12月底，国民党顽固派的反共活动不仅没有收敛，反而日见嚣张，已集中了12个师准备进攻华中新四军。12月30日，中共中央召开政治局会议，毛泽东在会上指出：“目前时局还不能说反共高潮已开始下降”。第二天，毛泽东为中央书记处起草指示，除了命令江南部队迅即北移、并从华北派遣一部兵力加强华中外，还要求所有华中及山东的党和军队必须紧急动员起来，为坚持抗日根据地、打破顽固派进攻而奋斗。
毛泽东最担心的是皖南的情况，一再致电项英，催促北移，并在12月26日再次对项英提出了尖锐的批评。
与此同时，毛泽东为新四军军部的安全转移做着最后的努力。12月27日，毛泽东一面请周恩来继续向蒋介石交涉，要他命令李品仙不得妨碍新四军北移；一面以朱德、叶挺的名义急电国民党第五战区司令长官李宗仁和副长官李品仙，恳请他们从抗战的利益出发，不要妨碍新四军的北移。
但是，这时的形势已难以逆转。顾祝同根据蒋介石将皖南新四军“一网打尽，生擒叶项”的命令，已完成围歼皖南新四军的准备，震惊中外的皖南事变终于爆发了。
1941年1月4日，新四军军部及直属部队9000余人遵令北移。由于项英的犹豫不决，行期一再延误，国民党已在新四军行进的必经地区埋下重兵。6日，仓促行动的部队到达泾县茂林地区时，突然受到国民党第33集团军总司令上官云相指挥的7个师8万余人的严密包围和猛烈袭击。双方兵力悬殊，国民党军队又已作了充分准备，新四军陷入苦战中。
7天7夜后，新四军终于因弹尽粮绝而全军覆没。奉命同国民党军队谈判的军长叶挺被扣；项英、袁国平、周子昆等遇难。1月15日，中共中央召开政治局会议，检讨新四军失败的原因，毛泽东指出：从我们自己方面来说，首先是由于项英、袁国平等没有反磨擦的思想准备，其次是指挥上的错误。他提出：袁、项的错误须立即宣布，如何处置交七大解决。会议通过了毛泽东起草的《中央关于项袁错误的决定》。在这次会上毛泽东提出：我们要实行全国的政治反攻，必须要像我们前次反对第一次反共高潮时一样有非常强硬的态度，只有不怕决裂，才能打退国民党的进攻。他又说：左派主张我们马上与国民党大打起来，我们也不能实行这种政策。
1月17日，蒋介石发布取消新四军的命令，把叶挺交付军事法庭审判，将反共高潮推到顶点。国共关系已处于异常紧张的状态。这时，毛泽东反而更加冷静。他接受了刘少奇的建议，提出“在政治上取猛烈攻势，而在军事上暂时还只能取守势”。
1月20日，中共中央召开政治局会议，讨论对付时局的办法。毛泽东指出，要挽救时局，实现好转，必须由国民党当局取消1月17日的命令。会议决定：成立中央军委主席团，由毛泽东、朱德、彭德怀、周恩来、王稼祥组成，军委实际工作由主席团办理。驻国民党统治区的各办事处实行撤退。
当天，根据政治局会议决定，在延安发布了毛泽东为中共中央革命军事委员会起草的重建新四军军部的命令，任命陈毅为新四军代理军长，张云逸为副军长，刘少奇为政治委员，赖传珠为参谋长，邓子恢为政治部主任。随后，新四军军部在苏北盐城成立，整编全军为7个师和7个独立旅，共9万多人，在大江南北坚持敌后抗战。
同时，也根据政治局会议的决定，毛泽东以中共中央革命军事委员会发言人的身分对新华社记者发表关于皖南事变的谈话。他指出：“此次皖南反共事变，酝酿已久。目前的发展，不过是全国性突然事变的开端而已。”“特别是1月17日的命令，包含着严重的政治意义。因为发令者敢于公开发此反革命命令，冒天下之大不韪，必已具有全面破裂和彻底投降的决心。”他说：“目前全国人民的紧急任务，在于以最大的警惕性，注视事变的发展，准备着对付任何黑暗的反动局面，绝对不能粗心大意。”
毛泽东的这个谈话，引起重大反响，不仅“全党一致拥护，情绪异常兴奋”，而且深受党外人士的好评。国民党爱国民主人士宋庆龄、何香凝、柳亚子、彭泽民、陈友仁等联名致信蒋介石，谴责政府当局对新四军的迫害，要求释放叶挺；从前怕共产党过于强硬会引起破裂的民族资产阶级代表陈嘉庚、张一鹿等仗义执言；冯玉祥、于右任、孙科等也对蒋介石表示不满，冯玉祥说：“只有共产党的十二条，国事才能解决。”这件事，在国际上也引起广泛重视。斯特朗、斯诺等在美国报纸上发表报道和评论，向世界披露皖南事变的真相。英、美、苏等国都不支持蒋介石的作法，对他形成很大压力。
蒋介石突然发现自己陷入了内外交困、空前孤立的狼狈境地，这是他根本没有料想到的。更加出乎他意外的是，连日本军队也没有因为他发动反共内战而停止进攻。1月下旬，日军发动豫南战役，将国民党军队15万人包围在平汉铁路以东，两军发生激战。
这时，国内政治斗争的焦点已转到中共方面的参政员是否出席第二届国民参政会的问题上。第二届国民参政会参政员的名单是在皖南事变前夕公布的。中共方面的参政员仍是毛泽东、董必武、邓颖超等7人。由于皖南事变的发生，各民主党派希望通过这个会议来缓解一下国共矛盾，纷纷表示这次会议中共方面的代表必不可少。美国总统罗斯福的代表居里也表示：留在重庆，专等观光国民参政会。这给蒋介石造成很大压力，为了摆脱困境，必须争取中共方面的参政员出席会议。
中共代表是否出席这次参政会呢？毛泽东同周恩来电报往来，反复协商，认为不能无条件出席。
经过这场斗争，蒋介石在参政会的讲话中虽然继续攻击中共，但不得不宣称：“以后亦决无‘剿共’的军事，这是本人可负责声明而向贵会保证的”。毛泽东评论蒋介石的这个讲话是“一种阿Q主义，骂我一顿，他有面子，却借此收兵”。它实际上标志着蒋介石发动的这次规模更大的反共高潮又被击退了。这以后，国共关系又逐渐走向一定程度的缓和。
毛泽东在打退这次反共高潮中制订的一系列方针政策以及取得的重要历史经验，是他思想发展中的一个高峰。正如胡乔木所说：“经过打退第二次反共高潮，我们党内更团结了，毛主席的领导威信大大提高了。这半年的斗争，对后来抗战、解放战争初期的胜利都有很大的意义。”
6.联合政府的主张
到了1944年，中国共产党和它领导的抗日根据地军民已经逐渐从最困难的处境中走出来。这年春天，根据地有了明显的扩大，居住的人口增长到8000万人，军队发展到47万人，民兵有227万人，已经成为中国社会政治生活中谁也无法忽视的力量。
当时放在中国人民面前最重要的任务，就是要夺取抗日战争的最后胜利。而要实现这个目标，必须很好地处理同国民党的关系。这是一项复杂而艰难的工作，毛泽东为它付出了很多的精力。
国际反法西斯战争节节胜利的形势也有利于促使国共两党谈判的恢复。尽管盟国军队在太平洋战场和欧洲、北非战场上都取得重大胜利，但中国战场上毕竟仍集结着数量庞大的日本陆军。美国政府为了避免一旦在中国大陆作战时会造成美国士兵的大量伤亡，希望中国所有军队都能用于对日联合作战，而不希望看到中国在这时出现内战。苏联和英国也不希望中国发生内战。这种国际压力也迫使蒋介石对国内问题进一步采取缓和态度。
1944年初，国民党驻延安的联络参谋郭仲容向毛泽东转达蒋介石希望中共派代表到重庆谈判的信息。听到这个消息后，毛泽东的判断是：“观察今年大势，国共有协调之必要与可能，而协调之时机，当在下半年或明年上半年。但今年上半年我们应做些工作。”正是在这种情况下，中共中央决定，停止公开批评国民党，积极参加宪政运动，争取和广大民主人士一起推动蒋介石转变政策。
2月17日，毛泽东会见郭仲容，告诉他中共中央决定派林伯渠赴重庆谈判，行期在3月12日以后。对即将进行的这次谈判应该采取什么方针？4月15日，毛泽东主持中央书记处会议进行了讨论。周恩来发言说：国民党现在对我们主要采取政治斗争，宣布我们破坏抗战等所谓十项罪状。我们的方针，照毛主席估计的，目前还是求和缓。毛泽东接着说：这次总的态度不卑不亢，表示我们要求和缓，要求抗战到底，团结到底，不表现盛气凌人的态度。我们要求和他们一同抗日，使他们不觉得我们在威胁他们。毛泽东还提出：对中间派主要宣传民主，争取他们的同情。对英美主要宣传抗战，要求英美派人常驻陕甘宁边区。
6月5日，中国正面战场的局势出现新的严重危机。日本侵略军在太平洋战场上节节失利和本土开始遭受大规模轰炸的情况下，开始实行所谓“一号作战”计划。计划的重点是：“占领并确保湘桂、粤汉及平汉铁路南部沿线的要地”，以实现贯通中国东北到越南的大陆运输线；同时，要摧毁设立在广西和湖南的盟军空军基地。4月中旬，日军沿平汉路向河南发动大规模军事行动。接着，又从湖北沿粤汉路南下湖南，再沿湘桂路折向广西，前锋直达贵州独山。
在日军进攻面前，国民党战场上出现了骇人听闻的大溃退。
短短8个月内，相继丢失20万平方公里的富饶国土，6000多万中国同胞沦于日军的铁蹄之下。作为大后方政治中心的重庆陷入一片惊慌之中。在战时，人们最关心的焦点莫过于军事。如果其他问题还可以勉强忍受的话，那末在这方面出现不应有的严重挫折就使人普遍感到难以忍受了。谁都看得出来，这场大溃退其实是国民党当局在政治、经济、军事各方面的严重问题的集中大暴露。民怨空前沸腾，舆论空前激昂，国民党统治区的民主运动冲破皖南事变以后相当长时间内的比较沉寂的状态，以前所未有的巨大规模蓬勃兴起。人们对国民党政府已丧失信任，要求实行根本性的变革。国民党的腐败无能和抗战不力，也引起英美等国驻华官员和舆论的强烈关注与不满。
过去由于国民党政府的严密封锁，大后方许多人对中国共产党领导的各抗日根据地的真实情况并不了解。这一年初，在国内外各方面的压力下，国民党当局第一次允许中外记者西北参观团前往延安等地采访。6月9日，也就是盟军在法国诺曼底登陆、开辟欧洲第二战场的第三天，参观团一行21人到达延安，成员中有美联社、英国《曼彻斯特卫报》、美国《基督教科学箴言报》记者斯坦因，《纽约时报》、《时代杂志》记者爱泼斯坦，合众社、伦敦《泰晤士报》记者福尔曼，路透社记者武道，美国天主教《信号》杂志中国通讯记者夏南汉神父，苏联塔斯社记者普多岑科，此外，还有国民党统治区各大报的一些记者以及国民党官员。
中外记者来到延安，毛泽东很兴奋。他立刻经过延安交际处安排了同记者会见的时间。
6月12日，毛泽东会见记者参观团。记者团的成员大多是第一次来到延安，对这里的一切都感到新鲜，在同毛泽东的谈话时提出的问题特别多。毛泽东一一耐心地作了解答。关于国共谈判，毛泽东说：现在还在谈判之中，我们希望谈判有进步，并能获得结果。关于开辟第二战场，毛泽东说：第二战场开辟的影响会是很广泛的，直接影响欧洲，没有它就不能打倒希特勒，将来亦会影响到太平洋与中国。但他又指出：中国的问题还要靠中国人自己努力，单有国外情况的好转，是不能解决问题的。关于中共的主张，毛泽东指出，中共希望国民政府、国民党及一切党派的人，从各方面都实行民主。他说，全世界都在抗战中，欧洲已进入决战阶段，远东决战也快要到来了，但中国缺乏一个为推进战争所必须的民主制度。只有民主，抗战才能够胜利。我们很需要统一，但是只有建筑在民主基础上的统一才是真正的统一。国内如此，新的国际联盟亦将是如此。只有民主的统一，才能打倒法西斯，才能建设新中国与新世界。当时在交际处工作的金城回忆：“中外记者都想不到毛泽东能这样快地接见他们，并且详尽地回答了他们的问题。回到交际处，大家都感到十分兴奋。”
朱德、叶剑英等也分别会见了中外记者，向他们详细介绍了中国抗日根据地的真相和它在抗战中的重要地位。一份经过毛泽东修改的叶剑英向中外记者团的讲演《中共抗战一般情况的介绍》，通过中外记者的报道，广泛传布到大后方和许多国家，引起强烈的反响。国内外舆论开始重新评价中共在抗战中的地位和作用。
