福柯关于精神病的历史研究击中了西方文化的要害。在传统的西方文化中，人一直被誉为是有理性的动物，因而传统的做法总是把有精神病人与有理智的人隔离开来。十七世纪末，隔离麻疯病的模式被运用到流浪汉、罪犯、精神失常者身上，他们甚至对精神病人采取比对麻疯病人更加残酷的隔离和驱逐措施，这就是把精神病人装上“愚人船”，送到大海之上，让他们一去不复返，或者盖起“愚人楼”或“疯人塔”把他们监禁隔离开来。
另一方面，福柯注意到，人们在隔离和驱逐精神病人的同时，又试图在文学艺术作品中表现精神病人，试图通过他们来摸索人性中的真实的东西，有的作品甚至还让精神病人担任预言家的角色。
福柯在接触这段历史时，触目惊心地指出了一个普遍事实：“在我们的文化中，没有疯狂就没有理智。”他认为：“撰写疯狂史，即是要对历史集合体——观念、机构、法律和警察制度、科学概念——进行结构性研究，这种集合体捕捉住疯狂，但也使疯狂自身的原生状态再难恢复；由于这种不可接近的原初纯粹性的缺乏，结构性研究应回溯到那同时理智与疯狂相联系和分离的决定；应尽可能提示永恒的交流，共同的模糊根源，那给与意义和荒谬之间的同一与对立以意义的原初对峙。”
福柯引用了法国历史上两个有关精神病人的大事件。一是1656年在巴黎成立总医院和对穷人的“大监禁”。当时精神病人同乞丐、穷人、失业者、囚犯被关押在一起，每一百名巴黎市民中就有一人被监禁。这样，监禁与精神病就结下了不解之缘。所谓的总医院其实并不是一个医疗机构，它更像一个司法实体，能在法院之外对各种事件进行判决和执行判决，配有火刑柱、镣铐、监狱和地牢。在这样的社会文化结构中，精神病人不是被看作是病人，而是看作是人类兽性的表现，是激情、诡妄和无法控制肉欲的结果，需要用严格的纪律和残酷的手段加以对付。病人和医生的真正关系，直到十九世纪下半叶才被确定下来，而且是在弗洛依德创建精神分析学之后，精神病才被当作一种精神疾病而得到应有的治疗。
另一个事件，就是法国大革命后，比奈尔宣布改革总医院，打开精神病人的手脚镣，把他们从地牢中解救出来，希望用宗教和道德的说教来使精神病人的病情得到控制和康复；这无疑是个极大的进步。
福柯认为，这两个事件说明精神病在一个特定的社会中永远是一种异样的行为，一种异样的语言。这些历史事件到底是专制政体中一会儿依据这、一会儿依据那的任意压制，还是科学和仁慈在疯狂的实证真理方面取得的进步与发现？福柯认为，如果没有一部对精神病人进行真实的讲述以及他们受到迫害的文化史，就不可能有精神病史。他主张从“历史集合体”，也就是从思想观念、政法机构、科学概念等广泛的领域来进行综合性的结构性研究。精神病人从被当作罪犯似的对待到被看作病人的转化，记述了从中世纪和人道主义的疯狂经验向属于我们的、把疯狂限定为精神病的经验的转化。
福柯认为心理学要解救人的疯狂，在人的审视和道德构成的。牢狱中控制它、诓骗它，将疯狂推至人自身内部的一个角落来消除它，最终使人能建立起一种对其自身的关系。精神病理应不再成为黑夜，而只是意识中逃逸的阴影，这样人就能尝试着去把握它的真实，并在认识中治愈它。
通过历史经验，福柯还尖锐地指出：“我说这大概不是个先例。的确，人们仿佛在预期两种十分不同的功能——一方面，精神病学的医学功能，另一方面，警察局的名副其实的镇压功能——在一定的时候于我们所谈论的制度里交叉。”这些观点都说明，福柯所运用的是全方位的历史文化结构的分析法。他不是就精神病谈精神病，而是把它看作社会文明在进步中的某种特定的结构、特定的事件。福柯认为历史研究，人们应参照的不是语言和符号模式，而应是具体的历史模式。
后人评价福柯的《精神病与精神失常》一书时认为：书中流动着一种深深的爱意，这并不是对卑微民众泛泛的人道主义之爱，而是一种近乎虔诚的爱。
监狱与惩罚
《监狱与惩罚》是福柯相当成功的一部历史研究著作，书中突出了他对权力的新视角。该书向人们展示了惩罚制度如何从古代的肉刑到近代监狱制度的演变。在法国大革命以前，盛行着各种各样的肉刑，法国大革命之后，资本主义的惩罚制度用对肉体的精巧的驯服和磨炼取代了肉体的躁躏，虽然囚犯能够逃脱掉残暴的酷刑的折磨，但其身躯仍置于各种权力关系和网络的直接控制之中。为了体现资产阶级的人道主义和博爱，各种各样灵魂的惩罚成了主要手段。不仅如此，资本主义还把监狱这种监禁制度的控制经验，推广和扩散到社会的各个方面和其他机构之中。福柯认为，工厂的劳动和规章、学校的教学和考试、军队的纪律和训练、医院的治疗和管理，都留下监狱制度的痕迹。这就是将人置于一张·逃脱不掉的权力的网络之中，这种在监狱之外的社会监禁的体系结构确保了对人的真正拘留和永久的监禁。
所谓权力集中于政府、国家机关、君主的看法，福柯认为这其实是人们受到了蒙骗。即使人们摧毁了这些东西，但还是触动不了权力，权力的关系网络立即会在新的条件下重现，把你覆盖在其中。
福柯曾经搞过一个“监狱情报组”的活动，来直接报道监狱中形形色色的不合理不公正情况，与不公正的司法制度作斗争。他认为，要给犯人提供谈论他们自己和狱中情况的机会。资本主义社会种种现成的机构，法庭、监狱、医院、精神病院、职业医院、大学、新闻和信息机构虽然具有各种各样不同的面具，但在这些面具后面都显现出一种压迫，其实质是一种政治压迫。被剥削阶级总能把它识别出来，而且从未停止过反抗，但在权力面前又不得不忍受。在福柯看来，监狱对人的震慑，是权力毫不遮掩、毫不伪装、厚颜无耻地像一个十足的暴君一样地表现出来的，然而，“同时，它是纯粹的，完全‘合乎正义’的。既然它能完全在一个限定其行使的道德范围内部形成，于是，它的暴虐就表现为‘善’对‘恶’、秩序对失序的公正的统治。”这就是说，这种暴虐的制度还打着公正和善的旗号。
福柯指出，历史令人震惊的是，每当发生骚乱、暴动和叛乱时，司法机关、税务部门、军队和其他权力机关总是同时成为目标。他认为：“在人民对司法、法官、法庭和监狱的仇恨中，不应只看到另一种更好更公正的司法，应该首先认识到一件特殊的事情：权力依靠人民来行使。”
福柯认为从节省权力的角度来看，监督比惩罚更有效也更有益。福柯也谈论到人们所说的必须改革监狱，把它变成一个改造个人的工具，然而失败随之而来。多年以来，人们发现监狱不仅没有将罪犯转变成诚实的人，反而产生了新的罪犯，或是将罪犯推向更深的罪恶之中。不仅如此，在政治斗争和社会斗争中，罪犯们被用来对付工人，他们执行监视、渗透、阻止或破坏罢工等任务监狱成了吸收犯罪的主要工具。一个人一旦进入监狱，就有一个机制开始运作，把他变得卑鄙、令人厌恶；当他走出监狱时，他除了重新犯罪，别无他法。穷人阶层成了犯罪的主要牺牲品。
福柯认为，类似监狱和犯罪的历史让人们看见原来看不见的事物，尤其是那个无形的权力的网络。过去人们只是研究那些掌权者，于是有了关于国王和将领们的轶事以及相应的历史进程和经济基础的发展史。在福柯看来，权力的机制在历史上从未得到深入的研究，特别是这种机制的微观方面。
福柯认为，尼采是关于权力的哲学家，他做到了不把自己局限于一个政治理论之内去思考权力。福柯还认为，人们应好好去研究权力。今天我们虽然明白剥削的本质；然而直到今天，还未能全面理解权力的本质。
考古学的方法
考古学的方法，是福柯思想中比较有创见的部分，也是他提倡的研究方法。福柯在某些地方与尼采有些相似之处，他们都对西方传统文化采取一种蔑视的态度。尼采说上帝死了；福柯也认为随着理性和科学的昌盛而来的是人类经验的枯竭，人类已经失去原始的单一含义而成为理性的奴隶和文明的异化物，从原始的单一意义上说人类已经死亡。因而，福柯认为需要寻找出一种新的方法来研究人类的文明和人类的历史。他不同意分析理性那种形式化的方法，也不同意将结构分析的形式强加给历史。他指出：“我的研究应该从历史这些多样的方法和多种形式中超脱出来，采用自己的方法。”他认为，他每时每刻都在拉开距离，建立自己的方法，摸索地接近自己的界限，为确定自己的路线而挖沟开路。他既不依靠任何经典，也不援引大哲学家们的至理名言，而是采用他自己的方式、自己的术语来阐明他所寻求的方法。
福柯所强调的方法，如果用我们目前流行的话语来表述，那就是一种空间的多层次、多视角分析方法，他强调一种类似对立面相统一的对角线的维度关系。在他的方法中，把“陈述”的分析放在十分重要的地位。
在福柯看来，历史是一种沉淀，历史的沉淀层是由物与词、看与说、可见物与可陈述物、可见性的区域与可阅读场，以及内容与表达构成的。以上所说的物与词、看与说、可见物与可陈述物……都是一种对角线的关系，福柯的各种研究性的分析十分机动地游刃于这种对角线的关系中。如刑法，作为一种表达形式，界定着一个可说性的范围（对犯罪的陈述）；监狱作为内容的形式，界定着一个可见性的区域。福柯的《监禁与惩罚》，就是用这具有对角线关系的沉淀层的分析来研究监禁与惩罚历史的。
他反对那种老档案员的做法，不去理会那些老档案员所十分重视的文献、句子、命题等，而提出一种他称之为“资料体”的概念，而且把陈述的分析放在第一位。福柯所说的陈述，是在这种对角线的形式中使人们领悟到在其他地方不能领悟的意义。
在《词与物》中，福柯通过对语言史的研究，发现为了使词能够讲出它要讲的东西，就必须从属一个语法。每一种语言都具有一个自主的语法空问、语法成分，这就是词的并置的方式、联系的方式和词形变化的系统等。因此，福柯认为语言的本质是要表达人们所做的或遭受到的，包括人们的意愿、记忆、经验和行动中的主体等。由于语言深刻的表达能力，语言与文明之间有密切的联系，语言是在历史环境中发挥着功能的系统，因此在研究文字档案时，不仅要追溯可能的词，而且要越过这些词追溯某种其活力尚未被困于语法网络之中的思想。
所以，在研究历史时，他提倡的考古学的方法是一种立体空间式多层次的研究，既要注意到可见之物，更要注意到可陈述之物；既要注意到看的，也要注意到说的。因此，福柯不主张将理性分析的形式化方法、结构主义的分析方法移植到历史，尤其是强加给思想史、认识史。福柯采取了一种分布主义的观点，认为陈述区别于命题、句子的地方，就在于陈述是按照稀有性的节省的原则在空间进行分配的，它不存在可能的或潜在的东西，一切都是实在的，陈述能够相互对立和分成层次的等级，陈述能够在机动的对角线形式中直接面对不同的层次，或者选择某一整体或部分，从而产生运动和运转，形成陈述的规律性。
福柯认为，陈述在空间层面上有三种环络：侧位空间、对应空间和补充空间。侧位空间是指由同一群体的另一些陈述组成的空间，它是构成一个陈述群体或家族的东西，反映该陈述在同一层次上过渡或变化的规律。对应空间不再涉及到陈述和陈述之间的关联，而是同陈述的主体、对象及其观念的关联；陈述的主体、对象及其观念是陈述派生的功能。补充空间是指非话语形成的空间，如制度、政治事件、经济实践和过程等。在福柯看来，一种制度本身包含着陈述，如宪法、宪章、合同、记录与记载等。反过来，陈述也归于一定的制度范围。总之，陈述分析的方法是一种立体的多层次、多视角的分析方法。
福柯的考古学与一般考古学的区别在于，他把可陈述物与可见物、话语形成的与非话语形成的，表达的形式与内容的形式都纳人他的视野之中，尤其他对可见物和非话语形式的要素十分重视。法国学者德勒兹把福柯的考古学称为“一部视听档案”，但陈述不是可以直接被看清乃至被说出的，陈述有时可能成为被人伪装、压制或拒斥的对象，考古学的任务就在发现它们，显示它们，使它们的意义增殖。
性意识史
福柯关于性意识史的研究，是他考古学方法的具体运用。
福柯认为，古代人主张控制性欲是一种自我呵护，他们把性变成一种生活艺术，一种养身之道，而十七、十八世纪则是性压抑的历史，现代人则把性变成一种技术，看作是权力运作的结果，也是权力运作的条件。
福柯尖锐地指出，在人类文明史上，禁止乱伦是文化的起始，然而正是从这时开始，性欲就被权力的网络所紧紧地笼罩着。中世纪修道院的忏悔，表面上是一种压抑、禁欲的活动，但实际上却是一种纵欲和创造欲望的机制。
福柯认为性压抑的观点是与资本主义同步发展起来的：它似与资产阶级的秩序融为一体。在那个千方百计开发劳动力的时代，除了将肉体享乐压缩到最小程度，使劳动力得以再生产，就不会允许劳动力更高地消耗在肉体享乐之中。在资本主义条件下，性的事业，包括性自由、人们对性的认识和谈论性的权利，完全正当地与庄严的政治事业联系地在一起。
