在孙传芳积极为拿下浙江而准备时，1925年9月3日，江浙两军为争夺上海正式开战，激战于上海外围的嘉定、宝山、松江、太仓、浏河和宜兴一带。孙传芳听到江浙开战的消息后，认为有机可乘，便决定让出福建，率军入浙，援助齐燮元，当然，其真正目的是为了入浙开辟新地盘。周荫人也巴不得孙传芳离开福建，所以表示支持。孙传芳于9月4日率卫队团由延平出发，开赴建瓯，9月7日到达。孙传芳计划在建宁方面采取攻势，在福宁方面采取守势。并把行营建在建瓯。9月8日，孙传芳率卫队团进入浦城，并下总攻击令。他亲临前线，指挥全盘。孙传芳决心抓住这次机会，称霸东南。当时的形势已很明朗，江苏得到赣、闽、鄂、皖、豫、鲁六省的援助，已形成七省攻浙的局面。另外，吴佩孚所控制的北京政府全力支持七省。所以，浙江的失败是迟早的事。
孙传芳进攻浙江的第一道要塞是浙江屏障仙霞岭。驻防该处的浙军是第二师第四旅之炮兵团张国威部。张国威是日本士官出身的老牌炮兵团长，升官欲极强。他当了十几年的炮兵团长，并没有升迁，心中很不平衡，正苦于无机会发展，又慑于孙军的勇猛，便与孙传芳暗中勾结，献关求荣，把仙霞岭作为向孙传芳投降的献礼。11日孙传芳率大军赶到仙霞岭时，张国威便将事先准备好的白旗悬挂起来，亲自出迎，未战即降。孙传芳即任命张国威为炮兵司令，并令他作闽军攻浙的先导，引孙军直取杭州。
9月16日孙传芳攻下江山，击溃浙江守江山的张载阳第三路军，逼进杭州。
张国威投降的消息传到省城后，卢永祥大为震惊。他深知仙霞岭是闽浙的天然屏障，这道关隘丢失，孙传芳及赣军定会一路无阻地开往杭州。眼下浙江的主要兵力都集中在北面与齐燮元苏军作战，根本抽不出兵来应付南面，现在只有一条路可走，那就是退出杭州，把所有兵力集中到北线，负隅顽强抵抗，等待张作霖战胜直系，派兵来援助。另外，事先已有联络，孙中山将率粤军北伐，牵制闽、赣南部直军。主意已定，他于9月18日召开了一个紧急军事会。会议决定将督办公署搬到上海龙华，陈仪、周凤岐两师撤至嘉兴、松江一带，浙江省长由警察厅长夏超兼理，并兼杭州警备司令。
19日，卢永祥发表通电，声明撤离杭州，移驻龙华。
20日，北京政府特任孙传芳督理浙江军务善后事宜兼闽浙巡阅使。中央还电令孙传芳“按原定计划，相机进兵。如果浙军方面不敢敌抗之手段，自可开诚布公，公商和平解决方法。”虽然孙传芳的督浙令已下，但他深知戡平浙江的前程仍很艰难遥远。19日，浙江省议会通电，要求阻止孙传芳入浙。所以，孙传芳处处较为谨慎，决策较为周密。
闽军刚入浙，为了使部队置之死地而后生，孙传芳就编印了“入浙手册”的小册子，士兵每人手中一册。其内容大意为：我们第二师在福建是被周荫人的第十二师逼走的，福建不能再回了，我们只有一条出路，即全力占领浙江。现在是背水一战，如果进不了浙江，整个二师就将没有就食之地，就得饿死、灭亡，士兵们要遵守纪律，对百姓秋毫无犯，拼死杀敌，这样就一定能占领浙江。孙军不论在扎营过夜时，还是在吃饭休息时，都要由团长、连长高声朗读这本小册子，甚至在行军时，也由军官念，士兵们跟着读。这样，士兵们个个都能将这本小册子背诵下来。这本小册子对鼓舞士兵士气，明确战斗方向，维护士兵纪律，甚至在提高战斗力上，都起到了重要的作用。孙传芳的闽军装备很差，给养也不足。士兵们大多数穿草鞋、戴斗笠、衣着破烂，不像正规军的样子，所以，被人称为“花子军”。就是这样一支“花子军”，在孙传芳的率领之下，在“入浙手册”的思想宣传下，凶猛如饿虎，一步一步地向杭州挺进。
22日，浙江省警察厅长夏超、师长周凤岐突然通电吴佩孚，宣布投降孙传芳，服从中央。吴佩孚复电，命夏超、周凤岐“欢迎孙督，共铲卢逆”。
在夏、周的欢迎和内应下，孙传芳大军长驱直入。他向福建周荫人发一电，通报前线一切顺利，并请他派师填闽北后防，以防不测。周萌人接电后，特派第二旅董开福所部开赴延平，以资防守，备孙军后方之不测。
之后，孙传芳大军未遇到太大的抵抗，便顺利的到达衢州，孙传芳到衢州后，立刻督闽赣联军北上。23日清晨，孟昭月旅有部分抵达桐江，夏超派史参谋前往接洽，当晚，该部开入杭州。孙传芳已亲赴建德，先派金参谋长、孟旅长率骑兵三个营，兼程倍道入杭州，与夏超商谈善后事议。
25日下午1时，孙传芳进入杭州。恰巧此时杭州西湖之雷峰塔突然倒塌，此塔建于五代之吴越时期，是一座重檐叠栋、窗户洞明的楼阁式砖塔。“雷峰夕照”是西湖胜景之一，且有白蛇娘娘被压于塔底之传说。由于孙传芳入杭州与雷峰塔倒掉同时发生，所以，杭州人民认为都是不祥之兆。
西湖美景——“雷峰夕照”
吴佩孚密切注视东南战局。孙传芳入杭州后，已成为东南的核心人物。东南形势如何发展，他的影响至关重要。所以，吴佩孚于24日派公府某武馆乘火车赴杭，授意孙传芳早日结束东南战事，以配合北方的第二次直奉大战。孙传芳把杭州的事宜草草安排一下后，立刻取道北上，乘胜追击，率领大军乘火轮赶往松江前线，与齐燮元部夹击卢永祥部于淞沪。浙军放弃杭州，收缩兵力于上海。防守松江的第三司令王宾，认为石湖荡为大片水域，敌人过不来，并未设立严密的防御工事。不料孙军偷渡成功，截断松江与后方的联系。10月8日，孟昭月部以猛烈的炮火轰击松江城，并架云梯爬城，守军不支纷纷溃逃。王宾携家小逃往上海，孙传芳进入松江。卢永祥、何丰林等急红了眼，决定反击孙军。卢永祥任何丰林为第三军总司令，以第十师第十九旅旅长郑俊彦任前敌总指挥，下了命令，无论如何要收复松江。
10月10日，何丰林亲自督战于明星桥，指挥郑俊彦向孙军反攻。此番孟昭月乘胜前来，迎头撞上了郑俊彦，猛将对猛将，好似两把锋利的钢刀刃碰在一起，双方都在较劲，仗越打越激烈，你来我往、杀进杀出，激战一天，郑竟将孙军击溃。孙传芳从福建一路斩关夺隘，尚未碰到过打硬仗的对手，没想到此次吃了苦头。第二天，两军又战于明星桥之正南方。孟昭月要报昨日一箭之仇，亲自在前线督战。不料对方又是劈头盖脸，毫不留情，孟昭月成了斗败的雄鸡，几个回合下来，又折了一阵，浙沪联军又向南推进了数里路。
孙传芳看着垂头丧气的孟昭月，不由“扑哧”笑了出来，孟昭月大为不解。孙传芳拍着他说：“子明(孟昭月字)，别耷拉着个脑袋。应该高兴，这种将才应该派人去游说，归到咱们的帐下。还有，我听说上海宪兵司令马葆珩也是个人才，以后咱们地盘越来越大，不注意搜罗人才不行。我已派人去与郑、马两人联络了，你等着好消息吧！”
果然，在孙传芳派人活动下，在明星桥与孙军对峙的郑俊彦部斗志有所懈怠。孟昭月为了证明不弱于郑俊彦，于11日晨亲自率部攻击苏浙联军，联军竭力抵抗，弹尽后继以肉搏，终因寡不敌众，退守莘庄以西五里多的曹家庄。上海外围的宝山、嘉定诸要塞也落于孙齐联军之手。
卢永祥急得大骂：“不准再退了，你们退进上海，我退到哪里去？”可惜，兵败如山倒，无人再听卢督办和何护军使的命令了。
10月12日凌晨1时许，浙沪联军总司令部在上海高昌庙召开军事会议。在座的将领纷纷诉苦，说不堪再战。卢永祥泪如雨下，坐镇沪浙十数年，没想到竟是如此结局。他打电话给莘庄前线的何丰林说：“茂如(何丰林字)你赶快回来吧，我已拟了下野通电，一起去大连吧！”
当日上午，卢永祥发通电下野。是日，卢永祥携何丰林、臧致平登上日本“上海丸”轮东渡。12日，孙传芳率军收编了郑俊彦残部，直趋上海龙华。
浙沪联军残部推皖系健将徐树铮为总司令，继续作战。10月15日，徐树铮被上海工部局软禁，浙沪联军遂告失败。同日，曹锟下令嘉奖齐燮元、孙传芳平定浙沪，着查明出力各员呈候奖叙，并派李厚基南下宣慰，妥筹善后。
孙传芳当即委苏军第一师师长白宝山为上海防守总司令，办理地方善后及收抚事宜。
孙传芳与齐燮元还商定了收编卢永祥军队的办法：原卢军第十师及臧致平、杨化昭所部归齐燮元，收编为苏军；原卢永祥第四师及第六混成旅，由孙传芳重编为浙军。
1924年10月19日，孙传芳的闽浙巡阅使署参谋处发布通告：宣布江浙战争结束。各部分头开拔，返回各地驻防，至此孙传芳又夺得上海。
孙传芳把淞沪整消停了，北方却经历了一场大战。占据中央的直系势力，由于冯玉祥的战场倒戈，被奉系打败。直系两巨头贿选总统曹锟被软禁在中南海大总统府，大帅吴佩孚带两千残兵从塘沽乘军舰南逃。世事风云，棋局变化，历史又掀开了新的一章。
在第二次直奉战争期间，冯玉祥发动了********，11月，段祺瑞上台执政，但北京政府实际处于冯玉祥和张作霖的共同控制之下。段祺瑞就任后，即命卢永祥为江浙宣抚使，要消灭齐燮元部，夺回地盘。张作霖也企图向南扩张，把张宗昌部扩充为直鲁联军，共计34个军，约20万人。派他率部南下。
齐燮元得此消息，急约孙传芳在上海晤商御敌之策，决定成立江浙联军第一、第二路司令部，共同御奉，维持直系的一线生机。1925年1月，孙传芳出任江浙联军第二路军总司令，督办浙江军务。孙传芳虽与齐燮元联合御奉，但他也知道，区区的江浙联军难以抵挡奉军的进攻，为自己着想，他暗中派其亲信、浙江盐运使王金钰去见张作霖。张作霖也有意拉拢孙传芳，当即保证消灭齐部后，停止向浙江进军。1月中旬，奉军张宗昌部及卢永祥部向沪宁线的齐军步步进逼。1月17日起，两军大战于丹阳、无锡间。在此时候，孙传芳突然将协同齐军作战的部队撤走。1月25日，齐燮元从苏州狼狈败退上海，通电下野，旋赴日本，部队为孙传芳所接收。奉军进入上海，张宗昌约孙传芳会晤，两人结拜为兄弟。后卢永祥被任命为江苏督办，与孙传芳签订了江浙互不侵犯的和平公约。这样，孙传芳依靠其不光彩的手段，稳得浙江这一地盘。
1925年间，奉军多次入关。听命于奉系的北京执政府于1925年8月24日任命杨宇霆督江苏、姜登选督安徽，奉军长驱南下，有鲸吞长江的企图。到了9月，津浦沿线各省区全部为奉系所占有。9月中旬杨宇霆赴南京视事，奉军第二十师师长邢士廉以戒严司令名义驻防上海。奉系向东南扩张，直接威胁浙江。孙传芳感到恐惧，此时虽是奉系势焰最盛时，但他也看到奉军孤军深入，人地生疏，将领之间矛盾重重；冯玉祥和张作霖已势成水火，而吴佩孚又有重整旗鼓，东山再起之势。于是，孙传芳决定利用这一时机，与奉军一决雌雄。他决心驱逐奉军杨宇霆、姜登选和张宗昌，孙传芳是北洋军阀中出头最晚的一个，因此这一仗就成为孙传芳事业最盛的关键。
孙传芳派王金钰为代表住在奉天，迷惑张作霖，又派心腹杨文恺到福州联络周荫人，到上海联络国民党人，以缓解后顾之忧。之后，再派杨文恺到张家口会见冯玉祥，请冯玉祥在北方牵制奉军。冯玉祥还与孙传芳结拜为兄弟。此外，杨文恺再衔命前往岳阳，代表孙传芳敦请吴佩孚出任十四省讨贼联军总司令。杨文恺还游说江苏军务帮办陈调元，约定里应外合，驱逐奉系江苏督军杨宇霆。孙传芳还利用江苏人民痛恨奉军这一有利条件，发动上海、南京等地的士绅、群众举行抗议奉军暴行的游行请愿，为进攻奉军制造舆论准备。
1925年10月8日，孙传芳联络苏、皖、赣、闽几省的直系军阀，在浙江督署召开秘密重要会议，由孙传芳亲自主持，反对北京执政府的各省代表均列席。令人惊异的是制造执政府的冯玉祥亦派代表参加，这是一次反奉会议，冯派代表参加反奉会议，显示冯和奉张的蜜月已经结束。当天午夜孙传芳再召开军事秘密会议。第二天浙江督署向金融界暂借军饷100万元，10日下令预备动员，表面上的名义是准备秋操调动军队，实际则是孙传芳已决心发动驱逐江苏的杨宇霆和安徽的姜登选。
10月10日，孙传芳以“******”检阅为名，调集大军。
10月15日孙传芳在杭州自封为“浙闽苏赣皖联军”总司令，拥有10个师、16个旅20多万人，当天宣告就职。分兵五路，进攻上海：
第一路司令陈仪(浙军第一师长)。
第二路司令谢鸿勋(北洋军第八混成旅旅长)。
第三路司令孙传芳自兼。
第四路司令卢香亭(北洋军第二师师长)。
第五路司令周凤岐(浙军第三师师长)。
后援部队为北洋军第十二师(师长周荫人)，第三十混成旅(旅长苏埏)，第四旅(旅长张庆昶)。
孙传芳向以用兵神速机敏见称，此次讨奉从10月10日开始调动军队，不到五天即已尽赴前线。
10月16日孙传芳、夏超、周荫人联名发表讨奉通电，以奉方在上海驻兵为借口，全文如下：
