皇太极的母亲叶赫纳喇氏，原是海西女真叶赫部酋长仰吉砮的小女儿。在女真各部激烈火并和纷争中，仰吉砮也想寻求支持，便看中了努尔哈赤，认定他是一个非同一般之人，主动提出要把自己的女儿嫁给他。仰吉砮说：“我这个小女儿容貌出众，品德高尚，把她许配给你，那才算得上真正的佳偶。”努尔哈赤听他这么一说，觉得仰吉砮完全是一片好意，就接受了对方的建议，同意接纳他的小女儿为未婚妻。
不久，在同明朝的一次边界冲突中，仰吉砮与其兄清佳砮被明兵杀害。这次事件并没有影响努尔哈赤与叶赫早已定下的这门亲事。万历十六年（1588）九月，当努尔哈赤削平建州女真各部时，仰吉砮之子纳林布禄亲自陪送胞妹，前往赫图阿拉，同努尔哈赤成婚。这年，努尔哈赤已经三十岁，这位新娘即皇太极的母亲只有十四岁。
在努力尔哈赤与皇太极的母亲结婚时，他至少已经有了五位妻子。但是，自从这位新娘迎娶过门后，以前的那儿位妻子似乎都由此失宠了。由于她姿色压倒群芳，特别是品德端庄，处事明智，很快就得到努尔哈赤的欢心。两人恩爱日深，如鱼得水，真是一对难得的佳偶。
万历二十年（1592），叶赫纳喇氏才十八岁，就生下了皇太极。这是他们相亲相爱的结晶。努尔哈赤因为得到这位美丽而贤慧的妻子，本来已很惬意，此时又得一娇子，更是满心欢喜，如果不是忙于军国大事，他真的一刻也不愿离开他们母子。就在他们夫妻恩爱正浓之时，不幸的事情发生了：万历三十一年（1603）秋，年岁还不满三十的叶赫纳喇氏突然得了重病。努尔哈赤心急如焚，想尽办法给她治病，最后，还是没有能挽救她的生命，便悄然而逝。她同努尔哈赤朝夕为伴，共同生活了十五年，还不满三十岁，就与努尔哈赤和他们的娇子永远地分别了。她后来被追谥为孝慈高皇后。她没有料到她留下的这个惟一的儿子就是后来的清太宗，更没有想到她死后会不断得到殊荣。随着努尔哈赤父子事业的兴隆，她的尸骨也随他们的前进而迁葬。去世后，先在院内停灵三年。埋在赫图阿拉尼雅满山岗；努尔哈赤迁都东京（辽宁辽阳），她的尸骨也迁到这里。皇太极在沈阳继位后，又把她的尸骨从辽阳迁到沈阳东郊石嘴山，与父亲努尔哈赤合葬于福陵，今俗称东陵。这里，成为父母永世安身之所，受到后人世代景仰。
爱妻的去世，努尔哈赤长久处于悲痛之中，自不必细说，而皇太极年仅十二岁，已经懂得人间世事，看到自己的生母去世，内心的悲痛和心灵的创伤是无法补偿的。
皇太极小的时候，是个绝顶聪明的孩子。三岁时，就很懂事。长到七岁时，仪表堂堂，威严庄重，言辞敏捷，机灵有才。他在父母的训诫下，总像个大人似的担负一般孩子还不能承担的重任。母亲去世后，一方面，父亲给予教导关怀；一方面，他很要强，尽力自己照顾自己，不劳父亲操心，主动地去做别人没有想到的事情。父亲努尔哈赤和他的哥哥褚英、代善等长年累月地奋战在沙场上，他留在家里，按照父亲的嘱咐，主持家政，既发挥聪明才智，又得到了锻炼的机会。
这个时候，父亲的大业蒸蒸日上，已成为一方的领袖，威震四方的显赫人物。家庭生活也极大好转，已非他年轻时的窘况可比。家中人丁兴旺，子妾成群，奴仆跟随，财富猛增。他的家就安在新筑的费阿拉城的内城里，用木栅围成一个圆形的大院，其中有一间到四间不等的瓦舍、草房十余座，三十余间，分住室、客厅、行廊等。这是事业初创时期，一切都显得简陋，家和国尚未分开，所以，这里既是家庭，也是处理军国大事的议政之处，往往是家事和国事混在一起办。这就增加了家政事务的复杂性。少年皇太极主持和管理这个大家庭的日常事务，干得很出色。举凡日常家务、钱粮财物收支，迎来送往，不管事情如何细碎，他都安排得井井有条，处理得当。父亲在跟前时，他一面仔细观察、学习父亲处理问题的方法，一面又主动去做；父兄出外征战时，他就独自主持家政，处理的结果常常同父亲的想法吻合。父亲看到这个年少的儿子有这样不平凡的能力，不禁暗暗惊讶，因而从心眼里喜欢他，对他也越发信赖。
皇太极少年时就是在失去母亲照料的情况下，独自成长起来，并且在父兄常年征战时，主持家政，得到了锻炼，所以养成了独立思考、善于决断的习惯。这对他未来主持国家大事无疑是有巨大好处的，而他成为满族政治家不能不受益于少年时期的健康成长。
