湘军攻克金陵后，曾国藩为之喜极而泣，不能自持。贺功之客盈门，欢呼之声振野。虽可扬眉吐气，但朝野大臣忌妒之情也尤加炽烈。朝廷虽颁授崇爵，频加赏赍，但猜嫌之意，也同时加深。在野方面，金陵城破，各地逐鹿趋魁，如左宗棠就曾放言金陵大股太平军窜逃他省。
但尤以朝廷方面的猜嫌疑异，令曾国藩恐惧忧烦。金陵克复不久，传闻湘军杀戮抢劫，掳获无算。因此有御史贾铎之弹劾，弹劾尚不足畏，但朝廷却借题发挥，将贾铎弹章饬谕曾国藩，明旨追查实情，显然示以警戒。
朝廷故意显示生杀之威，以操纵臣下，这使曾国藩惊惧之极，伤心之极。此一谕旨，极具参考价值，是研究当时政情的重要参考。谕曰：
据御史贾铎奏：请饬曾国藩等勉益加勉，力图久大之规，并粤逆所掠金银，悉运金陵，请令查明报部备拨各等语。曾国藩以儒臣从戎，历年最久，战功最多，自能慎终如始，永保勋名。惟所部诸将，自曾国荃以下，均应由该大臣随时申儆，勿使骤胜而骄，庶可长承恩眷。至国家命将出师，拯民水火，岂为征利之图。惟用兵日久，帑项早虚，兵民交困，若如该御史所奏，金陵积有巨款，自系各省脂膏，仍以济各路兵饷赈济之用。于国于民，均有稗益。此事如果属实，谅曾国藩亦必早有布置，惟该御史既有此奏，不得不会该大臣知悉。
与此同时，僧格林沁也通知江宁将军富明阿，自扬州防地赶至金陵，一面视察湘军行动，一面探询杀死的李秀成是否假冒顶替。于是，富明阿于七月十八日会见曾国藩，住于舟中，暗中查看湘军一切行径。朝廷对曾国藩的猜疑，对湘军的防范，至此已表露尽致。尤其明显的是，即朝廷颁授湘军将帅爵赏之旨，其直接廷寄竟晚于驻防扬州富明阿的咨文二日。
当时曾国藩颇以为疑。如此重大廷寄，故意分先后，并令江宁将军富明阿先为通知。由此也足见朝廷之用心。嗣后曾国荃称病疏辞任官，终于获准，遂即引退旋里。
湘军既入江宁，大搜余众，连日捕杀者达十余万人。曾国藩也立即自安庆驰至，偏行营垒犒劳士卒，遍察所开地道，详览战争遗迹，并特命于钟山之麓，穿穴缺口，勒石以识其处，铭曰：“穷天下力，复此金汤，苦哉将士，来者勿忘。”
同治四年（1865）二月二十四日，起居注官蔡寿祺又上奏弹劾湘军诸将，文中说：
……纪纲者天下之大本……朝廷以军务倥偬，故示宽大，不加究责，而纪纲由此坏。劳崇光在广西十余年，任巡抚八年，致广西省无一完城，至广东复施其术，划地勒捐，民不堪命。被参仅议降调，不久而得云贵总督，及至云南，置贵州于不问，贵州合省讼之，而朝廷不肯罢斥，纪纲之坏者一。
骆秉章奏川匪不能窜陕，令陕西撤防，谓贼若北窜必派兵追剿，以后川匪窜陕，牵动逆回，祸延甘肃，坐视糜烂，而朝廷不复追究，纪纲之坏者二。
曾国藩奏洪福焚死，不久而该逆为江西奴手获……而朝廷不加诘责，纪纲之坏者三。
咸丰十一年（1861）安庆之役，虽程学启攻破城池。如果不是多隆阿痛剿桐城援贼，曾国荃一军几溃，克复后曾国荃攘多隆阿之功，以道员得头品顶带，并赏黄马褂，而朝廷如所请，纪纲之坏者四。
多隆阿扫清陕西回务……会同张集馨据实陈奏，而刘蓉奏称打仗克服，冒功邀赏，反衔恨张集馨，中以非罪，而朝廷亦不穷究，纪纲之坏者五。
李云麟以郎中赏四品京堂，令其专折奏事，既不见效，宜加斥革，而仍郎中，已不足惩夸诈偾事之流，旋且用为领队大臣，而朝廷不及审察，纪纲之坏者六。
刘蓉以诸生标榜欺饰，耸动中外，前在曾国藩军营，国藩轻信其谋，致有九江之败，后夤缘入骆秉章幕中，秉章自楚往川，行至宜昌，刘蓉劝其勿遂入蜀，几误蜀事，抵川后攘功妨能，以知县升署藩司，中外骇异……刘蓉既得重权，擅作威福……凡骆秉章之举劾，皆刘蓉所主持，颠倒是非，已失众望，及为陕西巡抚，奏报每多不实，冒功掩过，欺罔朝廷，罪大恶极，中外皆知，而朝廷犹不加罪，纪纲之坏者七。
胡林翼保李元度才堪大用，曾国藩亦信任之。张芾在徽州筹办防守六七年，江浙以为屏蔽，曾国藩劾去之，而任李元度。元度接办，遇贼逃去，徽宁不守，浙江全省被害，即立置重典，亦不足蔽辜，而各路大臣，必曲为解免，朝廷亦宽其咎，纪纲之坏者八。
张学醇本钻刺小人，袁甲三保其才堪大用，及得臬司，党附苗逆，致寿州两次失陷，祸延凤颖一带，荼毒连年，皖人无不切齿，而朝廷未正典刑，纪纲之坏者九。
王拯奏薛焕事事皆实，王拯贬官而出军机，薛焕仍在总理衙门办事，纪纲之坏者十。
……似此名器不贵，是非颠倒，纪纲何由而振？朝廷何由而尊？臣避嫌怨，不畏诛殆，冒死直言，伏乞皇太后皇上敕下群臣会议，择其极恶者立予逮问，置之于法，次则罢斥，其受排挤各员，择其贤而用之，以收遗才之效……
臣以为人心之不正，其故有二：一则疆臣欺罔所致也。比如军报，其掩败为胜者无论，即其奏克复城池，不说全境肃清，即曰残除净尽，无何而邻封又告警，若前日之奏报核实，则今日之贼岂从天而降？计自军兴以来，杀贼之数，高于天下户口，何以贼犹如此其多，民犹不减昔日之众？是欺国之明验也。
一则由疆吏滥奖人才所致也。若荐益沣之暴戾，万启琛之栗敛，杨昌睿、陈是、江忠浚之鄙陋，曾国荃之贪婪，李鸿章之浮诞，均未曾服官中外，而一旦夤缘得法，或以党援，或以贵介，或以富厚，骤获高官……更有甚者，湖北臬司唐际盛以烹饪取悦于官文胡林翼，人称之为唐厨子，欧阳正墉之在襄阳，人皆谓不谙吏治，不懂军务，官从何来……似此滥邀名器，人微位高，使天下视军营为梯荣之径，人心何由而正乎？
此种苛论，诚如当时人王拯所谓“必欲引绳而批根，其能扪心而不自愧乎”？然就当时时论趋势看，则嫉贤忌功以外，尚隐伏满员旗将一种阴谋，不仅要翻肃顺倚任汉官的成法，且有违逆潮流重为旗人握军权的企图，其一再以多隆阿等为言可知。
先是，太平军事以前，清廷遇任何战役，皆不命汉人指挥征伐。至鸦片战争，能退敌者皆汉臣，辱国者皆旗籍，然必谴立功的汉臣（林则徐），以袒护旗员（琦善、耆英）。太平军则与清廷无两立之势，不用汉臣，不可收拾，始犹欲以赛尚阿充数，后已知难而退，全委湘军，其间有能战的几个旗员，皆附属于曾胡两帅之下，如塔齐布为曾国藩所手拔，固不必言，都兴阿用楚军，始能自立，多隆阿与湘军将领习处，得显其战绩。舒保为胡文忠所识拔，皆以旗员从汉将之后，乃始有功，惟官文职位较高，林翼极加笼络，使惟己之命是听，方不掣肘，而其后有诏曾国藩节制楚北，国藩疏陈说：“湖广总督官文，久历戎行，老成持重，资格在臣之先，名位居臣之右，所有湖北防务及越境剿敌诸军，久经官文派定，乃以臣分居节制之名，从官文不稍有芥蒂，而骇中外听闻，滋将士疑贰，所关实非浅鲜，天下至大，事变方殷，决非一手一足所能维持，伏恳朝廷广收群策，不因用一二人而沮名臣之气。”可见曾国藩不喜好大争功，然朝廷如此尊汉卑满，是前所未有。
吏治人心，积弊如此，故曾国藩寄胡林翼书曰：“默观天下大局万难挽回，侍与公之力所能勉者，引用一班正人，培养几个好官，以为种子”！其不满意于当时朝局，而寄希望于未来心理，与成功不必自我的态度，及其努力的目标均于此昭然若揭。尤其是英法联军逼京师，诏令勤王时，曾国藩的态度，更是一明了然。
咸丰十年（1860）八月，联军逼近京师时，蒙古兵及八旗绿营均连战皆败；上谕调鲍超率勇北上归胜保统带效力，但曾国藩经再三考虑，遂以鲍超未能赶援，另请用他或胡林翼率部入卫，复奏说：
窃计自徽州到京，五千余里，步队趱程，须三个月乃可赶到，而逆夷离都城仅数十里，安危之机，想不出八九两月之内，鲍超若于十一月抵京，殊恐缓不济急，若逆夷凶顽，犹豫相持，果至数月之久，则楚军入援，岂可仅以鲍超应诏……如蒙圣恩于臣与胡林翼二人中，饬派一人，督师北向，护卫京畿，则人数稍多，裨益较大，惟臣若蒙钦派北上，则当与左宗棠同行，皖南暂不能进兵，只能退守江西境内，胡林翼若蒙钦派北上，则当与李续宜同行，皖北暂不能进兵，只能退守湖北境内，等该夷就抚之后，仍可率师南旋，再图恢复皖吴，臣等虽均有封疆之责，而臣国藩本未接印，胡林翼尚有督臣经理，皆无交卸事件，一经派出，数日即可就道……
按此折是九月初六日封发，所谓“督师北向，护卫京师”，实在是一步以进为退的妙招。曾国藩九月十四日寄其弟曾国荃的家书中说：“安庆决计不撤围，江西决计宜保守，此外或弃或取，或抽或补，合众人之心思共谋之，北援不必多兵，但即吾与润帅二人中有一人远赴行在，奔问官守，则君臣之义明，将帅之识著，有济无济，听之可也”！
由此可见其心目中轻重缓急，分别实极显明。胡林翼在寄曾国藩的书中也曾说：“疆吏争援，廷臣羽檄，均可不校，士女怨望，发为歌谣，稗史游谈，诬入方册，吾为此惧，公其远谋”，又寄左宗棠书曰：“如涤丈或不北援，而南岸尚须添兵，公或北援，南岸无调度之大员，万不得已之计，与其谋新兵而不能战，又苦饷竭，则不如撤安庆之围师，尚是旧伍可用，惟元公不愿坠弃前功，此则须涤丈与公与希庵公商会议，乃可决断，林翼不容有所适莫，又兵事本无万全之策，谋万全者，必无一全……凡将帅之是非，朝臣之疑谤，均可一笑付之，而士论民情，却宜顾念……公且善为保全，毋使蒙千秋之诬也……”
九月二十日，诏止鲍超军北上，因英法和约签字，联军将离京师，于是曾国藩遂得免“摊牌”，而鲍超一介武夫，出身行伍，有勇无谋，对曾国藩的用心，不能了解，反以为损失一猎取功名的大好机会，颇有怨愤语言。胡林翼闻之，特寄书告诫说：
九月二十五日，涤帅奉旨，因某帅奏调弟军北援，奉严旨饬令鲍超迅速北上，交胜保管带。涤帅与兄深知其为人忮忌贪诈，专意磨折好人，收拾良将，弟若北援，无论南北风气异宜，长途饷项军火，无人主持，且必为磨死，而又不能得功得名。惟北援是君父之急难，不敢不遵，万不可以他词推诿，其时涤帅筹思无策，只得应允，自行北援，或兄北援，以兄与涤帅若能北行，则所带将士，或不致十分饥困，亦不致受人磨折。弟若知涤帅此次之恩，弟且感激流涕之不暇。涤帅待弟之恩，是天地父母之恩……弟于世事太愚，当一心敬事涤帅，毋得稍有怠玩，自来义士忠臣，于曾经受恩之人，必终身奉事惟谨……弟以一协标兵，受涤帅之知遇，一年拔至守备加都司，此次以旧率归旧部，岂忍萌生妄念……手此缕缕训弟，皆一片良心之言，千古药石之言，弟可熟读莫忘，仍不可与他人见也……
胡林翼十分了解曾国藩的苦心，而“胜保忮贪”之说亦见于林翼写给他人书信中：“胜保每战必败，每败必以胜闻”。“胜保在蒋坝，残败不能复军，山东人向呼此公为‘败保’，盖其治军，如郑公子突所谓‘胜不相让，败不相救，轻而不整，贪而无亲’者矣”。喻胜保为“败保”，可谓刻画入微。然而在咸丰十年（1860），此“败保”却为朝廷倚作长城，后又供慈禧驱使，为辛酉政变的后盾。他在慈禧心目中的分量，实相当于戊戌政变时的荣禄。而湘军人物对其品评如此，鲍超也为此怨愤甚久，胜保自然也早有耳闻，甚或挑拨离间蛊惑之亦情理之常。咸丰十一年（1861）三月初八日胡林翼寄曾国藩函说：“春霆前月杪，忽至太湖，省林翼之病，惊骇之余，颇作儿女态，林翼责以严词，催令速行驰援”，可见鲍超的意气未尝平息。其后胡林翼病殁，故曾国藩于历陈胡林翼忠勤勋绩折内说：“……鲍超等，胡林翼均以国士相待，倾身结纳，人人皆有布衣昆季之欢”，“外省盛传楚帅协和，亲如骨肉，而于胡林翼之苦心调护，或不尽知，此臣所自愧昔时之不逮，而又扰后此之难继者也”，而鲍超骁勇善战，实为诸将冠，故咸丰十一年（1861）九月初九日，曾国藩奏请将鲍超补授提督实缺，所以亟求安慰其心理。但至同治三年（1864）五月尚未能得提督实缺，不过署任而已，鲍超心中仍不免觖望，遂数以请假回籍葬母为辞。但其后一月，金陵即攻陷，鲍超因逗留乡里逾年未返，而四年三月其部下竟以叛变闻。
当时，京师正因编修蔡寿祺上奏劾弹曾国藩等湘军人物且并及恭王，掀起大政潮——曾国藩大用始于肃顺，而垂帘以后，恭王主政，并不因此而黜曾国藩，且乘势益加倚重，恩礼逾乎往日，以示诚信，内外相维，故能成金陵之克；然事定之后，慈禧竟以为可坐致康乐之境，既渐压恭王之揽权主政，而满员旗将又久嫉湘军人物之独擅军旅，鄙视旗兵绿营——蔡寿祺曾佐胜保幕，与旗将颇多友好，故不惜迎其所好，连上两疏痛诟曾国藩等，主题虽在恭王，而疏中一再有“聚敛殃民因善夤缘而外任封疆”，“自金陵克复后，票拟谕旨多有大功告成字样，现在各省逆气尚炽，军务何尝告竣？而以一省城之肃清，附近疆臣咸膺懋赏……逆氛尚炽，军务何曾告竣？而以一省城之肃结，附近疆臣咸膺懋赏……居功不疑，群相粉饰”等语句，其意仍在讥刺曾国藩，确有一石两鸟，使恭王、曾国藩并去之阴谋；而太后藉此将两疏并交廷臣会议，宣布恭王罪过，口谕中又有“王植党擅政”一语，若与蔡疏并观，则所谓“植党”之意殊为显明，是慈禧心目中亦早已不满于内轻外重之现象，欲乘势收回天下兵马权。然廷臣会议，避重就轻，致使曾国藩在此政海空前的大波澜中未受何影响，而蔡折的主要作用，实隐伏满人亟欲夺回军权的企图，今竟未能如愿，阴谋者当然不肯罢休。咸丰十年（1860）秋，胜保请调鲍超北援时，胡林翼寄曾国藩书即有“恐有挟君命以谋夺楚兵者”之语，其后霆营始终以非湘军嫡系自视，故此次叛变，若仅以闹饷为由，恐不免有人借题发挥。因此曾国藩奏中所谓“是否别有情节，尚须详细访查”，恐怕其与京师政潮内外相呼应不便明言。
在此情势下，曾国藩忧惧惶恐的心情，乃前所未有，当时其手书日记有云：
三月十七日，接奉初六日廷寄一道，首行无议政王之衔，为之大诧！与幕中诸友叹讶良久……傍夕至后楼与纪泽一谈时事。
三月二十八日，开船赴焦山，是日早间阅京报，见三月八日革恭亲王差使谕旨，有目无君上诸多兵制暗使离间不可细问等语，读之寒心惴怵之至，竟日忡忡，如不自克，二更三点睡，不甚成寐。
四月初三日，早饭后开船行二十余里，至中关登岸入张仙舫盐局一谈，旋至雪琴船上言及国事与渠家事，欷虚欠久之，渠旋作别回裕溪口，余亦回省，午初进城。
四月初五日，是日见京信一件，言及近事颇详，又见三月十六日谕旨：恭王复入总理衙门，读之感叹良久。
四月二十一日，是日接廷寄：一等侯之上加毅勇二字，李少泉伯之上加肃毅二字，日内正以时事日非，悚然不安，加此二字，不以为荣，适以为忧。
四月二十二日，见客：雪琴荫亭眉生三起，坐甚久……中饭后倦甚，余因三月初八之事及霆营之变，怛然寡欢，因再与方元徵围棋三局，天晴日永，下半天未治一事，近年无如此之懒惰者。
四月二十七日，阅本日文件，见段培元席研香禀，知娄云庆所辖霆营于初九日在上杭忽叛，十分焦灼，不知所措，绕至旁徨，无以为计，与方元微围棋二局。
四月廿八日，是日阅京报：四月十六日恭王复充军机大臣。对娄云庆禀：其军因饥滋事，尚不十分决裂，为之少慰，然霆营之病已成，不知何日得了，实有无穷之忧。
五月初一日，拟作一告示，解散霆营叛卒，经营良久未得下笔。
由此可见，曾国藩对京师政潮特别敏感，初见廷寄无议政王之衔名，即“为之大诧”，继奉谕旨，更“读之寒心惴怵之至”，且“竟日忡忡，如不自克”。正伤兔死狐悲之即，又传来霆营之变，使曾国藩处境进退维谷，实百千倍于祁门之围。
其后，奕重入军机处，清廷命曾国藩至淮扬督师，命李鸿章署江督。曾国藩再三请辞，但言语过露，使宫廷亦不免有所疑虑。故七月初九日上谕说：
曾国藩身任统帅，责无旁贷，前经叠谕大臣筹拨一军，兼顾晋省，并令刘铭传等军，驰赴豫省北路，绕出贼前，防贼窜扰秦晋之路，又令派拨马队驰赴豫省助剿，复以贼去徐郡甚远，令该大臣酌量前进驻扎，乃该大臣日久迄无奏报，于近来皖豫情形，及各路如何布置情形，均未陈奏，历次所奏谕旨，亦未答覆，实属疲玩因循，若欲藉此获咎，冀卸节制三省仔肩，何以仰副朝廷倚任之重，谅该大臣公忠体国之心，何忍出此！
这是五六年来第一次对曾国藩的严辞厉色，可见谗言及于深宫，而曾国藩镇静处之，复奏说：
节制三省之命，臣三次具疏固辞，未蒙俞允，以臣赋性愚钝，即一省已难专任，然臣受恩深重，虽数省也当通筹……今皇上饬臣兼顾晋省，已在节制三省之外，而外间望治之心，责臣之词，尚不止于晋省，一似三路之前截后追，为防为剿者，皆臣军应办之事，臣何以堪此重任？又何能当此重咎！以僧格林沁之贤，忠可以泣鬼神，勇可以回山岳，办捻五年，尚未成功，今捻匪之马匹愈多，而时论之视贼愈轻，一似数月期年，可望肃清，臣又安能奏此速效？至臣处奏报之稀，曾于同治元年二月初六日覆奏一次，一则不轻奏谣传之言，一则不轻奏未定之事，一则不轻奏预计之说，仰蒙圣训称许，数年以来，不改此度，兹奏严旨诘责，惶愧无地，若欲藉此获咎，以卸仔肩，则臣生平所志所学，断不肯如此取巧！
坦白恳挚之中极现棱棱骨气，确为曾国藩素喜谈论之挺经最佳实例。
