夏四月，倭薄温州，同知黄钏驰檄出迎击，被执。倭欲还之，索千金为赎。钏骂之不置，倭怒，磔杀之。江北倭流劫至山、山北等港，无为州同知齐恩率舟师迎战，
败之，斩首百余级。恩长子尚文，次子嵩，叔仲实，弟宝荣，侄慎、寅、友良、大卿，孙童俱在行间。嵩年十八，骁勇善射，独前追贼至安港，恩等从之。伏发，恩及其家丁钱凤等二十一人力战，皆死之，独嵩、慎、寅三人得脱。贼遂乘胜至金山，杀镇江千户沈宗玉、王世良于江中。
倭率众数千自乍浦入，欲犯杭州。游击将军宗礼帅兵九百御之，逆战于三里桥，分左右翼夹击，三战三捷，获首功七十余级。贼首徐海等皆辟易，称为神兵。会桥陷军溃，礼与镇抚侯槐、何衡，义官霍贯道力战，俱陷阵死之。礼骁勇敢战，所部箭手三千人皆壮士。事闻，赠恤有差。
总督胡宗宪奏“遣生员蒋洲、胡可愿使倭砦，传谕渠魁，令无犯顺”。从之。已而可愿等还，言“倭渠欲通贡市”。宗宪以闻，下兵部集议，不可，乃止。
倭围巡抚阮鹗于桐乡。初，鹗督学浙江，开武林门纳难民，全活数万人，超擢巡抚。方倭之寇嘉兴也，鹗议主剿，而胡宗宪议主抚，不相能。倭自嘉兴转寇桐乡，氛益锐，去来实徐海、麻叶领之，陈东附焉。东，萨摩王弟书记也。宗宪谋间之，遣辩士说海。海心动，私语桐乡守兵曰：“吾已款督府矣。城东门陈党，善备之。”是夕，海道崇德而西，东方急攻桐乡。宗宪说海缚麻叶，因伪为麻叶书致东，令图海，故达海所。东、海中自疑，始解围去。
五月，御史邵惟忠上言：“倭薄通州，围未解。余众自狼山转掠濒江诸郡县。而瓜、仪为留都门户，镇、常乃漕运咽喉，不可视为缓图。宜大集兵，敕诸臣戮力靖乱。”下兵部议，“请调河南睢、陈及山东八卫，陕西延绥兵及徐、沛募兵，敕遣才望大臣一人总督，以为犄角，保障留都”。帝然之。已命兵部侍郎沈良才矣，严嵩揣知上觉赵文华欺罔，且见谴，乃令文华自以其意请复视师。嵩为言：“良才不胜任，江南人引领俟文华至。”上乃止良才，命文华以工部尚书兼右副都御史总督浙、福、直隶军务。文华既至浙，假监督权凌胁百官，搜括库藏百万计。两浙、江、淮、闽、广所在征兵集饷，留漕粟，除京帑，给差课，迫富民脱凶恶，浪授官职。于是外寇未宁，而内忧益甚。
六月，倭入慈溪县，知县柳东伯亡。初，王忄予在浙，计城各邑未城者，慈溪士人独持不可。至是，倭众大至，知县不知所御，携印组亡去。残杀民人无算，而缙绅尤甚，始悔失计。东伯失守，当坐死。以无城可凭，削籍为民。省祭官杜槐与其父文明率兵追败倭于王家团。海道刘起宗委槐防余姚、慈溪、定海。未几，与贼遇于白沙。一日三战，杀贼三十余人，斩其一帅，槐被创坠马死。文明别将兵击倭于演武场，斩白眉倭帅一，从七，生擒二。倭惊遁，呼为“杜将军”。已而追至奉化枫树岭，以兵少无继，陷阵死。
倭薄海盐，指挥徐行健、程禄，百户方存仁逆战死之。八月，海寇徐海伏诛。初，胡宗宪以簪珥遗徐海侍女翠翘、绿珠，令日夜说海，缚陈东以报朝廷。海且感，而赵文华方治兵击海，
宗宪佯曰：“彼且缚陈东，何战为？”海果赂萨摩王弟缚东以献。于是海势日孤。海自念数有功，又信罗龙文诱，约八月入谒督府于平湖。海先期以数百人胄而入，宗宪、文华、鹗坐堂上，海等叩罪，复谢宗宪。宗宪下堂摩其顶，曰：“朝廷且赦若，慎勿再虞。”厚犒遣之。海既出，知官兵大集，自疑。宗宪使使谕之曰：“官兵防东党，尔毋恐。”海请居东沈庄，陈东居西沈庄。又令东诈为书遗其党，曰：“海约官兵夹剿汝矣。”东党果疑相攻。海令礻卑将辛五郎归岛，宗宪密遣卢镗计擒之。文华调兵六千既集，移营薄沈庄。督之急，宗宪犹心怜海不欲遽战。文华迫之，宗宪乃下令与总兵俞大猷整师前进。海知事变，掘深堑自守，栅数重，官兵望之不敢入。阮鹗檄趋之，大猷乃从海盐进攻东沈庄，破之。又追击于梁庄，会大风，纵火，诸军鼓噪乘之，贼大溃，斩获一千六百余级，海仓徨溺水死。引出，斩其首。浙、直海寇平。海，故杭之虎跑寺僧，雄海上，称“天差平海大将军”。至是，捷书上，文华皆袭为已有。帝命械系首恶至京正法。时浙东仙居、浙西桐乡二寇略平。其分掠海门者，把总张成败之。江北寇流入常、镇者，总兵徐珏败之，苏、松、宁、绍相继告捷。兵部奏文华功，帝从之，降敕令文华还京。论平倭功，加文华少保，宗宪右都御史，各任一子锦衣千户，余升赏有差。倭俘麻叶、陈东等械系至京，礼、兵部请献俘，从之，群臣俱贺。
时倭略平，惟舟山贼据险结巢未下，官兵环守之不能克。诸狼、土兵俱已遣归，而川、贵兵六千人始至。胡宗宪方留防春汛，隶俞大猷经营舟山之贼。会夜大雪，大猷乃督兵四面攻之。贼悉锐出敌，官军竞进。贼败归，乃以棕蓑卷火掷之，贼四散溃出，斩首一百四十余级，余悉焚死。
三十六年冬十一月，海寇汪直伏诛。徐海等既死，汪直复纠众三千余入宁波岑港，大掠四境。汪直，徽人也。宗宪亦徽人，乃以金帛厚赂诱之，云：“若降，吾以若为都督。”置海上通互市，乃迎直母与其子入杭厚抚之。而奏遣生员蒋洲往谕，与之盟。直信之，遂自奋言：“能肃清海波，赎死命。”与其党毛海峰、叶碧川等从蒋洲来杭州。洲至，而直未至，人疑其诈。巡按周斯盛请罢贡罪洲，于是逮洲狱，洲乃陈谕倭始末，及言“直以诚来，其未至，必风阻耳”。已而直果乘巨舟，遣头目数十人随来，泊舟定海。盖初舟实为飓风所损也。宗宪使人招直，直愿见洲，洲方对理。疑其觖望不遣，遣千户夏正质其舟。直素与正善，不疑。遂诣军门请罪，具言自效状。宗宪待以宾礼，使指挥为其馆主，给舆夫出入，复出蔬米酒肉供馈其舟人，日费数百金，且交质为信。因具状闻，请赦之。科臣王国祯力持不可。疏入，上谓“直元凶不可赦”。宗宪乃密檄按察司收直等斩之。论平倭功，加宗宪太子太保，余皆迁赏。然直虽就诛，而三千人皆直死士无所归，益恚恨，复大乱。
三十七年春二月，倭犯潮州之它浦，攻蓬州千户所。佥事万仲分部水陆兵马，东西哨攻之。临敌而哨兵皆溃，领哨千户魏岳、高洪俱死。寻犯福州，巡抚阮鹗不能御，取库银数万两赂之。以新造大舟六艘，俾载而去。
夏四月，倭掠台州临海之三石镇，约数千人，总督胡宗宪击走之。倭攻福清，破之，执知县叶宗文。举人陈见率家僮御贼不克，与训导邬中涵俱骂贼死。
五月，自海口出港，参将尹凤引舟师击之，沈其舟七，斩首六十余级，生擒七人，余众Т去。凤追击东洛外洋，复败之，铳伤及溺水死者甚众，福、兴患少熄。
倭攻惠安，知县林咸乘城御之，攻五昼夜不克，丁壮死者数百人。倭亦失亡相当，乃引去。咸率兵击倭鸭山，乘胜追奔，陷伏中死之。倭分犯同安、长乐、漳、泉诸处。
秋七月，以浙江岑港海寇未平，诏夺总兵俞大猷、参将戚继光职，期一月荡平，命胡宗宪督之。初，宗宪遣毛海峰诱降汪直，直至，下狱，海峰遂与倭目善妙等五百余人烧船登岸，列栅舟山，阻岑港而守。官军四面围之，屡斩获。然海中数苦毒雾，贼凭高死斗，先登者多陷没，新倭复大至。冬十月，岑港倭移巢柯梅，胡宗宪屡督兵讨之，不能克。
兵备副使谷峤捍御海上，屡破倭。制府以捷闻，进山东参政。三十八年春三月，倭寇自象山河金、缆井诸处焚舟登岸，海道副使谭纶与贼战于马冈，败之，斩首七十级。
总督胡宗宪上言：“舟山残孽，移住柯梅，即共焚巢夜徙，力已穷蹙，势易成擒。而总兵俞大猷、参将黎鹏举邀击不力，纵之南奔，播害闽、广，宜加重治。”上命逮大猷、鹏举至京讯治。时人言籍籍，谓倭之开洋也，宗宪实阴遣之。倭南行泊浯屿，焚掠君民。由是福建人大噪，谓宗宪嫁祸。御史李瑚数其三大罪。瑚与大猷俱福建人。宗宪疑大猷漏言，故委罪以自掩。而大猷不善滑刺，素不为严世蕃所喜，故有是逮。廷臣惜大猷才，共假贷得三千金，馈世蕃，不死，罢职，发大同立功。
