康熙二十三年重设浙省水师之时，水师提督下辖直属标兵五营，每营千人，另辖左、右路总兵各一员，每路总兵标下辖中、左、右、前四营，每营亦千人，全师总计一万四千余人。不过所谓的右路水师总兵其实统领的是陆师，并无实际的海上作战能力。
康熙二十四年，郑军攻克温州，受此刺激，清廷正式将院右路水师总兵建制移交浙江陆师提督，改陆师温州镇为水师温州镇以防备郑军的重新登陆浙省。水师温州镇之下设左、右两营，并设磐石水师营和玉环水师营，所部总计官兵四千一百二十七员，各式战船五十五只。
康熙二十五年又因为郑军舟山队进袭宁海和海门增设了水师海门协，下辖宁海营、海门、太平三营，计副将以下官兵一千九百二十七员，船二十八只。
康熙二十六年初，原浙江水师提督所属左路水师总兵改称定海镇总兵，下辖中、左、右三营，设有游击、守备、千总、把总等官四十四员，兵二千八百四十一人，各式战船四十二只。此外该镇还辖有镇海水师营、昌石水师营，其中镇海水师营驻定海，有兵一千四百员，船二十余只，昌石水师营驻昌国、石浦，有官兵五百七十人，船六只。
除了上述二镇一协之外，浙江水师提督还直辖钱塘水师营、太湖水师营、乍浦水师营等部，不过钱塘等三水师营或扼守浙江或驻防太湖，事实上并没有南下参加攻台一役，因此在扣除了留守后方的营兵之后，随着梁鼐跨海征战的浙省水师实际约九千五百余人，战船一百二十只，其余均为封界令后扣留的民船、商船，所用水夫也多为失业的前商船水手。
不过浙江水师虽然建制完整，水手经验丰富，但就三省水师进攻路线来看，比起以澎湖为中继目标的闽粤水师来，直接攻打台湾本岛的浙省水师的进攻距离最长，所需横渡海峡的时间自然也是最久的。
距离远一点，路上耗时多一点倒也算了，但让梁鼐等浙省水师将官不能忍受的是，自海坛出击之后，曾经传入海坛海峡的郑军通报船便再次以附骨之蛆的形式出没在清军船团周围，或以单船或以三、两艘小队的模式反复袭扰清军行程，尽管郑军通报船上的三寸长炮威力微乎其微，但有如牛虻反复叮咬下，清军还是出现了一些失血的症状。
梁鼐也曾命令外围的各营反击郑军通报船的袭扰，但郑军滑不溜手，一见到反击的清军船只立刻利用其纵帆船操纵灵活的特点溜之大吉，清军的反击行动不但没有获得应有的成效，反而因为再次整队耽误了不少时间。
三次一来，梁鼐也弄清楚了郑军的目的，于是下令无视郑军的袭扰仅直开向台湾。但得势不饶人的郑军甚至采取伴随航行的大胆举措，利用清军战船没有侧舷炮火的缺陷在三寸炮的有效打击范围内冲着清军发射霰弹、链弹和炽热弹。只能挨打不能反击的清军战船不是遭到了霰弹的血洗就是被链弹打断了桅杆而停滞下来，更有甚至被炽热弹生生的引燃了船体。
见势不好的梁鼐只好命令各部反击，这么一来就又重蹈了最初的覆辙，需要掩护内陆运输船的清军被迫走走停停，原本就不快的速度便愈发的显得缓慢了。到了午末，正当闽省水师在澎湖以西、金门以东的海峡中线附近与郑军主力交火之时，第一个出航的浙省水师才刚刚驶离兴化水道不过十余水里而已，距离其设定的目的地淡水港还有相当遥远的距离。
未时初刻刚过，仿佛接到了神秘的讯息，郑军的袭扰一下子消失无踪了。
对于这种现象，几名幕僚揣测道：“军门，估摸着是闽粤水师已经跟海逆的大队交手了，海逆或许力战不敌，才把所有的夹板船调了回去。”
“这。”梁鼐有些狐疑，但是除此之外他无法得到合理的解释，再加上他所接到的命令是攻入淡水，因此他只能无视还有郑军通报船在清军船团外围游弋的事实，下达他唯一能下达的命令。“也罢，命令各船加速驶往东宁，只要大军上岸了，海逆便无计可施了。”
一个时辰过去了，一个半时辰过去了，尽管时不时看见郑军通报船那形制古怪的三角纵帆在远处闪过，但始终没有发生什么，原本清军将士们忐忑的心情开始放缓了，甚至有些胆气大增的还站在船沿向郑军通报船撒尿示威着。
“该死，本官还道海逆怎么不打了，原来是弹药用完了。”可好景不长，等到了申时末，已经驶过海峡中线的浙省清军再一次遭到了郑军通报船的袭扰，这么一来，梁鼐更是得出了错误的判断，但此刻他也只有一鼓作气冲到淡水了。“传令各舰保护陆师，逐走海逆，再坚持两个时辰，就到淡水了。”
但梁鼐没有两个时辰的时间了，酉时中，郑军的通报船再一次消失了，可这一次不远处的洋面上旋即出现了如林的桅杆。清军还来不及惊恐，六队一组的郑军三千料炮船便如旋转的砂轮一样开始打磨切削起清军船团紧密的队形来。
浙江水师很快就感觉到对手的不同，船大了不说，郑军通报船单舷只有两到三位三寸炮，而快速舰队的三千料炮船单舷则有六至七位三寸半以上的火炮，密集的炮火很快就让浙江水师明白之前所见的不过是开胃菜罢了。
“该死，海逆竟有如此数量的夹板大船。”趴在船舷上眺望见这一切的梁鼐心中一阵发寒，他突然意识到闽粤水师中肯定有一支完蛋了，否则郑军该不会现在才把主力转向浙江水师。“傅魁误我，傅魁误了大清。”
边上的几名亲信还有一丝清明，急忙打断梁鼐的怨艾：“军门，如今该如何是好。”
“让各营放弃陆师兵船，集中船队跟海逆拼了。”梁鼐毫不犹豫的命令着，都这个时候了，水师要是完蛋了，陆师也保不住。“再向陆师船队发令，让他们直航东宁。”
梁鼐的命令引起了清军的极大混乱，一部分水师战船顶着郑军炮火抛下运兵船开始集结，一部分运输船开始向东独行，但总有人不遵照梁鼐的指令，那些原本就胆战心惊的商船水手们在部分陆师官兵的威逼下顺水推舟的掉头向大陆方向返航，他们或许以为天色将晚，郑军不可能轻易追上他们。
“一群蠢货。”梁鼐看着各奔东西的陆师运输船，冷冷的骂到，他完全可以想象，在郑军快船的追击下，那些掉头返航者会又怎么样的下场，不过现在他来不及为这些人的境遇担心，即便要担心也要等到他自己脱险以后。“传本官将令，五梅阵。”
浙江水师的战船努力的组成五五阵形，间隔成形的战斗组如一朵朵盛开在海中的梅花一样煞是好看，然而站在大肚溪号上的巩天却对此评价道：“白痴！队形摆那么好看有个屁用，发旗号告诉各船，清军拼命了，不用客气，一个不留。”
闻讯的郑军各船如打足了鸡血一样亢奋，这也难怪，为了隐藏实力，郑克臧曾一度让他们在南洋、西洋以及台湾的东部海域巡航，虽然期间也有跟玫瑰夫人、东方号这样泰西夹板船交手的机会，但又如何能跟眼前打活靶子的酣畅淋漓相比呢。
只见沿着既定线路往返穿梭的郑军炮船打着圈的宣泄着自己的兴奋，急速射出的炮火铺天盖地的，给动荡的大海更增加了一份惊心动魄的美感。甚至颜道及一组还不过瘾，违背战前既定的方针直冲清军阵中，一组六艘炮船左右开弓，如喷发的火山一样把恐惧带给还顽固坚守跳帮战术的清军们就在快速舰队肆无忌惮的蹂躏着数目远胜于己的浙省水师战船的时候，被抢了角色的通报船们开始向没有防护的清军运输船逼了过去，当然他们首先追击的是那部分向东逃遁的对手，正如梁鼐预料的那样，腿短的清军运输船连自家的战船都跑不过又如何能跑赢速度翻了几倍的郑军通报船呢。郑军通报船以打靶子的悠闲逼近根本没有反抗能力的对手，用并不密集的炮火将其变成一个个悬浮在洋面上的火炬。
战至戌时初，指挥部属负隅顽抗的梁鼐在火势引爆船上火药的巨大爆炸声中与船共殉。见到提督坐舰沉没，残余的清军战船战意顿消，纷纷落帆乞降，而此时出战的百二十艘浙江水师战船中已经沉没的有三十七艘、变成火炬瘫浮在海面上的有五十五艘，中弹起火并被扑灭然后投降的有十一艘，中弹未起火但投降的有九艘，只有八艘借着昏暗的天色逃向了未知的海域。至于那些依照梁鼐将令驶向东宁的运输船，也在大局已定后经由巩天分派的两组十二艘郑军快速炮船的追击下陆续投降，但凡没有投降者全数沉到了闽海之下，喧嚣了大半天的闽海到此时终于清静了下来。
