直到这时，袁世凯才明白过来，光绪此次召他进京，是为了利用他的军事实力，与慈禧太后和荣禄对抗。至于见伊藤博文，那只是掩人耳目的一个借口罢了。然而，对于光绪的这些举动和心思，老谋深算的慈禧早已察觉和洞悉。她明白，袁世凯手里有兵，而且是一支极有战斗力的新军，不可小觑。
于是，慈禧便在第二天，也就是9月18日一早，就让荣禄下令，调直隶提督聂士成的“武毅军”一万七千人进驻天津陈家沟。陈家沟是小站新军入京的必经之路，慈禧此举就是要防备袁世凯带兵勤王。
截断了新军入京之路，慈禧还不放心。接着，她指挥荣禄，调甘督提督董福祥统帅的一万二千人进驻宛平、长辛店一带，拱卫京师。其中的一支精兵直接开到了北京颐和园，专门负责保卫慈禧。
随后，荣禄又致电袁世凯，谎说英俄突然开战，好几艘英国军舰在大沽口巡航，意图不轨，因此要袁世凯马上回天津，随时听候调遣。
可以说，这三个举措，事实上已经断绝了光绪利用袁世凯的新军与慈禧做对的可能。当时，不到半个月时间，卫戍北京，其实是卫戍慈禧的军队人数，达到了四万八千人。
不仅如此，从山海关到北京沿途的驻军，更达到了十三万人之多，是袁世凯新军的二十倍。这时，就算是袁世凯想要勤王，也没那个胆量了。
不仅是袁世凯，当时的维新派领袖们也感觉到危险正在来临。跟袁世凯不同，他们只是一帮子书生，手里没有兵。面对慈禧的步步紧逼，维新派领袖们只好孤注一掷：请袁世凯帮忙1
9月18日深夜，谭嗣同来到了袁世凯的住处法华寺。他拿出光绪的“密谕”，要求袁世凯带兵杀死荣禄，然后围攻颐和园剿灭慈禧和“太后党”。
关于谭嗣同密见袁世凯的事情，一直以来都流传着两种说法。其中，一种说法出自康有为和梁启超的回忆，另一种说法则来自袁世凯自己的《戊戌纪略》。让我们分别去看一下。 康有为写道：
“初三日早，暾谷(维新派成员林旭的字)持密诏来，跪诵痛哭激昂，草密折谢恩并誓死救皇上……筹划求上之策，袁幕府徐菊人(也就是徐世昌)亦来，吾乃相与痛哭以感动之，徐菊人亦哭，于是大众痛哭不成声，乃嘱谭复生(即谭嗣同)入袁世凯所寓，说袁勤王，率死士数百扶上登午门而杀荣禄，除旧党。
袁日： ‘杀荣禄乃一狗耳！然吾营官皆旧人，枪弹火药皆在荣禄处，且小站去京二百余里，隔于铁路，虑不达事泄。若天津阅兵时，上驰入吾营，则可以上命诛贼臣也。’”
按照康有为的说法，实际上袁世凯当晚并没有真正答应谭嗣同的请求，认为最好的办法是在荣禄去小站阅兵时进行诛杀。
同样的，梁启超也回忆道：
“初三夕日，君(即谭嗣同)径造袁所寓之法华寺，直诘袁日：君谓皇上何如人也？ 袁日：旷代之圣主也。 君日：天津阅兵之阴谋(指的是慈禧准备把光绪骗到荣禄的兵营中，宣告废黜)，君知之乎？ 袁日：固有所闻。 君乃直出密诏示之日：今日可救我君主者，惟在足下，足下欲救则救之。又以手自抚其颈日：苟不欲救，请至颐和园首仆而杀仆，可以得富贵也。
袁正色厉声日：君以袁某为何如人哉？圣主乃吾辈所共事之主，仆与足下同受非常之遇，救护之责，非独足下，若有所教，仆固愿所闻也。
君日：荣禄密谋，全在天津阅兵之举，足下及董、聂三军，皆受荣所节制，惟挟兵力以行大事，虽然，董、聂不足道也，天下健者惟有足下。若变起，足下以一军敌彼二军，保护圣主，复大权，清君侧，肃宫廷，指挥若定，不世之业也。
袁日：若皇上于阅兵时疾驰入仆营，传号令以诛奸贼，则仆必能从诸君之后，竭死力以补救……若皇上在仆营，则诛杀荣禄如杀一狗耳！”
看起来，梁启超的回忆跟康有为的大同小异，最关键的一点就是袁世凯同意帮助光绪，只不过需要光绪和荣禄来到他在小站的军营中，他才好动手。那么，袁世凯在自己所写的回忆戊戌变法的《戊戌纪略》里面，又是怎样记述的呢？ 袁世凯写道： “……正在内室秉烛拟疏稿，忽闻外室有人声，阍人持名片来，称有谭军机大人有要公来见，不候传请，已下车至客堂。急索片视，乃谭嗣同也。
余知其为新贵近臣，突如夜访，或有应商事件，停笔出迎……”
在把谭嗣同请进屋之后，按照袁世凯的说法，两人先是一番寒暄，接着谭嗣同表达了维新派曾向光绪力荐袁世凯，以示友好。
这时，谭嗣同突然话锋一转，向袁世凯出示了光绪的手谕(在《戊戌纪略》里，袁世凯对这份手谕表示了怀疑)，并让他先向荣禄宣布光绪的手谕，接着杀死荣禄，然后就带兵“派一半围颐和园，一半守营，大事可定。” 袁世凯接着写道： “予闻之，魂飞于天外，因诘之：围颐和园欲何为？ 谭云：不除此老朽(就是慈禧)，国不能保！此事在我，公不必问。 予谓：皇太后听政三十年，迭平大难，深得人心。我之部下，常以忠义为训诫，如令以作乱，必不可行。
谭云：我雇有好汉数十人，并电湖南招集好将多人，不日可到，去此老朽，在我而已，无须用公。但要公以二事：诛荣禄，围颐和园耳！如不许我，即死在公前。公之性命在我手，我之性命也在公手，今晚必须定议，我即诣宫请旨办理！
予谓：此事关系太重，断非草率所能定。今晚即杀我，亦决不能定，且 你今夜请旨，上亦未必允准也……”
写完这段话之后，袁世凯评价道： “予见其气焰凶狠，类似疯狂，然伊为天子近臣，又未知有何来历，如明拒变脸，恐激生他变，所损必多，只好设词推宕。”很明显，袁世凯的回忆跟康有为、梁启超的回忆可以说是大相径庭！而最大的不同就是袁世凯的回忆里充满了为自己辩解的成分。换句话说，在《戊戌纪略》里，袁世凯显得十分的守规矩和尽忠心。在康、梁看来，袁世凯当场就答应了谭嗣同，表示“杀荣禄如杀一只狗一样”。只是在动手的地点上，袁世凯认为最好是在天津小站他的军营中。而袁世凯的回忆则首先说，皇太后也就是慈禧听政这么多年， “迭平大难，深得人心”。因此，他和他的部下“常以忠义为训诫”。如果要他作乱的话，“必不可行”。袁世凯还说，谭嗣同只让他杀荣禄和包围颐和园。至于怎样杀死慈禧，谭嗣同表示，“去此老朽，在我而已，无须用公”。在谭嗣同请求袁世凯杀死荣禄和包围颐和园之后，袁世凯依旧认为，“此事关系太重，断非草率所能定”。他甚至说，就算是杀了我，也难以作出决定。除此之外，他还认为，就连光绪也不会同意的。袁世凯回忆说，他一直坚持，如果要杀荣禄的话，倒是一件容易事，但必须得到光绪的批准。而且不能马上动手，因为一方面自己的新军实际上被董、聂的四五万人、淮泗各军的七十多营人马以及京城内的数万旗兵包围着，另一方面，他的军营中弹药不够，需要先予以补充，才能行事。除此之外，天津有很多外国势力，如果忽然死了总督，必然会引起变乱。因此，没有光绪的亲自下旨，他是绝对不会轻易动手的。关于这一点，袁世凯回忆说，谭嗣同向他保证，第二天光绪就会下令杀死荣禄。
从这些当事人的回忆，我们似乎很难得到事实真相，因为其中的细节差别确实太大了。不过，从中也反映出袁世凯稳重和冷静的处事风格。这一点，是年轻的维新派成员，比如谭嗣同所没有的。那么，袁世凯在接下来的时间里，尤其是在和谭嗣同密见之后，都做了些什么呢？
一直以来，有一种意见都认为，袁世凯在得知维新派要以暴力除去慈禧的消息后，第二天就跑到慈禧那里去告了密。也正是由于他的告密，慈禧才采取行动，结束变法，诛杀维新派，并囚禁了光绪皇帝。事情真是这样的吗？
按照现有的史料看来，袁世凯告密的可能性是没有的。为什么这么说呢？
首先，按照当时的制度，作为一个刚刚升任二品的官员，袁世凯是没有资格面见慈禧的。不仅如此，就连袁世凯到京城后，曾经拜谒过的“太后党”权臣刚毅、王文韶等人，也没有资格“引见”他去觐见慈禧。
有人说，当时有一个人，是绝对可以“引见”袁世凯去向慈禧告密的，这个人就是奕匡。的确，奕匡是有资格这样做。但是，当时的袁世凯还不像后来那样，跟奕匡交情很深。因此，奕匡没有必要这样做。
既然如此，那又是谁去告的密，以至于维新派还没有动手，慈禧和荣禄就对他们“围园杀后”的计划了解得一清二楚呢？
很显然，肯定有人事先通知了“太后党”的人。不过，这个人究竟是谁，至今史学界还争论不休。这里，我们同样存疑。不过，袁世凯告密的可能性是没有的。
19日、20目的北京城，沉浸在一片紧张的气氛之中。20日的早晨，光绪在宫中召见了袁世凯。按照袁世凯在《戊戌纪略》中的说法，光绪皇帝并没有给他什么密谕。这个皇帝甚至都没有提到“天津阴谋”的事情，似乎毫不知情一样。
于是，袁世凯趁着这个机会，向光绪帝进言道： “古今各国，变法非易，非有内忧，即有外患，请忍耐待时，步步经理，如操之过急，必生流弊。且变法尤在得人，必须有真正明达时务老成持重如张之洞者，赞襄主持，方可仰答圣意。至新进诸臣，固不乏明达勇猛之士，但阅历太浅，办事不能缜密，倘有疏误，累及皇上，关系极重，总求十分留意，天下幸甚！臣受恩深重，不敢不冒死直谏。”
很明显，在这个进言中，袁世凯毫不隐瞒地表达了自己对缺乏政治经验的维新派的不满。在他看来，维新派“阅历太浅，办事不能缜密”，不值得过于信任。不然的话，一旦有疏忽，就会累及光绪本人。
袁世凯的这番进言就是在暗示光绪不要听信维新派的激进言辞，与“太后党”对着干，而是应该忍让和等待时机，稳妥行事。这的确是一番肺腑之言！然而，一切都为时已晚。后来我们知道，慈禧和她的党羽此时已经在密谋对付维新派和光绪了。
那天下午，袁世凯回到了天津。他原本想直接回小站，可是荣禄却以让袁世凯代理直隶总督为名，不准他回去。很明显，这是在防备他回到小站后率兵起事。
紧接着，那天下午五点左右，荣禄带着直隶总督及北洋大臣的大印，回到北京。也就是说，此时的袁世凯只是一个代理直隶总督而已，直隶的军政大权依然在荣禄手里。
21日一大早，慈禧突然宣布自己重新训政，下令捉拿“结党营私、莠言乱政”的维新派成员。
维新派的灾难降临了。那几天，几位主要的成员相继被捕。在接受了御前大臣会同军机大臣、刑部、都察院的审查之后，军机大臣于28日传谕刑部，将谭嗣同、杨深秀、杨锐、林旭、刘光第、康广仁六人，绑赴菜市口正法。他们就是史称的“戊戌六君子”。
在此之前，9月25日，光绪皇帝已经被慈禧囚禁在了中南海瀛台。就这样，戊戌变法最终失败了。也就在“戊戌六君子”被害的同一天，慈禧任命荣禄为军机大臣，节制北洋各军，而直隶总督兼北洋大臣则改由裕禄担任。
由此可见，“太后党”对于袁世凯是不信任的。从这里也可以看出，袁世凯告密的可能性是没有的。当初让他代理直隶总督和北洋大臣，只是一个缓兵之计。如此对待袁世凯，表明此时的袁世凯还不是慈禧那一拨的人。
升迁不是没有道理
戊戌变法失败之后，袁世凯还是回到了小站，重操他的练兵旧业。那个时候的小站，由于之前为了节制袁世凯，布满了董福祥的甘军和宋庆的毅军。
慈禧虽然取得了胜利，但是对袁世凯依旧十分提防。不过，她取消了原定的“天津阅兵”计划，还给袁世凯送来了白银四千两，表示对他的体恤。对于慈禧的用心，袁世凯十分明白。他知道，现在是慈禧的天下了，要效忠，也应该是向太后效忠。
于是，就在得到了慈禧送来的白银之后，袁世凯抓住时机写了一个奏折，既表明了自己的忠心，也提出了一项建议。在这份奏折里，袁世凯说，先前好几次的西方列强随意带军进京，说明朝廷在军事上应该进一步改进。最好的办法就是在北京的周围都布置新式的军队。
对于这个建议，慈禧认为十分恰当。毕竟，在以往与西方列强的几次战争中，清政府动不动就被别人打到了首都，不仅经济受损，而且实在太损国威。因此，看到袁世凯的建议，慈禧认为他是一个识大体的人。于是，不久慈禧就召见了袁世凯。
见面之后，袁世凯有条不紊地阐述了他对时局的看法，尤其是在他精研的军事上，袁世凯敏捷的思路和科学的练兵方法，让慈禧对他十分赏识。慢慢地，慈禧原本还存有的那点戒心逐渐放松了。在她看来，袁世凯就是一个对自己忠心不二的军事奇才。正是由于这个原因，1899年朝廷对官员进行考核时，袁世凯的新军训练获得了很高的评价。
也就在1899年的4月，山东曰照的老百姓不满侵略者的暴行，打伤了三个德国工程师。于是，德国以此为借口，侵占了日照、沂州等地。为了保护百姓，朝廷派袁世凯带领新军，开赴德州一带实行保护。
在德州期间，袁世凯恪尽职守，比较圆满地完成了使命。他同时也认识到，列强之所以能在中国横行霸道，中国又屡遭欺负，根本原因还在于国家的军事实力太弱。
于是，他向朝廷上了好几个奏折，建议在东北训练五万新军。这样的话，加上原来的北洋武卫军五万人，新军的总人数就有十万人，足以防卫侵略者入侵京师了。
不仅如此，袁世凯还认为，在训练新军时，应该参考各国的兵法、操法、军规和器械等方面的规定，严格遵照执行。
为了将这些想法变成现实，袁世凯撰写了十二册的《训练操法详晰图说》，专门讲解战法、行军、攻守、驻扎，以及步兵、炮兵、骑兵和工程兵等各式兵种的操法和战法。书中还配有简明易懂的图解，十分方便学习。
对于这些良好的建议，慈禧基本上都一一予以了采纳。很明显，她已经把袁世凯这个军事能人当成自己人。袁世凯也从此走出了“戊戌变法”那段时间的危险和低谷，不再遭到掌权者的猜疑和算计。
毫无疑问，“百日维新”的经历对于袁世凯来说，是一场凶险无比的政治“游戏”。他就像一个才学会走钢丝的杂技演员，虽然晃晃悠悠，但是毕竟还是借着自己过人的机智和聪明，成功地走到了对岸。也正是靠着他自己的灵活机动、善于应变、冷静精明，袁世凯才能够从险境全身而退，并再次受到重用。
获得慈禧信任后的袁世凯，也重新找到了自信。在这之后，袁世凯的仕途可以说是走得越来越坦荡！或许，这是老天爷冥冥之中的安排，好让袁世凯在走到权力的最高峰之前，多经受一些严酷的政治考验吧！
