米开朗琪罗仍然很执拗。教廷的司库就此戏耍他，当真取消了他的月薪。可怜的米开朗琪罗穷途末路，仅仅几个月之后，他便不得不重新向教皇请求他原本拒绝的那份钱。最初，米开朗琪罗十分羞惭、畏怯地要求：
“亲爱的乔凡尼，既然羽毛笔比舌头更大胆，那么我将要把我想说又羞于开口的话，通过写信的方式传达给您：请问，我还能得到月俸吗？即使我确信自己不可能再获得，我也不会改变自己的态度：我仍将尽自己最大的力量为教皇服务。但我会调整我所做的事情。”
后来，受生活所迫，米开朗琪罗又写了一封信：
“经过仔细考虑，我知道教皇是十分看重这件圣·洛朗的作品的。而教皇不让我为生计所累，赏赐我月俸，也是为了能使我加快工作进程。但我却拒绝了您的好意，这其实也是在耽误工作嘛。因此，我改变了初衷。对于之前我一直不要的这份月俸，现在，出于各种难言之隐，我想重新得到它……不知您是否愿意赐予我，从曾经答应过我的那一天算起？请问您希望我何时去取？”
或许是对方想教训一下他，于是便装聋作哑。就这样两个月过去了，他没有拿到一分钱。后来，他不得不一而再、再而三地要求月俸。在他苦恼不堪的工作过程中，他抱怨这些烦忧把他的想象力堵塞了。
“……烦恼使我受到了极大的影响……人无法手上做着一件事脑袋里却在做另一件事，尤其是在雕塑创作方面。有人说所有的烦恼可以启发刺激我创作的灵感，可我却不以为然，我认为这些只会刺坏我，让我倒退。我已经有一年多没拿到月俸了，所以我一直在同贫困斗争：我孤独地陷在艰难之中，而且我的艰难已经够大的了，致使我没有无心顾及艺术，我也无法雇人来帮我。”
有时，克雷芒七世会因他所受的痛苦而打动，于是命人将自己的同情心友好地传达给米开朗琪罗。克雷芒七世向他保证，“只要他活一天，他就会恩宠他一天”。但没事找事的梅迪契家族却不甘寂寞，又来找他的麻烦。他们不仅没有减轻他的重担，反而提出了更高的要求：其中要有一个无聊的巨像，巨像头上要顶着一座钟楼，而胳膊要做成一个壁炉。米开朗琪罗不得不为这一怪念头花费很长一段时间。除此之外，他还不得不解决他与他的工人们、泥瓦匠们、车夫们之间的问题，因为他们受到八小时工作制的先驱者们的蛊惑。
同时，家庭的烦恼也有增无减。父亲的年纪越来越大，他的脾气也随年纪的增加而增大，有时甚至蛮不讲理。有一天，父亲竟然从佛罗伦萨逃走，而且还说是被米开朗琪罗赶走的。于是他给父亲写封感人至深的信：
“亲爱的父亲，昨天回家时没有见到您，顿时吓得我不知所措。现在，我知道您是在埋怨我，还说是我将您赶走的，对此我更加惊愕不已。从我出生以来，我敢说我没做过丝毫令您不高兴的事。而我所忍受的所有痛苦，也都源于我对您的爱……我始终站在您这边……就在前几天，我还同您说起，只要我活着，我就将我全部的精力奉献给您，我现在再一次向您承诺。你怎么能这么快就把这些给忘了，真让我感到惊诧。您应该是很了解我的，这三十年来，您和您的儿子们都知道，我是如何自始至终尽自己最大的能力对你们好的，无论是思想上还是行动上。您为何还要到处散播是我把您赶走的呢？您看不出这种事情对我的名声有多大的影响吗？现在让我心烦的事情已经够多的了，而且所有的烦心事都因您而来！您就这样回报我吗？但是，该怎样就怎样吧。我心中无愧，我深信自己从未让您丢脸，也从未带给您伤害。可是我还是希望您能原谅我，就当我的确做了什么对不起您的事吧。请您原谅我，就当是在原谅一个放荡不羁、只知道给您添麻烦、干尽坏事的儿子吧。我再次恳求您，求您原谅我这么一个悲苦的人。请不要再把那种所谓把您撵走的恶名加在我头上，因为对我而言，我的名誉要比您所认为的重要得多。无论怎样，我都是您的儿子呀！”
如此深刻的爱、如此多的谦卑，也仅仅使这位顽固的老人家暂时平息怒火。一段时间过后，他又指责儿子偷了他的钱。被逼无奈的米开朗琪罗又给父亲写了一封信：
“我不知道您究竟要我怎么样？如果我活着会带给你痛苦，让您受累的话，那么我想您已经找到办法将我摆脱了，不久之后，您就能够掌握您认为我拥有的财宝的钥匙。当然，您这样做很好，因为每一个佛罗伦萨人都知道您无比富有，都听说过我总偷您的钱，都认为我应该受到惩罚。而您将被众人颂扬！您想要我怎样，就尽管说、尽管喊吧，但请不要再给我写信了，因为我会因此无法工作。您逼得我向您索要二十五年来我所给您的一切。我原本并不想说，但最终我不得不说！您要清楚……人只能死一回，一旦死去就无法弥补自己所做的错事。您不要不见棺材不落泪啊。愿上帝保佑您！”
1523年6月，他写给父亲的信。
这就是米开朗琪罗从他的家人那儿得到的关爱与帮助。
“忍耐吧！”在他写给一位朋友的信中，他如此叹息。“只求上帝不要使他感到不快的事情也让我不愉快！”
处在这种愁苦之中的人，工作自然得不到进展。1527年，当那些将意大利弄得天翻地覆的政治事件突然降临时，梅迪契家族小教堂的雕像一个都没有完成。因此，从1520至1527年这段时期，米开朗琪罗唯一增添的只是比他前一阶段的幻灭与疲惫更多的幻灭与疲惫。对于米开朗琪罗来说，这十多年来，他没有带来一件完成之作、一项实现了的计划，也更没有欢乐。
三 、绝望
对于所有烦恼的事物以及他对自己的厌恶，1527年，佛罗伦萨爆发的洪流将他卷了进去。
在这段时间，米开朗琪罗在政治事务上，表现出了以往的犹豫与畏惧，这与他在生活和艺术上所受的苦一样。他永远无法调动自己的情感来协调梅迪契家族的相关事宜。这个性情柔弱而又暴躁的天才在行动中始终是胆怯的。面对世界上的强权，他不敢冒险与之在政治或宗教上进行斗争。从他的信件中，自始至终都反映着他在为自身、在为家人担忧，害怕他们受到牵连。万一哪一天他因一时的气愤而说了些反对专制行为的话，惹来麻烦。他经常写信给家里人，嘱咐他们要小心谨慎，必要时少说为妙，如果出现什么情况就赶快逃离。
“就像瘟疫时那样，要成为最先逃离的一波人……与钱财相比生命更有价值……要息事宁人，不可树敌；除了上帝，不要轻易相信任何人，也不要随口说谁的好话或坏话，因为任何人都无法预知未来，所有我们只要自己的事就行了……不要乱搅和任何事。”
身边的兄弟及朋友都在嘲笑米开朗琪罗胆小怕事，并且认为他是个疯子。
1515年9月，写给弟弟博纳罗托的信中提到：“你不是你们所认为的疯子……”
“请不要嘲笑我，”他伤心地说，“一个人不该嘲笑其他人。”
事实上，这位伟大的天才的战战兢兢并没有什么可笑之处。但对于他那病态的神经却是值得人们同情，这种神经使他成了恐惧的玩偶，虽然，他同恐惧进行了斗争，但最终也没能战胜它。危险即将到来时，他第一个反应就是逃走，但在经过了一番磨难的洗礼下，他竟能强逼着自己的肉体与精神去承受如此大的危险，这样一来，他更加地了不起。另外，他比任何人都更有理由害怕，因为他更加聪明，而他的悲观主义精神使他能够更清楚地预见意大利的种种不幸。可是，为了让天生怯弱的米开朗琪罗卷入佛罗伦萨这场革命的洪流中去，则必须让他处于一种绝望的激愤之中，才能够让他发现自己灵魂深处的底蕴。
这是一个富于反省的灵魂，而是这个灵魂中却充满了强烈的共和思想。对此，我们可以从他信心十足或激情狂热时所流露出来的话语中感觉得到，尤其是他后期同他的朋友们，例如卢伊吉·德·里乔、安德尼尔·佩特罗和多纳托·杰罗蒂亚等人，在谈话时的表现就更加明显。杰罗蒂亚曾在其《但丁神曲对话录》中引述过他们的谈话。朋友们都感到很惊讶，对于但丁会把布鲁图斯和卡修斯放在地狱的最后一层，而把恺撒放在其上感到疑惑。当朋友们向他问起这件事时，米开朗琪罗则向刺杀暴君者大加颂扬，说道：
米开朗琪罗的《布鲁图胸像》就是为多纳托·杰罗蒂亚创作的。
其中谈论的问题是，但丁酒精在地狱中度过了多长时间，是从星期五的晚上到星期六的晚上，还是从星期四的晚上到星期天的早上？于是，他们想米开朗琪罗请教，因为他是最熟悉但丁的作品的。
“假如你们认真地阅读过首段的诗篇，那么你们就会了解到，其实但丁对暴君们的本性知之甚详，而且他十分清楚暴君所犯下的罪恶其实正是神人共弃的罪恶。于是他将暴君们归属到‘残害同胞’这一类人之中，罚他们入第七层地狱，终日忍受沸水的煎熬……既然但丁如此看待这一问题，那么他必然会将恺撒视为他的祖国的暴君，而布鲁图斯和卡修斯刺杀他也纯属正当之事，因为杀暴君，并不是真的杀人，而只是在杀一个长有人头的野兽。所有的暴君都毫无疑问地失去了真正的人类的爱，他们是丧失人性的兽。他们对同类没有丝毫怜爱之心，不然他们就不会抢夺原本属于别人的东西了，更不会成为践踏他人的暴君了……由此可见，诛戮暴君的人算不得乱臣贼子。而布鲁图斯和卡修斯刺杀恺撒也并不是犯罪。首先，他们刺杀的是一个令每个罗马公民都坚持要依照法律杀掉的人；再者，他们杀的并不是一个人，而是一头野兽。”
米开朗琪罗还将暴君、世袭君王，以及合法的王公贵族区别开来：“这里，我所指的不是那些拥有百年权威或民意的大公，他们以与人民协调一致的精神成为城市的统治者……”
因此，当罗马被查理五世的大军攻陷、梅迪契一家被放逐的消息传到佛罗伦萨时，当地人民的国家意识与共和观念顿时被激发出来，准备揭竿起义。而一向对政治唯唯诺诺的米开朗琪罗竟然冲到了佛罗伦萨起义队伍的最前面。平日里，这个劝诫家人要像躲瘟疫那样逃避政治的人，此刻却处于一种极度狂热的状态之中，好像对什么都无所畏惧。米开朗琪罗留在了瘟疫与革命肆虐的佛罗伦萨。他的兄弟博纳罗托因为感染瘟疫死掉了，并且死在了他的怀抱中。1528年10月，米开朗琪罗参加了守城会议。第二年年初，他被选为城市防御工程的监管。同年4月6日，他又被任命为佛罗伦萨城的防工事总监，任期一年。6月，他被派往比萨、阿雷佐和里沃那等城市，视察城市的防护工作。7月和8月，他又来到费拉雷，检查那里最著名的防御工事，并且同公爵兼防御工程的专家商讨相关问题。
在米开朗琪罗看来，佛罗伦萨的防御重中之重就是圣米尼亚托高地，因此他决定建一些炮台以加强这个地区的防御能力。但是，不知何故，行政长官坎宁培十分反对他这种决定，而且还想方设法地要把米开朗琪罗从佛罗伦萨赶出去。米开朗琪罗也疑心坎宁培和梅迪契党人有意要甩掉他，不让他守护佛罗伦萨城，于是他便在圣米尼亚托住了下来，再没搬到别的地方去。可是，身在一座被围困的城市中，他那生性多疑的毛病，令他很容易就相信流传在整座城里种种叛变的传言。而这一次的传言却是空穴来风。弗朗切斯科·卡尔杜奇顶替了可疑的坎宁培，成为新一届的行政长官，但令人不安的马拉泰斯塔·巴利翁却被任命为佛罗伦萨军队的司令，最终他却将整个城拱手让给了教皇。预感到马拉泰斯塔会叛变的米开朗琪罗将自己的惶恐与担忧告诉了市政议会。“市政长官卡尔杜奇非但没有感谢他，反而还臭骂了他一顿，斥责他就是个疑神疑鬼、胆小怕事的人。”后来，马拉泰斯塔得知米开朗琪罗在背后揭发他，便在城里散布谣言，说：“像米开朗琪罗这种德性的人，为了躲避一个危险的对手，什么事情都做得出来。”马拉泰斯塔在佛罗伦萨有权有势，像个大元帅似的。米开朗琪罗知道自己算是完蛋了。
根据克蒂维的记述：卡尔杜真应该听取他的这番好意，因为当梅迪契卷土重来时，便将他处死了。
“然而，我早已做好了准备，我将毫不畏惧地等待战争的结局。”米开朗琪罗这样写道。“但是，就在9月21日的早上，一个人跑到圣尼古拉门外--我当时正在炮台上--悄悄地对我说，假如我想活命的话，就不能再呆在佛罗伦萨。于是我请他一起回到了我的住处，并同他一起吃了饭。他将我的马牵过来，目送我出了佛罗伦萨，他才离去。”
1529年9月25日，写给巴蒂斯塔·戴拉·帕拉的信。
韦尔奇另外补充道：“米开朗琪罗将一万二千金弗洛令缝在了三件衬衫上，然后还想这三件衬衫改制成了短裙。在逃离佛罗伦萨城的时候并不顺利，他是从把守不是很严的正义门逃出城的，当时与他一起逃的还有里纳多·科尔西尼和他的学生安德尼尔·米尼。”
几天后，米开朗琪罗这样写道：“我的背后，不知道是神还是鬼在一直推着我。”
其实，使他有这种怪异感觉的，正是他那惯常的荒唐恐惧的魔鬼在怂恿着他。据说，就在他们逃到卡斯泰尔诺沃时，他在前任行政长官坎宁培的住处下榻时，他将自己的遭遇与预感绘声绘色地描述给他，竟使老人受惊过度，九天后便死去了！如果这是真实的，那么可以想象，当时的米开朗琪罗是处于怎样的恐惧之中。
根据克蒂维的记述。
9月23日，米开朗琪罗来到费拉雷。处在狂乱中的天才拒绝了公爵的盛情邀请，不肯留在城堡，他要继续逃亡。两天后，他便逃到了威尼斯。市政议会得知这一消息后，立即派人找到他，提出可以满足他的一切要求。但是，羞愧粗犷的米开朗琪罗再一次拒绝权势之人，选择在乌德卡隐居。其实他认为自己躲得还不够远，他想逃到法兰西。就在他到达威尼斯的当天，就写了一封急切的信，致弗朗斯瓦尔一世在意大利采购艺术品的代理人帕蒂斯坦·德·巴拉：
“我亲爱的朋友，帕蒂斯坦，我离开了佛罗伦萨要到法国去。但是，当我来到威尼斯时，我向当地人打听路径。人家告诉我，若想去法国，必须穿过德国的境地。这对我来说，这是十分危险而且艰难的路。您还要去法国吗？请您尽快给我答复，我在哪儿等着您呢？我们一起走……如果收到此信，请尽快回答我，因为我十分急迫地要去法国。假如您没有去法国的意思，也请您告诉我，以便我下定决心独自前往……”
1529年9月25日，写给巴蒂斯塔·戴拉·帕拉的信。
法国驻威尼斯使节拉扎尔·德·巴尔夫连忙给弗朗斯瓦尔一世和蒙莫朗西陆军统帅写信，请求他们趁此机会，一定要把米开朗琪罗留在法国。而法国国王也马上表示，可以赐给他一笔的年金和一幢房子。但是，接收信件需要一定的时间；当弗朗斯瓦尔一世的第二封信到来时，米开朗琪罗早已回到了佛罗伦萨。
