顺治对于孝庄给他安排的婚姻很是不满。在福临的骨子里，是一个有自己想法的叛逆的少年。顺治八年，孝庄和诸位大臣都认为，已经亲政的皇帝到了结婚的年龄了。于是在孝庄的授意下，孝庄的哥哥吴克善带着自己的女儿进京了。
相比于孝庄的热情，福临对于这场婚事，从头到尾都表现得极其冷淡。这一点吴克善也感受到了，他回忆起皇太极迎娶科尔沁姑娘时候的重视，那盛大的场面至今回忆起来还仿佛能感受那浓烈的气氛。相比之下，福临就显得冷淡了许多。对于这场政治婚姻，福临甚至不想伪装自己的情绪，把所有的不满都摆在了脸上。
这一年的八月十三日，福临大婚，娶科尔沁草原卓礼客图亲王吴克善的女儿博尔济吉特氏为妻。婚礼的排场十分之大，一切都进行得十分顺利，也算完成了孝庄的一个心愿。但是，被政治绑在一起的两个人，彼此之间根本没有任何感情。在福临的脸上，看不到任何新婚的喜悦，也看不到任何对于未来的憧憬。对于博尔济吉特氏来说，这更是一个苦涩的开端。她被政治推到了这一步，根本没有任何反抗的权利。
她不知道即将要面对的，是一个悲剧的开始。她人生中所有幸福快乐的日子，大概都在进宫之前过完了，进宫之后，是一段悲剧人生的开端。
果不其然，大婚后的皇帝和皇后的感情十分不好。福临长期不愿意和博尔济吉特氏见面，两人之间比陌生人还要陌生。这样煎熬地度过了两年之后，福临想到了废后。福临将这个想法透露给一些大臣后，大臣们纷纷进行了劝阻。废除皇后和废除妃子不一样，皇后是皇帝名正言顺的妻子，若是没有犯不能容忍的过错，废除皇后对皇帝的声誉将产生很大的影响。
尽管遭到了所有人的反对，但是福临废除皇后的决心很是坚决。他把废后的想法告诉孝庄后，就把这件事情提到了日程上来。当时福临发给礼部的手谕中这样写道：“今后乃睿王与朕冲时因亲订婚，未经选择，自册立之始，即与朕志意不协……”对于自己对包办婚姻的厌恶毫不掩饰。但是礼部的大臣都清楚皇太后的意思，也明白皇太后和皇后的关系和一般的婆媳关系不同，所以并不敢轻易将福临发的手谕诏告天下。
福临也不是不知道这件事会对自己产生什么样的影响，也会给后世留下莫大的话柄。但是，他对于这样的生活实在已经不能继续容忍。在他的坚持下，终于把自己不喜欢的皇后降为了淑妃。但同时，也在和孝庄的关系中划了一条深深的裂痕。
就如同国不可一日无君，后宫之中也不能缺少能够统率的人。于是在福临废除博尔济吉特氏八个月后，孝庄又开始为福临张罗新的婚事。这次孝庄看中的人，还是来自科尔沁草原的姑娘，自己的侄孙女博尔济锦氏。
面对同样的包办婚姻，福临这次的表现显得更加成熟一些。他没有像第一次那样表现出明显的反抗，因为就像第一次婚姻那样，反抗是起不了任何作用的。这位新的皇后入宫之后，福临也没有表现出任何的喜欢，在宫中毫不意外地受到了冷落。
于是福临和孝庄之间的矛盾更加尖锐了。
孝庄是一个以大局为重的女子，她在为福临挑选皇后时，是将国家的利益放在个人感情的前面的，在她的眼里，满蒙联姻能够稳定清朝的统治，对于一个帝王来说，还有什么比这个更重要呢？在国家大局的面前，个人的感情是那么渺小，将个人感情放在国家利益之前，无疑是因小失大的表现。但是福临不这样想，他是一个骨子里充满浪漫主义的人，他十分反感孝庄这种干预自己私生活的行为，一个人若是没有追求自由和幸福的权利，那么生活还有什么意义呢？
在福临的后宫中，很多女人成了政治的牺牲品，但是有一位得到了福临全部的爱，那就是红颜薄命的董鄂妃。充满浪漫主义情怀的福临，将自己所有的深情，都给了这位有夫之妇。尽管孝庄对董鄂妃的入宫进行了极大的反对，但是强硬的顺治帝还是将她纳入了后宫，从此，三千宠爱在一身。但是好景不长，董鄂妃在自己的儿子夭折之后，因为过度忧思而缠绵病榻，在二十二岁时（顺治十七年）就撒手人寰。
董鄂妃的死，给福临带来了极大的悲伤。他痛不欲生，对生活再次感到失望和绝望。万念俱灰的他，想到了出家。虽然这一想法很快被扼杀了，但是他的身体状况还是因为郁郁寡欢而很快衰弱。在董鄂妃死后的第四个月，福临染上了当时被视为洪水猛兽的天花。在当时的医疗条件下，这样几颗毫不起眼的痘痘很容易就夺去一个人的生命。顺治十八年的正月里，福临还是没有战胜病痛，留下遗嘱后就离开了人世，年仅二十四岁。
福临有胸怀大志、富于进取的气质，又存在着浮躁易怒、任性放纵的顽症。他的任性在朝中十分有名，时常改变自己做出的决定。但是他并不是一个昏君，他虽然犯过很多的错误，但他能够做到知错就改，有着自己的想法和主张。
在清朝所有的皇帝中，福临是最特立独行的一位，他在人生的道路上大胆迈进，敢作敢为，有着十分强烈的个性。对董鄂妃的深爱，更是让他成为一个有血有肉的痴情帝王。在董鄂妃死时，他因为亲政以来的种种心力交瘁和力不从心，已经对帝王生涯感到厌倦，在董鄂妃死后，他也感觉到对人生没有更多的奢望，于是更加消沉。
福临驾崩后，遗体被火化，骨灰盒放在孝陵当中，庙号世祖，谥号章皇帝，到乾隆元年尊谥加为二十二字：体天隆运定统建极英睿钦文显武大德弘功至仁纯孝章皇帝。
在他的遗嘱中，将皇三子玄烨定为皇太子，并将索尼、鳌拜、遏必隆、苏克萨哈四个人封为辅政大臣。
这对孝庄来说，是一次致命的打击。纵然福临有很多令她不满意的地方，在婚姻大事中也产生了很大的矛盾，但那毕竟是她寄予了厚望的儿子。从襁褓中开始，就将自己的母爱倾注到了他身上，看着他走路说话，看着他从少年变成青年，看着他一步一步长成一个可以独当一面的皇帝。自己爱了这么多年的儿子，在本该是最耀眼的年纪离开了人世，对于任何一个母亲来说，都是生命中无法承受的痛。
青年丧夫，中年丧子。孝庄的人生，实在是有太多的波折。
然而仍然没有到可以放弃的时候。福临驾崩，留下一个年幼的儿子来继承大统，还需要有人在一旁协助，才不至于让好不容易建立起来的王朝衰败下去。
福临死后的第二天，八岁的玄烨登基为帝，盛极一时的康熙王朝统治就此拉开了帷幕。孝庄在康熙登基后被尊为太皇太后。孝庄还来不及从悲痛中走出来，就有更重要的事情在等待着她，那就是辅佐和教导年幼的康熙帝。在中国封建社会中，出了多达三位数的皇帝，但是在这些皇帝中，康熙帝绝对是一个有作为、名垂千古的伟大帝王，在这其中，孝庄在年幼时对他的教导功不可没。
康熙登基初期，因为皇帝年幼，有大臣就上书建议太皇太后垂帘听政。但是孝庄并没有采纳这一意见，她作为一个幕后的女人，对于权力并没有那么热衷。福临的死是她一生的遗憾，她将在福临身上寄予的厚望，转移到了孙子玄烨的身上。相比于儿子福临的叛逆，孙子显然要听话得多。对于太皇太后的任何意见，康熙都会十分重视。
被福临临终前任命为辅政大臣的四个大臣，是康熙在亲政路上的极大障碍。面对权力的诱惑，他们的野心一步步膨胀。尤其是鳌拜，他被权力冲昏了头脑。在康熙亲政后，仍然不愿意交出权力，反而更进一步地被野心吞噬。他通过向另外三位辅政大臣夺取权力，将国家大事的主宰权握在自己的手中，想要成为大清朝真正的主宰。但是他并没有意识到，自己的对手，并不是任人宰割的羔羊。
对于这样的权力消长，孝庄并不感到陌生。有了之前的多尔衮，孝庄对于这样玩弄权力的人是深恶痛绝的。她再一次发挥了自己的政治才能。在她的支持和引导下，康熙开始一步一步地夺回自己的权力，鳌拜是亲政路上最大的绊脚石，必须除掉他，权力才能更加稳固地掌握在康熙的手中。
事实再一次证明了孝庄的想法是正确的。除掉鳌拜后，康熙帝才终于能够放开手脚一展自己的抱负。康熙是一个很符合她要求的孙子，有智慧，有见识，有才能，有胆略。她曾经在福临身上找不到的优点，都在康熙的身上找到了。更重要的是，康熙也有着和自己相同的目标，都将这个国家的发展放在了第一的位置。
