事家，也是一位多才多艺的学者。他本人掌握了7种语言：德语、意大利语、法语、拉丁语、希腊语、希伯来语和阿拉伯语。即使是在不同民族之间的交流日益频繁的今天，这种成就也是非常令人惊奇的，更何况这是在教育比较落后的中世纪。由于具有一些新颖的观念，他在发展工商业方面也很有成就。弗里德里希二世在西西里办了一个诗歌学校，皇帝本人还写有一部诗集《猎鸟的艺术》。大诗人但丁甚至尊称弗里德里希二世为意大利诗歌之父。弗里德里希二世还从法国等地请来建筑师，按照他自己的朴素、高尚的审美观建造了一系列著名的碉堡、狩猎宫和娱乐宫。
在自然科学方面，弗里德里希二世非常重视伊斯兰学者掌握的知识。当时伊斯兰世界的文化水平远远超过了欧洲。据说，有许多重要的伊斯兰学者的知识和发明，就是通过弗里德里希二世所统治的西西里而传遍整个西欧的。弗里德里希二世有时甚至会做一些实验，据说这些实验有的相当残暴。有一次，他命令一些乳母和保育员，让她们只给孩子吃东西、洗澡、洗衣服，但不要哄他们，不要对他们说话。因为他想试验一下，看看孩子们是讲最古老的希伯来语、希腊语、拉丁语、阿拉伯语，还是讲亲生父母的语言。实验的结果是相当惨无人道的，没有乳母和保育员爱抚的话语，婴儿们全都死于襁褓之中。对科学的兴趣使他拥有了先进的思想，甚至对基督教也开始产生怀疑。
弗里德里希二世还与圣徒弗兰西斯（小兄弟托钵僧会的创始人，意大利的圣人）有过交往。1214年，圣徒弗兰西斯从圣地朝圣回来，弗里德里希二世请他到自己的城堡里作客。晚上，弗里德里希进来和圣徒弗兰西斯谈了一夜的话，内容包括纯洁信仰、惩治异端以及与伊斯兰教的关系和整治教会的腐败等。这次会面，对皇帝本人的信仰和施政方针都起到了深远的影响。
1231年8月，弗里德里希二世颁布《西西里新宪法》。在这部法典中，有许多开明的思想和建立集权国家的措施。在宪法中对包括市民在内的第二等级阶层和妇女表现出了保护的态度，这在普遍轻视市民和压迫妇女的中世纪时期，是尤其难能可贵的。根据该法典，弗里德里希二世不再依仗世袭贵族来统治国家，新的独立司法人员担任了全国各个省的总督、帝国总督（即神圣罗马帝国在王国的代表）和整个行政机构的首脑——宫廷总管。这些人只对皇帝本人负责，领取国家的俸禄，在行政和司法方面基本排除了教会的影响。在西西里王国中，存在着皇帝的官僚机构和国家的行政机关。司法集中、警察监督、诉讼程序、医疗保健、常备军队以及最重要的宣布永禁仇杀等执政措施，使西西里王国成为了欧洲第一个近代国家。
弗里德里希二世统治的中心是西西里，他对德意志的事务反倒不甚关心。在儿子亨利加冕为德意志国王后，他便将德意志的事务委托给儿子和诸侯，而把自己的全部精力和治国之才都献给了西西里王国。但是，当儿子亲政后，父子二人却在许多有关德意志的问题上发生了分歧。皇帝不希望儿子过多地和诸侯们发生冲突，他要求儿子立即收回给予城市的诸多特权，否则就断绝和他的一切往来。然而，亨利并没有顺从父皇的意志，反而于1234年起兵反对父亲。1236年，弗里德里希二世返回德意志，将背叛自己的儿子抓了起来，并废除了他的王位，终身监禁在意大利的监狱里。1237年2月，他授意诸侯们在维也纳另选9岁的小儿子为德意志国王，称康拉德四世。为了维持德意志境内的安宁，弗里德里希二世承认贵族在自己的领地内，可以采用王室的礼仪。
弗里德里希二世在德意志奉行与诸侯和解政策，但是在意大利他采用的却是一种严厉的控制和镇压政策。1236年，弗里德里希二世发动了对意大利南方的反皇帝城市联盟的征讨。1237年，弗里德里希二世在科尔泰努瓦大败伦巴第联盟。1241年，弗里德里希二世袭击了热那亚的舰队，并俘虏了两名红衣主教——这二人正准备参加教皇召开的、谴责弗里德里希二世的会议。
1250年12月13日，弗里德里希二世死在了“百花之宫”弗奥伦蒂诺城堡，享年56岁。有流言说他是被自己的儿子害死的。迷信的皇帝曾听到过请他小心带“花”的地名，但是命运却安排他在“百花之宫”结束了他的传奇人生，最后他被葬在巴勒莫大教堂的地下室他父亲身旁。
入葬的时候，他身上穿着重罪者忏悔的粗布衣而不是皇帝华丽的寿衣，还按照阿拉伯的习俗裹上了大幅的丝绸布。
