威廉姆斯由于持这个观点，在1635年至1636年期间被温什洛普逐出马萨诸塞殖民地，后来为建立和巩固罗德岛殖民地贡献了他坎坷的余生。那可不是一件轻而易举之事。温什洛普一直在仔细地冷眼旁观他在罗德岛的试验。“在罗德岛的首府，魔鬼没有睡大觉。”温什洛普在谈论威廉姆斯的殖民地时曾这样写道，并描述了诸如某个打老婆的男人，因为威廉姆斯保护他老婆而冲他发火的事。
然而，威廉姆斯于1683年或1684年去世（具体年份不详）前一直在宣扬的那些观点，渐渐地进入了主流的宗教观。其间究竟发生了什么变化呢？大致说来，这是宗教改革运动、启蒙运动和美利坚的政治现状的综合效应。尽管英国国教教徒、清教徒和分离主义教徒尝试重建极端主义教会或群体，在欧洲与罗马分裂之后，欧洲的基本走向形成了一个在基督教内部的反叛文化（这一文化一直传承了好多世纪）——像杰姆斯镇和马萨诸塞这些偶尔出现的过度守旧的做法，激发了殖民地民众要求宗教自由的愿望。
启蒙运动强调的人性自由是其中的另一个因素。从十七世纪中叶约翰·弥尔顿（John Milton）的著作到约翰·托仑（JohnToland）的《基督教并不神秘》，一直到约瑟夫·普莱斯雷（Joseph Priestley）和劳德·波林布鲁克（Lord Bolingbroke）提出的观点，在这些思潮的影响下，英国和美利坚各殖民地的民众开始用一种不同于十七世纪末和十八世纪的角度去看上帝和人的关系。其结果是，这些宗教改革运动和启蒙运动带来的思想解放，导致了许多在新大陆的殖民地民众纷纷创立起自己的神学和政治立场。那些渴望思想和宗教自由的人们，无视要求他们服从教会的呼吁，纷纷出走，去建立像罗德岛和宾夕法尼亚那样的新家园。即使像杰弗逊、麦迪生和亚当斯那些留在弗吉尼亚和马萨诸塞的人们，也开始用一种与以往不同的角度去看宗教和政治之间的关系——在这个新角度中，个人的良知开始高于任何形式的胁迫性的服从，不管这种胁迫是来自于天主教、英国国教，还是清教。当时代从十七世纪走进十八世纪，更多的民众信奉和礼拜的信仰，已不属于官方法律首肯的宗教教派（在南方，通常是英国国教；在北方，通常是公理教制），由于美利坚的宗教变得更加多元化，政治也随之发生变化。新一代基督教徒对第一代英国反叛者所作的反叛，带来了信仰世界里的翻天覆地的变化，这种变化催生了民主精神，因为那些新近选择了自己精神信仰的民众不免会想，为什么他们就不能选择自己的政治道路呢？
先贤们得到的历史经验
在研究了马萨诸塞、弗吉尼亚、宾夕法尼亚和马里兰的历史之后，那些即将创建一个新国家的年轻人发现了一个共性：任何一个被死板的宗教信条统治的民治社会，都具有不幸福、不宽容的特征，而宗教自由似乎能产生更富有、更稳定的社会和大众文化。
举例说明，宾夕法尼亚就非常令年轻的杰姆斯·麦迪生钦佩。“你们喜欢住在一个……民众享有无数的权利、公众已充分享受宗教和人身自由的地方，”他在给费城的一个朋友的信中写道，“你们鼓励外国人在你们周围定居。通过互相竞赛和互相监督，培育了勤劳和淳朴的民风，商业和艺术兴旺，我只能将在你们中问不断出现的天才创举归功于自由的感召……宗教的枷锁禁锢和破坏人类的才智，与任何一项崇高的伟业和施展的宏图都格格不人。”
杰弗逊发现弗吉尼亚和马萨诸塞也正在渴望变化。“他们将目光投向这些新兴国家，那些地方是民众和宗教自由的避难所；而他们发现自己只是因为他们的教派占据主导地位，才享有自由。”杰弗逊在描述早期的定居者时这样写道。他知道新英格兰历史上对于违反教规者处以死刑的往事，对于弗吉尼亚以往对长老会派、教友会派和其他教派的迫害深感遗憾。
1774年的“马萨诸塞决议”（Massachusetts resolution）提出召开一个美洲大陆议会，倡议殖民地民众“恢复和建立他们正当的个人及宗教权利和自由”。杰弗逊在1781年和1782年写作《弗吉尼亚随记》（Notesonhe of Virginia——该书于1785年在一个私人出版社出版）第十七问时，他想起了杰姆斯镇的初建时期。那一个有关宗教和弗吉尼亚的问题，使他对自己所在殖民地对个人良知自由表达的轻率态度作了一次冷眼观察，杰弗逊在谈到这些早期移民时说，“这个国家的最初一批定居者是从英国来的移民，他们走出英国的时候，正好是英国教会即将横扫所有其他教派的当口，”——指的是伊丽莎白在英国征服天主教的事——“随着他们越来越热衷于立法、司法和执法的权力，在这个新国家里，他们表现出与英国皇室不相上下的专断……”在杰姆斯镇建立之后的数十年间，教友会信徒尤其成了众矢之的。根据杰弗逊的报告，1659年、1662年和1693年，弗吉尼亚将不在英国国教的教堂里为新生儿洗礼定为罪状。然而，一百年的强迫皈依官方教派，并没有给弗吉尼亚带来任何好处，杰弗逊说，他还列举了1705年法案所造成的惨痛代价。“假如一个在基督教家庭环境中长大的人”否定上帝、“三位一体，，的存在，不相信《圣经》的神圣权威，或者声称有多个上帝、或者称基督教与事实不符，他将被禁止从政，也不能从军。第二次违犯教规的处罚包括剥夺子女的监护抚养权和三年不能保释的监禁。杰弗逊对此规定的痛恨显而易见：“一个父亲对亲生子女的监护抚养权基于有关他作为监护人资格的法律，这个权利被剥夺之后，他们就可能通过法庭的权威，就此切断他与子女的关系，并将他的子女交给更守教规的人家抚养。”这是最违反自然人性和下流的法令，杰弗逊说，那简直就是“宗教奴役”。然后他补充道，难怪“在今天的革命运动开始时，三分之二的人都对现行制度持反对态度”。
犹太教扎根美利坚
这个新大陆不只是基督教徒的家园，而是众多不同信仰的人们的新家。这一点，从一开始就很清楚。1654年，一艘名为“圣凯瑟琳”号的法国船载着一小群逃离被天主教控制的巴西的犹太难民，来到新阿姆斯特丹（后成为纽约）。根据历史学家乔纳森·D·．萨马（Jonahan D．Salm）的记述，这是第一批在北美大陆永久居留的犹太人。这些犹太人走出这一步是需要具有巨大勇气和忍耐力的，因为当时新荷兰的总督彼得。斯特维桑（feter Stuyvesanl，）明确告诉他们，他们这一行人将不受欢迎。“这帮犹太佬……几乎所有人都想在这儿留下来，”他在发给阿姆斯特丹的家信中这样写道，但是，他说他希望“不让这个诡诈多端的种族——这个如此亵渎耶稣圣名的、如此可恨的仇敌继续扩张，去污染和困扰这个新殖民地。”但斯特维桑在荷兰西印度公司的上司不同意他的看法，命令他允许犹太定居者在殖民地里“旅行”、“贸易”、“生活”和“居留”，“只要他们中的穷人不会成为公司或整个社区的负担，由他们自己族内人照顾就行”。
1730年，谢里斯·以色列（Shearith Israel）在纽约南区的米尔街向神奉献了第一座犹太教堂；当时，在萨瓦那、查尔斯顿、费城和纽波特等地都有犹太人的定居点。美利坚的宗教文化和特点对犹太教的生存有好处。“在世界上那么多其他的犹太人流浪地，犹太教是唯一与当地主流宗教不同的宗教，在美利坚的犹太人与其他弱势教派的人们（例如：胡格诺教派[Huguenots]、教友会派和洗礼教派）同舟共济。”萨马曾写道。为了强调犹太教与其他宗教的这种命运与共的联系，犹太教堂的主持们开始称他的信众为“犹太社群”，以响应教友会的“教友社群”的称谓。
在独立战争前夜，为了响应大陆议会发出的为其祈祷的呼吁，谢里斯·以色列祈求主保佑各殖民地：“哦，主啊，我们的先父亚伯拉罕、伊萨克和雅各布的上帝，请将此愿放进我们的君主——乔治三世的心中，以及各公子王孙、文臣武将的心中，不要对北美洲施暴。”结果，这个祈祷没有灵验。
独立战争开始后，所有像谢里斯·以色列那样自由地去祈祷——按照自己的方式，向自己选择的神，或者不向任何神祈祷——的自由，成了一个引人关注的重要焦点。美利坚追求过许多东西，其中也包括上帝，但是那是谁的上帝呢？什么样的上帝如此软弱无力，居然需要弗吉尼亚、马萨诸塞、康涅迭克或其他地区的政府权威的扶持呢？“仅仅需要政府的支持这一点就大错特错了，”杰弗逊说，“真理不拥自立。”富兰克林表示同意：“一个宗教如果是好的，我想它便能自立。如果一个宗教无法自立，上帝也无意支持，而它的倡导者便乞灵于民治政权的支持，我认为，那是邪教的一个特征。”
信仰、理性和约翰·洛克（John Locke）
1776年，杰弗逊在私人手稿《宗教杂记》（Notes on Relion）中写道：“我们无权因为谁信奉另一教派，就限制该人的个人自由。如果有谁偏离了正轨，那是他自己的不幸，与你无害……反过来说，按照福音书的精神，慈悲、财富和自由，都有他应得的一份。”杰弗逊这些观点中的一部分来自于约翰·洛克，此人是一个英国的基督徒、哲学家和政治家，1689年，他出版了一份名为《有关宽容忍让的公开信》（Aettet‘COn—cerning Toleration）的文稿，这个文献和他的其他一些著作一起，加速了美利坚宗教自由观念的兴起，一百年后，这些观念被吸纳在“权利法案”之中。洛克与后来出现的一些重要人物（如伏尔泰）相反，他不是一个激进派，不是一个坚定的不可知论者。他甚至不是一个很有意思的历史人物。然而，他所著的《论人类之认知理解》（An Essay concerning Human Understanding’）和《政府论》（Treatises 0f Govel‘nment）却是具有启蒙运动特色的政治哲学不可缺少的经典之作，他在这些著作中宣扬人类理性的中心地位和生命、自由及财产的自然权利以及政府的权威应该来自于“所辖民众所达成的共识”等观点。
洛克的重要意义，还在于他没有回避“开动脑筋的信徒”这个难题：一个人怎样才能调解信仰和理性之间的矛盾呢？所有宗教都是建筑在超自然的前提之上的，那么它们是不是都是迷信、无稽之谈，还是一种能够为理性所接受，同时是值得尊重的人生探索呢？应当是后一种立场，洛克的回答毫无疑义、令人信服。对于他来说，人类的理性——他称其为“区别人和动物的功能”——其本身就证明了一个法力无边、无所不晓的上帝的存在。继亚里士多德之后，洛克又提出，人对自身的存在是有感知的，至少像能感知世间万物的存在那样。由于从逻辑上讲，生命不会源于无生命之物，而是应该从另一生命、从某一处传承下来的，于是，洛克的观点是：一个比人更高等的东西造就了人。
按照洛克学派的观点——也是自亚里士多德到西塞罗这些异教哲学家所持的共同观点，创世伟业之恢宏，以及对人类自身之悟性的惊叹，理所当然地使得人类将这一切归结于上帝。神迹——历史上有关上帝显圣的奇迹般的记录——是重要的，但是，对于洛克来说，神迹不能凌驾于理性之上：“没有什么与明白无误的、不验自明的理性分析相对立和不协调的观点，可以被作为一种信仰来推广和赞同。”从这一角度上讲，理性是人在大脑吸收史料、实证和传统之后，经过权衡各种可能性，然后决定自己能否从容地选择和捍卫某一种被他人的理性分析否决的信仰的能力。
在洛克看来，宽容博纳既是宗教的精华，也是政治的美德。1689年，他指出，坚持宗教自由这一点，应当作为“真正意义上的教会的主要特征”，他相信先知保罗在信仰、希望和博爱诸方面提倡的美德，必须高于强迫他人皈依基督教的冲动。这个世界被“争权夺利之人和国际争端”搅扰得太久了，洛克说，而基督徒的责任是在“慈善、谦恭和对所有人，也包括那些非基督教徒行善”诸方面身体力行。通过对宗教纷争的限制（这些纷争已成为争议和动乱的根源），社会就更可能达到稳定及和谐。“世间万事，我认为最有必要的事情，是去确定哪些是民治政府的职责，哪些属于宗教的范畴，并且在两者之间建立一个公正的界线。”
在他的话中，我们能听出他所发出的呼吁，将会在美利坚得到响应，并形成一首万众齐和的大合唱。
杰弗逊在美国革命的浪潮中寻找灵感，在英属美利坚和一个全新的合众国之间划了一个明确的分界线。“我怀疑，当今这个国家的民众会因传播异教而被处死，或因搞不懂‘三位一体’的奥秘被判三年的监禁，”他说，“但是，这样的民风能否经久不衰、永恒不变呢？”不！杰弗逊的答案是：不会！历史的经验告诉我们，“民风可能会变，也一定会变。我们的领袖们会变得腐败，我们的民众会变得掉以轻心。”所以，我们最好充分利用像美国大革命那样历史关头的关键机遇，趁热打铁事先制订针对野心和贪欲的制约措施。“我要不厌其烦地提醒世人，通过法律来保障所有人权的最佳时机，是当我们的领袖们尚且诚实、我们的民众团结一心的时候。”当时，摆在他们面前的，正是这样一个千载难逢的机遇。
