尽管1月会议的会址和章程表明，外交部还保持着对情报局全面的控制，卡明的日常工作安排却尽在海军部和陆军部人员的掌控之中，而这些人走的又并不一定是同一条道。外交部会议的第二天，卡明与霍尔在海军部就一位军官在彼得格勒（出于爱国原因，圣彼得堡在1914年被重新命名）的地位进行了“长时间的漫谈”，陆军和海军对此人明显看法不一。霍尔“在必要时将支持我”，卡明写道，“但我不想在陆军和海军之间制造摩擦，于是请他别做任何事，除非我请他相助”。科克里尔的副手C.N.弗伦奇少校从1915年初成为卡明与陆军部之间的主要联络人（在战争的其他时候仍然如此），似乎越来越表现出作为他上司的角色，而不仅仅是一个联络员。3月份，当挪威特工的控制问题出现意见分歧时，霍尔率直地告诉卡明他“没有任何理由接受弗伦奇的命令”。另一个麻烦问题是，战争爆发以来，全欧洲的情报武官开始在秘密情报工作中更趋活跃。而且，卡明在诸如荷兰和斯堪的纳维亚半岛这样的中立国部署越来越多的军官和间谍，确保了外交部对他工作的强烈兴趣。1月底，罗纳德·坎贝尔告诉卡明，海军部不仅“反对当前在瑞典和丹麦做进一步扩充”，就连“挪威和瑞典的组织”都应由他（卡明）来领导，而不是派驻斯德哥尔摩的英国海军武官康赛特上尉。1915年4月，随着总参谋部工作的增多，作战处领导层进行了重组。科克里尔上校晋升为准将，并被授予“特别情报处主任”的头衔，全面负责反间谍、经济战、宣传以及邮政、电报和新闻审查工作。除“校对军事情报”和“调查敌方密码”外，“同谍报的联络”交予了新的部门“作战六处”，由新提拔的弗伦奇上校领导。
在卡明1915年的日记中，依稀可以见到在情报事务中各部门之间存在紧张关系的痕迹，尽管外交部仍然很支持。6月18日，卡明同亚瑟·尼科尔森爵士谈了一小时：“他很友善，并且说，只要我遇到困难就可以去找他。”8月，海军情报处的“鬼眨眼”霍尔建议卡明“独立于海军部和陆军部之外”。外交部的罗纳德·坎贝尔“并不完全同意”，但“愿意看到我更加独立”。在下一个月，面对盟军统帅部扩张其情报行动的企图，尼科尔森提议“限制统帅部的活动范围，直接管理K[凯尔]、我和我们的经费”。弗伦奇上校同意经费安排，但“不同意限制范围”。到了深秋，陆军部对情报局的控制危机发展到了极限。当陆军试图接管卡明在荷兰的谍报网时，他对其他部门接连不断干预他的组织机构的做法终于失去了耐心。“自从战争开始以来，”他在写给尼科尔森的一封显然是推心置腹的长信中说，“我局一直受到杂乱无章的事情侵扰，这几乎把它给毁了，使我完全不能将全部精力投入我必须应付的复杂工作。”他声称，自战争爆发那一刻，“我手下几乎所有的特工都被调离了情报站，我身边没有一个人，整个系统完全错位了”。自那以后，他的人“在比利时、荷兰、丹麦和俄罗斯都受到我们当局自己的攻击”。陆军部接管了他在荷兰的“令人羡慕的机构”，他在那里的工作因为别的竞争机构的干扰而遭到损害，控制那些机构的人没有任何秘密情报工作经验，显然不受外交部意见的影响，也不考虑处理微妙情况下的外交策略的需要。
对卡明来说，对他的地位实际上也是对他的情报局生存的威胁来自陆军。他告诉尼科尔森，“我在陆军部当然是个门外汉，自战争开始以来，我被安置到某部门的一个分支机构，地位卑微，无法大声抗议影响我工作的任何举动……”他接着说，“我仍然处于我的职责所在的苍白工作圈子之外”。这“显然只是一个（低级如我）这样的局长所表达的一个愿望，我的大量工作被剥夺并交付给了其他人”。他抗议说在他刚接受任命时，他的“职责和权限就有明确的界定”，可是现在，没人再注意这些了。他认为他的情报局“正在逐渐被它的指定范围内‘边缘化’”。他认为他“发现”自己“目前除了在这些时候与被降级的情报出售者打交道外已无所事事，而我多年来的所有工作、训练和经验都将归于那些来攫取这一精心建立起来的机构的其他人”。卡明说，“假如这些变化的结果是导致目前的工作做得更好和组织更为健全”，那么他“无话可说”，并且“将很高兴退出业已证明远远超出我能力范围的工作”。他当然不认为实际情况是这样。他特别指出，鉴于保密对他的工作至关重要，他要求让他“脱离同海军部或陆军部之间的个人联系，以便让我能独立管理自己的情报工作”。作为很重要的第一步，他要求将资金直接划拨给他，然后在若干情报部门组成的一个总机构的领导下，由他按自己的意愿酌情支付资金。他说，“有些项目不应该让授权者以外的任何人知道”。他还合乎情理地指出，“如果这些银行账户经过了两个部门，就不可能保密”。此外，如果将资金直接支付给卡明，“我的特工就能不为人知，就能安全秘密地工作，不受外界干扰”。
我们不知道卡明是否真的将这封长信寄给了亚瑟·尼科尔森爵士，因为在秘密情报局或外交部的档案中都没有找到原件。保存下来的只有卡明手书的一部分草稿和一份未标明日期的打字文稿副本。卡明似乎将这封信拿给作战处处长卡尔韦尔将军看过，因为他[卡明]在11月2日的日记中写道：“见了C将军，他劝我不要发送回复A爵士的信。”在接下来的一周，卡明写道，卡尔韦尔“给弗伦奇写了一封长信说明我的职责”，他自己也在外交部做过一次有关“C将军信件”的“长谈”。海军部的霍尔上尉“看过C将军修订过的会议记录”后说“我将要脱离陆军部的控制了”。接着，卡明起草了一份短文件，以自己六年的工作经验来具体说明秘密情报组织的主要原则和作用。11月10日，他会见了尼科尔森。尼科尔森“说他非常赞同我在日记中写的那些原则”，而且“深受鼓舞”。他“给将军写信”——日记中一条注释表明是写给法国的麦克多诺将军——“说他希望在中立国的所有秘密情报工作”都由卡明来领导。这对于“C.E.[反间谍]工作也同样适用”。
11月17日，尼科尔森签署声明，确认“秘密情报局局长”是“所有国外的间谍和反间谍特工的惟一领导”。当海军部或陆军部需要“特别情报”时，由“他一人负责获取情报的方式”。卡明还将单独对他的职员和由他支配的资金负责。他将“经常同陆军部和海军部保持联系”，后者将“随时将他们的需求告诉他，并以在必要时以有助于他们进行改进的方式对他的报告提出批评”。最后，卡明将向尼科尔森（外交部常务次官）提供一份“每月所有账目的支付报表”，“与秘密情报资金支出有关的一切事情……”均须服从于尼科尔森的“惟一控制”。
避开陆军部
尼科尔森的声明是一份格外重要的文件，卡明正确地将其视作对情报局的特许状。实际上，1915年底的变化标志着确认情报局在外交部监督下的机构自治权和巩固其跨部门角色的重要时刻，这将是情报局在前四十年发展过程中保持的一个重要特征。更重要的是，确立对工作人员和特工的专门控制还意味着卡明完全有权对情报局的活动进行高度保密，他对此十分珍视。尽管作战处处长本人同意这一章程，在法国的最高统帅部却继续维护其自身情报机构在战场上的优先权。11月29日，在有关法国的各种安排的一次会议上，沃尔特·柯克就“高调宣称，统帅部至高无上，外交部对于此事无可厚非”。
在随后的一个月，为应付战时业务的进一步增加，伦敦总参谋部再次进行改组，陆军部成立了一个单独的“陆军情报局”。12月23日，卡尔韦尔成为陆军情报局局长，但他只任职到1916年1月3日就被从法国回来的乔治·麦克多诺接替。麦克多诺担任这一职务一直到1918年9月。在新组织机构中，弗伦奇上校的“作战六处”改称为“军情一处”并成为陆军部的秘书处，专门负责分发军事情报和秘密情报。1916年4月，军情一处被一分为四，特别情报局归属到“军情一处（c）”，这一安排一直保持到战争结束。尽管从称谓上看卡明的特别情报局好像是陆军情报局的一个下属机构，但在取名时就“已明确宣布，名称不具有那一性质，只不过是一个方便的‘化名’”。然而，从此刻开始，“军情一处（c）”就被越来越多地用作卡明秘密情报局的代称。也是在此时，凯尔的机构（自1910年以来已是“作战五处”的一部分）成为了“军情五处”。
1915年12月，陆军里有人利用这些变化出现的机会提出了一个“重建陆军部秘密情报组织”的计划。此人很可能是柯克，他并不知道卡明从尼科尔森那里获得了特许（虽然柯克的日记证实他很清楚外交部对卡明组织的支持态度）。虽然在尼科尔森的会议记录之后不再有实施这些提议的可能，但它们仍然值得一提，因为它们体现了可被看做是陆军对于卡明情报局的合适地位和作用的极端看法，并提供了有力证据说明卡明和他的同事所反对的军方的各种态度。该计划建议新的陆军情报局局长接管整个秘密情报局：“应将外交部排除在外，不论在何种情况下，‘C’都无权直接干预之。”海军情报局当局也同样必须通过陆军部发挥作用；应该与海军情报局局长一道做出安排，据此“将他的利益委托给陆军情报局局长。不言而喻，后者才是特别情报局的头，而C则为他效劳”。C的作用被看成是“纯粹行政性的”，“包括从他领导下的秘密情报组织获取情报”。他不对“分发情报”负责，那是国防部军情一处下属部门的职责。在任何情况下，C都将“完全致力于发展新的组织并通过不断联系使现有组织达到要求”。C同陆军情报局局长的“惟一联系渠道”是通过军情处长的参谋官来进行，军情一处的下属科室“是秘密情报局与国外的秘密情报机构和其他政府部门之间的惟一联系渠道，不论英国国内还是国外”[34]。这样，卡明将被降级为一个光荣的秘书和被支配的小官吏。
卡明仍然拥有一定程度的自治权，但他的自治权受到陆军军官特别是麦克多诺和弗伦奇上校的不断挑战，他们俩都从纯军事情报的角度去看待陆军部和卡明的情报局之间的关系。1916年9月底，弗伦奇给卡明写了一封长信，反思秘密情报问题以及在“未来可能爆发的战争中”如何最好地组织秘密情报的问题。他敦促说，“虽然我们对于战争对秘密情报的需求都有了实际的实践经验，但现在就应该想到一切重组和变化，而不是推迟到战争结束才去想”。弗伦奇认为，应该单独由一个秘密情报机构来负责海军和陆军的情报，“否则，我们的工作目标将会相互矛盾，并且几乎在每一个领域，我们将至少有两套情报系统在工作，即使不发生矛盾，至少也会彼此竞争”。他认为将间谍和反间谍分开是一大弱点，而卡明和凯尔作为“至少是三个政府部门的公务员的地位和无法确定的相关制约”是“糟糕的组织”。因此，弗伦奇建议，秘密情报局应由陆军和海军军官组成的一个小型联合部门来控制，“由陆军情报局局长或海军情报局局长来领导”，这将“解决策略上的一切事情……并实施与外交部的所有协商”。他进而考虑“秘密情报谍报活动有局限性”。他认为，谍报活动只涉及海军或陆军情报。“凡是在我们的伪外交行动[他对此并未加以界定]涉足之处，我们的情报都蒙受损失”，而处理“战争贸易的问题和与秘密情报无关的各种问题”对军事行动来说就是“一个‘巨太[原文如此]的错误’”。弗伦奇进而认为“在海军或陆军展开行动的任何区域，该区域的秘密情报都应交由当地的陆军或海军指挥部来接收、消化和控制”。他接着说，“作为总的原则，帝国其他地区的秘密情报机构不应由你[卡明]来领导，而应由当地的情报官员领导，他们又分别受命于当地的陆军或海军当局，而不受陆军情报局局长或海军情报局局长的领导”。
