肯尼迪知道他缺乏足够的票数以通过他的任何一项彻底改革的计划，因此无法在参众两院使多数党得以贯彻他的意志。于是，他拒绝把立法工作交给立法部门单独去搞，因而使得他们之间的冲突变得更加不可避免了。他详细制订出自己的立法计划，并鼓励公众和个人为他的立法计划施加压力；他否决掉他不喜欢的一些次要的法案，扣住他认为不需要的拨款，不理睬他认为违反宪法的那些限制性修正案，并且为通不过的法案临时采取行政行动。无论遇到多少挫折，他都没有打退堂鼓。当一项混合法案失败后，他就设法使每一部分分别通过。如果各个部分通不过，他就采用混合法案的形式另辟渠道。在他的不断努力下，通过了许多新立法，这其中包括一项互惠贸易条约，支持高等教育，医疗照顾法案，削减税收以刺激经济发展等等，使得国家顺利度过了经济衰退时期。
随着经济的迅速发展，物价通常也会出现上涨。由于肯尼迪增加国防、空间开发和反衰退等项的开支，造成了足以引起通货膨胀的那种庞大的预算赤字，因此，他面临着一场世界性的对美元地位的威胁和经济上的长期萧条，而这种情况在当时是没有应对先例的。肯尼迪认识到，对于物价不断上涨这个令人非常困惑的问题，已经到了必须予以正视的时候了。作为总统，他运用自己职务上的威信和舆论的力量，对劳资双方所作的决定施加了压力，他颁布了一系列经济方针，使得他们只能在这些方针所允许的范围内制订价格和集体议价。他认为，他的职责应是一个“全国利益的积极维护者，而不是充当互相冲突的私人利益的消极的中间人”。
肯尼迪上任之前，美国的国民经济增长率不到3%，而在他就任后的几年时间里，美国经历了这个国家现代历史中时间最长、势头最猛的经济发展。这期间，商品和劳务供应的增长超出了先前的八年，到1963年年底，国民生产总值达到了创纪录的1000亿美元，增长率为16%，为275万多人提供了就业机会，同时劳动收入也有了创纪录的增长；制造业生产设备闲置的数里减少了一半；7000万人就业的大关也第一次突破了；战后循环性经济衰退的趋势被打破了；1963年“预期会出现的”经济衰退给跳过了，所有表明经济状况的指标几乎都达到了创纪录的水平。在肯尼迪的治理下，美国经济正逐渐繁荣起来，而这些要归功于他对内的经济政策。
亦张亦弛，在冷战中解争端
20世纪60年代，是全球冷战时代最紧张的时期，东西方两大阵营随时可能爆发一场新的世界大战。正是在这一关键时刻，肯尼迪以过人的胆识，有效地解决了一触即发的核危机。
肯尼迪就任总统以后，在对苏政策方面，全面继承了杜鲁门政府开始的冷战格局，也接受了艾森豪威尔的以实力求和平的主导思想，但他提出了“灵活反应战略”，以取代前任的“大规模报复战略”，开始改造美国的军事力量，使之多样化，特别致力于强化美国的常规作战能力，以便能够根据美苏对抗的程度作出不同的反应。同时，肯尼迪从他的美国在弹道导弹方面落后于苏联的判断出发，大幅度增加核弹头远程导弹的生产量，从而导致两个超级大国之间军备竞赛的不断升级。
1961年6月，肯尼迪与苏联部长会议主席赫鲁晓夫在维也纳就柏林问题进行了一次会谈。这次会谈的结果，不仅未能解决有关问题，反而引发了一场“柏林危机”。会谈中，赫鲁晓夫向肯尼迪施加压力，要求西方国家结束对西柏林的占领权和通行权，肯尼迪拒不让步。赫鲁晓夫表示他一定要在年底以前解决柏林问题，如果美国愿意为此打一仗，他也将奉陪到底，结果会谈双方不欢而散。
肯尼迪返回国后，立即采取了一系列强硬的措施，摆出要与苏联开战的姿势。他于7月间要求国会批准征召15万预备役军人入伍，并且进一步扩大已经是空前规模的国防预算，还宣布开始修建抵御核战争的放射性尘埃的掩蔽所。同时，他又表示应继续进行正式或非正式的会议来解决柏林问题。最后，赫鲁晓夫软化了他在柏林问题上的强硬立场，导致民主德国于8月间在东柏林与西柏林之间筑起了一道铁丝网和混凝土筑成的“柏林墙”，以阻止成千上万的东德人逃亡到西柏林。
柏林危机虽然过去，但由此引起的两个超级大国之间的军备竞赛却进一步加剧了。从1961年9月起，苏联开始在大气层内进行一系列的核试验，其中10月间爆炸的一颗核装置的威力比美国投在广岛的那颗原子弹大3000倍。接着，美国也宣布恢复大气层内的核试验。
在美苏两国领导人咆哮恫吓、虚张声势、威胁和反威胁的较量中，世界局势日益动荡不安，冷战越来越激烈。1962年的古巴导弹危机，就在这种紧张气氛中爆发了。
1962年夏，苏联决定在古巴建立核导弹基地。当古巴出现苏联军事集结的迹象时，肯尼迪于同年9月发出警告，声称如果有证据表明古巴拥有“重大进攻力”的军事集结的话，那将“造成极其严重的局势”。对此，赫鲁晓夫多次在公开或私下场合否认苏联在古巴有此意图。
10月中旬，美国U-2型高空侦察机发现了确凿无疑的证据，表明苏联在古巴安装了可以打击美国大部分领土的核导弹。肯尼迪不能容忍美国的后院成为苏联的核基地，他决心无论如何也要迫使苏联的核导弹撤出古巴。在与他的一批顾问们进行了6天的秘密磋商后，肯尼迪于10月22日向全国发表了一次电视讲话，宣布对古巴实行海上封锁，对通往古巴的苏联船只实施海空检查，并坚持要求苏联拆除导弹基地，撤走导弹。肯尼迪宣称，在古巴布署导弹是一次“莽撞的、对世界和平进行挑衅的威胁”，他呼吁赫鲁晓夫停止和消除这种威胁，“把世界从毁灭的深渊中拯救出来”。随后，肯尼迪下令武装部队处于紧急状态，并亲自指挥和布置对古巴的封锁，拦截驶往古巴的苏联船只。一时之间，世界局势空前紧张，毁灭人类的核战争大有一触即发之势。
一度使世界惊惶不安的紧张气氛持续了一个星期。在美国的压力下，赫鲁晓夫开始退却，最后，双方达成了一项交易：肯尼迪同意不进攻古巴，赫鲁晓夫则下令拆除基地，撤回了导弹。核战争的危险终于避免了。
有趣的是，这场导弹危机反而使肯尼迪和赫鲁晓夫都进一步认识到：核战争将对人类造成一场不可挽回的浩劫。于是，肯尼迪开始强调世界各大国共同努力以使人类免遭浩劫的必要性，开始寻求缔结一项禁止核试验条约的可能性。他在1963年3月说：“我总是担心，如果我们不能取得成功的话，到1970年将不只有4个核国家，而可能有10个，到1975年则是15个甚至20个。”美苏两国还就禁止核试验问题进行了磋商，但谈判一度未取得实质性的进展。
针对美苏两国在禁止核试验条约谈判问题上陷入的僵局，肯尼迪在后来的演讲中指出：“现在双方都陷入了一种危险的恶性循环之中：一方的猜疑引起另一方的疑虑，新武器引出对付它们的武器。”他强调，禁止核试验是打破这种恶性循环的第一步。
经过一场持久而艰苦的谈判，美国、苏联和英国终于在1963年7月草签了一项禁止在大气层、外层空间和水下进行核试验的条约。这项有限禁止核试验的条约，是自冷战开始以来缔结的第一个武器控制条约。
主张民权，反对种族歧视
美国国内的民族矛盾由来已久，面对黑人与白人的冲突不断升级，肯尼迪表现出了高超的领导艺术，以增长民权缓解了矛盾，但也因此而遭致杀身之祸。
在肯尼迪执政期间，他的政府在消除种族歧视、实现种族平等方面取得了很大进展。进入60年代以后，美国黑人争取公民权的革命运动蓬勃发展，声势日益浩大，黑人已经成为美国选举政治中一股不可忽视的重要力量。早在竞选期间，肯尼迪就表示他反对种族歧视政策，主张给黑人以平等的公民权。这一主张使他赢得了70%的黑人选票。因此，肯尼迪清楚地认识到黑人选民对他在大选中的险胜所起的关键作用。
入主白宫后，肯尼迪随即任命了人数空前之多的黑人担任高级公职，并强调要保障黑人的投票权。但在执政的头两年里，肯尼迪由于担心触怒国会中权力很大的南部民主党领袖，以致迟迟不肯在消除种族歧视方面采取立法行动。
1963年4月，美国黑人领袖马丁·路德·金牧师在南部亚拉巴马州发起了一场反对种族歧视的非暴力进军，要求取消该州伯明翰市在商店、餐馆和就业等方面的种族歧视制度。该州州长华莱士是个顽固的种族隔离主义者，他当选州长后曾发誓：“现在要种族隔离！明天要种族隔离！永远要种族隔离！”当马丁·路德·金率领的游行队伍进入伯明翰市区后，遭到州警察水龙头、电棒和咆哮的警犬的镇压。亚拉巴马州警察攻击和殴打手无寸铁的非暴力示威者的野蛮行径，激起了全国民众的愤慨。这一事件迫使肯尼迪总统采取行动以消除种族歧视制度。他首先迫使地方当局达成在伯明翰取消种族隔离的协定，使华莱士阻止黑人进入该州州立大学的企图以失败而告终。
作为一个领袖，永远不要想着随心所欲地驶驭和领导他的人民。因为，民众是他的上帝。
——约翰·肯尼迪接着，肯尼迪向全国发表电视讲话，第一次以直率的道义语言谈论了民权问题。他宣称：民权问题“是一个道义的问题……它像《圣经》一样古老……像美国宪法一样清楚明白。”他要求美国人民做到“在美国人的生活或法律中，没有种族歧视的立足之地。……现在是在国会、在你们的州和地方立法机构里，首先是在我们的全部日常生活中行动起来的时候了。”一个星期后，肯尼迪向国会递交了自美国重建以来最强有力的民权法案，要求禁止一切州际公共设施诸如旅馆、公共汽车和航空终点站的种族隔离，要求授予广泛的权力来保护黑人选举权和提出取消学校种族隔离的起诉。虽然肯尼迪的顾问们提醒他，他发起的这场广泛的关于民权立法的斗争在政治上风险很大，但他确信，如果要继续控制局势，并履行他对历史所负的责任的话，除此之外别无选择。
由于国会中的民主党保守派对肯尼迪这一范围广泛的新的民权立法横加阻挠，第八十七届国会迟迟不肯行动。于是，黑人领袖们发起了一次大规模的向华盛顿进军。1963年8月，25万争取民权运动的黑人和白人群众和平地聚集在华盛顿的林肯纪念堂前，高呼：“通过法案！通过法案！”着名黑人领袖马丁·路德·金在集会上发表了一篇扣人心弦的演说。他说：
我有一个梦想，我梦想有一天这个国家将挺身屹立，实现其立国信条的真谛：“我们认为这些真理是不言而喻的，人人生而平等。”
尽管后来由于遇刺身亡，肯尼迪总统没能在生前实现他那一系列针对黑人和贫穷人的民权立法，但他的继任者约翰逊，终于在1965年把他的愿望变成了现实。
评价与启迪
作为总统，肯尼迪在美国政治方面奉行他的“新边疆”政策。他在执政期间，提出了数目众多的计划，包括改善城市住房条件、发展教育事业、建立老人医疗保健、反对种族歧视、给黑人以公平权力等等。此外，他执政期间也正值国际政治舞台风云变幻的时节，猪湾大败、古巴导弹危机、柏林危机等一大堆麻烦缠绕着他，然而，他没有退却，反而以高昂的热情给美国人民带来了极大的希望，以一往无前的勇气带领美国人民冲出一个又一个危机。他成功地处理了许多重大国际问题，与苏联签订了禁止核试验条约，创建了和平队，把美国的活力和技术直接带给贫困国家的人民。肯尼迪是伟大的，他是美国人民心中的偶像，他得到世界性的普遍赞誉。正如着名美国问题专家倪峰所言：“一个充满激情和梦幻色彩的自由主义者，一代美国人最具柔和力的偶像。”
他之所以这样出色，是因为每次在困难面前，他总能很好地发扬他那坚强不屈、奋勇直前的精神。面对漫长的人生道路，我们应该向他学习。
