甲午中日战争后，中国的民族危机更加严重了，人们都开始寻求御之道，这中间以先进知识分子为代表的改良主义更是时代的代表并不断高涨，有力地推动了全国性的政治运动。就在清廷大力推行“练兵自强”政策的时候，资产阶级改良派，大胆地提出了“变法自强”。领导这场运动最着名的人物，就是康有为。
目光敏锐的袁世凯，凭着他那巧于变化，善观风向的本领，悟出变法维新很有可能发达。于是，袁世凯投靠了康有为。在“饮酒商谈”中，他随风倒柳，大谈练兵、变法。还把康有为称为“大哥”，显得异常亲切。他还常向康有为吹嘘自己在朝鲜时，与日本人如何如何打过仗以及主张对日强硬等“英雄壮举”，一时间产生了“人皆喜聆其言论，目为一世之雄”的效果。袁世凯很快便取得了康有为的信任。1895年6月，康有为写了一份万言书，各衙门都拒绝递呈，惟有袁挺身而出，把此书交给了督办军务处代递，康有为对袁世凯十分感激。
由于遭到顽固势力的阻挠，康有为多次上书，都没有结果。于是决定组织学会、制造舆论，集聚力量。8月底，康就和学生梁启超共同发起了“强学会”，袁世凯不但捐款入会，而且表现得非常活跃，商议兴办书馆时，袁慷慨解囊捐银五百两；决定在后孙公园设立会所时，袁又到处募捐鼓动。经他卖力活动，官僚中捐款颇为踊跃，有3人竟每人捐银五千两。从此康有为等维新派将袁视为“同志”并对他寄以无限的希望。
其实，康、袁两人本质上讲是不同的。康系知识分子，因受西方资产阶级学说的影响，在思想上认识到：要国富民强，光靠仿造西方的“坚船利炮”还不行，更重要的是要学习西方的先进政治制度。而袁则不同，他出身官僚家庭，始终在上流社会里转来混去，而且一直顺利“步步青云”。他梦寐以求的东西是充分利用社会的腐败，来实现自己的政治野心，他把一切可乘之机都当成了往上爬的阶梯。“洋务派”盛兴时，他侈谈洋务靠拢李鸿章；如今，维新派时髦了，他又附和维新，但骨子里根本就没有接受改良主义的思想。可见，袁世凯是一个彻头彻尾的“随声附和，不出于心”的假维新派，一个地地道道的投机派。
帝国主义掀起了瓜分中国的狂潮，纷纷地抢占中国港口，划分其势力范围。争先恐后地抢占中国港口，划分势力范围。亡国之祸，迫在眉睫。在康有为和梁启超的推动下，1898年6月11日到9月21日，维新派通过光绪皇帝，颁布了一系列改革诏令，在历史上颇有进步意义。
想在仕途上大放异彩的袁世凯，一直密切关注着新旧两派之间的斗争。他看到光绪帝主张变法却苦于无权，维新派又都是些空谈的书生；相反，慈禧太后掌权30多年，心腹极多，树大根深，是很难动撼的。两派的实力已经越来越清楚了，如若靠了慈禧太后，说不一定将来会取代李鸿章呢。于是他下定了决心，然而表面上仍然耍弄着两面派的手段，用以应付复杂的时局。
就在这时，发生了所谓的“帝后冲突”事件。
1897年9月14日，皇帝与太后因对变法的看法不同大起冲突，颐和园玉澜堂酒宴不欢而散。那一天，政变和反政变的活动都进入了最后阶段，在表面的平静下面，新旧两党都躁动不安，活动频繁。当日，光绪召见了随驾值班的小军机杨锐，授予了第一道密诏：
近来朕仰观皇太后圣意，不想将旧法尽行改变，并且不愿将这些老耄昏庸的大臣罢黜，而升用英勇通达之人，令其议政，以为恐怕失去人心。虽经朕屡次降旨整饬，并且有随时几谏之事，但圣母意旨坚定，最后恐怕无济于事。就如十九日的来谕(即罢免礼部六堂官之事)，皇太后已以为(处分)过重，所以不得不慢慢想办法，这就是近来实在为难的情形了。朕岂不知道中国积弱不振以至于危迫，全是被此辈人所误。但必要朕尽早痛切降旨，将旧法尽行改变并尽行罢黜此辈昏庸之人，则朕的权力实有不足。如果真这样做，则朕的皇位且将不保，何况其他？如今朕问你们，可有何良策，使旧法可以全部改变，将老迈荒谬昏庸的大臣尽行罢黜，而登进英勇通达之人令其议政，使中国转危为安，化弱为强，而又不致违背太后的意旨。你与林旭、谭嗣同、刘光第及诸位同志妥速筹商，密缮封奏，由军机大臣代递，候朕熟思审处，再行办理。朕实在不胜紧急翘首盼望之至。特谕。
玉澜堂酒会，光绪顶撞了慈禧，受到“太后大声呵斥”后，非常惊惧，想找人调停却无合适人选，“恭王卒，庆王疏远，端王载漪兄弟及各位大臣全都是怨恨皇上的人。因而想到杨锐通达世故，告诉了他。杨锐说：‘这是陛下的家事，应当与大臣商量，臣人微言轻，徒取罪戾，没有益处。’皇上因此命令四参政与康有为商量，而吐颁赐有密诏”。不想这个杨锐不但不能为光绪分忧，还把密诏整整压了三天，使维新派落入了完全没有机会的境地。偏见害了光绪，使他看不到老臣中也有同情新政的人，真不如找李鸿章做调解人，新政还可能有保全的希望。从下达这道密诏开始，守旧派的训政和维新派的反政变斗争进入了倒记时的最后阶段，我们将逐日追溯各派人物的活动，对袁世凯在戊戌政变中的角色，作一番较为客观和可信的分析。
就在密诏发下的当天(9月14日)，袁世凯、伊藤分头进京，乘的是同一趟火车。与袁世凯同行的有他的幕府密友、翰林院编修徐世昌。到京后，徐先赴颐和园安排报到、请安等召见前的准备事宜，袁则派人前往海淀寻租寓所，因为皇上当时驻跸在颐和园，就近住下，可免于路途奔波和时间上的耽误。下午，袁等人住海淀法华寺中的裕盛轩。伊藤一行到京后则下榻日本公使馆，总署大臣张荫桓随即来访，并与伊藤商定在京期间的日程安排。
同一天的同一趟车中，还有一位神秘的乘客：张翼。“是日早车有荣相(即荣禄)密派候补道张翼进京谒见庆亲王，呈递密信并禀告要事。据见到过此信的人说，有四五十页八行书之多”。从此事可以看出，荣禄对召见袁世凯和伊藤访华这两件事感到了很大的不安，尤其是后者，所以荣禄在宴请伊藤的宴会上才会有“惨沮不欢”，中途退席等不合礼仪的反常表现。从密信的篇幅上可以作出这样的判断，荣禄详尽陈述了自己对局势的看法，并权衡、分析了训政的利弊，由守旧派接到此信后紧锣密鼓的活动可以确知，荣禄的意见是：发动政变，此其时也。
还是同一天的晚间，大概是在光绪召见杨锐，下达密谕的同时，康有为向头天赶到北京的毕永年交了底：
夜九时，召我到他的居室，对我说：“(你)知道今日面临的危急吗？太后打算于九月天津大阅兵时杀害皇上，到时候怎么办呢？我想要效法唐朝张柬之废武后之举，然而天子手无寸兵，很难举事。我已奏请皇上召袁世凯入京，想要他起李多祚的作用”。我说：“袁是李鸿章之党，李是太后之党，恐怕不可以用吧。而且袁也不是可以与谋此等事情之人，听说他在高丽时自请撤回，极无胆量”。康说，袁前两天已到京，我已令人去往他那里行反间之计，袁深信不疑，已经深恨太后和荣禄了。而且我已奏知皇上，在召见袁时，隆以礼貌，抚以温言，又当面赏给茶食，这样袁必愈生感激而图报答了。你且等待着，我还有重要事情用你来办。
毕永年(1868-1902)，字松圃，湖南善化人。出身于大户人家，“性豪宕，喜结纳，又耽于声色，毁家资过半”。光绪丁酉年(1897）举拔贡(即不经考试，保送而得的举人资格)，“曾在长沙组设湘学会，日与唐才常、谭嗣同、林圭辈讲论”，是湖南知名的维新志士。他于政变前夕赶到北京后，正赶上康、梁等策划引袁世凯发动兵谏，在一定程度上参与了阴谋，事后流亡日本，改名安永松彦。他所撰写的《诡谋直纪》详细记载了事情的经过，为戊戌变法中维新派的反政变活动留下了第一手珍贵资料，也为解开戊戌变法中的若干疑团提供了重要的证据。毕永年后来参与自立军和同盟会的起义，失败后入寺为僧，忧劳成疾，死时才34岁。
9月15日(旧历七月三十日)，袁世凯的活动没有记载，他在法华寺的寓所内闭门不出，不知道他在干什么。以袁世凯的赋性，不会安居于寓所之内，但书阙有间，只能存疑。伊藤则于午前拜访了总署的亲王、大臣们，出席者为庆亲王、崇礼、廖寿恒、张荫桓，然后专程登门拜访李鸿章，午后则拜防各国驻华公使。在与总署王大臣座谈时，伊藤强调图强首先要改革兵制，而改革兵制首要的是基层军官(即士官)的培养，“改革兵制的要着，为士官的培养；须精选一、二学校培养士官，并置于贵国大皇帝直接管辖之下，此为最先要务，其他再分缓快慢，渐次实行”。伊藤的这个建议很可能使警觉的守旧派将其与光绪召见袁世凯之事联系起来。
本日，王照“往颐和园上请袁(世凯)兵南去之折”，试图亡羊补牢；而那个接受了密诏的杨锐则陷入困境，无所作为，我们可以想象得到他焦虑害怕，绕室彷徨的场面。
9月16日(旧历八月一日)，凌晨四鼓袁世凯即赶赴颐和园宫门等候召见，黎明时分，光绪在玉澜堂召见了他，整个过程袁世凯记忆如下：
皇上垂询军事上的事情甚为详尽，(我)均据实际奏对。
(问话)间歇时，就奏请说：“九月有巡幸大典，督臣荣禄命臣督率修理操场，并先期商议演练方阵，亟须回津料理，倘若没有垂询事件，请即训示”。奉到的上谕是，等到四日后请训，可无大耽搁等话。
召见结束后，袁世凯回到居处吃了些早点，躺下补觉。“忽有苏拉来报，(我)已以侍郎候补，并有军机处交来的通知，奉旨令初五日请训”。清代官员的任用方式，一直是“内重外轻”，即同样品级的官员，京官比地方官的身份要来得尊贵，三品的地方官到了中央，往往只能屈居四品、五品官员的位置。所以，袁世凯以地方三品的按察使，一下子擢升为中央的二品候补侍郎，真可以说是恩出格外了。但袁世凯的反应却令人意外，通常应该大喜过望的他却“自知非分，汗流浃背，立意上疏辞谢，随即有郭有琴诸友人前来贺喜。都告以无功受重赏，决不是好事，有何可贺？即商量草拟疏稿，将力辞，诸友人全都劝阻，于是托友人代办谢恩折”。以袁世凯这样热衷官场和事功的人，往常进京，公事之外，终日奔走于势要权门，旧雨新知，酬酢往来无虚日。而此次进京，则一反常态，闭门不出，十分低调。知道自己被越级提拔，不仅不喜，反而惊得“汗流浃背”，甚至立意辞谢。这种种反常行为透露给我们的信息是，袁世凯已经充分意识到局势的严重性，稍有不慎，就会卷入帝、后两党政争的漩涡，而使自己的事业、前程毁于一旦。所以到北京的头一天，他既没有去拜会熟识的中枢大佬，也没有去看望过去的维新同志，寓居郊外，闭门独处，皇帝召见这么难得的机会，他也不知珍惜，竟要求马上请训回津。凡此种种，都表明袁最初的想法是，不惹是非，置身事外。但政治这种东西无处不在，你不找它，它要找你。听到自己被皇帝不次擢升，他立刻就应该意识到这是维新同志们使的劲儿，因为徐仁禄6月在小站许过愿；于是午后他开始出动，遍访各位大佬，为的是了解他们对此事的反映和看法，表白自己的心迹。他先去拜访庆亲王，没有在家。然后拜访了刚毅、裕禄和王文韶三位军机大臣，都见了面，袁备述自己无功受赏，万万担当不起的心情；刚、裕二位什么反映，不得而知，恐怕都是言不由衷的官话，内心里却在暗暗冷笑吧。在与之相熟的王文韶那里，袁世凯又提出上疏辞谢的事情，王文韶告诉他，既然出自特恩，辞谢也没有益处，反而会让人觉得矫情，一再说不能如此。但袁世凯仍旧“此心怦怦，殊不自安”。对于自己的维新派同志们，袁世凯当然也不能不敷衍，但因分不开身，只能以书信暗通款曲；而康、梁等得知袁世凯被提升的消息后，认为第一步已经成功，于是开始了更深的策划。
夜八时，忽然传来上谕，袁以侍郎候补。康(有为)与梁(启超)正在晚餐，于是拍案叫绝说：“天子真圣明，比我们所献之计还要隆重，袁必更喜而图报了”。康当即起身命我(即毕永年)随往他的居室，询问我下一步怎么办。我说：“事已至此，没有别的办法，只能按预定计划行事了。然而我始终怀疑袁不是可用之人”。康说：“袁极可以用，我已得到他允诺的凭据了”。于是从茶几间取出袁写给康的书信给我看，信中极力感谢康的引荐提拔，并且说：“赴汤蹈火，亦所不辞”。康对我说：“你看袁说出这样的话，还不可以用吗？”我说：“袁是可以用了，但先生打算要我做什么呢？”康说：“我想派你前往袁的幕府中作名参谋，以监督他，怎么样？”我说：“我一个人在袁幕府中有何用？而且袁世凯如有异志，不是我一个人所能制得住的”。康说：“或者以百人交给你统率，怎么样？到袁统兵围颐和园时，你则率领百人奉诏命前往捉住西太后废了就可以了”。我说：“那么我应当在哪天见袁呢？”康说：“等再商量吧”。正在谈话之时，康广仁、梁启超也入座加入。梁说：“此事老兄不必怀疑，但当尽力去做就是了。然而老兄敢做此等事情吗？”我说；“有什么不敢的？然而我应当深思熟虑地处理。况且尚未见过袁，我还是不知道他是何等人嘛”。梁说：“袁决无问题，老兄但说答不答应此事吧？”我此时在心里谨慎筹划，未敢马上答应，而康广仁就有了愤怒之色。我于是说：“此事我终不敢单独承当，为何不急催唐(才常)君来京共同谋划呢？”康、梁均大喜说：“好极了！好极了！但我们的意思是，想马上于数日内发动此事，若等候唐君，则又要很多天时间了，怎么办呢？”踌躇片刻，于是同到谭(嗣同)的房间商量此事。谭说：“稍缓时日不妨，如果催得唐君来，则更为安妥”。梁也大为赞成道：“毕君沉毅，唐君深挚，可以称为两雄了”。我知道这是面子上的恭维话，于是逊谢不敢当。康说：“事情已经定计了，你们可以尽快调兵遣将了”。于是共同草拟快电两道，迅速发出，催促唐氏。
“秀才造反，三年不成”。看了毕永年对当年康、梁策划政变情况的叙述，我们就会明白为什么会有这样的谚语了。
本日，伊藤一直在公使馆，午前，李鸿章回访；午后，总署王大臣回访。
9月17日(旧历八月二日)，在袁世凯谢恩时，光绪帝再次召见，袁向光绪帝陈述自己对无功受禄、破格提拔的惭愧惶悚的心情。光绪却笑着说：“人人都说你练的兵，办的学堂非常好，此后可与荣禄各办各的事”。退出后，他又在宫门外等候昨天没有见到的庆亲王，见面后只说了几句话，就下起了大雨，庆亲王入宫，他则直到中午才回到法华寺，疲惫不堪，倒头酣睡至晚，吃过晚饭，接着睡觉。
