此时，在东京方面，大本营为了加强菲律宾的防务，迎接美军的进攻，解除了黑田将军在菲律宾方面军司令官的职务，因为他散布了悲观情绪，曾经公开地预言，日本陆基飞机不能挫败美国的海上力量。接替他指挥各岛地面部队的是早期取得胜利的英雄之一、号称“马来亚之虎”的山下奉文将军。在新加坡战役以后，山下被调往满洲去训练部队。山下接到命令后心神不宁，他在南下途中私自对他的亲信作战参谋说，他深恐菲律宾战役“将是又一次凑川之战”，是一场指挥官一开始就知道没有希望打胜的战役。但是，他却不能向其他的参谋人员流露他的悲观情绪。
山下奉文于10月6日抵达设在马尼拉附近的第十四方面军司令部后，对幕僚们动员说，日本之命运就看这场战斗的结局了。全体将校都有“重任”，要坚决战斗，树立必胜信心。“如果我们大家都记住这点，日本陆军必将最后胜利。”尽管山下反复动员，但他的部下对战争前途仍没有信心，全军上下充满着忧郁绝望的情绪。
但是，日本海军将领却没有像陆军那样泄气。联合舰队司令丰田副武决心冒死决战，要在菲律宾海域进行“捷一号作战”，消灭美国海军主力。他认为，如果日本失去菲律宾群岛，那么日本同荷属东印度之间的生命线被切断，日本就会失去石油供应，而且本土也就难保了。因此，他要调动一切可以动用的舰艇，进攻在莱特湾登陆的美军。
这种“孤注一掷”的态度使东条顾问、陆军作战局长佐藤贤了将军甚为忧愁。他想，如果海军败北，陆军“决战”还有多大把握？“联合舰队不仅属于海军，也属于国家，它的毁灭将使本土无法防止敌人入侵。只有舰队的存在才能使敌人不敢妄动，”他用哽咽的声音说，“所以，请诸位慎重。”
“我非常感激，”海军作战部长中泽将军说，“我现在才知道陆军如此器重联合舰队。”他请求“死得其所”。菲律宾将是最后的机会。“请给联合舰队一次机会开出死亡之花。”他的声音颤抖着。
佐藤禁不住流泪，也无法再辩沦。他痛快地表示同意。就在这天下午，天皇同意了“捷一号行动”。
正当大本营如何谋划阻击美国的进攻时，一支由420艘运输舰和157艘军舰组成的庞大的美国舰队，在菲律宾以南好几千平方英里的海面摆开阵势，逐渐向莱特湾驶去，领头的是支援炮击部队的战列舰、巡洋舰和驱逐舰。10月19日刚刚拂晓，他们驶进莱特湾，开始炮击登陆地段的海滩。与此同时，从航空母舰上起飞的飞机，则攻击比萨扬的各个空军基地。这一地区残存的日本航空兵力几乎全部被摧毁。
为庞大的进攻舰队的到来所做的准备工作终于完成。当晚11时，舰队在莱特湾以东17海里的海面汇合，在迪纳加特和荷蒙汉两岛上的标志灯的指引下，缓缓地驶入进口处。广播喇叭里放出新教和天主教的祈祷声，不少人感觉到好像是参加一场隆重的葬礼。隐隐地可以听见驱逐舰在前方向登陆地区炮击的沉闷炮声。
10月20日，东方刚刚放白，3艘美国战列舰开火打破沉寂。杜拉格附近的“紫滩”和“黄滩”一带升起一团团灰色浓烟。7时许，另外3艘战列舰加入炮击，他们的目标恰好在莱特岛首府塔克洛班下方的“白滩”和“红滩”。 不到一小时，运输舰沉着地驶过水平如镜的海面，进入离岸7英里的位置。各战列舰停止了射击，以便让巡洋舰和炮舰开得更近一点继续炮击。隆隆的炮声突然被一片可怕的嗖嗖声所掩盖，数以千计的火箭同时从炮舰上飞上天空。几秒钟后，只听得天崩地裂的一声巨响，整个海岸线成了“一片火海”。待浓烟消失后，那些站在运输舰上的人们简直不敢相信自己的眼睛，先前长着茂密树木的海岸，现在却成了“一片荒凉、乱七八糟、烟雾弥漫、尘土覆盖的废墟”。
到20日日暮时，6万名进攻部队和10万吨物资和装备已经上了岸。莱特湾两岸的滩头阵地都扩大到1英里以上，塔克洛班飞机跑道也落入美军之手。日军大多退到西北部山区事先准备好的阵地，滩头抵抗甚微，与进攻太平洋上其他岛屿相比，莱特的登陆算是比较顺利的。
当日本联合舰队司令丰田得知美军先头部队已在莱特湾登陆时，他马上命令日本机动部队分4路向菲律宾进军。18日下午，停泊在林加岛的、由栗田武雄海军中将指挥的第一突击舰队，离开锚地北上，经锡布延海，从北面进入莱特湾，以打击美国舰队，在滩头附近攻击美国两栖部队的运输舰只。
栗田舰队的其余舰艇——2艘战列舰、1艘重巡洋舰和4艘驱逐舰——由西村章二海军少将率领，开向莱特湾的南口，从南部打击美军，配合栗田南北合击。
停泊在琉球群岛北部天见岛的清英志摩的第二突击舰队，在接到丰田命令后，率2艘重型巡洋舰、1艘轻型巡洋舰、4艘驱逐舰，立即驶向莱特湾南口，与西村章二汇合，打击美军。
泊在日本内海的小泽治三郎的主力舰队，也迅速南下菲律宾海域，其任务是引诱美国第三舰队离开莱特湾附近到公海来决战，使美国舰只无人掩护，好让栗田等突击舰队进攻。
为了使自己的舰队能最大限度地避开美国的搜索机，栗田决定让舰队的大部通过圣贝纳迪诺海峡。一支由西村祥治中将率领的由两艘老战列舰和四艘巡洋舰组成的支队，则走南面距离短得多的近路进入莱特湾，集中攻击美国运输舰及其护航舰只。
栗田已准备最少损失半数舰只进行决战，但他的部下许多军官公开反对这种蓄意的冒险。于是栗田在他的旗舰、重型巡洋舰“爱宕”的甲板上，召集各级指挥官及参谋人员开会，发表了“激昂”的讲话。他说，战局比他们所了解的要危急得多。“如果国家亡了，却保持舰队完整无损，岂不可耻？我认为，大本营正给我们一个光荣的机会。你们必定记得，世界上是有奇迹这种事情的。谁敢说我舰队没有机会在决战中挽回战局？”
栗田的讲话，博得了东洋军一片“万岁！”的欢呼声。
这时，美国第三、第七舰队正在四处搜索日舰，准备决一雌雄。这两支舰队实力雄厚，计有轻、重型航空母舰16艘、护卫航空母舰18艘、战列舰12艘、防空巡洋舰2艘、轻重巡洋舰24艘、驱逐舰144艘，此外，还有若干潜艇在菲律宾海域活动，监视和袭击日舰。
10月22日，在靠近巴拉望岛暗礁的湍急水域中，有2艘美国警戒潜艇“飞鱼”号和“鲦鱼”号在水面上并排巡逻。零时16分，“飞鱼”号发现日本舰队，艇长麦克林托克随即把这一情况告知“鲦鱼”号艇长克拉杰特。“我们上去干掉它们！”克拉杰特回话说。于是，“飞鱼”号在前，“鲦鱼”号在后，全速追赶。到清晨4时50分，他们接近日舰，“飞鱼”号上的全体人员都已进入战斗岗位。5时10分，“飞鱼”号掉转航向，潜入水下。在晨曦中麦克林托克通过潜望镜看到远处一大片灰色物，一列日本舰队正迎面朝他开来！他向东南看去，发现若干海里外又是一列战列舰、巡洋舰和驱逐舰。
迎面朝他驶来的灰色的舰只变得越来越大了。5时25分，麦克林托克认出为首的一艘是重型巡洋舰，舰首掀起巨浪。这时，所有的鱼雷发射管已作好准备，在距离刚好不到1000码时，日舰队向西转，构成极为理想的角度。“发射！”麦克林托克下令，接连发射了6枚鱼雷。他第一次发射的鱼雷，正好奔向“爱宕”。在舰桥上的栗田及其参谋长小柳富次海军少将，突然觉得舰身连续4次大震动。这艘巡洋舰开始下沉。给一艘驱逐舰发了信号，于是栗田及其幕僚人员就游泳到这艘驱逐舰。
在“鲦鱼”号上，克拉杰特通过潜望镜仔细观察到这一情景。“我的老天爷！”他喊道，“真像7月4日美国独立日的情景！一艘正在下沉，一艘在燃烧。日本人在胡乱打炮。真好看！做好准备，他们来了！”他研究了朝他开来的两艘日舰。“让他们过去，它们不过是巡洋舰。”后边是一个更大的目标，他误认为是“金刚”级的战列舰。“发射一！发射二！发射三！发射四！发射五！发射六！”克拉杰特命令。之后，潜艇急速返航，“离开这个鬼地方！”
他们听见鱼雷击中目标的声音，以及劈啪劈啪的爆裂声。重巡洋舰“摩耶”解体了。就这样，栗田还没有到达菲律宾中部的危险海面，就已丧失了两艘重巡洋舰，第三艘“高雄”的情况也很糟，只好驶回婆罗洲。
拂晓，其时已是10月24日，栗川登上新的旗舰——巨大的“大和”舰。他的舰只排成两个圆形阵，彼此相距7海里。“大和”和它的姊妹舰“武藏”部署在第一组的中心，“金刚”在第二组的中心。“大和”的甲板上好像矗立着一个巨大的宝塔，栗田的战斗指挥部就设在接近塔顶的信号甲板上。
上午8时刚过，栗田的舰队又被美国探索机所发现。他急忙电请马尼拉派战斗机掩护。能派出的“零式”战斗机不过10余架，但一架也没有飞抵第一进击舰队的上空就被美机击落了。
话说哈西尔将军在锡布扬海发现了栗田舰只后，紧追不放，一如既往亲自指挥战斗。8时37分，他通过舰对舰无线电话，直接向他的特遣部队的3个指挥官下令：“攻击！攻击！祝你们胜利！”不到两小时，参加这次进攻的先头部队，从“无畏”号和“卡伯特”号上起飞的12架战斗机以及同等数量的俯冲轰炸机和鱼雷轰炸机，向“大和”扑去，进行猛烈的轰炸，只见“大和”前方和左方四周突然升起6根大水柱，接着就倾斜了。时间不久，具有6万吨的“武藏”号也被鱼雷击中。就这样从10月23日到26日，连续4天的海战中，美国舰队共击沉日本战列舰3艘、航空母舰4艘、轻重巡洋舰10艘、驱逐舰9艘，使日本总计损失战斗舰只30．6万吨。美国方面只损失轻型航空母舰1艘、护卫航空母舰2艘、驱逐舰3艘，共计3．7万吨。这是美国海军的一大胜利。日本海军几乎全军覆没。现在的残余舰队，除了在保卫本土方面还能起点次要作用外，再也没有什么大的作为了。
日本舰队在遭受这次惨败之后，分头逃回各自的锚地。但在莱特岛上，日本陆军仍按东条原先的决定进行陆上决战。他们迅速从菲律宾其他岛屿调集4个师团的援兵，还从上海调去精锐的第一师团。经过一个多月的激战，到1945年1月1日，莱特战役基本结束，但美军还要进行小规模的战斗，以肃清残敌。在莱特战役中日军地面部队伤亡7万人，美军地面部队总共伤亡1．5万多人。
在莱特战役期间，美军在民都洛岛登陆，以便取得进攻吕宋的基地。进攻吕宋的日期定为1945年1月9日。此时山下奉文的第十四方面军在吕宋已增至25万人。岛上只有150架日本飞机，但日本海军第二十六空战部队司令有马正义想出一个新花招：他驾驶一架载有鱼雷的飞机，直冲美国军舰，进行自杀突袭。于是，日军中便出现一大批这种亡命徒式的“神风特攻机队”，使美国军舰遭到可怕的损失。从1月4日开始，到13日最后一架日本飞机完蛋，10天之****炸沉17艘美国舰艇，重伤20艘，轻伤30艘。
山下奉文失去海空军支持，孤立无援，守住吕宋的希望很小。因此，他计划进行拖延战术，尽量阻挠吕宋落入美军手中。他把部队分为3组：北部14万人，防止盟军从仁牙因登陆；中部3万人，保卫克拉克机场设施；南部11万人，保卫南吕宋。
1945年1月9日，美国第六集团军的4个师在仁牙因湾登陆，31日占领克拉克机场及其要塞等设施。2月3日，美军进抵马尼拉外围，但经过一个月的苦战，美军才肃清了菲律宾首都的日军。此后，吕宋的日军退往东部山中负隅顽抗，直到1945年9月上旬才全部投降。
