曾国藩对自己的剿捻策略作了一番反思，他又重新翻阅《明史》，细心地研究明末官军对付高迎祥、李自成的办法。高、李的部队是继唐末黄巢之后，最大规模流动作战的农民军，纵横十几个省，居无定所，驰如流星，如秋风扫落叶般摧城拔寨，明朝官兵无可奈何，包括相当能干的内阁大臣杨嗣昌在内。最终，李自成以他快速流动的攻击方式，直入北京。崇祯皇帝情急之下，持剑准备杀死女儿长平公主，一剑下去，砍下了胳膊，女儿倒在了血泊之中，崇祯再也不忍心下手了，只好长叹一声，在煤山上吊身亡。在抗击李自成的过程中，有一个人曾运用有效的方法，给予李自成以有效打击，让李自成差点全军覆没。此人就是明朝著名将领孙传庭。孙传庭对李自成采取的军事策略便是围堵，把李自成的马队限制在一定区域之中，不让李自成的运动战发挥优势，然后采取坚壁清野的办法，辅之以流动进攻。这样，李自成遭受到了潼关之围，只是带着十几骑突围而出，逃往商洛山。曾国藩所设计的抗击捻军的策略，就是来自孙传庭的围堵方式。重新回顾《明史》，曾国藩更确认自己的策略是正确的，只是在实施过程中，一些细节没有处理好罢了。这么多年以来，对于现象背后的一切，曾国藩洞若观火。这一次，他准备跟朝廷软顶一场，坚持自己的河防战略。
这个时候，一件事情的突然发生，让曾国藩大伤脑筋一一正在襄阳打仗的弟弟曾国荃跟湖广总督干上了！曾国荃在湖北巡抚的位置上带兵打仗，因为湖广总督官文在后方支持不力，玩忽职守，曾国荃的新湘军久战无功，损失巨大。曾国荃一气之下，收集了许多官文贪赃枉法的证据，向朝廷参了官文一本。曾国荃的这一奏折，在朝廷引起了轰动。不甘寂寞的左宗棠在陕甘总督的位置上听说此事后，也给朝廷上了一封奏折，认为曾国荃的奏折写得非常好，表示全力支持曾国荃，主张将官文撤职。官文为了报复，也参了曾氏兄弟一本。这样一来一往，几个地方大员在朝廷里打起了官司。这一桩公案夹杂在战事之中，更让曾国藩彻夜不眠。每天晚上，曾国藩只要一想到这些事情，就觉得太阳穴跳得非常厉害。曾国藩思考了很久，也向朝廷上了一个折子，认为官文功不可没，还是应该力保。对于曾国藩的态度，朝廷非常满意，认为曾国藩宽厚待人，有大局观念。可能是为了照顾正在打仗的曾氏兄弟吧，朝廷将官文调至京城掌管刑部，由李鸿章接替官文出任湖广总督。由于李鸿章暂时离不开，安排由李鸿章的哥哥、湖南巡抚李瀚章暂时替代。虽然事情还算得到圆满解决，但曾国藩知道这一切全是由于曾国荃的鲁莽造成的。经过这一番折腾之后，曾国藩变得更加心力交瘁了。
再说捻军，在冲破了沙河和贾鲁河的防线之后，继续东进，进逼到运河附近！想突破运河防线。曾国藩重新调整了战略，他仍驻周口统领大批人马，一方面速令李鸿章出驻徐州，与山东巡抚会办东路；另一方面，让曾国荃移驻南阳，与河南巡抚会办西路。这样，剿捻就形成了东路、中路和西路三路大军。这一回，曾国藩的运河防线起作用了。10月初，捻军由城武猛攻运河堤墙没有成功；掉转方向，又想在郓城、菏泽、曹县等地突破，同样没有成功。这样，捻军不得不重回河南境内，在许州，捻军分为两支：一支由赖文光、任化邦率领，另一支则由张宗禹率领，分别从东面和西面突围。到了11月，背水一战的捻军终于获得了成功：张宗禹率西捻军冲破了清军的阻截，穿越秦岭进入陕西境内；赖文光与任化邦率领的东捻军，在从曹县抢渡运河失败后，又跑到河南境内，再次突破沙河一贾鲁河防线，进入湖北境内一一这样，曾国藩千辛万苦布置出来的河防军事布局，又被钻出了新漏洞，曾国藩全歼捻军的想法再次落空。
在周口指挥的那段时间，曾国藩终日惶惶。曾国藩自己也不明白，为什么随着年龄的增大，反而变得首鼠两端胆小如兔了。当年在与太平军作战时，在总体上，自己还是沉着明敏、气定神闲的。现在，那种镇定和无畏，怎么一点也找不着了呢？老了，还是老了！进入冬天之后，曾国藩更是感到冰冷入骨，自己的身体虚弱得如同病猫一样，软沓得不行，连说话的气力都没有。曾国藩试着用补药来维持体力，尤其是人参，用量已经到了危险的程度，仍没什么效果。曾国藩一直忌讳各式各样的药，认为凡药三分毒，但此刻，曾国藩也是顾不得了，他只想着让自己的身体好一点。大量地服用人参，使得曾国藩的肝火明显旺盛，到了最后，他的左眼开始失明，右眼也变得模糊’曾国藩已经面临失明的危险了。
既然活着都如此艰难，那么，继续在任又有什么意义呢？身体稍好了一点之后，曾国藩毅然决定离开了。在这种情况下，曾国藩连续向朝廷发了四封奏折，上疏太后、皇上，请开协办大学士、两江总督之缺，全力推荐李鸿章，说李鸿章可以担当大任，请求朝廷安排李鸿章来接替他；自己以散员留营效力，不主调度，实际上就是退居二线，充当李鸿章的顾问。曾国藩又向朝廷请求，自己河防失败，剿捻无效，请将一等毅勇侯封爵注销，以明自贬。曾国藩提议李鸿章来接替自己，无疑是最佳选择，剿捻的主力部队淮军本来就是李鸿章所统领的，如果让他来指挥，可能比自己还熟稔一点。当然，还有一个潜在的意思就是：曾国藩想把剿灭捻军的功劳让给李鸿章，以目前的情况看，只要坚持河防战略，剿捻的胜利，肯定是迟早的事。自己的前程，已经算是登峰造极了，能超过自己的，只能是处事更为练达的李鸿章。如果情形真的是这样，自己为什么不借花献佛，把李鸿章扶上马，再送上一程呢？
那段时间，曾国藩在大帐中无事时就翻阅《易》，以排遣郁闷，缓解情绪。每当曾国藩心情不好的时候，曾国藩总习惯性地翻读《易》来调整自己的心绪。《易》会让曾国藩想起还有一个未知的世界，生命不仅仅只是这个实在的世界，还有更广大的世界让人无法涉及。有更广大的未知世界作参照，对于这个世界，往往就会看得更清晰，也会变得更为冷静客观。曾国藩一直不算是一个战争狂人，虽说曾国藩借助战争青云直上功成名就，但在内心深处，对于战争，曾国藩一直是排斥的。那一天晚上，在灯下读《易》，曾国藩想得很多，他在想：就一个人的人生而言，功名、事业、富贵、地位、权势等，可以称为“阳”的话；坎坷、不利、退让、宽容、压抑等，可以归结为“阴”。阴与阳，一定要互补、要调和。就“阳”而言，自己得到的已够多了。不说少年时的一帆风顺，就说自己做了朝廷大员之后，自己上辈健在，儿女双全，这就已经是接近完美了。有这样的福分，还有什么不满足的呢？从阴阳平衡的角度，每得到一项福分，曾国藩就害怕自己会损失什么……对于人生，曾国藩感觉就像坠人一个巨大的迷宫之中，胆战心惊，诚惶诚恐。他时常陷人莫名的恐慌之中，这个世界，所有的因与果那样复杂，乍明乍暗，人生一世，一定得谦逊小心才行。这样的姿态，才是一个人的最佳生存方式。每一个人都在努力画着一个圆，不求画大，如果能圆一点，就算是非常圆满了。
1866年12月12日，朝廷终于同意了曾国藩的要求，授李鸿章为钦差大臣，专办剿捻事宜，全力围剿捻军；曾国藩补授大学士，回两江总督本任。到了月底，曾国藩派员到徐州，将钦差大臣的关防送交李鸿章。这个行为后来还曾引起议论，说曾国藩是不愿意交出大权，所以才如此怠慢一一按理说，关防交接应该是一件严肃的事情，应该由双方亲自交接一一其实，曾国藩只是身体不佳、行动不便，所以也就没亲自去徐州交关防了。在此之后，事态的发展都是由李鸿章来承担了一一过了新年之后，一个不好的消息传来，曾国荃所统率的新湘军郭松林部在湖北安陆府被东捻军击溃，郭松林重伤被俘，之后被救出。不久，另一个更不好的消息传来，淮军张树珊部在湖北德安府被歼，淮军大将张树珊阵亡。在周口！病中的曾国藩听到这样的消息之后，心若死灰。战事就这样充满着不确定的因素，一切都是无可奈何！生死有命！富贵在天啊！
1867年的春节是在周口过的，这一辈子，曾国藩从未度过这样一个寂寥的春节。年前，周口一带接连下了好几天大雪，皑皑白雪中！周口一下子变成了死寂的孤岛！几乎所有的道路都中断了。身处这样的孤岛中！曾国藩觉得自己就像上天的弃儿一样，变得可有可无。外面的世界，跟自己似乎一点关系也没有了。身处这样的绝境之中，心境更是忧伤而颓唐。曾国藩真正地感到，对于这个世界，自己已缺乏很多兴趣了，唯一值得关注的，只是自己的内心。身处大帐之中，曾国藩不时能听到军营附近的爆竹声，一声接一声地传来。听着这样的嘈杂声，曾国藩觉得自己的太阳穴跳得更厉害了，像有人使劲地拽着自己的神经似的。这会不会是一种不好的征兆呢？好不容易到了正月初五，手下探明，道路开始通畅了。曾国藩立即传下话来，让随从们收拾行李，打算赶回金陵。从周口到徐州的路走得非常艰难，很多地方的雪还没有化，车马走得格外小心翼翼，有好几次，曾国藩所乘的马车差一点就出事，随从们都惊恐万分。曾国藩倒没理会，他一直瞑目沉思，不发一言，就像游离于两个世界似的。随从也不敢惊动他，他们觉得，大帅变得越来越陌生了，也越来越令人害怕了。2月19日，曾国藩到达了徐州，李鸿章带着一帮大员们在城外恭恭敬敬地迎接。看着李鸿章也是一张疲惫不堪的脸，曾国藩不由心存怜惜。李鸿章小自己一轮，也属羊，跟自己一样，也是一头受累的羊。李鸿章先是关切地询问了一些老师的身体情况，然后，双方的话题转到了军事上。曾国藩语重心长地阐述自己的战略思想，一再强调河防的重要。李鸿章频频点头，看得出来’李鸿章对于老师的河防策略’还是很认同的。这一点让曾国藩异常欣慰。曾国藩想的是，只要李鸿章认可自己的主张，就一定会取得剿捻的胜利，而自己灰溜溜地从战场上撤离，就不能算是真正的失败，只不过是自己心力不济罢了。
接下来发生的一些事情让曾国藩感到无奈，也感到悲凉了。曾国藩没有想到的是，刘铭传和鲍超竟然也在战争之中反目成仇。事情的原委是这样的：李鸿章命刘铭传与鲍超一同进攻湖北尹隆河处的捻军。刘铭传赶到尹隆河后，见鲍超还没到，想贪得头功，孤军深人，遭致捻军包围，差点全军覆没。幸亏鲍超军队赶到，将刘铭传救了出来。谁知刘铭传反而责怪鲍超延误约期，双方闹得极不痛快，差一点又大打出手。状告到李鸿章那里，李鸿章同样也感到棘手。这两个人，都是打仗不要命的猛将，但双方谁也不买谁的账，都想争头功。李鸿章无奈，只好和起了稀泥。结果得理不饶人的老资格湘军猛将鲍超不答应了，这个深山野夫本来就不是那种权力欲很重的人，一气之下，干脆称病回老家去了。鲍超走了，湘军群龙无首，按惯例，李鸿章得将鲍超的“霆”字营解散。这一切，都在曾国藩的眼皮底下进行。对于李鸿章的所作所为，曾国藩没有表态，他感到无力的是：打仗，是要锐气的，不管是为什么打仗，一支部队，还是想法单纯一点，纯粹一点好。现在，部队变了！人也变了！很多人想得太多！想得太多！就很难打胜仗了。
1867年3月8日，李鸿章由徐州移驻周口。
