这类创伤的记忆似乎会对脑部功能形成恒久的影响，使患者无法重新学习正常的反应模式以因应下一次打击，这时学习与记忆的机轮已遭扭曲——当然又是杏仁核作祟的结果。要克服这种后天习得的恐惧，有赖新皮质发挥功能。
心理学上有个名词叫恐惧制约，意指一事物本身丝毫无可惧之处，但因与心理上某可怕的事物联结在一起而变得可怕，查尼指出，动物经过恐惧制约的实验后，恐惧的现象可持续达数年之久。脑部学习、保留、执行此一恐惧反应的部位是介于丘脑、杏仁核与前额叶的路径，恰好是情绪失控时的作用路径。
一般人经恐惧制约而产生恐惧会随着时间消逝，这似乎是种自然的再学习过程，再次碰到以为可怕的事物时，自然可证明只是杯弓蛇影。譬如说一个小孩曾被一支牧羊犬追逐，从此怕狗。但接下来搬家了，邻居刚好养了一支很友善的牧羊犬，他有机会常狗玩，渐渐地自然就不再怕狗了。
创伤后异常症的病患则似乎失去这种再学习的能力。查尼指出，这可能是因为患者脑部发生严重的改变，以致每当出现原始打击仅些微相似情境，杏仁核便开始动员，更强化恐惧的机轮。也就是说，恐惧的事物永远不会与较平静的感觉配对，杏仁核再也不会较温和的反应模式。查尼分析消除恐惧是一种积极学习的过程，创伤后异常症患者这方面的能力显然已受损，导致情绪记忆的异常持久。
然而，只要给与适当的学习经验，这类患者还是有复原的希望。顽固的情绪记忆及其引发的思维与反应模式都可随着时间而改变。查尼指出，这个再学习的过程要靠皮质的作用。根植于杏仁核的原始恐惧不会完全消除，而须仰赖前额叶皮质强力压制杏仁核的过激反应。
“问题是要多久才能消除制约恐惧？”威斯康辛大学心理学家大卫生提出这个质疑。大卫生是第一个发现左前额叶皮质可抑制痛苦的人，在一项实验中他让人们先学会厌恶某种噪音，这是典型恐惧制约的形态，也是创伤后异常症的雏形，大卫生发现左前额叶皮质较活跃的人恢复得较快，显示皮质对消除后天恐惧的重要性。
一项关于犹太屠杀幸存者的研究，让我们对创伤后异常症的愈后有较乐观的看法，研究对象有四分之三在事隔半世纪后仍有明显的症状，但其中四分之一后来复原了，这似乎与患者的生活方式有关。未复原的人脑部显示创伤后异常症患者特有的变化，已复原者则没有，证明创伤后异常症的脑部变化可能是可逆转的，即使是最严重脑部烙印也可能除去。简而言之，这证明情绪路径是可以再教育的。
其中一个复原方式是前面提过的波弟游戏。透过多次的游戏，孩子得以安全地重新经历打击。这提供了两条治疗的方向：原始记忆可在焦虑程度较低的情境重复一次，透过这个减敏感法使其与较温和的反应联结在一起。孩子可以在心理上重写悲剧的结局，譬如说最后将波弟杀死，重拾对悲剧事件的掌控感。
经过严重的暴力事件的幼儿常会发明类似的游戏，第一个注意到这种现象的是旧金山的儿童精神治疗师雷娜泰尔。1973年加州某地发生一件绑票案，一群参加夏令营的孩子搭乘巴士要回家，途中被绑票长达二十七小时。
五年后，泰尔发现受害孩子还在玩绑＝票的游戏。有的女孩子会用芭比娃娃象征的游戏，事发当时孩子们紧拥着躲在一起，一个女孩一直感觉有人尿湿在她的身上，她玩的游戏便是不断地为芭比娃娃洗澡。另一个女孩玩的是芭比流浪记，重点是最后芭比必然安全归来。又有一个女孩玩的是更诡异的游戏：芭比掉入洞中窒息。
经历重大打击的成人可能会发生心灵麻木的现象，抹去事件的相关记忆或感觉，小孩的反应不同。小孩较少变得麻木，泰尔认为这是因为他们会用幻想、游戏、白日梦来回忆或重新思索事件的意义。这样做的用意似乎是避免强烈的记忆过度积压，到后来一发不可收拾。如果碰到的是看牙医之类的轻微事件，小孩子可能玩一两次游戏就可以了。如果是极可怕的打击，可能会透过灰暗单调的仪式不断重温。
透过艺术我们得以窥凝固在杏仁核的图像，因为艺术本身就是无意识心灵的媒介。我们的情绪中枢非常熟悉象征的意义以及佛洛伊德所谓的原始思考程序，熟谙比喻、故事、神话、艺术的意义。这也是经历创伤的孩子一个治疗的契机，他们不敢言宣的可怕记忆有时可透过艺术来表达。
伊斯提过一个典型的案例，一个六岁的孩子与母亲一同被母亲前男友绑架，绑匪将他们带到旅馆，命男孩躲在毯子里，之后便将母亲欧打致死。事后男孩当然绝口不提他在毯子后面听到、看到的景象，于是伊斯要他随便画一幅画。
他画的是一个眼睛奇大的赛车手，伊斯认为这支眼睛象征男孩窥视凶手的经历。几乎所有以历重大打击的孩子都会在艺术作品呈现这类影射的讯息，因此伊斯每次治疗都会先请小病人画画。强烈的记忆不仅一再入侵孩子的思维，更隐身在艺术创作后面。除此之外，画画本身也有治疗的效果，使患者开始重拾对事件的掌控感。
