最后，汤恩伯军团赶到。李宗仁在4月4日致电蒋介石说：“台儿庄之敌经我汤军团由东北向西南攻击后，敌主力已移向台儿庄之东顽抗，孙军正面已较缓和。”
5日，蒋介石致电汤恩伯说：“台儿庄附近会战，我以十师之众对师半之敌，历时旬余未获战果。该军团居敌侧背，态势尤为有利，攻击竟不奏效，其将何以自解？急应严督所部于六、七两日奋勉图功歼灭此敌，毋负厚望，究竟有无把握，仰即具报为要。”看来，蒋介石有点发火、发急了，借斥责汤恩伯而旁击李宗仁。同一日，李宗仁致电蒋介石，分别将孙连仲、汤恩伯汇报战况的电报内容转达给蒋介石。
6日，李宗仁致电蒋介石，向蒋介石明确表态：“已严令并督饬各部队于最短期间歼灭台儿庄附近之敌人矣。”这算是对蒋介石于5日斥责汤恩伯的答复。接着向蒋转达了孙连仲的报告：“敌连日在台儿庄城内使用催泪性瓦斯，我军受其损害颇重。”同日，李宗仁又电告军令部说：“台儿庄城内我夜袭敌阵地，肉搏三四次，敌我无进展，双方伤亡均在二百以上。今午敌又以步兵四五百，战车数辆，协同猛烈炮火，向我北城角冲击，城内之敌人与我守兵激烈巷战。刻仍在搏斗中。”
7日，李宗仁致电蒋介石，简要报告了台儿庄战役的整个经过情形：“此次鲁南之敌为第五、第十及第九师团之一部，炮兵两联队，坦克车百余辆及空军等，企图自临沂、峄、枣方面会合南下，夺取徐州，打通津浦线。我军自临沂方面两次击破敌军后，峄、枣之敌仍迭次猛攻台儿庄，东西援应，顽强驰突，并使用催泪弹，企图摧毁我军意志，于鱼（6日）晚已被我三面包围，渐次封锁。敌弹尽粮绝，始于当晚狼狈溃退。”接着，李宗仁报告了各部的追击部署。
8日，蒋介石致电曹福林说：“台儿庄方面之敌迄七日拂晓已歼灭过半，开始北溃，除严令各军穷追外，着贵部迎头猛攻，以期一举歼灭。”
9日，李宗仁致电蒋介石，说他已于8日晚抵台儿庄，将追击状况向蒋介石作了一个综合报告。同日，蒋介石下令对逃窜之敌“各军分途追截务期歼灭外”，“所属地方武力协力截击”，并“希迅速整理山东各游击队积极扰袭敌人，妨害敌由鲁北或鲁东增援”。
我军克复台儿庄不到十小时，新闻界在台儿庄召开了一个参战将士座谈会。在座谈会上池峰城师长说：“记得本师出发之初，所担负的任务，是诱敌深入，避免决战，以便帮助其他友军，完成鲁南歼灭战的使命。从上月廿三日开始攻击，结果把峄县的敌人诱了出来。但敌人诱到了南洛北洛之间以后，他们竟以左右两翼，直取台儿庄，为了确保台儿庄这个战略据点，保障徐州不受威胁，我军在正面展开了决死的战斗，始终扼守台儿庄及北站两个据点。当敌人增至两师团半以上的兵力时，因为他们要以一大半的力量，来对付左右两翼的我军，所以我们能够在正面反攻，能够得到胜利……至于本师官兵英勇的抗战精神，是值得赞誉的。如营长十二名，伤亡了十名，四个团长，伤了三个，下级军官的牺牲尤其大……”
据日本方面资料说，当时蒋介石对台儿庄胜利的宣传作了如下指示：“（1）台儿庄之战，不过第二期抗战的初始胜利，应力戒因此胜利带来骄傲。（2）长期抗战主要在于消耗敌人之战斗力，而不在一城一市得失。此点应有深刻认识，以免对持久心理发生不良影响。（3）努力阐明本党宣言及抗战建国纲领等之重大意义。（4）所有宣传应努力报导事实，慎勿夸张。（5）对敌加以笔伐之时，应止于攻击日本军阀，决不可对日本皇室及日本民族有所诽谤。”【73】
台儿庄日军被击破后，“我全线追击，敌拼死抵抗，我各军节节进逼，猛烈尾追，敌占据峄县附近之獐山、九山及税郭等坚固围塞，凭有利地形困守待援”【74】。这时，蒋介石一面电令国民政府军加紧追击，歼灭残敌。“以乘胜之军更加主力部队追援绝溃惫之寇，不急限期歼灭，一旦敌援赶至，死灰复燃，是无异隳已成之功而自贻将来之患。万望激励将士，努力进攻，一面分途堵击，务于一二日内将残寇全数歼除。庶敌兵再至，我更有以待之。”一面打算扩大台儿庄的战果，急调援军赴徐州，要同日寇在徐州附近“一决雌雄”。在一个月内，增援的部队有九个军、一个师，共达二十万人，加上第五战区的原来七个军和后来增加的三个集团军、一个军，总共兵力达六十多万。蒋介石又命令黄杰、桂永清、俞济时、宋希濂、李汉魂各军在豫东的归德、兰封一带。同时，又派白崇禧率领统帅部参谋团到徐州筹划防御战。
日寇在临沂和台儿庄吃了败仗后，深知徐州不可轻取，非调集重兵，自四面合围，断难打通津浦线。同时，日军大本营见我国大量军队云集在徐州地区，认为这是歼灭国民政府军队主力，挫伤抗战意志的大好机会，于是放弃“在八月底之前，暂不从事新作战为原则”【75】之规定，决定攻略徐州，捕捉击灭徐州附近的国民政府的军队。4月间，日寇自平、津、晋、绥、苏、皖一带增调十三个师团计三十多万人，分六路向徐州实行大包围。中日双方遂在徐州附近展开了激烈的争夺战。
从台儿庄战役结束至我军撤出徐州期间，蒋介石同前线将领的密电来往仍相当频繁。4月25日李宗仁致电蒋介石报告第六号作号令的全面步兵部署。26日蒋介石复电李宗仁表示：“部署适当，希坚决实施。”27日蒋介石再致电李宗仁说：“查第二期抗战开始以还，我各战区本运动战、游击战相配合，积小胜为大胜之最高原则，以攻为守指导作战，屡遏凶焰，挫彼顽敌，士气振奋，精神日旺，台儿庄胜利是表征。”并指出，虽然各军“伤亡之重均感痛苦”，然“部队在残缺苦战中亦不得稍堕志气放弃任务”，“此时若非以最后五分钟坚忍之精神难保已得之胜利”。
自4月初日军增援反攻至5月初，经国民政府军的顽强抵抗，整个鲁南战场呈现胶着状态。日军大本营为了解脱鲁南的困境，贯彻其夺取徐州打通南北交通线的计划，命令其华中派遣军于5月初发动对徐州的进攻。
国民政府军鉴于京沪战役的教训，“我方集大军数十万于徐州一带平原地区之内，正是敌方机械化部队和空军的最好对象。以我军的装备，只可相机利用地形有利条件，与敌人作运动战，若不自量力与敌人作大规模的阵地消耗战，必蹈京沪战场覆辙”。【76】于是1938年5月初旬，国民政府军队自徐州地区作有计划的撤退。5月11日，蒋介石致电汤恩伯说：“以缩短战线抽出多数部队整补之目的，已令李长官逐次向运河线转移阵地”，“对于转移阵地应秘密准备，逐次实行”。同时，蒋介石在日军荻洲师团攻陷蒙城，土肥原师团突破黄河天险攻陷菏泽之际，认为日军“不顾其兵力之不足及战略态势之不利，竟敢采用外线包围作战，其必遭我军之各个击破而自取败亡殆无疑问”。5月12日，蒋介石致电程潜、李宗仁等将领，希望他们“明察彼我孰权利害，鼓舞所部以旺胜企图心各向任务迈进，击灭当面之敌以寒寇胆而扬国威”。由于多方面的原因，尽管蒋介石积极调整部署，亦很难掌握战争主动权。“十三日我鲁南部队，为脱离目前之不利态势起见，十三日起整顿转移，于五月下旬我孙连仲、汤恩伯等部，各抵豫南鄂北指定地点。徐州则经刘汝明部剧烈抵抗后，亦于五月十九日放弃。”【77】5月22日，何应钦致电蒋介石说：“战区主力决定转进部署后，鲁南部队由孙指挥，仁等即南下率汤、廖两部拟突破包围，夹击肖、永之敌……”27日，蒋介石致电李宗仁说：“鲁南撤退各军整然，殊为欣慰。吾兄公忠体国，备著辛劳，至深怀念。希继续努力，完成复兴大业为盼。”28日，蒋介石致电韩德勤说：“徐州失陷，我军整然西撤，损失甚微。”
在国民政府军自徐州地区有计划地向西撤退时，蒋介石曾命令空军实施空中攻击，阻止日军对徐州地区国民政府军的迅速包围，确保徐州大军顺利向西南方转移。当日军华北方面军的一个师团向开封挺进，并企图截断开封附近之补给线时，蒋介石又亲莅郑州，指挥陆、空军联合作战，拦截围攻向西追击突进之日军。“我空军自五月十三日至五月二十五日，每日集中攻击，使其不能直趋商丘，有利我第五战区兵力之转进。”【78】
徐州会战虽以徐州的失陷而告终，但日军并没有完成其捕捉击灭徐州地区中国野战大军的战略任务。国民政府军虽有损失，但达成了诱致敌人主力于津浦路及赢得五个月（一月至五月）的时间的目的。5月31日，蒋介石致电军委会，借李品仙的电称，说及“徐州鏖战，原为持久之争，最后胜利，尚有待于将来”。6月3日，蒋介石在日记上说：“此次我军撤退愈速，敌进将更迟缓。在长期战争中，不可以一时之进退定其胜败，战略之撤退，如能达到预期之结果，即胜利也。”徐州最后是失守了，但就徐州会战来说，仍有一定的意义。在整场会战中，国民政府军一直发挥了“诱敌深入”的战略战术。最初日军采取分进合击的战术，被我张、庞两军破之于临沂；接着采取中央突破战术，又被孙、汤两军败之于台儿庄；最后日军大本营以华北、华中两派遣军采取大包围的战术，妄图歼灭我国军队于徐州地区，结果国民政府军击破突围、化整为零，乘隙向西南转进，日军企图包围我鲁南大军的计划，终成泡影。
从徐州会战的整个经过看，蒋介石具体地指导了这次战役。徐州会战可谓充分体现了蒋介石在战初确定的“以空间争取时间的战略计划”。
在这次战役中，虽然有个别高级将领擅离职守，表现恶劣，但广大的爱国官兵仍发扬了大无畏的、视死如归的精神。在文中提到的那次座谈会上，营副胡俭峰说：“我们这次打仗，大家有一个信心，就是敌人的大炮飞机，不及咱们刺刀手榴弹厉害！只要他打不死我，咱们总有办法结果他们。这次，咱们的刺刀、手榴弹，只用得二分之一，已把敌人打跑了。”营长禹功魁说：“我带了第九连的士兵，守在城里，敌人的排炮打来，往往一炮，轰掉了我们一班人。可是一班人完了，第二班自会毫不迟疑地上前去，士兵皆视死如归。我们在酣热的巷战中，什么生死全忘记了，只觉得杀敌人杀得浑身痛快！”军医处长说：“十个伤兵，有九个不愿意下来……每一个士兵都要拿来一颗炸弹，去拼掉敌人坦克车，不问这种事能不能做，但他们的勇气是可佩的！”
平汉沿线和晋南的战斗。在平汉线上，日军在津浦线屡遭顿挫。师久无功之后，于是在平汉线上开始积极行动，力图发展。1938年2月8日，日军十四师团土肥原部以其主力（约三个联队附炮及坦克车各三四十辆），在二十多架飞机掩护下，向宝莲寺阵地猛犯。国民党万福麟军及高树勋部奋勇抵抗，激战四日，结果因阵地工事全被摧毁，部队伤亡过多，于11日全线阵地被日军突破，转进至淇河以西高地，继续抗战。同时，宋哲元军与正面日军相持数日，汲县阵地被敌突破后，于15日向新乡附近之国防工事线转进。虽然18日新乡失守，但宋部在向西转进时，逐次抵抗，阻止了日军西进，确保太行山脉及晋东南部各要道，掩护了第二战区的右翼。在晋南，日军在津浦路战事不利，乃改变计划，企图以主力略取晋南，先完成其占据黄河以北的目的。日军以第一军由东阳关、博爱二路西进，以威胁临汾，以第三军循同浦路及西侧南犯，迫国民党部队退出晋南。“自二月中旬接触以来，我朱德所部与敌一零八师及伪满蒙军两三千在东阳关血战三昼，敌我伤亡均重，卒因敌派队向左翼迂回，我后援未继，终至不守。”【79】卫立煌部、傅作义部也各自进行了作战，整个晋南的战局陷于“混战状态”，国民党军队“不以扼守城镇为目的，完全分散于山地，以运动战歼敌”。【80】
在东战场上杭州及杭富附近的战斗和芜湖湾沚附近的战斗情况是这样的：1937年12月下旬，日军自占南京后为控制沪杭铁路，续犯杭州，国民党刘建绪部虽有壮烈之抵抗，但杭州卒于24日被陷。向广德、宣城、芜湖进犯的日军，也于11月30日占广德，12月8日占宣城，9日占芜湖。1938年1月中旬，日军企图贯通津浦，将江南主力转用于埠、淮，仅留一部于杭州、富阳、余杭、吴兴、长兴、宣城、芜湖等处及铁路各要点。国民党军队乘机出击，深入日军之后方予以打击。杭富一带被第十集团军各游击队袭击包围，日军固守城垣，不敢轻动。2月6日，余杭一度被国民党军克复。13日，第二十三集团军独立第十四旅一度克复宣芜间之湾沚。16日，宜兴、溧阳也一度被第十九集团军第六十师克复。
从徐州失守到武汉失守这一阶段，在长江方面有武汉会战，在南战场有大亚湾登陆及广州失守，在东战场、北战场也发生一系列战斗。
在长江方面发生的武汉会战是这样的：
在武汉会战前，发生了一桩“花园口决堤”事件。在徐州的部队撤退时，蒋介石在郑州指挥归德的第一战区。前敌总司令薛岳率黄杰的第八军、李汉魂的第六十四军、俞济时的第七十四军、孙桐萱的第三集团军、新编第三十五师及八十八师的二六四旅和宋希濂（当时已由荣誉第一师师长调任七十一军军长）的两股部队来牵制日军土肥原师团，让徐州的部队安全撤退到皖西和豫南。徐州失守后，蒋介石于5月25日从郑州前线乘车回到武汉。日军推进到徐州之后，下一个目标是武汉和广州。日军在攻占南京后，“就开始研究了攻占汉口作战和为切断补给线路的攻占广东作战，但根据昭和十三年（1938年）初的战面不扩大方针，此项研究形成中止状态。随着进行徐州作战的决定，大本营陆军部预期向攻占汉口作战转移。在进行这一研究的时候，连徐州会战也是以此意图而进行作战指导的。在与汉口作战有关问题上，大本营陆军部就以下意见进行了讨论，攻占汉口和攻占广东同时进行呢，还是在本年内限于进行广东作战，汉口作战放在明年以后进行。然而由于考虑到，当发生对苏作战时的兵力运用问题和船舶资料的不足等原因，而在5月底决定了在今年秋季进行汉口作战，接着就进行广东作战的方针”。【81】当时日军进攻武汉的作战设想是这样的：“当初，计划以一个军沿京汉线南下，一个军沿扬子江进攻，但由于考虑到沿京汉线作战，及该方面敌情等缘故，需要很大兵力，而且华北治安不良，抽调兵力也有困难。因此，这一计划被推翻。改变计划决定以主力军沿淮河进攻大别山北面地区，以一个军沿扬子江进攻。”【82】面临日军进犯的态势，一面为了避免国民党军队同日军在豫东平原上交战，一面为了阻止日军由津浦路西进，第一战区长官部向蒋介石建议，利用黄河伏汛期间，掘开河堤，造成平汉路以东地区的泛滥。6月4日，国民党军队在中牟县境的赵口掘堤，由于水流不畅，日军已占开封，情势危急。7日晚，改在花园口掘堤，9日上午9时掘开了缺口，冲出的河水在10时以后就逐渐增多，缺口愈冲愈大，黄河主流就蔓延了，淹没了河南、安徽，江苏三省的广大土地，受灾人口达一千万以上，死亡九十万，财产损失难以计数，并且造成了以后连年灾荒的黄泛区。当然，不可否认，这在战略上有一定的作用，李宗仁就认为：“六月九日因黄河花园口的河堤被炸，黄河东南汛区顿成一片泽国，敌方辎重弹药损失甚大，敌军沿陇海线两侧西进的计划遂被我统帅部完全粉碎。”【83】日军也认为：“6月12日的黄河决口，使得淮河泛滥，作战军主力若利用淮河水运前进实为困难，因而确定主力沿扬子江前进。为了增加华中派遣军的兵站部队，大本营从华北方面抽出相当数量的兵站部队，自6月中旬起派到华中各地。由于河水泛滥，津浦沿线的交通网（铁路、道路）被破坏，给兵力移动带来障碍。”【84】但是，这一举动，不仅本身对日军作战意图估计错误（日军早已否定沿京汉线南下的打法），而且完全置人民死活而不顾。
自国民党政府迁到重庆，武汉就成为战时的军事和政治中心。1938年1月，陈诚当了武汉卫戍总司令，负责守卫这个战略要地。面对日军的进犯战略意图，国民党军事委员会在6月中旬策定了保卫武汉的作战计划，规定作战的指导方针是：守备华南海岸及华东、华北现阵地，并积极发展游击战争，妨碍长江下游的航运，牵制和消耗敌人；另外支援马当要塞，在鄱阳湖以东迎战敌人，阻止他们溯江攻九江；在武汉外围布置主力军，利用鄱阳湖及大别山的地障与长江两岸的丘陵湖沼作持久战，特别把重点放在外翼，争取行动上的自由。预期可与日军的主力作战4至6个月，消耗敌人，粉碎他们的继续攻势。当时保卫武汉的军事部署是这样的：第一部分是守黄河的，第一战区用一部分兵力防守黄河及在豫东、鲁西和豫北游击，把主力用在确山、汜水之线，置重点于禹县附近，相机转移攻势，并用一部分兵力在前方诸要点迟滞敌人；但须另有一部分兵办集结在泌阳附近，作为战区预备队。第二部分是阻敌西进的，第五战区在逐次抵抗后，淮北兵团集结在商城附近，准备侧击向西南突进的敌人；淮南兵团派一部分兵力集结在舒城、桐城、霍山、六安等地，阻止向西进攻的敌人；另派一部分兵力固守安庆、无为、庐江等地，准备侧击沿长江西进的敌人。无论情况如何变化，均须确保大别山根据地和苏北，并向津浦路南段游击。第三部分是江防的，第三战区应速整备江防。尤其在东流和马当间备战，阻止敌人登陆，或援助安庆方面的战事。派地方团队及民伕在杭甬与浙赣两铁路、杭徽及京赣各公路附近构筑工事，同时在上述各交通线上集结适当兵力，随时攻击敌人。第四部分是城防的，武汉卫戍总司令部把主力放在广济、平靖关之线的主阵地上，置重点于武胜关、麻城和广济各公路附近，相机转移攻势；并派一部分兵力在信阳、罗山、宿松各要点与第五战区协力消耗敌人。第一兵团总司令薛岳部的六个师担任江防，置重兵于马当，逼迫敌人的主力在鄱阳湖以东作战。武汉城防用八个师。第五部分是守平汉路的，豫鄂边区总司令汤恩伯部在随县、襄樊、南阳间地区集结，准备侧击由平汉路南下的敌人，帮助武汉卫戍总司令部作战。敌人如由陇海路南向西或向西南突进时，则派有力的部队协助第一战区作战。此外，空军集中在汉口及南昌机场，昼夜轰炸长江中的敌舰，并袭南京、芜湖、安庆一带沿江的日军飞机场。海军防守马当、湖口、田家镇、葛店等沿江要塞，适时布放机雷与漂雷，防止敌舰西进。当时，中国从海外买到了飞机一百余架，炮（轻榴弹炮、野炮、高射炮、战车防御炮）一百余门，正在庐山、幕阜山、大别山各要隘及武汉附近构筑纵深工事。当时，日军纠集十二个师团，配合海军陆战队及飞机五百余架，分四路进犯武汉。其在江南者，一路沿南浔路南进，一路沿瑞武路西进；其在江北者，一路沿长江北岸迳扑汉口，一路沿大别山北麓，进犯信阳，另以舰队溯江而上，到处登陆。
1938年2月18日和4月29日，武汉上空发生了激烈的空战，苏联造的CB轰炸机、E15和E16逐驱机发挥了很大的作用，第一次打下日机十四架，第二次打下日机二十一架。6月14日，蒋介石命令编组第九战区，派陈诚为司令长官仍兼武汉卫戍总司令。7月13日，蒋介石下令重行区分作战地区，长江北岸改属第五战区，武汉及长江以南属第九战区。18日，蒋介石接见英国《每日先驱报》驻华记者史诺，回答史诺提出的问题。蒋介石说：“武汉必能坚守，而日军后方，因中国游击部队日益活跃之故，则将变为前线。”又说：“纵令武汉将来有不能守之一日，殊亦无损于抗战之毫末；中国之目的，固在长期作战以消耗敌人力量，而获得最后胜利，相信保卫武汉之战，必使敌人遭受重大之损失也。”22日，日军在鄱阳湖滨的姑塘登陆，揭开了武汉外围的战幕。25日，日军在九江登陆。26日和29日，蒋介石在日记中说：“余对防守武汉，决不作无谓之牺牲，必须保持相当兵力，待机应用，以作最后胜利之基础。”“此次保卫武汉战略，当取韧性，无论攻守进退，皆可立于自动地位，而决不致陷于被动形势也。”31日，蒋介石召开保卫武汉的各部队官长会议，在会上作了长篇训话。一开头，他就说：“此次保卫武汉的战役，乃是我们国家前途和整个抗战局势最重要最紧急的关头，其成败得失，内则关系我抗战前途和国家民族的安危，外则足以影响国际的局势，实在是关系重大的一件大事。”蒋介石认为之所以要保卫武汉，第一，“武汉居长江上游，为天下之中，无论我们要控制东南和华北敌人，规复已失的领土，或保持内部与西北的联络，巩固后方的安全，我们都必须保卫武汉，固守武汉”。第二，武汉为“全国交通的总枢”，为确保南北两战场的联系，便于兵员、弹械、粮秣的接应和兵力指挥运用的灵活起见，必须保卫武汉，固守武汉。第三，武汉为“全国军事政治经济文化的中心”，亦为事实上的首都，必须尽力保卫，抵死固守。第四，辛亥以来，武汉是革命的中心重镇，为中华民国的诞生地，为确保历史的光荣，效法当年革命先烈光复武汉的革命精神，确保武汉的安全。接着，蒋介石又分析了日本的国际危机和日军进犯武汉的弱点，对与会的各部队长官提出了保卫武汉与争取最后胜利应有的决心和精神：第一，高级将领应抱定必死的决心，誓与武汉共存亡；第二，高级长官应始终不离部队，誓与士兵共患难同生死；第三，高级将领应有坚决的企图心，虽天崩地裂，此志不移，誓死求其贯彻。最后，蒋介石对与会的将领说：“现在全国乃至全世界的视线，都集中在武汉，大家都密切注视保卫武汉战争的开展，各位此次奉令率部守卫武汉，职责异常艰巨，使命格外重大，今后武汉的存亡，整个抗战的胜败，要由你们负起全责。”“我们一定要藉此一战，将寇军主力歼灭于我阵地之前，这样，才算达成我们的任务，才对得起总理和一般革命先烈在天之灵。”在会上，蒋介石宣布处决马当失陷之罪责者第一六七师师长薛蔚英，并将该师解散。不能说这次会一无作用，会后各将领在驻地抵抗日军进犯，打得十分激烈。在长江北岸，第五战区的部队节节抵抗日军进犯。1938年6月中旬，日军以海陆空联合，猛攻安庆，国民党守军杨森部，因兵力分散，遂被攻陷，相继放弃潜山、太湖、宿松、黄梅，日军豕突猛进。国民党军利用有利地形，增加援兵，于8月底，克复潜、太、宿各地，截断日军之后方，毙敌甚多。这时日军变更联络线于江岸，且于黄梅集有步兵约二师团，炮兵四联队，战车七八十辆，并在小池口（九江北岸）筑有机场，停有飞机七八十架，于9月1日，分三路进犯，经国民党刘汝明、覃连芳、王缵绪各部抵抗，激战数日，日军施放毒气数十次，且广济盆地地形不利，遂移于广济以西之界岭南北之线。尔后日军复转攻田家镇要塞阵地，国民党守军与日军鏖战逾旬，张义纯、萧之楚、何知重军，向日军侧背猛攻，形成夹击歼敌之势，但由于田家镇南岸要塞失陷，日军以另一部由水道登陆，猛袭北岸要塞之侧背，9月28日，田家镇失陷。另外，日军在合肥集结五万兵力，分三路向六安、霍山进犯，与于学忠、冯治安部激战。这两地失陷后，日军又以十三师团继续南犯，与国民党军队在富金山激战一周之久。富金山失陷后，日军十三师团及十师团之濑谷支队，于9月16日复陷商城。此后日军十三师团及十六师团向南转进，在沙窝一带，与孙连仲、宋希濂等部，激战至武汉撤退时为止。日军第十师团及伪军刘桂堂部，继续西犯，与张自忠军激战于春和附近，以众寡悬殊，乃转进于潢川，又与日军激战一周，而放弃潢川。日军再进，与陈鼎勋军激战，再陷罗山，进至栏杆铺，遭胡宗南部迎击，退入罗山城。日军第三师团长率部增援，胡宗南部伤亡过众，乃渐向西移，10月12日放弃信阳韦云淞、孙桐萱所部，则扼守武胜关一带，阻敌南进。最后，因武汉转进计划业已策定，所有第五战区部队，除留置有力之数部于大别山脉任游击外，其余均陆续转进平汉线以西。在长江南岸，第九战区的部队也节节抵抗日军进犯。九江失陷后，国民党李汉魂、李玉堂、李觉、王敬久各军转进于南昌铺沙河之线，嗣后与日军一0六师团相持达一月之久。8月10日，日军另一部由瑞昌东北之港口登陆，与孙桐萱部激战两星期。24日瑞昌失陷。8月20日，日军一0一师团配合海陆战队进攻星子，前后三个月，经叶肇、王敬久、陈安宝各军抵抗，一0一师团消耗殆尽。9月1日，日军第九师团一部，乘王陵基部部署未定，突破王部阵地，沿瑞德公路窜扰南浔路之马回岭，经黄维，俞济时军截击，日军南下德安之策遂失效。日军新到之第二十七师团企图攻下武宁，以威胁德安，先后在麒麟峰、张古山、万家岭一带，经薛岳兵团各部所阻止并歼灭其迂回部队四个联队。日军第九师团由瑞昌攻马头镇、富池口要塞，经汤恩伯集团猛烈抵抗，消耗其半数，但在军舰、炮兵及空军援助下，并频施毒气，马头镇、富池口先后失陷，汤部继在富河南岸滞日军西进。张发奎兵团在阳新、大冶及半壁山、黄颡口、石灰窑、黄石港一带任江防及湖防之守备，屡予日军以重创。最后阳新、大冶先后失陷。日军继而分三路前进，企图截断粤汉线，围攻武汉。
在长江南北岸展开激烈的战斗期间，8月21日，蒋介石对伦敦《每日捷报》驻华访员任金生发表谈话，说：“扬子江阵线之一，不久即将展开剧战；此战将为大决战，吾人深信必能获得较四月间台儿庄一役更大之胜利。日军自欺欺人，妄以为攻下汉口，战争即可结束，须知即使汉口失陷，必不较去岁南京之失陷更可挫破中国之抗战，何况吾人深信汉口必不致失陷也。日军之困难，与日俱增，吾人将使其一败涂地。”还说：“战事愈展开，流动之游击部队将愈占重要之地位。在未来保卫武汉之大决战中，游击队将必有巨大之贡献。”27日，蒋介石召开了部队将领会议，听取了几位师长的报告，然后发表了《保卫武汉的责任和要务》的长篇演说。在演说中列了七件事：一是关于兵力配备和工事改良，应按照此次总检阅报告重新部署，切实改行；二是各高级军事机关应指导并协同武汉卫戍司令部负责办理保卫武汉一切准备事宜；三是阵地工事应切实改进，逐日加强，尤应多筑伪装及掩蔽部；四是军政部应于两周以内将保卫武汉各部队所缺人员与器材等补充完竣；五是各防区部队应切实组织民众训练民众，对于一切物材并应调查统计，充分利用；六是战时各部队的联络和一切辅助通讯方法，应切实研究熟练，及早充分准备；七是各种报告务求数字精确实在，戒除含糊笼统的恶习。末了，蒋介石又说：“最重要的一点就是武汉现在已成了我们抗战革命最重要的根据地，也是全世界视听所集中之点；武汉如能固守，即是我们最后胜利的开始，武汉若有疏失，就要使抗战前途加重不知多少倍的困难。武汉的得失直接关系于整个抗战的胜败和国家民族的生死存亡，因此，我们一定要拼死固守，誓必保卫到底！”但是，战局的发展，远非蒋介石所愿，虽然节节抵抗，但也节节败退。日军为了策应武汉会战，并谋切断我国国际联络起见，乃于台湾集结部队约四万余人，于1938年10月12日在海南大亚湾之澳头附近，用军舰数十艘及飞机百余架掩护，强行登陆，国民党守备部队兵力薄弱，无法拒止，日军先后攻陷淡水、惠阳、博罗、增城、石龙等地，猛扑广州，10月21日广州失陷。广州失守使粤汉路的战略价值产生了变化，蒋介石认为：“此时武汉地位已失重要性，如勉强保持，则最后必失，不如决心自动放弃，保全若干力量，以为持久抗战与最后胜利之根基。”【85】又说：“自敌人侵粤以后，粤汉交通既被截断，则武汉在一般局势上之重要性显已减轻。”
10月25日，日军开始进攻葛店，武汉附近发生激战。就在这一天，蒋介石离开武汉飞往湖南衡阳北面的南岳，国民党部队也开始从武汉撤退。蒋介石命令“将凡有可能被敌军利用之虞的设施均予破坏”。这样，武汉燃烧了两天。31日，蒋介石发表《为国军退出武汉告全国国民书》，主要是说明保卫武汉是对的，撤出武汉也是对的。他说：“保卫武汉之军事，其主要意义原在于阻滞敌军西进，消耗敌军实力，准备后方交通，运输必要武器，迁移我东南与中部之工业，以进行西南之建设。盖惟西北西南交通经济建设之发展，始为长期抗战，与建国工作坚实之基础，我惟西北西南交通路线开辟完竣，而后我抗战实力及经济建设所需之物质，始得充实而供给不虞其缺乏。今者我中部及东南之人力物力多已移植于西部诸省，西部之开发与交通建设，已达初步基础。此后抗战，乃可实施全面之战争，而不争区区之点线。同时我武汉外围五月之苦战恶斗，已予敌人莫大之打击，而树立我民族复兴之自信心，与发扬我军攻守战斗再接再厉之新精神。故我守卫武汉之任务已毕，目的已达。”又说：“此次兵力之转移，不仅我国积极进取转守为攻之转机，且为彻底抗战转败为胜之枢纽，决不可误认为战争之失利与退却。盖抗战军事胜负之关键，不在武汉一地之得失，而在保持我继续抗战持久之力量。”末了，蒋介石说：“自今伊始，必须更哀戚，更坚忍，更踏实，更刻苦，更勇猛奋进以致力于全面之战争与抗战根据地之充实，而造成最后之胜利。”
武汉会战从1938年6月12日日军在安庆登陆起，至10月25日日军占领武汉为止，历时四个半月，大小战斗数十次。武汉会战是抗日战争中中日双方投入兵力最多、延续时间最长的一次战役。会战在武汉外围长江两岸皖、豫、赣、鄂四省广大地区进行。由第九战区（司令长官陈诚）和第五战区（司令长官李宗仁）联合实施，蒋介石驻守武汉亲自指挥。中国方面，先后参战的共有十四个集团军共一百二十九个师及四十余艘舰艇，共约一百一十万人，另有一百余架飞机。日本方面，其所使用的十二个师团补充了五六次，兵员死伤在二十万人上，空军和海军亦受重大损失。
武汉最后是失守了，但日军占领的仅是一座空城。一方面，早在战役期间，蒋介石已下令疏散武汉人口。8月7日，蒋介石曾下令在本月15日前撤出居民五十万。另一方面，蒋介石既鼓励将士们誓死保卫武汉，同时又根据会战的实际情况适时调整部署，及早安排撤退计划。日军在大亚湾登陆后不久，蒋介石便电令陈诚适时转移兵力。蒋在10月17日致陈诚的电文中说：“九区应乘敌一意向武汉突进之际，在可能范围内集结有力部队，由南向北反攻。至少予敌以打击，获得兵力转移时间，及将来作战地步为要。”10月19日，蒋介石密电李宗仁说：“第五、第九两战区应转移兵力，在后方者，可照14·16令一元代电如期行动，惟前线兵力须尽量维持现在态势，至下星期二日（即本月二十五日）再行候令转移。”10月24日，蒋介石又致电李宗仁说：“黄陂必须尽力固守，使左右前后各部队得以如计转进，务请切实指派第五路军最精良部队负责布防，千万勿误。”至25日日军占领武汉时，国民政府军各部已遵照计划，顺利转进，敌欲破坏我抗战中心区之目的终未达成。
武汉会战结束后，蒋介石在11月9日致电陈诚、李仙洲、汤恩伯、关麟征等将领说：“敌人广播称：此次我军退出新店镇、崇阳时，不特枪弹遗弃，即碗筷亦多失落，种种狼狈情形，资为笑谈”，因为“放弃武汉原为预定计划”。同时，蒋介石对擅退不奉命之部队提出严厉警告，并决定具体惩办。他在电文中说：“进至武汉之敌，已极疲惫不堪，南犯之敌不多，而我该方面部队竟不审敌之兵力，我有多数军队，不知筹划使用，有良好地形，不知利用防守，只图逃命溃走，不仅无耻，无以对年余抗战中牺牲诸先烈，且完全丧失革命军之精神，此后应力挽颓风，凡无令擅退，不论各级官长，均照连坐法严厉执行，并着陈长官查明此次从新店镇、崇阳狼狈撤退部队具报，以凭核办。”
历时四个半月的武汉会战，为完成我国抗日大军的战略转移，和西南大后方的部署赢得了时间，从而为坚持长期抗战打下了基础。至此，抗日战争的第一阶段告一段落。
除长江方面的武汉会战外，在南战场如上所述有日军在大亚湾登陆及广州失陷，国民党余汉谋集团乃转移至清远、横石、良口圩迄新丰之线，阻止当面日军，一面整顿态势，准备尔后之作战。陈耀枢两旅留在惠、淡、虎、宝地区，牵制日军后方，正面各军即对日军施行袭击，11月24日克复从化，12月9日、10日两天相继克复惠阳、博罗、宝安。日军因正面过大，处处受威胁，乃放弃大亚湾方面之联络路线，将其主力退集广州附近，凭险固守。在东战场上，刘建绪部在沪杭，上官云相部在京杭，唐式遵部在江南铁路沿线及沿江岸，各自开展游击，颇为活跃，一度克复富阳、溧阳、宜兴、当涂、宝城等处，又先后克复海宁、海盐、安吉各县城，且随时对日军后方联络补给线及伪军以重大破坏与威胁。在北战场上，在津浦及平汉沿线开展游击战争。津浦路北段国民党石友三部配合地方游击队，南段韩德勤部，分别扰袭日军后方，历次予日军以甚大之打击，日军深沟高垒，莫敢越雷池一步。在平汉线，黄河决堤后洪流南泻，豫东日军第十六师团转移于长江方面，第十四师团主力转移于道清路沿线。国民党军队也先后向浙、鄂、赣方面转移参加武汉会战。此时，日军虽在豫省大河南北兵力不大，但国民党军队也均已他调，故无大规模之积极行动，仅一面策应晋南方面八路军作战，一面发动游击战。日军在豫、鲁境内，除占领少数据点外，别无发展，且无时无地不受游击队之攻击，不仅被占领区域内伪组织不能实现，国民政府的政令之推行仍能普遍于各地。在山西，国民党军队扫荡晋南三角地带的日军，在歼敌两万人以后，将第十二师团残部围困在曲沃、侯马、新绛、闻喜、运城各城镇，外援断绝，仅待飞机运送弹药。徐州会战结束后，日军抽在豫东北的第十四师团、第一0八师团及第四混成旅团，分三路入晋，希解曲沃之围。盘踞晋南各要点之第二十师团得到补充后，其一部自8月15日起分三路向永济进犯。于是，这—带出现激烈的战斗。华北日军，企图肃清晋察冀边区，于9月下旬会合各路日军五万余人，飞机数十架，围攻晋察冀边区，国民党军队以一部固守边内各据点，另一部撤出包围线，配合平绥、平汉、正太、同浦等线各部队，分袭日军之后方，使日军围攻计划遂告失败。
三、武汉失守后又打了哪几仗？
武汉失守以后，日本对中国的情况的判断是：“武汉攻略后，中国将利用其残存之西部数省，努力恢复其战斗力，重新开设补给路线，继续实行坚强之抗战，以图挽回颓势。如仍寻求中国军之弱点，再行进击，或局部夺取战略要点，则不但不能打击中国军，且劳而无功，徒被其吸引兵力而已，故目下仅依进攻作战决难解决事变。今后应重视政略的进攻，培植并加强新政权，使国民政府趋于没落，始克有效。然对被压缩中之国民政府如有放任不欲，则仍为重大之祸根，必贻后患，故仍须适宜促使其崩溃。因之，有实行一部作战之必要。”根据上述判断，日本制定了《日本陆军作战指导要纲》，其中说：“确保占领地域，促进其安定，以坚强长期围攻态势，努力制压残存之抗日势力，使其衰亡。”这就是日本在占领武汉以后，对蒋介石采取的以政治诱降为主，以军事打击为辅的侵华政策。
武汉失陷后，国民党政府的军政部门迁到长沙。11月初，第九战区司令部在长沙举行高级军事会议，检讨武汉作战的经过。会后，军政重心又暂时移到衡山。日军攻陷武汉后，一部沿粤汉路南下，10月11日攻陷岳阳。12日，蒋介石电令湖南主席张治中：“长沙如失陷，务将全城焚毁，望事前妥密准备，勿误！”同时蒋介石还不放心，要侍从室副主任林蔚给张治中打电话：“我们对长沙要用焦土政策。”当时张治中十分矛盾，1959年1月7日张治中在给郭沫若的信中说：“当时我的心情是非常激动不安的。上年来的工作，使我对湖南人民产生了深厚的感情，我怎忍使长沙人民的生命财产付之一炬？所以思潮起伏，矛盾苦闷达到极点。但是不执行是不行的。蒋当时是最高统帅，我是省主席，理应服从命令。所以我只好照办，将电令交给长沙警备司令部酆悌执行。”酆悌据令在12日深夜派出三百余人纵火焚烧长沙。大火延续了三天三夜，烧毁了长沙城，烧死了两万余入。长沙大火激起了极大的民愤，蒋介石以酆悌、徐昆、文重宗三人作替罪羊，将他们枪毙。
岳阳失守以后，蒋介石认为抗战第二期开始了。对第二期抗战概况，陈诚曾作了这样的叙述，他说：“在抗战第一期各战役中，敌既未能歼灭我野战军，达到速战速决之目的，自武汉会战后，我军已转入山岳地带，地形复杂，交通不便，敌机动能力大为减削，且联络线延长，兼受我游击队之袭击，补给运输益感困难，既因其自身已达战略顶点，无法前进，不能不改为战略守势。更因我作战指导之适切，敌虽欲以战术攻势打击我军，亦不可能。乃不得不改弦更张，实施以战养战，一面扫荡我沦陷区游击根据地，一面经常抽调兵力流窜，以攻为守，而我之作战指导，则为策动敌后游击，化敌后方为前方，同时发动局部攻势或反击，以加大敌之消耗，而抽调部队积极整训，加强战力，以为反攻之准备。迄太平洋战争爆发，敌战术攻势，并因其南进而改变，我则以游击消耗战，施行持久攻击，不断打击敌军，牵制其大部兵力。国军为抵制敌之战术攻势，曾创一以劣势装备抵抗强敌之典型法，即阻绝前地交通，改变地形，延长敌后联络线，逐次消耗之，然后依正面之强韧抵抗，转移主力于两翼，围歼敌人于顾其之地点；所有自二十八年至三十二年之历次会战，皆依此而获得极大之战果。自三十三年以来，盟军在太平洋上之攻势，逐渐加强，敌海运威胁日形增大，我驻印军，以打通滇缅路之目的，横断缅北原始森林，对敌展开攻势；滇西远征军亦西渡怒江，策应缅北作战，着着胜利。于是敌为打通其所谓大陆交通线，从事最后之挣扎，于是豫中、长衡、桂柳诸会战相继发生，且进窥黔桂，此时本不难调回缅北劲旅，以挽颓势，只因滇缅路之打通，仅功亏一篑，乃毅然贯彻缅北作战计划，未为所牵动，三十四年一月，滇缅路卒告打通，我反攻之气势乃起，迄五月间，实行局部反攻，进展顺利，正于七月问，谋配合盟邦行全面反攻，而敌于八月十日宣告无条件投降，抗战乃光荣胜利。”【86】陈诚又对第二期抗战分为三个阶段，即第一阶段自武汉会战后至1940年3月止；第二阶段自1940年3月至太平洋战争爆发止；第三阶段自太平洋战争爆发至胜利止。
自武汉失守后，1938年11月25日至28日，蒋介石在湖南南岳召开了军事会议，第三、第九两个战区的总司令、军团长、军长、师长等百余人参加。蒋介石主持开幕式并作长篇讲话。他说：“自从去年七月七日我们和敌人开战，直到现在，已经十七个月了；从卢沟桥事变起到武汉退军岳州沦陷为止，这是我们抗战第一时期。”“从今以后的战争，才是第二时期。”又说：“在第一期战斗过程中，从军事上说，我们虽然失了许多土地，死伤了许多同胞，就一时的进退看，表面上我们是失败，但从整个长期的战局上说，在精神上，我们不但没有失败而且是完全成功。”“第二期抗战，就是我们转守为攻转败为胜的时期。”他还指出这次南岳军事会议的目的：“就是希望各位将领要本着我们自己对于一般先烈与已死官兵所应有的责任心，以及我们对于国家民族和主义所应尽的责任，殚精竭虑，集思广益，看如何才能求得一个以后作战可操必胜的具体方案。然后，以万众一心协同一致的精神，彻底实施，以完成我们第二期抗战的使命。”接着，蒋介石大谈曾国藩在被太平军打得大败之后如何振兴湘军，转败为胜，要与会者学习曾国藩的精神。此外，蒋介石还有多次讲话。尽管他竭力为国民党军队的败退进行种种辩解，但仍无法掩盖其将领指挥无能、临阵脱逃的事实，不得不承认日军在杭州湾登陆、南京失败、马当要塞失守及日军在大亚湾登陆等，是“统帅职责所在，实不能辞其责”。他还列举了国民党军队的“耻辱”，即：阵亡官兵，多暴尸疆场；士兵逃亡，不能防止；军行所至，民众逃避；谎报军情，不负责任；不能贯彻命令与达成任务；不能抽调部队机动使用，躲避命令，规避责任等等。这些都是国民党军队阶级本能的反映。蒋介石虽然在会上提出“整理军队、建立军队”的任务，指出今后抗战建国必须以“建军为中心”，要求分三期轮流整训全国军队，但在以后的实践中无济于事，根本无法改变国民党军队的状况。
这次会议根据已经变动了的战场态势，重新划分了战区：
第一战区，司令长官卫立煌，辖区为豫境及安徽之一部，兵力有十二个步兵师，一个步兵旅，一个骑兵师，一个骑兵旅，其他特种部队在外，具体的有孙连仲的第二集团军（下辖第三十军、第四十二军、第六十八军），孔桐萱的第三集团军（下辖第十二军），战区直辖第四军和第七十六军。
第二战区，司令长官阎锡山，辖区为山西及陕西之一部，兵力有三十二个步兵师，十四个步兵旅，五个骑兵师，三个骑兵旅，其他特种及地方部队在外，具体的有卫立煌兼任总司令的第十四集团军（下辖第十四军、第九十三军、第九十八军），孙蔚如的第四集团军（下辖第三十八军、第九十六军、第四十七军），曾万钟的第五集团军（下辖第三军、第一十五军、第十七军），杨爱源的第六集团军（下辖第六十一军、第十九军、骑一军），傅作义的第七集团军（下辖新一军、第二十二军、第三十五军、东北挺进军），朱德的第十八集团军，战区直辖第九军、第七十一师、第六十六师、暂一师、暂二师。
第三战区，司令长官顾祝同，辖区为苏南皖南浙闽，兵力有二十二个步兵师，两个步兵旅，其他特种部队在外，具体的有陈仪的第二十五集团军（下辖第一00军、第二十八师），刘建绪的第十集团军（下辖第二十八军、第九十一军），上官云相的第三十二集团军（下辖第二十五军、第二十九军、第六十七师），唐式遵的第二十三集团军（下辖第二十一军，第五十军），战区直辖叶挺的新四军。
第四战区，司令长官张发奎，辖区为两广方面，兵力有十八个步兵师，两个步兵独立旅，其他特种部队在外，具体的有吴奇伟的第九集团军（下辖第六十五军、第四一军），余汉谋的第十二集团军（下辖第六十二军、第六十三军、第六十六军、第八十三军），夏威的第十六个集团军（下辖第六十四军）。
第五战区，司令长官李宗仁，辖区为皖西鄂北豫南方面，兵力有二十六个步兵师，一个骑兵师，一师骑兵旅，其他特种及保安部队在外，具体的有廖磊的豫鄂皖边区游击总队（下辖第七军、第四十八军），张自忠的第三十三集团军（下辖第五十五军、第五十九军、第七军），李品仙的第二集团军（下辖第八十四军、第三十九军），孙震的第二十二集团军（下辖第四十一军、第四十五军），王钻绪的第二十九集团军（下辖第四十四军）。
第八战区，司令长官朱绍良，辖区为甘宁青及绥远方面，兵力有六个步兵师，九个步兵旅，四个骑兵师，四个骑兵旅，其他特种及保安部队在外，具体的有马鸿宾的第十七集团军（下辖第八十一军、第一百六十八师），门炳岳的第七集团军（下辖骑兵第六军），战区直辖第八十军、第八十二军、骑五军、骑二军、新二军、第一百九十一师。
第九战区，司令长官陈诚，由薛岳代理，辖区为赣省一部鄂南（长江以南）及湘省，兵力有五十三个步兵师，其他特种及游击部队在外，具体的有罗卓英的第十九集团军（下辖第七十九军、第四十九军，第七十军、第七十八军、第三十二军），周碞的第三十一集团军（下辖第十三军、第十八军、第九十二军、第三十七军、第五十二军），樊松甫的湘鄂赣边区游击总队（下辖第八军、第七十三军），龙云的第一集团军（下辖第五十八军、新三军、第六十军），杨森的第二十七集团军（下辖第二十军），王陵基的第三十集团军（下辖第七十二军），商震的第二十集团军（下辖第五十四军、第五十三军、第八十七军），战区直辖第七十四军。
第十战区，司令长官蒋鼎文，辖区为陕西方面，兵力有九个步兵师，一个步兵旅，一个骑兵师，一个骑兵旅，其他特种及保安部队除外，具体的有蒋鼎文兼任总司令的第三十四集团军（下辖第二十七军，第九十军），战区直辖第十六军。
