巴特勒无功而返，心里很不是滋味。1月23日，他在向联合国安理会报告他此次巴格达之行的结果时，指责伊拉克方面违反联合国安理会决议，不与特委会合作，阻挠联合国武器核查人员的工作，致使武器核查无法正常进行。随后他在接受《纽约时报》记者采访时又宣称：“从目前情况看，伊拉克仍拥有可摧毁以色列城市特拉维夫的生物武器。”
此言一出，立即引起了舆论的关注。巴特勒的报告和讲话犹如火上浇油，西方各大媒体借此大肆渲染伊拉克可能的核、化生武器威胁及核查问题，危机由此骤然升级。
美国总统克林顿在获悉巴特勒的报告后，于1月24日召集外交和安全顾问开会商讨惩处伊拉克的问题。出席会议者包括国务卿奥尔布赖特、国防部长科恩、国家安全顾问塞缪尔·伯杰、中央情报局局长特尼特和驻联合国大使理查森。
经讨论研究，大家倾向于进行时间较短、火力较猛的轰炸，目的是破坏伊拉克军事机构和削弱伊拉克制造和运载生化武器的能力。这样，旨在打击伊拉克的“沙漠惊雷”计划正式出笼了。
1月28日，奥尔布赖特奉命离开华盛顿，踏上通往欧洲和中东的游说之旅。与此同时，国防部长科恩前往海湾地区，同那里的盟国和伙伴商讨同一问题。然而，除英国外，没有哪个国家愿意搭乘美国的战车，美国陷入了前所未有的孤立。不过，这并没有动摇美对伊动武的决心。美英两国在大造声势、对伊发出战争威胁的同时，加快了在海湾地区的军事集结。美调集了包括2艘航空母舰、300多架战斗机、近3万军队在内的强大军事力量。第三艘航空母舰“独立”号抵达海湾水域，而将“尼米兹”号航母撤回国内。英国的“常胜”号航空母舰也已抵达海湾。美国防部还考虑增派3000人的地面部从前往科威特。
因为一旦对伊拉克实施空中打击，科威特可能会受到伊拉克的报复，这支部队将用来挫败伊拉克对科威特的袭击。
美国陈兵海湾，完全出于其战略利益的需要。其战略意图在于维护其在海湾的长久利益特别是石油利益，对海湾国家和伊朗“杀一儆百”，强化其在中东乃至全球的主导地位。倚仗强大的军事力量，美国防部长科恩扬言，如果美国对伊拉克下手，其规模将超过以往的几次军事打击。
面对美国的强大军事压力，伊拉克并没有屈服的迹象，并对美国的战争警告发起反击。1月29日，萨达姆表示：“伊拉克不希望发生战争”，但他同时警告说，如果“邪恶的敌人入侵，伊拉克将别无选择，只有用其全部的潜力、经验和信仰进行自卫”。
萨达姆的基本目标是争取国际社会的同情，以求尽早解除联合国对伊的制裁。为了尽早取消制裁，萨达姆面对美国的强权和“封杀”忍辱负重。他容忍了美国对伊主权的粗暴干涉，容忍了美国对伊拉克民族尊严的践踏，容忍了美国把持下的武器核查小组搜查伊拉克农业部、情报部等要害部门。对于萨达姆来说，他认为7年来伊拉克基本执行了安理会的有关决议，因此，放松对伊制裁的条件已趋成熟。而美国在这种情况下，不但反对给伊松绑，反而试图加强对伊制裁。在他看来，不与美国对抗，美国也绝不放松对他们的压力；而与美国对峙，最坏的结果无非是再次受到袭击。于是，在核查问题上坚决反对美国的立场和政策，对美国大声说“不”！
在双方剑拔弩张、战争一触即发之际，联合国秘书长安南于2月20日踏上了伊拉克国土。他在与萨达姆会谈时就和平解决危机达成了共识。2月23日上午，安南与伊拉克副总理阿齐兹在巴格达签署了联合国在伊拉克进行武器核查的协议。协议规定：伊拉克不加限制、无条件地向联合国特委会武器核查小组开放包括8个总统府在内的伊拉克境内任何地点，以便核查小组执行核查任务。
美国对协议表示谨慎赞同，因为它满足了美国提出的条件。
但是克林顿总统称，一旦伊拉克违反同联合国达成的协议，美国有权立即对伊拉克动武。他强调，重要的不是听伊拉克说了什么，而是看它做了什么，“我们得看伊拉克是否言行一致”。
3月2日，联合国安理会批准伊拉克武器核查协议。至此，因美国大举向海湾地区增兵、并威胁要对伊拉克动武而日趋紧张的核查危机得以缓解。
1998年10月31日，伊拉克政府宣布，由于对联合国解除对伊制裁的前景感到失望，它自当天起停止与联合国特委会任何形式的合作。
伊拉克还声明要求联合国安理会解除现任特委会主席巴特勒的职务、改组特委会，使之成为一个真正中立的专门国际机构，而不应成为一个间谍机构或美国的代理。
声明强调，伊拉克作出这一决定的主要原因是对解除制裁的前景感到失望。声明说，在美国控制下的特委会及其主席巴特勒为阻挠解除对伊制裁，不断散布谣言，甚至不惜制造武器核查危机，否认伊在销毁大规模杀伤性武器过程中所取得的进展。声明说，经验告诉伊拉克，在美国的压力下，安理会按传统的方式已不可能解除对伊的制裁。这是伊拉克方面自1997年6月巴特勒开始担任联合国特委会主席以来，首次决定完全中止同特委会一切形式的合作。
对此，美国方面迅速作出强烈反应。当天，美国务院、国防部和情报部门的高级官员在白宫召开会议，讨论伊拉克武器核查进程中出现的最新情况。美政府认为，伊拉克中止与联合国特委会的合作是“对国际社会的一个严重威胁”。
11月1日，克林顿说，伊拉克此举是对联合国有关决议的公然违背。他说，美国在处理伊拉克的问题上不排除任何可能性。
伊拉克的决定宣布后，美国防部长科恩取消了原定对亚洲为期6天的访问，返回华盛顿紧急磋商。他向伊拉克发出警告，如果伊拉克不履行联合国有关武器核查协议，将面临军事打击。
11月5日，联合国安理会经过多次磋商，一致通过了关于伊拉克问题的第1205号决议，要求伊拉克“立即无条件地”撤销10月对31日和8月5日的决定，恢复同联合国特委会和国际原子能机构的合作。
这项由英国提出的决议，谴责伊拉克的决定公然违反了安理会有关决议，重申一旦伊拉克恢复合作，就准备按安理会有关决议对伊拉克问题进行全面审议，但没有提出取消对伊制裁的时间表。在磋商过程中，决议草案根据中国和有关国家的意见进行了修改，删除了认为伊局势对国际和平与安全继续构成威胁的词句，加入了安理会对维护国际和平与安全负有主要责任、重申全面支持秘书长的有关努力，以及安理会愿按照第687号决议的有关规定就对伊禁令期限采取行动等内容。俄罗斯代表强调，决议没有给任何人对伊动武“开绿灯”。
伊拉克政府10月31日宣布中断同联合国负责销毁伊拉克大规模杀伤性武器特别委员会的一切合作后，除了国际原子能机构继续执行常规武器监测任务外，其他武器核查工作全部停止。在核查人员无所事事的情况下，特委会11月6日决定将在伊的100多名核查人员削减20％，并从7日开始分批撤出。
11月11日，在巴格达的所有特委会和国际原子能机构人员共103人分乘联合国飞机从巴格达撤到巴林特委会后勤基地待命，近200名执行人道主义救援任务的联合国工作人员乘车前往安曼。12日上午，最后一批40人的联合国工作人员乘车离开巴格达前往约旦首都安曼。至此，在一天多的时间内，共有300多名联合国工作人员撤出伊拉克，撤离的规模和速度在历次武器核查危机中都是前所未有的。然而，这一重大行动，联合国秘书长安南和安理会事前竟一无所知。原来，这一切都是联合国特委会主席巴特勒同美国密谋后迅速实施的。据认为，这一计划意在一箭三雕：为美国对伊进行军事打击铺平道路；向伊拉克施加更大的压力，迫使其作出妥协；将武器核查工作延期的责任推给伊拉克。
联合国大批工作人员撤离伊拉克的行动加剧了危机。美国大举向海湾增兵使局势更加紧张。美、英两国12日宣称已做好动武的准备，同伊拉克的对话也已结束，现在该是采取行动的时候了。英、德、澳大利亚等国已要求本国公民离开伊拉克。伊拉克在动员民众准备迎击美国军事打击的同时，正在寻求安南和安理会采取行动阻止美国的军事打击。
随着核查危机的升级，国际社会加大了斡旋调解的力度。在联合国安理会连续数日举行的磋商中，中国、俄罗斯和法国3个常任理事国力主通过外交方式和平解决危机，坚决抵制和反对任何有可能激化矛盾、导致危机向战争方向进一步恶化的企图和做法。三国代表在会见伊拉克常驻联合国代表时，指出了当前局势的严峻性，恳切地劝告伊方从保护伊拉克本国和海湾地区国家人民安全的大局出发，尽快同意恢复与联合国特委会的合作，切实遵守联合国有关决议，为尽早解除联合国对伊制裁创造条件。
