拿破仑本来对普鲁士国王许诺将法军占领下的汉诺威交给普鲁士，可是不久拿破仑在与英国谈判中又表示可以把汉诺威归还给英国，弗里德里希·威廉三世感觉受到愚弄。加上法军直接陈兵普鲁士边境，时刻威胁着普鲁士的安全。因此，1806年9月，俄国沙皇亚历山大一世亲赴柏林，与普鲁士国王弗里德里希·威廉三世商谈联盟反法后，普、俄、英三国很快就组成第四次反法同盟。
1806年10月1日，普鲁士向法国提出最后通牒，要求拿破仑撤离德国南部并同意在普鲁士领导下建立北德联邦。拿破仑一世置之不理。
10月6日，拿破仑向柏林宣战。10月14日，法、普两军在耶拿和奥尔斯泰特交锋，拿破仑全歼普军。10月27日，法军进入柏林，除了少数地区顽强抵抗外，普军开始全线溃退。11月8日，普鲁士最后一个要地马格德堡投降。在短短一个月里，普鲁士遭受军事惨败。普王弗里德里希·威廉三世一度在俄国的支持下继续抵抗，但终难挽回败局。在这种国之将亡的情势下，弗里德里希·威廉三世被迫让王后路易斯出面斡旋。
1807年7月9日，弗里德里希·威廉三世与拿破仑签订《提尔西特和约》。依照和约规定，普鲁士在波兰夺得的全部领地被剥夺，在这些领地上组成华沙大公国；普鲁士易北河左岸的全部领土划归新成立的威斯特伐利亚王国；责成普军裁减为4万人；普鲁士偿付法国1.5亿法郎的赔款，15万法军驻扎在普鲁士直至赔款付清撤走。条约使普鲁士降到三等国的地位，人口由1000万降至493万，领土减少一半，只剩下波美拉尼亚、勃兰登堡、西里西亚和东普鲁士等地区。
2.第一帝国寿终正寝
拿破仑帝国在扫荡德意志的同时，也在对德意志境内的邦国进行重组，大大改变了德意志的版图疆界。
1803年2月25日，《全帝国代表团会议主决议》通过。主决议规定，取消帝国内部112个邦，并以小邦并入大邦的方式使德意志邦国减少到30几个；绝大部分教会诸侯邦教产还俗；45个帝国直辖市及1500个帝国骑士国失去直属帝国的地位，被置于世俗邦君之下；汉堡、不来梅等6个城市获得独立。巴伐利亚、符腾堡、巴登等中等世俗邦获益最多。这种归并使德意志帝国政治分裂、小邦割据局面大为改善，客观上有利于德意志统一的进程。教产还俗无疑使德意志的天主教在物质、文化及政治上受到致命的打击，从而使德意志皇帝的势力削弱。
1804年，拿破仑称帝，他本人以新查理大帝自居。
1806年7月12日、16日，巴伐利亚国王、符腾堡国王、巴登大公、黑森—达姆斯塔特大公以及拿骚的几位公爵、列支敦士登侯爵等16个德意志邦国的代表在巴黎签署了《莱茵联邦议定书》，正式宣布：自1806年8月1日起，放弃德意志帝国爵位，脱离帝国，组成莱茵联邦，在法兰克福设两院制的议会。莱茵联邦承认拿破仑为其保护人，他有任命联邦盟主、首席大主教之权，并可支配联邦军队。这个被称为“第三德国”的莱茵联邦的成立，不仅使拿破仑获得了对付普、奥两国的有力拱卫，也是德意志政治地图的大调整，名存实亡的德意志民族的神圣罗马帝国彻底失去了存在的基础。
8月1日，拿破仑要奥地利的全权代表到宫中来见他，并告知法兰西帝国不再承认德意志神圣罗马帝国，要求皇帝弗兰茨二世自动摘下千年帝国的皇冠。
8月6日，查理大帝第54代后裔、原帝国皇帝弗兰茨二世被迫发表宣言，宣布神圣罗马帝国皇帝的称号已不复存在，一切帝国会议等级代表的义务也已解除，他本人仅保留奥地利皇帝的头衔，称“弗兰茨一世”。
古老的神圣罗马帝国就这样结束了。
3.对帝国的统治：掠夺与教化
拿破仑在德意志的统治是两种意图的结合：一方面为了法国的利益而剥削控制德意志，另一方面又怀有传播革命道理和教化的目的——让德意志人享受到法国革命带来的益处。它引起了双重效应：压榨埋下了德意志民族反抗的地雷，对德意志的改造则促进了德意志资本主义的发展，推动了德国社会的进步。
1805—1807年的军事胜利使拿破仑占据和控制了德意志的大部分，拿破仑根据不同的地理和政治环境，采取不同的方法进行控制。
将紧连法国的莱茵河左岸地区，纳入法兰西帝国版图，由帝国中央直接统治；莱茵河右岸与法国利益攸关的地区，由法兰西帝国专员控制；原普鲁士易北河左岸领地、不伦瑞克和黑森—卡塞尔的土地上建立威斯特伐利亚王国，任命其弟热罗姆为国王，以之来拱卫法兰西和监视德意志；扶持由德意志其他中小邦组成的所谓“第三德国”，对抗奥普两大邦。
为了拉拢南德诸邦，采取传统的联姻政策。拿破仑的继子娶了巴伐利亚公主，拿破仑的弟弟娶了符腾堡公主，拿破仑的继女也与巴登大公国世子喜结良缘。
在对普、奥防范的同时，通过削减普鲁士领土、人口和军队，使之无法与法国对抗，并派法军驻扎。对于奥地利，以其强大的军事优势迫使它执行大陆封锁体系。
尽管拿破仑采取了因地施治的方针，但是，拿破仑在德意志的统治首先是为了法国的利益，所以对德意志实行的是肆意掠夺的统治。以普鲁士为例，1807年到1812年5年间，普鲁士在减少一半人口和岁入的情况下，共付给法国10亿法郎的军税，东普鲁士牲畜总数减少大约1/4。莱茵联邦除向法国纳贡外，还要提供8.6万人的军队供法国无条件驱使。在1812年拿破仑的70万征俄大军中德国人占据了1/3，绝大多数丧命于俄罗斯茫茫的雪原。法国的魔爪也伸向了文物，一切有价值的油画、珍宝被掠夺一空，甚至波茨坦无忧宫中弗里德里希二世的军刀、柏林勃兰登堡凯旋门上的和平女神雕像也被运往巴黎。法国也镇压一切反抗法国统治的行为，纽伦堡书商帕尔姆因为出版了小册子《深受凌辱的德国》而遭枪决。
拿破仑的掠夺和控制引起了德意志人民的愤恨，成为后来德意志民族解放战争的动因。让德意志人更无法容忍的是，拿破仑为了对抗英国，宣布了大陆封锁敕令，禁止大陆上的国家与英国进行一切贸易往来。英国则在一年后中断了与法国和受法国控制的所有海港的贸易。
大陆封锁政策对德意志的经济发展造成很大的损害。德意志的海外贸易额迅速下跌。传统麻纺产品出口受阻，仅兰茨胡特一地的麻纺织物出口量就从1804年的1044万件下降到1811年的174万件。粮食出口额同样下降，从1800年到1805年，普鲁士每年向英国出口粮食16万吨，占英国粮食进口额的一半，但1806年到1812年，每年不到4万吨。粮食出口受阻引起粮价不断下跌，使普鲁士经济严重受损。
为了给法国资产阶级社会在欧洲大陆上创造一个符合时代要求的适当环境，拿破仑又按照法国的模式推行资产阶级改革。
拿破仑强调法治，强力革除古老的典章制度而推行拿破仑法典。
他在告诉他的兄弟热罗姆如何统治威斯特伐利亚王国时说：
德意志的各国人民，像法兰西、意大利、西班牙等国人民一样，也需要平等和自由的思想。……我确信特权阶级耀武扬威到处都是遭人憎恶的。你要做一个立宪的国王。……拿破仑法典的益处，公开的诉讼程序，建立陪审团，这些就是你君主国的特征，你的人民应该享受德意志人民从未享受过的自由、平等和一定程度上的幸福。人民一旦尝到一个明智而开明的政府的好处后，谁还会于是，法国大革命的一些积极成果在德意志广为传播。首先，统治机构法国化了，如法院与行政机关分开，消除世袭官职和鬻卖官职，杜绝王公高官滥用财政，国王也列在文官薪俸表上，个人开支同政府开支严格区分等。其次，打击教会势力，取消教会特权，打破政教合一的传统观念，使教会失去作为与国家并列的公共权威的地位。在很多地方，赶走教会贵族和主教，解散修道院；废除什一税，没收教会财产；取消教会法庭；法律保护信仰自由，天主教徒、新教徒、犹太教徒和不信仰宗教者，同享公民权。第三，摒弃贵族的封建特权，建立个人在法律上的平等权利。封建等级被清除了，社会由僧侣、贵族和庶民等等级构成的理论，被社会由法律上平等的个人构成的理论所替代；贵族免于纳税、占据官职和控制军队的特权被剥夺了，各种职业和职位向有才能的人开放。第四，废除农奴制，解除农民对地主的封建义务。领主丧失了对农民的一切管辖权；农民由领主的臣民变成国家属下的人民，有职业、迁徙、婚姻和诉讼等自由。由此，在德国西部和西南部，像在法国一样，造成了一个人数众多的拥有小土地的自由农民阶级。最后，取消行会法规，普遍宣告人人享有劳动权，可以随意学习并加入任何行业。此外，还废弃国内关税，鼓励德意志境内的自由贸易；统一货币和度量衡。
拿破仑在德意志的资产阶级改革对德意志的发展影响甚大。拿破仑猛烈清除封建割据势力，扶植正在生长中的资本主义关系，在一定程度上促进了德意志资本主义的发展。恩格斯说：“德国资产阶级的创造者是拿破仑”，“他在德国是革命的代表，是革命原理的传播者，是旧的封建社会的摧毁人。”
三、解放战争与德国的新生
法国大革命提供了民族团结的范例，宣告了各民族的自由、平等，拿破仑在德意志以“革命者”身份出现的同时又充当了贪得无厌的掠夺者，这就从正反两方面启动了德意志民族意识和民族主义运动。尽管这个时期的民族主义是保守主义和自由主义的混合，但目标是一致的：
要求民族团结，反对异族压迫，恢复德意志的独立性。
