国印最终定稿则是六年之后的事了，最后的国徽更简单——就是我们现在看到的熟悉的白头鹰。但在早期的委员会上，富兰克林、杰弗逊和亚当斯建议用E PlurJbus Unum——“万源归一”——作为美国的三个箴言之首，体现美国试验的多元性。上帝没有彻底消失。最终的国印反面（一美元钞票的反面左边），在尚未完成的金字塔上勾画了“神眼”和第二句箴言：Annuit Coeptis——“上帝（或神意）助我之奋斗”。
另外还有一句拉丁箴言：Novus Ordo Seclorum——“时代之新秩序”。
“上帝（或神意）助我之奋斗”这句箴言源自维吉尔，而不是来自《圣经》或者基督教的典籍。设计国印应该归功于议会秘书长查尔斯·汤姆森。汤姆森是个经典派，1782年，当他成功地向对他的设计持肯定态度的议会提出定稿时，他显然在最初使用一个特定宗教传统——也就是亚伯拉罕的上帝作为国家的上帝——想法的基础上更进了一步。
通过将眼睛加进去，并且在谈到上帝时，引用维吉尔在《农事诗》里的话（并且将反映《圣经》里《出埃及记》的场面全部删去），不直接用《圣经》内容来体现富兰克林创立的公共宗教，表现出先贤们尊重“在支持美利坚的斗争中，引入许多不同的神意的象征。”汤姆森写道。这样，被提及或为之祈祷的上帝，可以按各人自己的解释而定。那是一个很明智的妥协，这也是沿用杰弗逊在《独立宣言》中引用“自然的上帝”时制定的先例的结果。
从指定牧师、以祈祷作为议会开会的仪式，到宣布斋戒和感恩日，先贤们这些公开敬神的举动，使得今天的保守派认为，在政教之间的那堵墙是新近（世俗化较明显的二十世纪）建立的。然而，表现信仰（像立法院的祈祷）与利用某种法定宗教强迫他人服从，同时强迫政治、文化的道德观宗教化明显是两码事。在美国，政教之间的某种“墙”虽然不高但一直都在那里，或者说，至少自从最后一个州（马萨诸塞）于1833年废除官方教会起，就已建立了。鉴于大多数民众的确相信超自然的神力，而且鉴于对神力的召唤在早期美利坚民众的习俗和内心深处自然生长这些事实，要在公共生活中的各方面禁用“上帝”这个字眼，就像强令每个美国人每个星期天都必须到教堂做礼拜一样，都是不明智的做法。在公众场合中的宗教性表达，怎样才算恰如其分，其中有无数的过渡状态和微妙之处，我们是永远都无法将其理清的。上帝没有给我们一个简单的答案；我们也不应该指望他创造的世界会给我们一个简单的答案。
一个很值得推荐的办法，是让那些持不同观点的人们进行对话。
这种观点也许看上去太过明显或者天真，但这种做法能在建国过程中找到根据。杰弗逊对公共宗教中的一件事很不满意：制定全国祈祷日。
为此，他曾在议会会堂和亚当斯公开争执，但是，这件事充分体现了杰弗逊在处理政教关系时精明的政治手腕。本杰明·拉希在事后很久和亚当斯一起回忆此事时说：“你站起来，为[祈祷日]动议辩护，并回应杰弗逊对基督教的异议，你说你为从一个你非常尊重、而且在那么多观点上持同样立场的先生那里听到这种意见深感遗憾，而且一个那么通情达理、雄才大略的人物，居然站在基督教的对立面，你还是第一次碰到。你对我说，你担心你的话触犯了他。但他很快证明你多虑了，他穿过房间，坐到了你的旁边。”杰弗逊和亚当斯有时是死对头，有时是朋友，两人在很多问题上持相同的看法，在上述观点上进行的对话和讨论往往超越了争吵。
许多后来几代传教派的信奉者一直渴望将建国看成一个基督教的事件，而且认为我们正在从那个高峰渐渐堕落。这个观点其实不足为奇；原罪和赎罪的故事可以追溯到《圣经·创世记》的那个年代，那些故事是耶稣死而复生故事的原始铺垫。然而，充足的史料说明，这个国家不是一个“基督教国家”，而是一个由经历过宗教暴政和不堪建立官方宗教重负的人们群居的地方，他们的经历使得他们将宗教自由看成是一种人类的自然权利——一种和思维和表达同样自然、同样重要的权利。每一项自由都是整个自由的不可缺少的组成部分；没有某一项自由可以被——或者应该被——割裂、攻击或限制。
派特里克·亨利的传教运动
通往宗教自由的道路并不平坦。1777年，杰弗逊在弗吉尼亚的弗莱德里克斯堡（Fredericksburg）“日升酒家”（Rising SunTavern）里的一次聚会之后，写下了一条在弗州实施宗教自由的条例。他起草了一个法案，但几乎花了十年时间，才将其变成法律。在国立教会问题上，双方意见都很固执——许多教徒看不出有什么特别有说服力的原因放弃这笔可观的政府拨款——但是，大潮流对自由倾向更明显的人有利。
到了l784年，导致弗吉尼亚宗教自由法案通过的各种因素开始激化，长老会的神父兼爱德华太子郡（Prince Edward）汉普顿一悉尼私人学院校长约翰·布莱尔·史密斯（John Blail Smith）代表汉欧弗（Hanover）长老教会向州立法院请愿，要求拨发公款。麦迪生和杰弗逊也加入了请愿的行列。“政府正当的权限只能大到不伤及他人的程度，”当时身在巴黎的杰弗逊曾说，“但是，我的邻居说有二十个上帝，或者没有上帝，并不会伤害我。他既不从我的口袋里偷钱，又没有打断我的腿。”麦迪生就弗吉尼亚当时的情形，作了这样的观察：“在我们为自己强调一个自由的理念，去表明、信奉我们认为是来自神明的宗教的同时，我们就不能否认那些尚未被已令我们信服的神说服的人们具有与我们同等的自由。”
当时任立法委员的派特里克·亨利不同意这个观点。（此时，杰弗逊和麦迪生俩人与亨利的关系已经恶化，并在许多问题上观点相左。
“我认为我们必须做的事，是祈求上苍让他一命呜呼。”杰弗逊曾在给麦迪生的一封信中这样写道。）亨利那时的提议是用公款招聘“基督教的教师”；亨利是这个法案的主要赞助人，但他于1784年11月被选为州长，这使他脱离了立法院。麦迪生乘这个空子，于1785年发起进攻，撰写了一篇有关政府协助教会的“抗议请愿书”。麦迪生指出，当宗教势力和世俗政治势力纠缠在一起，“那将造成什么样的后果呢？基本上讲，在任何地方，你将看到神职人员的傲慢和放纵、普通民众的无知和奴性。在宗教和世俗两个世界里都将产生迷信、偏见和迫害。”
弗吉尼亚的亲基督教势力曾一度试图将耶稣加进杰弗逊的法案中，提议加进“耶稣基督，我们宗教的神圣作者”这句话，但是宗教派最后被“绝大多数人”打退，杰弗逊说。他的法案于1786年1月成为法律。
本·富兰克林的恳求
次年，1787年，迎来了制宪大会，这是对政府在独立战争胜利后未能制定一套联邦法令所作的反应。“我们的事业好像正在走向危机，某种我无法预见或想象的危机，”约翰·杰给华盛顿的信中说，“我比战争时期还要忐忑不安、心存焦虑。”
麦迪生身材矮小，总穿一身黑衣服。历史学家查尔斯·米（Chailes Mee）对他的描述是：“一个矮子，人称尺寸大不过半块肥皂，身体虚弱，因为担心长途旅行影响身体，所以怕出远门。他为人腼腆、脸色苍白、沉默寡言、一副书生模样，说话声音不大，尖嗓子，与人争论时举止不自然，他总是依靠……自己所做的充分的准备工作，他的包里总是塞满了书和笔记。”他还真得带许多东西，因为等着要他做决定的事太多了。
经管诸项事务的压力是很大的，有关宗教的事——谢天谢地——显然在大会上只讨论了一会儿。这主要是由于政治原因：宪法必须经过各州立宪大会的核准，才能成为威廉·格莱斯通怀着崇敬心情称之为“在一个特定的历史时刻，人类的智慧和人类的理想碰撞出来的最灿烂的火花”的伟大文献。所以，在费城起草宪法的人们对获得各州核准的可能性作了权衡。“起草宪法的先贤们知道，任何有可能被理解为剥夺各州长期以来把持的对宗教的法律控制权的条例，是肯定要在核准宪法的过程中遭到否决的，”历史学家德瑞克·H`戴维斯这样写道。结果，宗教问题还是进入了宪法核准的过程之中，部分原因是，一些美国人反对在被艾萨克·克莱姆尼克（Isaac Kramnick）和R`劳伦斯·摩尔（R．Laurence Moore）之类学者称为“没有上帝的宪法”中不提上帝的做法。
在此问题上的辩论从当时一直延续至今，历史证明，麦迪生和他的战友们的观点大部分是正确的：回顾历史，不难看出，一个与《独立宣言》一脉相承的世俗文件非常合乎情理，而且宪法经受了时间的考验这一点，已是无可争议的事实。从某种角度上讲，宪法的制定以及其间所有微妙的政治和个人因素对麦迪生和其他人的影响，为后世有影响力的政要处理好宗教与政府的关系提供了借鉴。每当他们面临世俗化还是宗教化的选择，他们都选择了将他们一直宣传的宗教与政府分离的主张变成现实，从而在美国创立一个让宗教按照自身价值兴衰存亡的文化。
但是，就连最激进的宗教自由倡导者本人也是被宗教的信念激发和鼓励起来的。有个人是这样描述宪法的诞生的：“一个敬神的人在反思时，不可能不看到在这场革命的各个关键时刻，上帝曾经常为我们指出摆脱困境的方向。”这句话是谁说的呢？不是哪个神职人员，也不是哪个虔诚的教徒，而是杰姆斯·麦迪生在《联邦党人》第三十七期中写的一段话。
那个令人捉摸不定、千变万化的富兰克林，比麦迪生更加相信上帝曾在建立这个新政府的过程中进行过干预。他说，他不只是暗指，而是真心认为“我们这次推出新的联邦宪法的制宪大会是神意使然……然而，我必须承认，我对神意主宰世界的信念是如此坚定，我几乎无法想象，这个与一个伟大国家百万民众和子孙后代福祉命运攸关的转折，会不在某种程度上被一个无所不能、无所不在、慈善为怀的神影响、指引和掌管。所有凡胎肉身的芸芸众生都在他的掌中生活、迁徙和享受天年。”（富兰克林最后那一小段话是从《圣经·保罗篇》中引用的。）
1787年6月下旬，关于制宪的辩论达到白热化的程度，双方达成共识似乎不可能。根据传记作家沃特·艾萨克森（walter Isaacson）的记录，就在这一紧要关头，富兰克林起立发言。他以一种动情、智慧、而有节制的语气，提醒全体代表，上帝当时已为美国做了些什么——并且同时提醒眼前这两拨各执一说的同事们，现在已经到了超越政治歧见，共同建立一个新国家的时候了。“我们似乎能感受到对政治智慧的渴望，因为我们一直在苦苦求索，”富兰克林说，然后又说：
这次开制宪会议，如果我们还像过去那样在黑暗中摸索政治真理，那么即使有人把现成的答案放在我们面前，我们也未必能分辨良莠，这是怎么搞的，主席先生，我们怎么从来没有想到过要谦恭地请主为我们指点迷津呢？在和英军作战之初，每当我们觉得情势危急，我们都曾在这个大厅里祈祷，请求神明的保佑。主席先生，我们的祈求灵验了，上帝仁慈地回应了我们的祈祷。所有那些参加过那场战争的人一定都记得许多次天助神佑的例子。
说到这里，他再次依据自己的人生经验、多年来为美利坚独立所做的工作以及他对《圣经》和历史的了解，继续说道：
主席先生，我活了这把岁数，随着年岁的增长，我越来越相信人类的事务是由上帝主宰的。假如连一只麻雀坠地而死这样的小事也无法逃过他的眼睛，难道我们有可能在没有他协助的条件下建立一个大国？先生，我们都确信“除非上帝想要建造楼，否则所有人去造楼的努力都是徒劳的”那条神圣的信条。我对此坚信不疑。我也坚信如果没有他的认可，我们就比那些想造通天楼的人们好不了多少。我们会被微不足道的地方利益将我们四分五裂，我们建立的国家就会是一团糟，我们会成为历史的罪人，会被后人所遗忘。更糟的是，从此之后，这个不幸的范例会使整个人类失望，使他们放弃用人类的智慧去建立政府的努力，从而把自己的命运留给机遇、战争和征服去主宰。
至此，他把论点摆了出来，他把论据也全都一一列出，富兰克兰请求，以后每天开会前举行祈祷仪式。然而，奇怪的是，与会代表没有为之所动。“大会代表中，只有三、四个人认为有必要祈祷！！”富兰克林心情抑闷地说。
制宪过程争执的焦点是权力制衡，而不是宗教问题——大州与小州之间、政府各分支之间、不同形式的人权之间的权力制衡。一个名叫乔那斯·菲利普斯（Jonas Phillips）的犹太人，递交了制宪大会期间收到的唯一有关宗教自由的请愿书。他写道：“以色列人认为，只有在一个各宗教均享有平等地位的政府之下，他们才可能安居乐业。”结果，宪法与《独立宣言》不同，不但没有谈及上帝，而且没有引用任何神或超自然主宰的同义词。
