然而，在新的宇宙观看来，部分与全体的关系是更为对称的。当然，了解部分的性质对了解全体的性质来讲是有用的。同时，部分的性质也只能通过整体的动力学来理解。整体是基本的，一旦你理解了整体，起码从原则上讲，就可以认识其部分及其相互作用的方式及性质。这种部分与整体相互关系的变化，首先发生在物理学，这是量子学的功劳。当时，物理学家们都很惊异，因为在量子领域里，他们不能再运用经典意义上的概念了（原子、粒子），部分不好定义了。因为根据实验的不同条件，它表现出不同的性质。物理学家们开始认识到，在原子的层次上，自然不再表现为一个由宇宙之砖构成的力学宇宙，而是一个关系之网。在这里，根本就不存在部分，不论我们把部分称为什么，它只不过是一种形式，有某种稳定性，因而能引起我们的注意。对整体和万物相互关系的理解，以及对作为太一的表现的现象的理解，是东方哲学和世界观的最重要的共同特征，是一切神秘主义传统的主线，一切事物均被看成是相互依赖的，不可分割的，同一个实在的暂时形式。麦克斯韦认为人生的最高境界就是与大全（太一）的合一。
第二，结构与过程的关系发生了根本的变化。在老的世界观看来，存在基本的结构，力与结构之间相互作用，就出现了过程。在新的科学世界观看来，过程更是基本的，我们看到的每个结构都是基本过程的表现。这个思想首先是由爱因斯坦在《相对论》中提出来的。对质量是能的形式的认识，消灭了科学中物质实体的概念和存在基本结构的概念。亚原子粒子不是由任何物质的材料构成的，它们只不过是能的一种形式，而能是与活动、过程分不开的。亚原子粒子的性质在本质上是动力学的。当我们观察它们时，我们看不到任何实体，以及任何基本的结构，我们看到的只是不停地从一种形式变成另一种形式的动力表现。关于过程的思想也是东方哲学和神秘主义的主题：世界处在流变之中，诸行无常。这样，在近代物理学中作为机器的宇宙形象，就被相互联系的、动力学的大全代替了，组成整体的部分在本质上是相互联系的，也只能把这理解为宇宙过程的方式而已。
第三，为了在相互联系的关系之网上定义一个物，我们必须略去某些相互关联的关系和进行观察的工具，在我们这样做时，就会把某些形式孤立起来，把它们解释为物，不同的观察者用不同的方式做到这一点。比如，当我们确证一个电子时，就只能略去它与别的部分的联系。那么，这个电子可能表现为波，或表现为粒子，你看到的是什么完全依赖于你怎么看它。是海森堡把观察者这种关键的作用带进了量子物理学。在他看来，“在不同时谈到我们自己时，就不能谈论自然”。对一切现代科学来讲，都是如此，这是从客观科学向认识科学的转变。在老的世界观看来，科学的描述是完全客观的，独立于人这个观察者和认识过程的。而在新的世界观看来，理解认识过程的认识论，必须被包含在对自然的描述之中。在这一点上，科学家们对认识论没有一致的意见。但大家又一致认为，认识论对任何科学理论来说都必须是不可分割的部分了。
关于“人的认识过程是人理解实在的不可分割的一部分”的观念，正是神秘主义和东方哲学的特点。一切神秘的知识都不能借助分离的客观的观察来获得，只能在对整体存在的充分参与之中得到。麦克斯韦明确认识到这一点，并认为参与大全、参与无限是人的至福所在。在量子物理学中，观察者与被观察者不能是分离的（当然是可以区分开的），但神秘主义者在沉思中据说能达到物我不分、主客不分的地步。
第四，新的科学哲学和思维方式对科学家来说最深刻最难习惯的是：作为宇宙之砖的古老比喻是科学基本规律，是基础、根本。正是它才成为知识大厦的基础。我们的一切知识都建立在这些坚实的基础之上：物质的基本之砖，基本的恒等式，平衡，基本常数，基本原则。这种作为知识之基的比喻，两千多年来一直贯穿在西方哲学与科学之中。然而，正如麦克斯韦讲的那样，“科学知识的基础不是凝固的稳定的”。它们常常变化，有几次被彻底打碎了，每当知识革命发生时，都会使科学基础发生动摇。笛卡尔在《方法论》中，谈到他那个时代的科学时说，“在这个不断变化的基础上，没有什么东西是坚实的”。于是，他力图在一个稳固的基础上建立自己的新科学。300年过去了，爱因斯坦在评论量子物理学的发展时写道，“似乎基础被推翻了，任何地方也看不到基础”。于是人们开始认识到知识的基础是变化的。新的发现又提醒了人们，也许这是最后的一次，这倒不是因为没有更大的进步与变化，而是在未来根本就不存在什么基础，我们的一切知识不可能建立在一个坚固的基础上，因而，今天我们要把宇宙之砖的比喻换成网络的比喻。这正如我们把周围的实在看成关系之网一样，我们的概念模式与理论要建立在一个代表被观察现象的相互联系网之上。在这个网上，根本不存在重要的和不重要的，因为这里不存在任何基础。作为网的知识的比喻对科学家来说是极不舒服的。30年前杰奥弗雷·邱(Geoffrey Chew)提出了粒子靴袢式理论清楚地表明了这一点。根据这个理论，自然不能被简化为任何实体（比如物质的宇宙之砖等），必须把大自然看成是自我一致的。事物就在相互一致（和谐）的关系中存在。一切物理学都必须遵循这个原则：它的组成部分互相之间以及其自身是和谐一致的。30年过去了，邱和他的同仁们利用其理论方法提出了一个亚原子粒子的综合理论和更为一般的自然哲学。这种靴袢式哲学不但放弃了物质宇宙之砖的基本概念，而且还拒绝了基本实体的概念（基本的常数、规律恒等式等），物质宇宙被看成是相互联系的事件的动力学之网，这个网的任何一部分的性质都不是基本的，它们都与别的部分关联。这种相互关联的整体的和谐决定了整个网的结构。
这种不承认任何基本实体的哲学是东方文化传统的最深刻思想之一，它与我们传统的科学思考方法相左。实际上，把自然简化为部分和基本实体是一种古希腊人的方法，它来源于物质与精神的二元论。它促成了科学的繁荣，但也带来了今天的各种灾难（环境污染，人口膨胀，资源匮乏，战争不断……）。
这种一切都相关联的网哲学的观点，也把人这个观察者包含在内，人也不能与自然分离。这个网中的任何部分只有相对稳定的形式，对自然现象可以根据概念网来描述。在网上，任何一部分都不比别的部分更重要。这种新的哲学很快提出了这样的问题：如果一切东西都是不可分割的，我们又怎么能认识自然呢？既然一切自然现象在终极意义上都是相互联系的，为了解释其中的某物，我们就得理解所有别的东西，这当然是不可能的。
把网哲学弄成科学哲学是由于这样的事实：存在近似的知识。
如果一个人满足于对自然只作近似的理解，那么他就能对现象的选择群进行描述，把那些不重要的现象略去，我们可以根据少数现象来解释多种现象，最后对自然的不同方面作相似的理解。前面可以看到，麦克斯韦是如何运用这种方法的。
第五，以上讲的网哲学和根据相似性理解自然，对科学来讲十分重要。这就提出了从相似向真理过渡的问题。笛卡尔的模式建立在相信科学知识的确实性上。新的哲学观则认为，一切科学的概念与理论都受到限制，都是近似的。科学不能提供对宇宙和大自然的完满解释，麦克斯韦也讲过类似的观点（大自然不是透明的）。科学家不是来研究绝对真理的，他们所研究的只是对实在作有限的相似描述。科学借助实验来回答一系列日益复杂和精妙的问题，这些问题也日益深入到自然现象的本质之中了。把神秘主义和东方哲学与新的哲学观作一对比，我们就会看到，神秘主义对相似的东西不感兴趣，他们主张，任何个别的东西都是不能理解的，所以他们对解释事物不感兴趣，只对万物统一，特别对体验物我一体感兴趣。这当然是一种蒙昧主义，是反科学的。
今天，我们信仰的仍然是“科学技术要征服自然”，麦克斯韦则认为，“科学技术是崇拜上帝的活动”！抛弃纯宗教的含义不讲，把“上帝”换成自然，把科学探索看成是人与自然的“对话”、人与自然的和谐相处和共同进化不是很耐人寻味吗？！
