十三年，晋太传，仍兼太子太师，荫一子入监。十四年十月，孙可望率所属官百余、兵丁数千，自贵州赴长沙纳款；上命承畴同宁南大将军、贝子洛托相机收取贵州。十五年二月，疏陈贵州地势情形及三路进取云南机宜。寻与托洛会师常德，由辰州、沅州向镇远进取；檄偏沅巡抚袁廓宇招降靖州，沿途擒斩、收降甚众。四月，抵贵阳，城中文武官俱先遁。承畴疏言：『自常德至贵阳，一路重关高岭，石径尖削；大雨将及半月，泥泞三尺。满洲兵谓从来出征有未如此之难、马匹疲毙未有如此之甚；然皆不顾艰险，奋勇当先。汉军绿营兵紧随而进，不五十日，剿逆抚顺，贵州全省底定』。上命信郡王多尼为安远大将军，率师之贵州，与四川、广西兵会，进取云南。六月，承畴疏言：「臣前有三路进取全局一疏，冀不致兵众拥集，争粮乏食。及至贵州，见各府州县卫所仅留空城，即有数十百石米彀；八旗兵陆续经过，二三日辄罄尽。惟省仓存米彀万余石，足供一月食用。臣所统兵皆分布镇远、偏桥、兴隆、清平、平越等处，各自买米，并寻野菜和米充饥；投诚官兵暂驻三、四日，即改发天柱、会同、黔阳等县及沅州以就粮。贵州山深地冷，收获皆在九月；臣遣官劝谕军民士司苗人，豫纳本年秋粮之半，接济满洲兵月米。今四川一路兵驻于遵义、鸟江休息，有旧日遗粮处；广西一路兵驻独山，可亦就近购粮。又闻信郡王大兵于六月初旬自荆州进发，所需口粮尤多数倍；臣已檄催沅州粮米速运镇远积贮，令随征各官分路采买，令长沙、常德各道府制备口袋二万余并椶套木架绳索解送镇远，又于天柱、思南、石阡、思州、平越各府州县卫所及土司苗人募夫役挨站递运至平越及新添卫所，可不误师期矣』。九月，改内院为殿阁，授承畴武英殿大学士。是月，承畴奉诏赴平越会议：信郡王由中路过关岭铁索桥抵云南省计一千余里，解饷银三月、欈粮十五日，运炮汉军携粮二十五日；平西王吴三桂由遵义达七星关抵云南省计一千五百余里，先中路兵十日起行；征南将军卓布泰因南宁有贼屯，距离远，难以兼顾，议沿贵州、广西边界平浪、永顺、镇远遶出安隆所直趋黄草坝、罗平州抵云南省计千八百余里，先四川兵十五日起行。既定议，承畴还贵阳，遵旨同大将军洛托驻守；遣经略右标提督张勇等随信郡王进征，击走桂王、巩昌王白文选于盘江。
十六年正月三日，三路兵并薄云南省城，桂王与李定国、白文选等窜永昌，余众以城降。承畴疏言：『臣前料理湖南、广西，幸皇上俯鉴愚忱，有请俱允。今云南新辟，系臣经略管辖之内，必亲往相度，乃能区处得宜；故不待诏谕，即日就道。贵州有一大将军洛托弹压、巡抚赵廷臣绥辑，可无他虑。惟云南尤为险远，土司种类最多，治之非易，故元朝用亲王坐镇、明朝以国公沐英世守。乞敕议政王贝勒大臣为久长计，领兵驻镇，俾边疆永赖辑宁』，闰三月，又疏言：『臣自黔赴滇、经过白水、文水、曲靖、马龙、阳林等处，于三月二十六日抵云南省城。信郡王先于二月初二日令贝勒尚书领兵同平西王吴三桂、征南将军卓布泰等追剿至永昌、腾越，李定国、沐天波等拥桂王奔缅甸；其贺将九义、李成爵、李如碧、廖鱼、邹自贵、马得鸣等收集溃兵，分遁沅江、顺宁、云龙、澜沧、丽江诸处边外。云南迤西及迤东，在在虞窥犯。民间遭兵火残毁，饥饿载途，死无虚日；在永昌一带更为惨烈，周围数百余里渺无人烟。追剿大兵因无粮不能久驻，而省城粮米以湖南官斗市籴每石需银十三两有奇，是以分驻宜良、富民、罗次、姚安、宾川、临安、新兴、澄江、陆凉等处就粮。臣知皇上明鉴万里。自有宸断硕画，俾边臣得以遵奉』。疏入，上已命吴三桂驻镇云南。又谕户、兵二部曰：『云、贵新入版图，百姓皆朕赤子；念十余年来李定国等窃踞南服，其民久在水火之中。今大兵所至，群黎归命，欢若更生。但闻两省地方，生理未复，俯仰无资；朕每念及，不胜悯恻。至南征大兵阅历险阻，长驱深入，粮饷恐不时继；今特发内币银三十万两，尔部即遣官刻期赍往经略军前。以十五万两赈济两省穷民；尚有十五万两令经略臣收贮，现今三路大兵如有需饷甚急者，宜行接济』。八月，承畴疏言：『兵部密咨：大兵宜速进缅甸，以靖根株，令臣相机布置。臣受任经略，目击凋败景象及土司降卒观望情节。须先安内，乃可剿外。李定国等窜孟艮等处，山川皆极险远。兼瘴气为害，必霜降后方消；来年二月，青草将生，瘴即复起。计出兵、驻兵、回兵，仅四阅月。恐亦未能躬追远剿。况屡闻李定国等勾连土司，觊由景东、元江复人广西。各土司私受札印、歃血立盟，伺隙起衅。若一闻大兵西向，众贼共思狂逞，避实突虚；大兵相隔已远，不能回顾，而留驻省城之兵亦未及堵御，致定国等纵逸，所关匪细。臣审度时势、权量重轻，谓今年秋冬宜暂停进兵，俾云南迤西残黎少藉秋收以延残喘、尽力春耕以图生聚，而数万大兵又得养锐畜威、居中制外，俾定国等不能窥动静以潜逃、土司不能伺衅隙以狂逞，绝残兵之勾连、断降兵之反侧，则安饱劳逸，胜算皆在于我。料定国等潜藏边界，无居无食、獐疠受病，内变易生，诚有可俟。是时兵饷刍粮辏备、土司苗蛮渐服、残兵降卒已安，并调拨将兵次第齐集，责成防御；然后进剿，庶为一劳永逸、固内剿外长计』。疏下议政王贝勒大臣会议，如所请暂停进兵。十月，以目疾乞解任，得旨还京
十八年，圣祖仁皇帝御极；承畴乞休，允致仕，命察叙招抚经略功，予三等轻车都尉世职，准袭四次。康熙四年二月，卒；赐祭葬，谥「文襄」。子士铭，由顺治十二年进土官至太常寺少卿，兼龚世职（贰臣传）。
郑芝龙
郑芝龙，小名一官，字飞黄、一日飞虹，南安人（一作漳州府漳镇人）。父绍祖为郡库吏，生四子，次芝虎、三芝豹（亦名莽二），长芝龙。幼姣好。所居在郡衙后，十岁戏掷石子，误中郡守蔡善继额。擒治之，见其貌而怒解，曰：『子相当大贵』！继而得罪于父而逃，为海盗所得，龙之，与同寝；见巨人数十，披甲列侍，心异之，抚为义子。长而长躯伟干、倜傥善权变。历游海岛，交结豪杰，与海澄颜思齐、泉客杨天生、洪升、张宏、陈勋、陈衷纪、李俊臣、林福等剽劫海中，积赀无算。以所剽掠与红毛市，遂入居台湾。思齐死，众推芝龙为魁，益招徕群盗。时浙有李魁奇、广有刘香，皆有船数十、众数千，纵横海上，官军莫谁何。巡抚沈犹龙请于朝，抚之；授芝龙浯铜游击，巡檄海防。因家东石，第宅壮丽，绵亘数里；朱栏锦幄，金玉充牣。
芝龙虽就抚，犹纵党劫掠。大府以善继有恩于芝龙，举为巡海道，以书招之至。上官坐戟门，芝龙兄弟自缚请命。后议安插未定，芝虎不能平，一军尽哗，说芝龙扬帆去。遂据海岛，截商船。闽中望米不至，求食者多往投之；旋攻广东海丰嵌头。巡抚朱一冯遣都司洪先春、把总许心素、陈文廉率舟师击之，鏖战一日，胜负未决。会海潮夜涨逆流，心素、文廉漂泊失道，先春首尾受敌，收入镇港，欲调乡勇。芝龙登岸，诈为乡兵出先春后。先春大败，身被数刃。芝龙仍有就抚意，舍先春不追。一冯檄卢毓英率舟师进剿，毓英为芝龙所擒，不杀，待以殊礼，相议归诚，情甚款洽。毓英归，见都督俞咨皋，陈说战败情由及芝龙衷曲。咨皋，大猷子也，意在征剿。时善继内转，大守王猷亦以抚为上策。而一冯再促咨皋督捕，咨皋遣马胜、杨世爵往讨，战没。咨皋复合副将陈希范前往，亦败；芝龙不追，舟泊厦门，约束麾下毋得登岸骚扰。工科给事颜继祖劾咨皋下狱。王猷曰：『芝龙之势如此，而不杀、不追、不纵掠，似有归罪之萌。剿之势难猝灭，不若遣人往谕退舟海外，仍许立功赎罪』。兴泉道邓良知从之，巡抚熊文灿亦力议招抚。崇祯元年，从海上来归，授守备，加游击；擒李魁奇，歼锺斌于外洋，海寇始平。
四年，山寇陈万、锺凌秀倡乱；文灿命芝龙讨之，生擒凌秀。捷闻，升参将。七年，刘香（一作香老）劫掠闽、粤，丈灿令守道洪云蒸等招香，被执；八年，朝命芝龙往讨。战于定海所三日，芝龙且败，芝虎望见香坐大舟，潜以小舟直冲其阵，跃登大舟，与香徙搏相持，坠海皆死。十三年，晋潮漳总兵，加都督同知。十七年，福王立，封南安伯。
顺治二年，南都亡；芝龙与蒋德璟、黄景昉、黄道周、陈洪谧、林欲楫、黄鸣俊、朱继祚、张肯堂、李长青、曹学佺、吴春枝、周应期、马思理、郑鸿逵、郑英、郑瑄、郑彩、张明振、张推之、陈霸等拥立唐王于福州，改元隆武。封芝龙平国公、鸿逵定国公、彩建国公，族戚部将封侯伯者十余人；挂印腰金，侍御乡校盈列朝内，军国大权悉归芝龙。清使洪承畴招抚江南、黄熙胤（晋江人）招抚福建，二人与芝龙同乡，献策于贝勒，修书人闽，许以破闽封为王。芝龙意决，不告某弟鸿逵及子成功，遽召熙胤子志美，复书有「遇官兵撤官兵、遇水师撤水师，倾心者巳非一日」之语。芝龙托入海取饷，遂密谕仙雾关守将施天福、郭曦、陈秀、周瑞等尽撤官兵。九月，清师至，从容过岭，无一守将，遣使至延平执帝后。芝龙以对议未定，退泊安海，楼舡尚百艘。使人私于贝勒，自述撤关不守之功以邀封，且惧以立藩为罪。贝勒复令郭必昌贻书曰：『吾所以重将军者，正以能立唐藩也。人臣事君，苟有可为，必竭其力。及乎天命已去，则幡然乘时以建不世之功。今两粤未平，藉将军兵威以慑之，已铸闽粤总督印以待将军』。芝龙得书大喜，议降；安昌王恭〈木枭〉、侍郎朱永佑、安南侯杨耿、平夷侯周鹤芝、定洋侯辛一垠、武康将军顾乃德等皆以为不可，芝豹、成功尤痛哭苦谏。芝龙意已决，单骑见贝勒，握手甚欢，纵饮三日。忽一夕拔营，挟之北去，从行者五百人，皆拘置别营，不得相见。芝龙至京，授精奇呢哈番，隶汉军正黄旗。芝龙子六，长即成功，次世忠、世思、世荫、世袭、世默；芝龙入京，惟世忠从。先是，芝龙请留芝豹及世恩守其祖父墓，母、妻、妾及诸子迎入京，并请改隶厢红旗汉军；诏允所请，仍官世忠为二等侍卫。至是，上命芝龙书谕成功及鸿逵降，许赦罪授官并听驻原地方防剿闽、浙、广东海寇，往来洋船令管理。十年，诏封芝龙同安侯、成功海澄公、鸿逵奉化伯，授芝豹左都督使至闽。芝豹随母入京；成功不受封；攻掠如故。
十二年正月，左都御史龚鼎孳疏劾芝龙：『蒙豢养者十年，弥桀惊；家仆往来海上，信息频通。子弄兵海壖、父高枕都下，酿祸之根，请早除』。巡抚佟国器亦获芝龙与成功私书上之。诏革芝龙爵，下狱。八月，成功陷浙江舟山，闻大军南来，遁。十二月，芝龙仆尹大器首其父子交通状，敕芝龙自狱中以手书招成功，不降即夷其族。十四年三月，黄梧具揭兵部，请速剪芝龙，以绝盗根；诏流芝龙及其家属于宁古塔。梧等谓不杀芝龙，成功之心不死，海上诸伪将投诚之意不决；总督李率泰以闻。十八年冬，磔芝龙于市，子世恩、世荫、世默等俱伏诛（崇祯朝记事、逆臣传、海峰文集、台湾志略、南安县志）。
案南安县志谓芝龙从大贾李习贩日本，习与同寝。清朝野史大观谓逃往李旦舟中，有宠。海峰文集谓为海寇所获，则从盗而为所宠者可信。县志言芝龙弟芝虎、鸿逵，而芝豹不言弟；逆臣传则称弟鸿逵、芝豹，未及芝虎事；野史则言芝豹、芝彪即鸿逵，而不及芝虎。虎、豹必亲弟，鸿逵当从弟。至谈往谓芝龙因中冓事为父所逐，野史略同。暧昧事不必深究，总之必为父所逐而已。谈往文又俚俗，今不采。
黄熙胤
黄熙胤字维敬，一字恭庭，晋江人。明崇祯庚午、辛未联捷进士，授南海县令。竖椿门以防海患，饬备战具，剿荡海寇刘香老。居民往来，常苦水寇劫质；协同邑绅辟除大通、滘口石路十里，闾阎永赖。行取，擢户部主事，历礼部仪制司郎中。清入关，八闽未服，熙胤奉命招抚，仗中枢节以行，建牙吴越中，推诚怀来。清军人闽，会无遗镞染刃。事竣纳印节，由尚玺历通政使，晋刑部侍郎。癸巳，以年老乞归。弟徽胤亦后一年归，时比之二疏。年七十八，卒。子志遴（雍正通志、道光通志）。
黄梧（子芳度、兄子芳世、芳泰）
黄梧字君宣，平和人。明亡，事郑成功，官总兵，令率众守海澄。顺治十三年七月，梧以丧师罪受成功捆责，遂斩郑氏将华栋等，以海澄县投诚；大将军郑亲王世子济度奏入，得旨予敕印，封为海澄公。十四年八月，总督李率泰奏增梧标兵，合原额共足四千名，仍驻漳州，弹压闽南。九月，梧同率泰与提督马得功、都统郎赛水陆并进，昼夜攻击，连破七城，遂克闽安镇。因捐造战舰一百，加太子太保。
