同治元年，正逢三年一度的京察，这是新政权产生之后的第一次京察。所谓京察，就是由吏部对京官的政绩进行考核，然后根据官员的考核结果决定官员的升降去留。奕訢认真领导了这次京察，并借此大刀阔斧地进行了一次吏治整顿。
其实，整顿吏治的工作早在政变成功之初就已经开始。那是咸丰十一年十一月二十六日（1861年12月27日），夜色渐沉，忙碌了一天的奕訢从军机处回到恭王府。刚到家，传报兵部满侍郎庆英求见。庆英先是吞吞吐吐地说了些闲话，然后从怀中取出两大包金子，恳求奕訢收下。身为堂堂议政王的奕訢，大权在握，眼里只有天下，怎么可能把区区两包金钱放在眼里，于是坚持不受。庆英误以为奕訢之所以不收，是出于“无功不受禄”的意思，于是和盘托出来意。原来，他因在兵部挪用公款而被议罪，兵部拟给予降职二级处分，特请恭亲王在两太后前议政时“格外开恩”。
奕訢想，这个庆英，真是个官迷心窍。念其是为母亲治病而挪用公款，按律是应当革职的，官职降两级已属法外开恩了。一番劝导之后，无效，庆英依然长跪不起，恳求奕訢为他开脱。这下可惹恼了奕訢，他猛地站起身来，一只拳头重重地捶在了桌子上，声色俱厉道：“好你个庆英，如此处置，已经是格外开恩了，你不思图报，反而步步紧逼，要挟本王，真是太胆大妄为。快滚！”
庆英见王爷动怒，灰溜溜地逃离了恭王府。望着桌上的两包金子，奕訢陷入了沉思。嘉庆、道光以来，吏治日益腐败。当国的前有曹振镛、后有穆彰阿之流，只知招权纳贿，贪赃枉法，却不思为国分忧解难，致使外夷入侵，内匪作乱，大清江山满目疮痍。我大清已经失去了往日的强盛之势，以致用了近十年之功还未将那帮匪民镇压下去。这固然有刁民犯上的因素在里面，根本原因又何尝不是这些贪官污吏搜刮盘剥所致？目前剿匪当然是第一要务，但只是头痛医头、脚痛医脚之策，治本之道当为整顿时下盛行的官吏拖沓溺职、投机钻营、贿赂成风、骄横不法的风气，只有这样才能提高整个行政队伍的办事效率。想到此，一个构想在奕訢心中产生了。但是，他万万没有想到，正是自己制定的这个计划，砍掉了自己的股肱之臣，使自己与慈禧的矛盾浮出水面。
第二天，奕訢把庆英所为向两宫太后言明，同时把两包金钱呈上，并请求整顿吏治。慈禧应允了奕訢的提议，随即发布上谕，将庆英由降职两级改为革职，并交刑部严办。同时声称，新朝初立，积弊累累，朝野应当勤于政事，清廉为民。这年正逢三年一度的京察，也是新政权统治下的第一次京察，希望朝野百官密折上奏军机处，评判优劣。所有京察事宜，着议政王领军机处办理。
此谕一下，朝野震惊，大家心里明白，恭亲王可不是好惹的，此次京察怕是要动真的了。
不久，各地密折即如雪片般的飞向军机处。有人参劾直隶顺天府治蒋大镛收受贿赂，把持专权；大兴县知县白维贪劣不良，积案滥押；永清县知县王锡琦加征苛派，贪酷害民。奕訢派大学士周祖培前往查实，于是马上将这三位劣员一起革职，交刑部审讯。贵州田兴恕奏报：已经将官军内部侵吞军饷的副将廷胜、临阵脱逃的候补都司姚复钺、侵渔厘捐的候补府周钟秀军前正法。奕訢估计这种现象在军队是普遍存在的，随即通令各路军营，凡此等情弊，将着统兵大臣随时严查，按律惩办。从地方到军队，从汉族官吏到满族封疆大吏，一律毫不宽贷。
咸丰十一年（1861年）十一月十九日，满族大员、云贵总督福济被革职。原因是在西南少数民族起义之时，企图以叩谒咸丰帝梓宫、当面陈述军情为由，临阵脱逃。接着，又有满洲镶红旗人乐斌被革职充边。此人大略识些字，公事案例，阅之不甚了了，因善于结交当道，结党营私，一再升职，至陕甘总督。平素以吃酒看戏为事，奸占仆妇，宠信幕丁，捏报军功，滥行保荐，为数十年中所未有玩法营私者。经人弹劾，奕訢立即派吏部尚书麟魁和军机大臣户部尚书沈兆霖前往查实，即遭惩处。此外，陕西巡抚瑛棨、山西巡抚英桂也分别因剿捻不力而遭申斥和警告。
政变后不久开始的这些吏治整顿工作预示了这一次京察的严肃认真。
同治元年，京察自上而下进行。首先对包括议政王在内的全体军机大员和内阁大学士进行考评，然后是部院大臣。奖惩大权归于两宫皇太后。官声、成绩突出者，给以破格提升；安排年富力强者于重要岗位；对平庸衰朽者，勒令其退休。其中有相当数量的满族官员被勒令休职和降级。素食尸位的京官减少了，官员年龄普遍年轻化了，办事效率也提高了。在考察京官的同时，对地方官吏的考察也同时在进行，同样是品评优劣，赏罚分明。
就在奕訢大刀阔斧、雷厉风行地进行吏治整顿的同时，一场在奕訢和西太后慈禧之间隐藏的斗争已经展开了。
垂帘之初，奕訢以议政王的身份，总揽朝中大权，部院大臣遇事必先与议政王奕訢相商，惟奕訢意见是从，这一切，慈禧看得一清二楚。而奕訢“希冀垂帘其名，而实权归己”的心思，慈禧也当然不会不知道。权力欲极强的慈禧是不会听任奕訢的权力日益扩张、重演肃顺擅权局面的。只是大乱当前、“发捻横行”之时，尚需利用奕訢主持内外事务，所以慈禧一直隐忍未发，但她时刻都在监视着奕訢的一举一动，默默地窥伺着时机的到来，以图巧妙地削弱奕訢的势力。就在奕訢集中精力在内政外交方面大展宏图，力挽危局的之时，慈禧趁其不备，给予奕訢沉重一击，连折奕訢的两位股肱大臣：何桂清和胜保。
何桂清，云南昆明人，道光进士。历任翰林院编修、太仆寺少卿、太常寺卿、户部右侍郎、浙江巡抚、两江总督。1860年5月5日江南大营全军溃败，两江总督何桂清在常州主管饷事，拥兵自卫，坐视不救。陈玉成部进攻常州，何桂清见大事不妙，希图逃脱。先将其父亲和两妾秘密送至通州，然后张榜禁止常州市民迁徙，并封锁各城门。城内百姓见何桂清要逃跑，绅民耆宿数百人手执香烛赴辕门跪请何桂清留下共同抗敌。何桂清见出城受阻，遂令所率部队开洋枪扫射，民众死者十九人。何桂清逃亡苏州，苏州巡抚拒绝其进城并上疏奏劾，咸丰帝闻何桂清事后大怒，谕令革职严审。何声言借兵助剿，逃到上海，在继任江苏巡抚薛焕的庇护下，“高卧不行”。不久，英法联军进犯北京，咸丰帝逃往热河，何桂清一案遂被搁置。
当此整顿吏治之机，给事中郭祥瑞、御史卞宝第等上疏，此案又被重提。并令新任两江总督曾国藩派员速押何桂清来京候审。曾国藩曾与何桂清因争夺江浙地盘事，积怨甚深。接到旨意后，他立即派李鸿章去办此事。同治元年（1862年）春五月，逮何桂清入刑部狱。
主持办理此案的刑部直隶司郎中余光焯是常州人。鉴于其家乡绅民恨何桂清入骨，同时也为了给被击杀的执香跪拜父老19人讨回个公道，定罪时拟斩立决。奏上之后，诏大学士、六部、九卿、翰、詹、科、道会议讨论，均同意刑部的决定。
此时，一道上谕以何桂清曾任一品大员为由，提出对其应该慎重用刑，如果存有疑义，当各陈己见，这给了何桂清一线生机。原来，第二次鸦片战争时期，何桂清曾同奕訢的岳父桂良一起在上海同英国谈判，受到桂良的赏识。另外，何桂清在办理洋务问题上常与奕訢相契合，杀何桂清，奕訢颇为惋惜，因而奕訢有意救他。此道圣谕一发，大学士吏部尚书祁嶲藻、工部尚书万青藜、通政司王拯、顺天府尹石赞清、府丞林寿图、九卿彭祖贤、给事中唐壬森、御史高廷祜、陈廷经、许其光、李培祜等，纷纷上疏为何桂清辩解翻案。
刑部审讯时，何桂清也为自己申辩，称自己之所以退至苏州，乃是受江苏司道所请，以保饷源重地，并指出有薛焕等四人的禀牍为证。清政府于是令曾国藩查实何的证词，曾国藩与何桂清素有矛盾，速查后回复道：苏常失守，卷宗已经荡然无存，且督抚权重，司道受其掣制，必会极力逢迎和隐饰，因此对禀牍有无，不必深究。明确表明赞成重罚何桂清。
慈禧认为剪除奕訢的这一羽翼的时机已经成熟，于同治元年十月二十一日（1862年12月12日）发布谕旨，声称何桂清身犯二罪：一是弃城逃跑，二是避匿达二年之久。命刑部于同治元年十月二十六日将何桂清处决。
如果说杀何桂清奕訢内心只是隐隐作痛的话，杀胜保则令他痛心疾首！
胜保，字克斋，苏完瓜尔佳氏，满洲镶白旗人。道光举人。曾是辛酉政变的重要支持者，是政变得以成功的武力后盾。因此，政变后慈禧委之以重任，他由三四品京堂候补降职身份升为正二品的兵部左侍郎，由镶蓝旗汉军副都统升入属上三旗的正黄旗满洲都统、正蓝旗护军统领，手握重兵。太平天国起义后，慈禧又命他主持山东、安徽间的“剿捻”军务。但突然之间，又传旨将其革职拿问，后又赐令其自尽。
从表面看来，胜保的种种行为确实给慈禧诛杀他提供了把柄，如命令将胜保革职拿问的上谕中所罗列的罪状，“荒淫贪纵”，“任性骄纵，滥耗军饷”，“携妓随营”，“设局抽厘，便于肥己”，“讳败为胜，捏报大捷”，“收纳逆首陈玉成妻为妾”，“优伶冒充亲军，按月提银三千两，以致各营兵勇，枵腹荷戈，叠经挫失”等。其实这些罪行好些官员也同样或多或少地犯有，并不足以要立即拿问并将其处死。
杀胜保的更加重要的原因是胜保与奕訢走得太近。
辛酉政变，奕訢以胜保为武力支持，实现了亲王辅政。胜保则以奕訢为后盾，恃宠而骄、恃功自傲。慈禧早就看不顺眼，但苦于时机不成熟。政变后，胜保继续剿捻，为了制造战绩，他对捻军苗沛霖和宋景诗部并不力战，而是设法招降。其实这是要承担很大风险的，因为苗沛霖和宋景诗部都未受到重创，反向重来都未可知。因此两宫太后和军机处都很担心，曾多次指示胜保对这两部要严加戒备。军机处先是让胜保令苗沛霖灭张乐行一股势力以表明其效力朝廷之心，结果苗沛霖虽败了张乐行但并未取其首级；接着苗沛霖诱捕了太平军统帅之一陈玉成，胜保请求清廷奖赏苗沛霖，但由于两宫皇太后和奕訢对苗沛霖的投降诚心仍表怀疑，表示暂不赏苗沛霖之功，等扫灭颍、亳一带的捻匪后，再加倍赏赐。并趁陕西军情吃紧，调胜保率本部前往陕西堵剿太平军西北部队，令苗沛霖部留驻原地，目的是使胜保和苗沛霖脱钩。不管胜保怎么暴跳如雷、怒不可遏地表示不愿离安徽前往陕西，慈禧丝毫不为所动。同治元年七月，胜保只得遵旨赴陕督办军务，镇压回民起义。但八月华阴一战，军火车辆尽失，以后多次失利；加之胜保中途又擅自调苗沛霖部赴陕，经两宫太后和军机处急令和僧格林沁武力制止才作罢，苗沛霖见无法取信于朝廷，重新造反；而此时胜保所带宋景诗部又在往陕西途中哗变。凡此种种，都给慈禧惩治胜保制造了口实。
在潘祖荫、卞宝第、丁绍周、严树森等人的参劾下，同治元年十二月初四日，慈禧密诏多隆阿率部前往陕西，将胜保拿问。这时，奕訢也无法再袒护胜保了。胜保被押解回京入狱后，审讯工作是由奕訢主持的。念及胜保在政变中的大功及多年跟随自己的情面，奕訢也竭力为其开脱。无奈慈禧下手太快。下诏杀掉胜保时，慈禧故意由帘内传旨无事，使众臣纷纷散去。而奕訢刚刚离开，赐死胜保的诏令便立刻从天而降，等奕訢闻讯时，胜保早已命归黄泉。
慈禧连斩何桂清和胜保，无异于敲山震虎、杀鸡吓猴，给权势显赫、声誉日隆的奕訢一个严厉的警告，同时也有力地削弱了奕訢的势力。然而，这些又都是在整顿吏治、严肃官纪的名义下进行的，得到了时人的高度赞扬。时人称慈禧连斩何、胜“举国称快”，“赏罚分明”，“军政为之一肃”。慈禧在不露声色之中，既给了奕訢沉重一击，同时又收揽了人心，一箭双雕，表明她的手腕和心计比奕訢明显高出一筹。奕訢未来的政治命运，已经被悄悄地笼上了一层阴影。
