孙传芳成为吴佩孚手下一名干将后，称得上是“前途一片大好”。
吴佩孚想在湘鄂休战之后，与湘军总司令赵恒惕和好，于是打算让孙传芳去长沙作说客。孙传芳当然愿意“效劳”，因为一方面可以在吴佩孚面前显示一下才华，给吴一下好印象；另一方面，与赵恒惕修好，对自己也有好处。所以，第二天，孙传芳便匆匆忙忙赶往长沙。
赵恒惕，一个权利熏心的军阀。不久前刚刚用阴谋手段把他的顶头上司湘军总司令、湖南督军兼省长谭延闿逼下台，自己担任了湘军总司令、代理督军。然而，赵恒惕此时毕竟只是一个师长，夺了位并不一定有影响。所以，夺位后的第一件事就是为自己造影响，造影响的第一件事就是搞联省自治。赵恒惕的“联省自治”出笼不久，赶上了“湘鄂之战”，他想通过战争和湖北联合起来。结果，王占元被赶下台了，来了个吴佩孚。赵恒惕眉头锁了起来：“吴佩孚可不是王占元，吴佩孚是个有军、有权、有野心又有学问的人，和他联合不易。”
就在赵恒惕心神不定的时候，孙传芳来访。
虽然赵恒惕满腹狐疑，曾与自己鏖战了8日的孙传芳竟然来访，他不免吃了一惊。他不知道孙传芳的来意，但还是热情的接待了他。
寒暄之后，孙传芳开门见山的说明了来意，他说，湖南、湖北历来唇齿相依，生死与共。吴佩孚临鄂，第一大愿就是同赵督修好，开创一个永远和睦的新邻里关系。湘鄂失和，原因很多，希望往日那些不愉快的事一去不复返。湖北和湖南依然能和睦相处。
赵恒惕是个生性内向，极端阴险的人，为权为利，不择手段。在湖南，他和谭延闿、程潜并称“三驾马车”的，而谭不仅是他的顶头上司，却十分有恩于他。他却忘恩负义，第一目标就是排谭。谭被排挤走了，现在又一心排程。目前的所谓援鄂之战，实际上是赵恒惕扩张野心作祟。他却没有想到，走了个马夫将军王占元，却来了个赫赫半天下的儒将吴佩孚！对于吴佩孚，赵恒惕既敬而又畏。
能与湖北修好，是赵恒惕求之不得的事，赵恒惕与孙传芳在日本东京共同参加同盟会时，就并不同心。二人的关系可谓一般。但是在今天这种情况下，赵恒惕既想谋求一个与邻和睦的局面，以便实现自己的利益，同时也给老同学一个顺水人情，重新修好。于是，他欣然同意与湖北修好。
游说任务完成得很好，孙传芳回到武昌，大受吴佩孚的赞赏。不久，孙传芳又作为吴佩孚的代表同赵恒惕的代表坐在一起，商讨达成了《湘鄂正式和约》，为直系缓和了南方的紧张局势。
但是，赵恒惕将议和条件带回长沙之后，遭到湖南各界群起而攻之。恰巧此时川鄂战争又爆发了，孙传芳遂带着第二师前往宜昌、荆州等地布防。
原来，川军总司令刘湘与湘军总司令赵恒惕约好合攻湖北。正当川军出三峡攻宜昌时，赵恒惕却与吴佩孚议和。于是吴佩孚又匆匆率大队人马前往宜昌，在海军舰队的支持下，猛袭川军，川军抵挡不住，先后退出南津关等地。10月上旬，直军克复秭归、巴东、兴山、长阳各地。但真正攻川，实也不易。吴佩孚虚晃一枪，收复鄂境后，便命令：“川军此战，必定别有计划，即遇川军亦不得进攻。”加上广东北伐军有北上之意，于是便向刘湘求和。
刘湘也见好就收，于是派出代表张梓芳到宜昌谈判议和。吴佩孚便对孙传芳说：“馨远，我打算让你任长江上游警备总司令一职，驻守宜昌，保护鄂西门户，你为我全权代表进行协商停战和约，对付四川的责任交给你。”
孙传芳装出没经验的样子说：“大帅，折冲尊俎之事，我毫无经验，应该以何种条件去谈？”
吴佩孚说：“记住：‘保境安民’四个字，条件可以多提，最后的条件只在川军退出鄂西一条，漫天开价，就地还钱。”孙传芳心领神会，经过十天的讨价还价，12月22日双方拟定了议和草案。
从此孙传芳便驻守在鄂西，他小心翼翼地避开吴佩孚的控制，处鄂西一隅，却可以单独处理一些除军旅以外政治、商业、教育、民生各方面的事务，学到不少知识。他渐渐明白了一个道理：战争只是政治的延续，政治的最高形式，是以战争或实力来解决问题的，打仗便是打政治，打心眼。此时，他已不想做一个打打杀杀的军人，而要做一个有政治主张的政治军人。很快，这个时机便被他等到并抓住了。
1921年4月28日晚至5月5日进行了第一次直奉战争，直系胜利，奉张败退关外。吴佩孚踌躇满志，准备以直系力量重组中央政府，设计出最优政治方略，以图日后“武力统一”中国，他思虑再三，认为只有打出“恢复法统”的旗帜最有利。孙传芳秉承吴氏之意，替吴放炮，通电全国，赞成“恢复法统”，充当吴佩孚的急先锋。
电文于5月15日发表，电报的大意为中国分裂成南北两个政府，起源于1917年张勋复辟，解散国会，废除约法，故孙中山南下护法，成立政府。现在要实行统一，当恢复张勋复辟前的政治局面，请黎元洪复位总统，召集1917年的旧国会，而南方政府的非常国会和北京政府的新国会通通应在取消之列，从而重新制定一部宪法，并选副总统，如果有人胆敢反对，当以武力消灭之。
其时好多人都问：“孙传芳是何许人也？”知根知底地便说：“就是那个和湘军大战八昼八夜的拼命将军。”
“没想到，一个能打猛仗的武夫，竟是有政治头脑的人，对此人要另眼相看。”孙传芳一电，便身价十倍、名声大振。
其实“恢复法统”的主张，并不是孙传芳的“知识产权”，完全是吴佩孚的政治倾向与暗示，这是直系攫取最高权力的一招妙棋。据说，孙传芳的通电稿是孙丹林代拟的，请孙传芳照稿拍发。
现任北京政府大总统徐世昌，是1918年直系、皖系、奉系势力均衡、斗争激烈情势下各方妥协的产物。徐世昌是个被认为八面玲珑，各方能接受的人选。直皖战争后，原来的均衡格局被打破，吴佩孚便要解散安福国会，取消徐世昌的总统职位，他说过：“如果直皖战争结束，仍是东海总统(徐世昌晚号东海居士)，我唯有解甲归田而已。”但是直皖战后，直奉矛盾又尖锐起来，张作霖支持徐世昌，直系不得不暂时妥协。直奉大战以后，徐世昌的下台，只是时间问题，但徐世昌如何下台，直系曹锟如何取得总统的位置，需要玩个障眼法，要合理地过渡一下，政治魔术师应运而出。
为直系大拍马屁的着名政客，旧国会众议院议长吴景濂(外号“吴大头”)，便想出了“恢复法统”的锦囊妙计。自认聪明的吴大头原以为与张作霖都是东北老乡，张能胜利自己便是“新朝宰相”，没想到这一宝押错了，奉系大意翻了船。还是这一锦囊，吴转托直系第二十三师师长王承斌，转售于吴佩孚。吴景濂与王承斌是表兄弟，都是辽宁兴城人。吴字廉伯，王字孝伯，一文一武，时称“兴城二伯”。王进言于吴佩孚，此计正合吴的胃口，恢复法统，一石三鸟，大喜过望：
第一，孙中山与西南诸省是以“护法”揭橥反政府大旗的。恢复法统，自然失去南方军政府存在的法律依据。
第二，徐世昌大总统是非法的安福国会选举出来的，恢复法统，徐世昌便要挟铺盖卷走人。
第三，恢复法统，本身便有统一南北，再造民国的含义，又能为曹锟选为副总统，继而再“高升一步”实行合理合法的过渡。
也正是在这样的一种背景下，吴佩孚授意孙传芳发表了这一着名的通电。孙传芳“恢复法统”一电，在国内引起“轰动效应”。为了取得加深世人印象的“广告效应”，孙传芳再接再厉，将矛头对准最高峰，使一柄两刃枪刺了徐世昌，又戳了孙中山。5月28日，孙传芳又放了第二声大炮：请南北总统同时下野。孙传芳这两通电报，成为民国历史上之名电，他从此亦成为政治军人而活跃在政坛上。
翰林出身的徐大总统，也有“秀才遇见兵，有理说不清”的时候。他心知肚明真正的后台是曹锟和吴佩孚，此时如果再眷恋于高位则是自找没趣。
虽然内心里抱定的是“无可奈何花落去”的悲怆心情，但在面子上还得装出一副富贵如浮云的高姿态，5月31日发一通文绉绉的电报，表明“愿意”下野的心迹。6月1日，旧国会议员吴景濂、王家襄纠集203人联名发表宣言，指斥徐世昌为非法总统，“窃位数年，祸国殃民”。做足了垫场工作之后主角终于出场了，吴佩孚在6月2日致电徐世昌敦请其下野。
是日，一肚子苦水的徐世昌终于咬咬牙，狠狠心，发辞职电令。徐世昌凄凄惨惨地告别总统府，携家眷前往前门车站乘车赴津。他有咏兰花诗，表现了当时的心情：
本是山中草，孤芳惬幽抱；
何日到人间，盆盎侪凡草；
主人护惜勤，开落惊寒早；
何如处岩穴，苍翠忘荣搞；
春雨江上山，放风海西岛；
长伴采樵人，烟月林泉好。
6月3日孙传芳发江电，敦请黎元洪复职，孙传芳在敦请黎元洪复职的活动中，没有与曹锟、吴佩孚、齐燮元、田中玉、萧耀南、陈光远、冯玉样、刘镇华、马福祥、张锡元等联袂，而是自己单独劝进，隐隐已有独树一帜，另立门户的苗头。
对于孙传芳的通电，孙中山并没有像徐世昌那样一吓就跑。孙中山依然指令北伐军向江西边界进兵，吴佩孚收买孙中山的陆军总长陈炯明于6月16日发动叛乱，炮击观音山粤秀楼大总统府，孙中山蒙难“永丰舰”，后于8月上旬经香港回上海，实际上也和下野差不多。
为了酬答孙传芳的劝进之功，7月19日，大总统黎元洪令：孙传芳为格威上将军。
1922年末，福建政变，李厚基被赶出福建，一时期，福建大乱。直、皖、粤及闽省原有军队和土匪民军等各种势力逐鹿福建。
直系为了控制福建，作为统一两广的根据地，1922年12月任孙传芳为“援闽”总司令，兵进福建戡乱。孙传芳正愁没有机会霸土称王，听到这个消息，喜出望外。他做好各种准备，利用原闽军王永泉为内应。
与孙传芳一起受命援闽的，还有陆军第二师师长周荫人。1923年3月初，孙传芳、周荫人率两师从杉关进入闽境。他们深恐王永泉狡诈多变，以伏兵进攻，为防犯不测，周师为前锋，孙师殿后，以戎备行军态势，步步为营，沿闽江东下，没遇任何抵抗，顺利到达延平。周荫人率其所部十二师二十四旅孔昭同部驻扎闽北，作为后援，以备不测，命二十三旅李生春部进抵福州。
4月初，孙传芳的二师也大摇大摆地开到福州，一到福州，受到王永泉组织的各社团的热烈欢迎，王还设宴热情款待，几日后，周荫人也来到福州。这样孙传芳兵不血刃，就占领了福州。
4月17日，孙传芳就任福建督理，王永泉任军务帮办。5月，北京政府又任王永泉兼兴泉永护军使，周荫人为闽北护军使。至此，福建群龙无首的状态结束，时局暂时稳定下来。
孙传芳进兵福建，直系势力伸向东南沿海，浙江和广东直接受到威胁，孙、皖、奉的反直三角同盟也受到挑战：浙江卢永祥，北有直系齐燮元，南有孙传芳，腹背受敌。孙中山也其接面对直系敌人，再也不是几省之遥了，所以，安福系分子福建人曾毓隽，通过其弟曾以鼎与海军的关系，策动海军发难，抗拒孙传芳。
海军界分为两派：一是直派，以杜锡圭为首：二是奉派，以林建章为魁。皖系的浙督卢永祥也积极策动海军反直。这样在浙江卢永祥和安福曾毓隽的策动下，通电宣布“福建自治”，公推林建章为海军领袖，称黎元洪为“先生”，拒绝孙传芳入闽，主张联省自治，闽人治闽。
接着，林建章通电响应。由于海军士兵多为闽籍人，他们也关怀故乡，反对孙传芳入闽，愿为“闽人治闽，闽省自治”而战。之后，卢永祥发表真电(11日)、张作霖发表元电(13日)、臧志平发表盐电(14日)支持海军独立。
孙传芳对海军和浙江的举动十分害怕。他深知如果浙闽战事一起，王永泉、臧致平从后边反戈一击，必败无疑，入闽的计划就告失败。所以，他一面稳住王永泉，结义盟誓；一面向卢永祥卑辞屈节，表示自己并非吴佩孚的嫡系，决不侵犯浙江，希望卢不要动武入闽。卢永祥见孙中山无力北伐援助，也就只得偃旗息武。北京政府对上海举事的海军四舰不敢加以通责，却用利诱手段笼络他们。至此，闽、浙两省的紧张局势暂时缓和起来了。
孙传芳不敢稍微怠慢，马上对福建全省各自治军及其它武装力量逐一戡平，以稳固自己的统治，以防外省势力再来颠覆。
1924年春，福建各种自立武装已基本被消灭，政局稳定下来，孙传芳、王永泉、周荫人共同主持福建大政。然而外敌已去，内争又起。孙、王虽是日本士官学校同学，但彼此政治背景不同，关系并不融洽。孙属直系，王与属于皖系的浙江卢永祥关系密切。
但是，孙传芳下决心驱逐王永泉的原因是，福建实权都掌握在王永泉手中。孙传芳虽为福建督理，但徒具其名。另外，王永泉占据兴泉永一带富饶地区。这一地区种植很多鸦片，王永泉收烟苗捐，税收颇丰。而孙传芳在福州则财政拮据，甚至连督署开支也难以维济。王倚仗财力和兵力，不把孙传芳放在眼里，处处骄横霸道。孙传芳哪能受这分儿窝囊气，他下决心驱逐王永泉，出口恶气。
经过孙传芳的多方准备，1925年3月份终于将王永泉驱逐出福建。王永泉被逐，原来依附于王的民军各派系纷纷投降。孙、周于1924年5月，将全省杂牌军和各地军民全部收编。此外，孙传芳还大肆扩军，并新编了两个旅。
至此，孙传芳在福建的统治地位已基本稳固。他和义弟周荫人共同主持闽省大政，孙传芳经略福建共一年半时间，他心高志远，只把小小福建作为一时的垫脚石。而周荫人自恃在倒王之举中出力较大，对孙传芳处处排挤。有一天，孙传芳在福州西大街遇到汽车被炸事件，孙传芳虽幸免于难，但已感到来自周荫人的威胁。他也知道，一山难藏二虎，自己暂时无力与周荫人争斗。于是，1923年5月，以王永泉残部在闽南与各县民军结合谋变为由，电请曹、吴批准，出任闽粤边防督办前去剿灭，而将福建军务督理一职让与周荫人。
孙传芳辞去福建督理之后，专任闽粤边防督办，人在闽南、心在闽北，声东击西，为抢占浙江积极筹备。齐、卢之战打响，他乘机抢占了浙江，成为闽浙巡阅使。
孙传芳在闽期间，没有政绩可言，他除了指挥军队南平北扫，就是平衡各派之间关系，忙于收编各种武装，壮大自己。所以，他在福建的一年半，就是战争的一年半；征讨的一年半，发展自己、壮大自己的一年半；搜刮盘剥的一年半；舍此无他事可载入史乘。
孙传芳以投机而着称。早在浙江边境直、皖两系军阀开始摩擦之时，卢永祥派臧致平、杨化昭两师与齐燮元部在浙江土地交火之日，他就敏感地嗅觉到战争的气味，就像猫闻到鱼味一样。他捉摸着乘人之危、收渔人之利的时机又要到来了，所以，他早就积极向闽北布兵。
