辽东问题一直是中原王朝的一个很棘手问题，辽东自古以来控制不易，也就是从宋代棉花技术引进后，有了穿棉衣的士兵才使得控制这一地区成为可能。明王朝控制辽东达200多年，已实属不易，但这是建立在东北少数民族虚弱的基础上，一旦有人统一了他们的各个部落，那么对方就会迅速强大起来，这时候要想继续控制辽东已不可能，最实际的办法是退到关内来，减少人力、物力的消耗。
事实证明，万历最大的优点是识人能力，当帝国在萨尔浒遭遇滑铁卢后，他知道熊廷弼是解决辽东问题最适当的人选，如果再给万历十年的时间，他是能够解决辽东问题。熊廷弼也意识到此刻的明军根本不是后金军的对手，那么现实的办法就是固守，实行坚壁清野策略，并派小股部队出边骚扰，以此削弱后金的力量。
所以当熊廷弼来到辽东后，努尔哈赤两次进攻沈阳都被击退，此后再也不敢动了。但熊廷弼脾气暴躁，好骂人，为此得罪了不少同僚，再加上举朝皆想迅速扑灭努尔哈赤，对熊廷弼一意固守的策略不理解，眼看熊廷弼几个月没动静，一些按奈不住的御史开始弹劾熊廷弼“一意坐守，空耗银饷”，而刚上台的天启虽然于军事上有自己的独到见解，但是对于前线并不了解，尤其是对熊廷弼不了解。就这样，朱由校将熊廷弼罢免，换上袁应泰任辽东经略。
袁应泰主政辽东后开始放弃熊廷弼主守的战略，开始主攻，而且袁应泰治军不严，导致纪律涣散。天启元年，沈阳、辽阳相继陷落，袁应泰自杀，此刻，帝国在辽东只剩广宁可守。
事实上，在这种局面下，直接将辽东放弃即可，因为山海关的防守效率高，可以节约防守成本，但根本没有人意识到这一点。天启大概也意识到辽东的陷落跟罢免熊廷弼有关，于是重新启用熊廷弼为辽东经略，与此同时，又任命王化贞为辽东巡抚。
熊廷弼抵京后便提出三方布置策略：以广宁作为一路；山海关作为一路；登莱、天津的海路作为一路。天启同意了熊廷弼的三方布置策略，便让熊廷弼挂兵部尚书、左副都御史衔，驻山海关，经略辽东。由于王化贞在朝中有东林党支持，加上此时朝廷政策仍然是主攻，所以虽任命熊廷弼为经略，但实际上熊廷弼已被架空，辽东的局势完全由王化贞掌控，兵部尚书张鹤鸣和王化贞之间的奏疏来往完全绕过熊廷弼。
王化贞犯了跟袁应泰一样的毛病，那就是轻敌冒进，将兵力分散化布置，当金军进攻的时候不是凭城固守，而是把主力拉到外线去。天启二年正月，广宁失陷，王化贞随着逃亡的军士逃出了广宁城，此刻，整个辽东再也无险可守。逃到后方的王化贞见到熊廷弼，他请求和熊廷弼一起守宁远和前屯，但此时的熊廷弼却显得十分开心，因为经过近一年的争论，事实证明他的主张是正确的，但熊廷弼也明白此时大局已经不可挽回，目前要做的就是将士兵和辽民尽皆迁入关内，将辽西变成一片焦土。
熊廷弼虽然有自己的想法，但朝廷上下还是奉行“保有疆土”的原则，熊廷弼如此主动将辽西放弃，自然和王化贞一起被下狱。本来朱由校对王化贞打算重判，对熊廷弼轻判，但随后发生的一些事情完全改变了这种情况。
东林党是支持王化贞的，但当他们看到广宁失陷完全是王化贞的责任的时候，他们便丢弃了王化贞，转而来保熊廷弼。而熊廷弼也让自己的家人给东林党人汪文言送钱，作为营救他出狱的活动经费，东林党的人收了这笔钱，这件事情在京城传的沸沸扬扬，人所尽知。也就是因为这个事，魏忠贤劝皇帝丢弃熊廷弼作为将来打击东林党的一颗棋子，只有将熊廷弼判死，才能将东林党往接受死囚贿赂上靠，此时的熊廷弼已经完全沦为党争的棋子。辽东局势已经无可挽回，熊廷弼冤屈与否已经不重要，为了获取更大的目的，这些政治家们什么都可以舍去。
天启二年四月，熊廷弼和王化贞一起被判死，但一直到天启五年，朱由校杀了杨涟等六人后，才将熊廷弼处死，由此我们可以看出，这位年轻的皇帝和他的爪牙们从天启二年就已经开始了布局。
