武则天精力太过旺盛，因此处置朝务事无巨细。太学生王循之上表称自己母亲病重要请假回家，武则天批准。狄仁杰知道后说：臣听闻做君主的只有生杀大权不交给别人，其余的权力都归有关部门。所以左丞、右丞不办理徒刑以下的刑罚，左相、右相只裁决流放以上的刑罚，因为地位逐渐尊贵的缘故。学生请假，是国子监丞、主簿管的事，如果天子为这种事发布敕令，那么天下的事要发布多少敕令才能处理完呢？如果不违反人们的意愿，全面为他们建立制度就可以了。武则天认为这个意见好，于是敦促各司其职。武朝虽面临李氏宗族不断反抗，但天下总体趋于稳定。
武承嗣、武三思等大臣知道武则天看重狄仁杰，想上书请求罢免他又找不到理由，于是就来拉拢狄仁杰。特别是武承嗣，仗着自己是武则天的侄儿，眼见姑母年望七旬，便日日想着武则天能将他立为太子，将来好继承大周的江山。立太子这事，需要有分量的朝中大臣不断向武则天谏言才有可能，因此武承嗣数度向狄仁杰示好。狄仁杰从内心里非常反感武氏兄弟心黑手辣，于是婉言谢绝。武承嗣恼羞成怒，决定干掉狄仁杰等不与武家一个鼻孔出气的重臣，免得将来成为他当太子的绊脚石。
要收拾狄仁杰这等厉害角色，没有非常手段是不行的。武承嗣想到了来俊臣。
来俊臣在武则天一朝，名气与狄仁杰相当，二人都当过侍御史，主抓案件。不同的是，狄仁杰断案是依据天衣无缝的推理，而且注重证据；来俊臣则根本不用证据，采取的是骇人听闻的残忍手段——逼供。武则天在称帝前后利用他的狠毒残杀了不少忠臣良将，前后夷灭千余族。据说当时朝中官吏单闻来俊臣之名，都不由自主地发抖。
当武承嗣找到来俊臣说要收拾狄仁杰时，来俊臣阴笑道：请王爷放心，狄仁杰就算是神仙也难逃下官的手心！不过，只整狄仁杰恐怕会引起皇上的怀疑，不如把那几个宰相和碍手碍脚的大臣一勺烩了。
于是，武承嗣按来俊臣的《罗织经》罗织了狄仁杰等人保护李唐宗室、串联前朝老臣想要谋反的罪状，几乎把朝中正直的几位大臣都圈进去了。他们是：狄仁杰、任知古、裴行本（三人均为同凤阁鸾台平章事），司礼卿崔宣礼，文昌左丞卢献，御史中丞魏元忠，潞州刺史李嗣真。这七人中有三个是宰相，其余的都是朝廷大员，武则天不相信，别人不敢说，狄怀英不会谋反。武承嗣说：姑妈呀，是不是谋反，审理一下不就水落石出了？武则天表示可以调查一下。于是，来俊臣迅速逮捕了狄仁杰等人。
大狱里，准备好了十八般刑具。当时狄仁杰已经六十多岁了，根本受不了酷刑，所以当来俊臣问他有没有造反时，他第一个痛快地招了：大周改朝换代，万物更新，唐朝旧臣甘愿听任诛戮，谋反是事实！来俊臣搞酷刑这么多年，没料到一向被他视为“硬骨头”的狄仁杰这么痛快，就把他交给属官王德寿，整别人去了。王德寿对狄仁杰说：按照大周律令，凡是主动招供的人可减免死罪，您供出别人立功如何？狄仁杰吐了他一脸口水，大声道：天神地神在上，竟要狄仁杰干这种事！说完一头撞在柱子上，血流满面。王德寿害怕他死了，赶紧向他道歉。
原来，狄仁杰办案多年，深知与这些蛇蝎心肠的酷吏讲理或是死不招供，会被活活拷打至死，于是赶紧“招供”保住性命。等来俊臣放松了警惕，他才从被子上撕下一块布，咬破中指写明冤屈，塞进棉衣里，对看管他的王德寿说：天气热了，请将棉衣交给我家里人。王德寿同意。狄仁杰的儿子狄光远得到血书，设法见到了武则天。武则天看了血书，质问来俊臣。来俊臣说：臣对狄公很好，没动他一个指头，连他的头巾和腰带都没有丝毫损坏。但如果他没有罪，为什么要承认呢？回来后，来俊臣伪造了狄仁杰向武则天上呈的《谢死罪表》，交给武则天。
武则天并非昏主，迅速召见了狄仁杰，问他：为什么承认谋反？狄仁杰回答说：不承认恐怕已经被打死了。武则天又问：那你为何要写死罪表？狄仁杰请武则天拿出来看，确为伪造。狄仁杰又向武则天进言：认为他们七人都是被冤枉的。武则天这才免了这七个家族的罪，把狄仁杰降为彭泽县令、任知古降为江夏县令、崔宣礼降为夷陵县令、魏元忠降为涪陵县令、卢献降为西乡县令；流放裴行本、李嗣真于岭南。来俊臣与武承嗣等仍坚持请求处死他们七人，武则天训斥了他们一顿，说你们做事也要悠着点儿，吓唬吓唬也就行了，你道朕真的好欺吗？武承嗣和来俊臣这才怕了。
来俊臣丧尽天良继续作恶，几年后又与武承嗣狗咬狗，当然是斗不过武则天的侄儿的，于公元697年被斩于街市。当日，来俊臣仇家蜂拥而来，争抢他的肉吃，由于人太多，一会儿肉就没了，只得把他的内脏掏出来踩踏成泥，把他的骨头扔了喂狗。武则天听闻百姓如此恨来俊臣，就下令籍没其家。
公元693年至695年，狄仁杰远离朝堂，安心做他的县令。赴任的那年，彭泽县干旱无雨，百姓无粮可食，狄仁杰上奏疏要求朝廷发散赈济，免除租赋，救民于饥馑之中。狄仁杰还劝课农桑，鼓励生产，深得彭泽县人民爱戴，百姓立生祠纪念其功德。
公元696年10月，契丹大军攻陷冀州，杀州刺史陆宝积，屠杀官吏和百姓数千人；又进攻瀛洲，黄河以北地区震动。要论整人害人，武家人挺厉害，但行军打仗就不灵了。武则天找不到合适的人，赶忙起用狄仁杰为魏州（今河北省大名东北）刺史，让他负责防御契丹。
前任魏州刺史独孤思庄畏惧契丹人突然到来，将百姓全部驱赶入城，修筑工事，加强守备。百姓离开家园，叫苦连天。狄仁杰到任后，将百姓全部遣返务农，认为敌人距离还比较远，而且打仗是军队的事，不应该劳烦百姓。百姓听说狄公来了，都很高兴。
不久，狄仁杰任河北安抚使。由于他与大将军娄师德密切配合，军民组织了强大的抗御力量，同时收服契丹猛将李楷固，让他率军报仇。契丹人落败。次年，狄仁杰因功升任幽州都督（大州都督，正三品）。
武则天神功元年（公元697年）闰十月，由于狄仁杰在安抚河北时治理有方，武则天年纪也大了，深感朝中事情没有狄仁杰不行，就把狄仁杰召回神都洛阳，官拜鸾台侍郎、同凤阁鸾台平章事，恢复了宰相职务，成为辅佐武则天掌握国家大权的左右手。介于狄仁杰的社会声望不断提高，武则天为了表彰他的功绩，赐给他紫袍、龟带，并亲自在紫袍上写了“敷政木，守清勤，升显位，励相臣”十二个金字，并以“国老”称之。举朝上下，都不敢对狄仁杰不敬，连武承嗣、武三思兄弟都不得不对他礼让三分。
5
狄仁杰经过宦海沉浮，早已将生死置之度外，加之年事渐高，希望能为国家尽力做一些事情。于是，他像前朝的魏徵一样，向武则天写了一份言辞恳切的奏表，劝谏武则天以民为本，精兵简政，仁德治国。虽然，在武则天一朝没有完全达到狄仁杰所说的境况，但对武则天后期的治国方略产生了深远影响，也为李唐保住了江山。
然而，狄仁杰最担心的事莫过于武则天百年之后能否把江山还给李氏的子孙，若是真的给了武氏，天下的百姓又将处于水火之中。不过，这件事过于敏感，没有好的机会不能说，否则性情乖张的武皇一怒之下，还不知道会干出什么事来。
狄仁杰着急，武氏兄弟更着急。圣历元年（公元698年）二月，武氏兄弟再也没有耐心，不断指使大臣游说武则天，请立为太子，并说：自古以来的天子没有把外姓人作为继承人的。武则天犹豫不决。一方面，武家的侄儿虽然不断干出格的事，但毕竟姓武，又是自己亲自扶上来的；另一方面，她与李治所生的四个儿子中，李弘、李贤已经死了，李显、李旦还被贬在外，但她一直不满意。
狄仁杰深深知道，在这个关口如果不劝谏武则天做出正确的抉择，后果不堪设想。一次办公完毕，狄仁杰心平气和地劝武则天应该顺应民心，还政于庐陵王李显。此前，大臣李昭德等曾劝武则天继续以四子李旦为嗣，但武则天没有接受，认为天子不传外姓。这次，狄仁杰不但从国家长治久安方面做了铺垫，还从母子亲情的角度进谏道：太宗皇帝不避风雨，亲自冒着刀枪箭镞，平定天下，传给子孙。高宗皇帝将两个儿子托付陛下。陛下现在却想将国家移交给外姓，这不是不符合上天的意思吗？而且姑侄与母子相比谁更亲？陛下立儿子为太子，则千秋万岁之后，配祭太庙，代代相承，没有穷尽；立侄儿为太子，则未听说过侄儿当了天子而将姑母奉祭于太庙的。
狄仁杰的这两句话没讲大道理，却点中了武则天的死穴，她不由得动了心。但她毕竟是皇帝，仍然坚持说：国老一片苦心，朕已经知道了！但这是朕的家事，请国老不要参与。狄仁杰见火候已到，正色说道：君王以四海为家，四海之内，什么事不是陛下家里的事！君主是元首，臣下为四肢，是一个整体，何况臣充任宰相，哪能不参与呢！如果不召回庐陵王，朝野充满猜测，终非社稷之福。武则天疲惫地对他说：国老的话，朕会详加斟酌。狄仁杰深知再啰唆，必引这位女强人烦，赶紧告退了。
过了几天，武则天把狄仁杰找来问：朕梦见一头大鹦鹉两翼都折断了，这是什么意思？聪明的狄仁杰马上回答：鹦鹉就是“武”的意思，武是陛下的姓，两翼是两个儿子。陛下起用两个儿子，则两翼便振作起来了。武则天听了，就打消了立武承嗣、武三思为太子的想法。
武承嗣得知自己忙活了那么多年还是竹篮打水一场空，很快就百病缠身，不久郁闷死了。
武承嗣死后没两天，武则天就任命春官尚书武三思为检校内史，狄仁杰兼纳言（即以前的侍中，武朝为正二品）。其时，狄仁杰在朝堂上可与武三思一党分庭抗礼，很好地抑制了不断膨胀的武氏势力。当时，武则天仿效李世民，命令宰相各荐举尚书郎一人。狄仁杰荐举自己的儿子狄光嗣，被任命为地官员外郎（从六品上），后来很胜任这个职务。武则天高兴地说：国老堪比古代荐举自己儿子的祁奚啊！狄仁杰乐呵呵地说：举贤不避亲，都是为国家出力。
同年九月十五日，在狄仁杰的大力助推下，武则天终于同意立李显为皇太子，大赦天下。这是历史的转折点。狄仁杰在归复李唐神器的过程中的确出了大力，李显对他尤其敬重。但是，武则天对李显仍然不冷不热，狄仁杰在想办设法让太子取得母亲的信任。
正在这时，后突厥可汗阿史那默啜引兵大举侵犯河北。狄仁杰敏锐地抓住了这个机会，向武则天进言道：太子刚刚复位，陛下宜检验他究竟在百姓心目中有没有地位。武则天问：如何检验？狄仁杰说：以前臣在河北招兵，通常一个月还招不满一千人。如今默啜犯边，请陛下命太子为河北道行军大元帅，再去招募军士，看看反应如何。武则天同意了。结果，百姓听说太子当元帅，不到一月就征召了五万人马。
狄仁杰走这着棋，主要还是希望有生之年能为李唐的恢复做实事，因为他已经很老了，自知活不了几年。他的足迹遍及全国，自然知道民心是向着李唐的，所以才让太子挂帅一试。结果，印证了他的判断。他用“事谏”来巩固武则天的信心：您的儿子是可以继承君主之位的。
虽然如此，武则天还是只让太子挂了元帅的名，而任命狄仁杰为河北道行军副元帅，实际主持元帅事务，并亲自为他送行。默啜听闻狄仁杰率十万大军前来，赶紧俘虏边关男女万余人退回漠北。而河北道的百姓连受战乱之苦，往往东躲西藏，以前朝廷就加罪于他们。狄仁杰到河北后，上书请求赦免百姓的罪过，使他们归还乡里。武则天采纳了他的意见。狄仁杰于是安抚慰问百姓，找到被突厥驱赶掠夺的人，全都送回原籍；散发粮食救济贫困的人，修驿馆以利于官军撤回。唯恐军官和使者胡乱索取供应，他便自己吃很粗糙的饭菜，禁止部下侵扰百姓，违犯者必定斩首。黄河以北安定下来。
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安定河北之后，狄仁杰已年过七旬。多年的劳累使他的身体每况愈下。但是，武则天越来越觉得离不开他，任命他为内史（即原先的中书令，正二品）。武朝以中书令为首相，至此，狄仁杰已是位极人臣。他最后要做的事，就是为今后武皇去世后储备能够左右朝局的人。在所有的朝臣中，秋官侍郎张柬之是狄仁杰的知交、老朋友，与狄仁杰恢复李唐的信念是完全一致的。张柬之已经具备了当宰相的所有条件。
当初，武则天曾经问狄仁杰：朕希望能找到一位杰出的人才委以重任，您看谁合适呢？狄仁杰问道：不知道陛下想让他担任什么职务？武则天说：朕想让他担任将相。狄仁杰回答道：如果陛下所要的是文采风流的人才，那么苏味道、李峤本来就是合适的人选；如果您一定要找出类拔萃的奇才，那就只有荆州长史张柬之了。他的年纪虽然大了一些，但却是一位宰相之才。武则天就让张柬之做了洛州司马。几天之后，武则天又要求狄仁杰举荐人才，狄仁杰回答说：臣前几天推荐的张柬之，陛下还没有任用呢。武则天说：我已经给他升官了。狄仁杰回答说：臣所推荐的张柬之是可以做宰相的，不是用来做司马的。武则天于是任命张柬之为秋官侍郎，后来终于任命他为宰相。狄仁杰还先后向武则天推荐了夏官侍郎姚崇、监察御史桓彦范、泰州刺史敬晖等数十人，后来这些人都成为恢复李唐江山的中兴之臣，其中姚崇、桓彦范、敬晖均做过宰相。
狄仁杰在河北应对契丹入侵时，认为契丹猛将李楷固有万夫不当之勇，但李楷固曾屡次打败过武周的军队，后来兵败来降时有关部门主张斩杀他。狄仁杰为李楷固上书请求武则天免其罪并重用之，武则天便封李楷固为左玉钤卫将军，令其率军讨伐契丹余众，大获全胜，还朝后武则天设宴庆功，举杯对狄仁杰说：这是国老的功劳啊！准备赏赐他，狄仁杰回答说：此次平定契丹余党乃是由于陛下的声威以及将帅竭忠尽力所致，我有什么功劳呢，坚决推辞，不肯接受赏赐。
所以，有人对狄仁杰说：治理天下的贤能之臣，都出自您门下。狄仁杰回答说：举荐贤才是为国家着想，并不是为我个人打算。
武则天久视元年（公元700年）十一月，狄仁杰走到了生命尽头，享年七十一岁。他临去世前秘密会见张柬之、姚崇、桓彦范、敬晖等，请他们择机恢复李唐。武则天神龙元年（公元705年），以宰相张柬之、姚崇为代表的强硬派逼迫武则天让位给太子李显，并剪除乱党，重新恢复了李唐天下。
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狄仁杰去世后，武则天流泪说：朝堂上再也没有可以依靠的师长了！此后朝廷一有大事，如果群臣无法决断，武则天就会叹息道：老天为什么这么早就把我的国老夺走呢！于是追赠狄仁杰为文昌右相，谥曰文惠。李显即位后，追赠司空；睿宗李旦即位，又封梁国公。
狄仁杰出道较晚，厚积而薄发，始终心系民生，维护大唐的利益。他深知武则天的能量是无法撼动的，因而顺应时势，剑走偏锋，既实现了自己的政治抱负，又为扭转乾坤发挥了不可替代的作用。
