“朕坦诚对待你们，希望得到你们的辅助和纠正，只有杨士奇曾经五次上奏章，你们都没说一句话，难道真的是朝廷政治完美无缺，天下太平了吗？”各位大臣都惭愧认错。这一年四月，皇帝赐给杨士奇玺（xǐ）书说：“从前朕负有监国的使命，你侍奉在左右，同心同德，为了国事忘记了自己，屡次经历艰难忧患，都不曾改变志向。到朕即位以来，呈献良好的谋略，希望我治理，忠贞不渝，所有这些都记在朕的心里。现在创制‘杨贞一印’赐给你，还希望能够互相勉励，以达到明君贤良的美名。”不久纂修《太宗实录》，与黄淮、金幼孜、杨溥一起充当总裁官。没有多久，皇帝一病不起，召杨士奇和蹇义、黄淮、杨荣到思善门，命士奇书写敕书从南京召回皇太子。
宣宗朱瞻基即帝位，杨士奇纂修《仁宗实录》，仍然担任总裁。宣德元年（1426），汉王朱高煦发动叛乱。皇帝亲自征讨，平息了叛乱。大军凯旋，驻扎在献县的单家桥，侍郎陈山迎谒，说汉王和赵王是一条心，请求乘势袭击彰德，捉住赵王。杨荣极力赞成。杨士奇说：“事情应当有真凭实据，天地鬼神是可以欺瞒的吗？”杨荣厉声地说：“你想要阻挠这重大的谋划吗？现在叛党说赵王实是与汉王同谋的，怎么说没有口供？”杨士奇说：“太宗皇帝有三个儿子，现在皇上只有两个叔父。有罪的不可以赦免，而没有罪的应该宽厚对待，有怀疑的话可以防备他，使不发生意外的事就是了。为什么突然发兵攻打他，伤害了皇祖在天的感情呢？”当时只有杨溥的意见和杨士奇是相同的。他们打算到皇帝那里去进谏，杨荣先进去了，杨士奇随后进，守门的不让进去，不久宣宗召蹇义、夏原吉进去。二人把杨士奇说的话告诉了宣宗。宣宗起初没有加罪赵王的意图，所以调动军队攻打彰德的事得以停止。回到京师以后，宣宗考虑杨士奇说的话，对他说：“现在人们议论赵王之事的很多，怎么办？”士奇说：“赵王和陛下最亲，陛下应该保全他，不要被人们的话所迷惑。”
宣宗说：“我想把群臣上的奏章封起来送给赵王看，让他自行处理，怎么样？”杨士奇说：“好，如果再有一封玺书就更好了。”于是皇帝派使者拜玺书去彰德见赵王，赵王得到玺书非常高兴，感激涕零地说：
“我有生路了。”立即上表谢恩，而且献出护卫武装部队，外面对他的议论才平息下来。皇帝对待赵王日益亲近而看不起陈山，他对杨士奇说：“赵王所以能够保全，都是靠了你的努力。”于是赐给他金币。
当时交趾几次叛乱。朝廷屡次发大军去征讨，都因失败而全军覆没。交趾王黎利派人假意请求立陈氏后人为国主，宣宗皇帝也讨厌进行战争，想要答应他。英国公张辅、尚书蹇义以下的官员们，都说没有理由答应他，这样做是对天下显示出自己的软弱。皇帝召见杨士奇、杨荣和他们商议。两个人都极力说：“陛下为了体恤百姓生命，安抚边远的地区，不是没有理由；汉朝放弃了珠崖，以前历史上都认为是好事，不能说是表示软弱，所以可以同意他的。”接着皇帝命令选择派往交趾的使臣，蹇义推荐伏伯安有口才。杨士奇说：“说话不讲信用，虽然是蛮貊（mò）这样的地方也不能去。伯安是小人，派他前去会有失国体。”宣宗认为他说的对，另外派人去了。于是放弃交趾，停止战争，每年节省战争耗费巨万。
宣德五年（1430）春天，皇帝侍皇太后拜谒皇陵，召英国公张辅、尚书蹇义和杨士奇、杨荣、金幼孜、杨溥，在行殿朝见太后。太后慰劳他们。宣宗又对杨士奇说：“太后对朕说起，先帝在东宫的时候，只有你不怕触忤（wǔ），敢于直谏，先帝能够听从你的话，所以没有败事。又教导皇上应该接受正直的意见。”杨士奇回答说：“这是皇太后大恩大德的话，愿陛下不要忘记。”不久，皇帝下敕书给鸿胪寺，说杨士奇年老有病，上朝有时会晚一些，不要弹劾他。宣宗曾经便服出宫，在晚上到了杨士奇的家里。士奇慌忙出来迎接，叩头说：“陛下为什么把掌管社稷宗庙的身体看得这样轻？”皇帝说：“朕想和你说句话，所以就来了。”几天以后，捉获了两个强盗，都图谋不轨。皇帝召见杨士奇，告诉他这件事。
并且说：“从今以后更知道你对朕的爱心了。”
宣宗因为各地屡次发生水旱灾害，召杨士奇拟写诏令抚恤，免去受灾地方的租税和养官马亏欠的数额。杨士奇乘机请求免除过去拖欠的赋役和柴薪草料钱，减少官田的租税，清理积压下来的冤狱，裁减工程役作，以扩大皇帝对百姓的恩德。百姓都很高兴，过了两年，宣宗对杨士奇说：“抚恤百姓的诏谕颁布已经很长时间了，现在还有需要宽恤的地方吗？”杨士奇说：“从前下诏减少了官田的租税，可是户部却照旧征收。”皇帝很不高兴地说：“现在开始实行，不实行或阻挠实行的按法律治罪。”杨士奇再请示安抚逃亡的百姓，审察贪官污吏，推举有文才，精通武艺而又勇敢的士人，令被判死罪的人家的子孙有仕进的机会。又建议请朝廷大臣三品以上和地方上的布政使、按察使，各自举荐自己所了解的人，准备充当地方官员的人选。宣宗都回答可以。在那个时候，宣宗励精图治，杨士奇等人同心辅佐，天下号称太平治世。宣宗于是仿效历史上帝王和臣下共同游乐的故事，每到年初，赐给百官十天休假。宣宗也时常到西苑万寿山，各位大学士都随从他去，赋诗唱和，从容地询问民间百姓的疾苦。大臣们有什么议论上奏，皇帝都能做到虚怀若谷，听取和采纳。
宣宗刚即位的时候，内阁大臣有七个人。陈山、张瑛是因为曾在东宫供职的旧情而进入内阁的，因为不称职，被调出去做其他的官了，黄淮因为生病退了休，金幼孜去世，内阁中只有杨士奇、杨荣、杨溥三个人。杨荣豪放开阔，有决断、有毅力，遇到事情敢作敢为。多次随从明成祖北征，很熟悉边关将领德才的高低，要塞的险易远近，敌情归顺与叛逆。但是他却很喜欢接受礼物，边关将领每年都给他送好马，宣宗也知道这些事，就向杨士奇询问。士奇极力为杨荣辩白说：“杨荣了解边防的事多，我们都比不上他，不应该把小毛病放在心上。”宣宗笑说：“杨荣曾经讲你和夏原吉的坏话，你还为他说情吗”？杨士奇说：“希望陛下像曲折周到地容忍我那样宽容杨荣。”宣宗的不快于是解除了。那以后，杨士奇说的话逐渐让杨荣知道了，杨荣觉得愧对杨士奇，从此以后，两人相互间相处得很好。宣宗也更加接近地对待杨士奇，先后赐给他珍奇果品、祭祀用的牺牲美酒、书籍器具不计其数。
宣宗逝世以后，英宗即位做了皇帝，时年方九岁，国家的军政大事都要报告太皇太后。太皇太后推心置腹地信用杨士奇、杨荣、杨溥三个人。有事就派宫中宦官到内阁咨询商议，然后裁决。杨士奇等三人也很自信，理直气壮地推行自己的意见，积极治理国家。杨士奇首先请求训练士兵，加强边境的守备防御，设置南京参赞机务大臣，分别派遣文武官员镇守巡抚江西、湖广、河南、山东，罢免进行侦事的校尉。又请求依次免除租税，慎重处理刑事案件，严格考核各部门的官员。英宗都答应实行。正统初年，朝廷政治清明，是杨士奇等人的功劳。正统三年（1438）《宣宗实录》纂修完成，升杨士奇做少师。
正统四年（1439），他请求退休，没有得到同意，诏令让他回乡祭扫墓地。不久还朝。
宦官擅权忧郁而终英宗时太监王振为英宗所宠信，逐渐干预朝廷政务，诱导英宗用严酷的手段对待臣下，大臣们往往因小小过失而投入监狱。靖江王朱佐敬私自送给杨荣金银。杨荣先已经回乡祭扫墓地去了。回来并不知道这件事，王振想借这件事倾轧杨荣，杨士奇极力为他解释，得以作罢。杨荣不久去世，杨士奇、杨溥更加孤立。在王振的怂恿下，第二年便大举兴兵征讨麓（lù）川，耗费国库储藏，士兵马匹死去好几万。再过了一年，太皇太后去世，王振的势力更加大了，更加肆无忌惮，大小官员稍微有抵触违抗他的，马上被捉进监狱。朝廷大臣人人都心怀恐惧，杨士奇也不能够制止。
杨士奇年老以后，他的儿子杨稷骄横霸道，曾经侵害平民并用暴力杀人。主管监察的官员纷纷上奏弹劾杨稷。朝臣议论并没有立即按法律治他的罪，而是把那些有关文件封起来给杨士奇看。后来又有人揭发杨稷蛮横暴虐的几十件事，于是把他捉进了大理寺狱。杨士奇因为年老生病休假在家，英宗恐怕伤害了他的感情，下诏予以安慰勉励。杨士奇感动得流泪，因为忧虑而使疾病加重卧床不起。
正统九年（1444）三月去世，享年80岁。追赠太师，根据他生前的事迹给他“文贞”的称号。
原先在正统初年，杨士奇就说过蒙古瓦刺部渐渐强大，恐怕会成为边防的祸患，而边军缺马，恐不能抵御。请于附近太仆寺关领，西蕃责马也都供给边防。杨士奇死后不久，也先果然入侵，发生了土木之变，有识之士不禁思念杨士奇所说的话。
