东汉王朝后半段的百年间，朝廷里外戚和宦官急着夺权，地方豪族则忙着兼并土地及累积财富。贫富悬殊严重，破产的农民流浪四方，被饥馑及穷困追着四处跑。在以农立国的中国古代社会，农民失去田地，流漓失所，势必成为导致社会动荡的不利因素。
顺帝以后的二十年间，无法生存而流亡各地的贫民，不得不揭竿起义，争取最起码的生存空间。但传统的史书，例如《后汉书》及《资治通鉴》等，大多以“妖贼”或“盗贼”称之，其实是非常不公平的。
刘备的宿敌曹操，在平定兖州后，曾将三十余万黄巾军收编为“青州军”，可以说是第一个以同情立场面对农民起义的政治领袖。
这些农民起义的领导者，大多带有浓厚的宗教色彩，他们分别被称为“无上将军”“黄帝”或“黑帝”，组织庞大而松懈，全靠宗教力量结合。
在这一系列的起义事件中，以灵帝中平元年（公元184年）的黄巾起义规模最大，影响也最深。
黄巾党人的领袖是巨鹿人（河北省南部）张角，是位非常有名的民间密医，以神秘的宗教医术医疗患病的农民。
张角的治疗法，是让患者先进行自我罪行告解，再以符咒浸入饮之。先不问其效果如何，至少可以看出张角的治病是宗教性大于医疗性的。
这样的治病法，即使在21世纪初的今天仍到处流行着。在医学不发达的当时，影响力自然更大了。
张角的弟子遍布全国各地，都擅长这种神水医疗术，由于碰到苦难当头的年代，信仰者急速膨胀，总称为“太平道”。
用张角自己的说法，他曾在深山中，得到仙人传授的《太平清领书》，嘱咐他推展太平道以救世。
在数十年间，以青州（现山东省）为中心，遍布冀、徐、荆、扬、兖、豫等州，张角拥有数十万信徒，盘距在十三州中的三分之二江山。
到了光和年间，太平道的影响力，已不止于下阶层的农民，不少地主、富豪，甚至于官僚也趋之若鹜。
依《后汉书》记载，执宦官主流派牛耳的太常侍张让，便与张角有相当密切的来往。
眼见太平道急速发展，朝廷有志之士自然产生了危机意识。清流派的杨赐，首先上书主张一方面招抚流民，给予土地耕种，以安定其生活，一方面搜捕太平道在各地的领袖，以削弱其组织力量。刘陶、乐松、袁贵等也联名上书灵帝，主张逮捕张角，以免事件继续扩大。
由于亲太平道的宦官一再阻止，灵帝在软硬政策间举棋不定，终于消息外泄，反而使张角加速强化其组织。
不久，张角便将全国信徒分为三十六“方”，大“方”编组万余人，小“方”也有六七千人，每方均由直属子弟统领指挥。张角自称“天公将军”，并封其弟张宝为“地公将军”，张梁为“人公将军”，共同统率着三十六万人马。
灵帝中平元年，张角向信徒宣布：“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉。”当年正好是甲子年，是六十年干支岁月的重新开始。张角决定在当年三月五日，发动各地的三十六万信徒同时起义。
依照华夏传说的五行思想，金、木、水、火、土的循环理论，汉王朝属火德，克火者土，因此代替汉王朝者应属土德。黄土高原和黄土平原的土都是黄色的，所以太平道信徒均以黄色头巾为标志，这也是黄巾党人的由来。
负责攻打洛阳的大方马元义，行动不够谨慎，二月便事泄被捕，同行的信徒有数千人遇害。灵帝到此才恍然大悟，发出逮捕张角的通缉令。
迫不得已，张角会同两位弟弟，提早一个月起义。虽然准备不足，但仍有七州二十八郡响应，头裹黄色头巾的党人，攻击官府，占领田园，不少郡县官吏闻风而逃，《后汉书·皇甫嵩传》记载：“旬日之间，天下响应，京师震动。”
黄巾党人的主要战场，在洛阳附近的颍川地区，北起冀州西南区，南至南阳一带。
朝廷以何皇后之兄何进为河南尹，负责攻防总指挥，实际负责作战的是司隶军区中最精锐的师团，分别由左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱俊、北中郎将卢植率领。
在《三国演义》中，第一章回便是刘备在涿郡募集民团，响应政府号召，共同对抗黄巾军的情节。刘备在此认识关羽和张飞，留下了“桃园三结义”的千古美谈。
起义初期，黄巾军声势浩大，张角和卢植大战于冀州，卢植大军寡不敌众，被迫向南撤退。
防守在颍川附近的朱俊大军亦遭击退，南阳太守甚至在会战中阵亡。
为了保护京城洛阳，皇甫嵩将主力部队布防在颍川附近。张角以数万兵马层层包围，皇甫嵩亲往前线视察，他看到黄巾军均以茅草结营，乃趁夜色掩护，以火攻战术突击，张角大军大乱，布防在颍川南岸的朱俊大军也趁机反攻，洛阳方面前来救援的典军校尉曹操，率领骑兵部队及时赶到，三方面夹击下，黄巾军大败，死伤高达数万人，这也是朝廷部队第一次成功阻挡黄巾军攻击的正式记录。
灵帝中平元年八月，张角病死；十月，人公将军张梁的大军在颍川附近中了皇甫嵩的埋伏，死伤三万余人，张梁本人也在溃败中遭到击杀；十一月，地公将军张宝也战死在南阳会战中，黄巾军的主力部队，到此被完全歼灭。
但散居各地的黄巾军仍遥相呼应。并州的白波军、冀州的黑山军、益州和青州的黄巾军，声势浩大，均让各地方政府头痛不已。
皇甫嵩等虽在洛阳附近获得了绝对胜利，但在数度大规模会战后，主力部队也遭到了重创，根本无力再协助各地方政府镇压。朝廷为了巩固地方秩序，镇压人民，也不得不强化北方首长的行政权及军事权。
公元188年3月，朝廷接受江夏太守刘焉建议，扩大部分严重动乱地区刺史的权限，并改称“牧”。
刘焉为益州牧，黄琬为豫州牧，刘虞为幽州牧。《资治通鉴》记载：“州任之重，自此而始。”
这些地方州牧，权限逐步扩大，渐渐形成一股独立的力量，朝廷也慢慢失去了指挥权和控制力，终于酿成了汉末群雄割据的局面，东汉王朝也步入名存实亡的境地了。
黄巾军起义的那个甲子年二月，诸葛亮正好满四岁。
诸葛亮的父亲诸葛珪，当时出任泰山郡郡丞，泰山郡中的泰山是华夏自古以来有名的灵山，诸葛亮便在这附近度过了他最早期的童年。
诸葛亮本籍在琅琊郡，当时称为阳都县，约在今山东省临沂和沂南县之间，同属于山东省的西北区。司马迁在《货殖列传》中记载：
泰山之南有鲁国，北方则有齐国，濒山临海间有块相当肥沃的平原，可产桑树和麻类植物，麻、绢等织制品便成了这里的名产。主要的大城市临淄位于渤海及泰山间，这里的人一向思虑较深，并且好作议论，行事从不轻举妄动，这些人个别能力都很强，但集体作战力则偏弱，是典型的工商社会，国家的经济力旺盛而活跃，住民大约可分成士、农、工商、工、坐商等五种职业。
思虑周密，绝不轻举妄动的性格，相当明显地可以在诸葛亮身上体现。
从姜太公在齐地建国以来，这里一向便是南北贸易中心，经济力量旺盛，因此文明程度也比其他地方高，东汉到六朝时代，有不少名人皆出于此。
另一个特色是齐国的兵学思想。齐军一向以怯战出名，因此更用心于研究战争的技巧和方法。姜太公的兵法学是战争的原则，也是战争策略。一代兵学宗师孙武，也是齐国人，《孙子兵法》中的准备和应变功夫，相信和齐国传统的处世哲学有关。《鬼谷子兵法》，也是以齐国为其发源地，孙膑、庞涓，甚至于苏秦、张仪都是在这里学成的。除了在襄阳地区居住时，和当地的名士学者切磋研习外，诸葛亮的思想、言行及人生观，显然也是和齐国传统的文化有关。
韦昭写的《吴书》中记载，诸葛亮的先祖原姓葛氏，居住在琅琊郡诸县，当时他们整族人不知在什么原因下，迁往阳都县。由于阳都县里也住有很多葛氏人家，为了有所区别，乃将诸县迁移过来的葛氏，称之为诸葛氏。
诸葛亮的祖父诸葛丰曾任东汉王朝的司隶校尉（京城警备总监），他是位尽职负责的官员，个性刚强正直，执起法来，对任何权势都毫不在意。
官位高居侍中的外戚许章，平常假借皇威为非作歹，诸葛丰下令逮捕，许章逃往禁宫，要求皇帝保护。诸葛丰也曾正式上文弹劾许章，并要求严厉处分，以免伤害皇权。虽然皇帝有意调节两人的争执，但诸葛丰义正辞严，皇帝不得已，只得处分许章。然不久，诸葛丰便被免除司隶校尉之职务，并被废为庶人。诸葛丰这种高风亮节、执法严正的个性，显然也遗传在了诸葛亮的身上。
诸葛亮之父诸葛珪，其妻章氏，两人共育有四位子女，诸葛亮排行老三，长兄诸葛瑾，弟弟诸葛均，另有姐姐一人。诸葛亮九岁时母亲章氏去世，为了照顾年幼的子女，父亲另娶了后母，但三年后父亲也去世了。丧失双亲的诸葛兄弟，由于后母无力扶养他们，全靠叔父诸葛玄接济。长兄诸葛瑾大诸葛亮七岁，曾在洛阳太学府游学，专攻《毛诗》《尚书》《左传》《春秋》，成绩优异。母亲去世时，他为了服丧及照顾弟妹，毅然放弃学业，返回家乡。
琅琊郡属徐州，黄巾军起义初期，这里也备受干扰，但当朝廷派来武夫出身的陶谦为徐州刺史后，形势总算平息了下来。其后的董卓之乱，关东诸侯勤王起兵的战争，徐州在陶谦力保中立的政策下，总算未受波及。所以当洛阳一带陷入战乱时，不少人“流移东出，多依徐土”。但就在汉献帝初平四年（公元193年）起，雄据兖州的曹操，其父曹嵩在徐州意外被害，曹操乃兴兵攻打徐州，陶谦虽奋勇抵抗，但整个徐州立刻陷入兵荒马乱中，位于徐州北部的琅琊郡也遭到波及。有些地方甚至“鸡犬亦尽，墟色无复行人”。负责一家安危的诸葛玄，不得不设法离开家乡，暂避战乱。
隔年，诸葛亮十四岁的时候，诸葛玄被袁术任命为豫章郡太守（今江西南昌附近）。诸葛玄带着年幼的诸葛亮姊弟们前往赴任，并借以暂避祸乱。但年纪已二十一岁的诸葛瑾必须担负重建家庭的责任，因此他决定另找生路，以免寄人篱下，几经思索后，和继母远赴江东。一家人从此离散，各奔东西。
从徐州北部经由豫州南下到豫章的路途上，这几年的兵荒马乱最为严重，曹操及陶谦间数度恶战、不少农民叛变都发生在这地方。青少年期的诸葛亮亲眼目睹战争对社会所带来的恶果，土地荒废，人民妻离子散，善良百姓被迫拿起刀剑铤而走险。这种悲惨情境，对诸葛亮的人生观想必有着深远的影响。
更不幸的是，诸葛玄到任后不久，东汉朝廷又派朱皓为豫章太守，使豫章太守的位置闹了双胞。不过朱皓上任的时候，由扬州刺史刘镖处借得大批军队，直接向“非正牌”的诸葛玄施压。诸葛玄方面，袁术虽然声势浩大，但正和曹操准备交战中，自顾不暇，根本无法给诸葛玄任何实质的帮助。何况自己非朝廷命官，名不正言不顺，势单力薄，自然无力抵挡，为了顾全面子及家人安全，只得匆匆撤离。
家乡是不可能回去了，诸葛玄只好将诸葛亮一家带到荆州的襄阳城，去依靠老朋友荆州刺史刘表了。荆州刺史刘表早年也名列“八俊”之一，声望崇高，是清流派在官场中的主要领袖之一。他不赞成卷入不必要的争执中，所以一向闭关自守，既未参加董卓和反董卓联盟间的战争，对袁绍、袁术兄弟间的明争暗斗，也保持中立，所以荆州内部还算安稳，不太受汉末战乱的影响，而且文风鼎盛，是个相当不错的“避风港”。
由山东到江西，再由江西到湖北，辗转千里之远，光是逆着长江到荆州，就要有十几天的舟楫颠簸之苦，对年轻的诸葛亮而言，倒也增长了不少见识，流离之间，也更感受到家园及和平的重要性。
虽然刘表很高兴、也颇热诚地接待了诸葛玄，但丢掉了官职的他，只得委屈在刘表府里当幕僚，过着寄人篱下的生活。对于一个高傲又有原则的文人，这种打击几乎比生活上的困苦还要大，因此一年后，诸葛玄便忧郁成疾，一病不起了。幸好刘表仍顾念旧情，承担起诸葛亮一家的物质生活，诸葛玄在这一年内结交的一些文人名士，给了这个丧失大家长的家庭不少精神上的鼓励及支持。
由于刘表的关系，诸葛亮的姐姐嫁给了荆襄名门庞德公的侄儿庞山民，总算了却一桩心愿。十六岁的诸葛亮决定带着弟弟独立生活，不再接受荆州襄阳府的“人道援助”。他将叔父仅有的些微财产变卖，直接去晋见刘表，表明自力更生的意愿。刘表非常高兴，便帮助他们以极少的代价，在襄阳城西二十多里一个叫做隆中的地方，将这两个年轻的兄弟安顿下来，两个人自行耕种，这年正是汉献帝建安二年（公元197年），“流浪两兄弟”找到了他们的第二故乡，开始了半耕半读的隐居生涯。
